MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori Cuz20 chromosome

Total Repeats: 198

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017358	GAAAC	2	10	4650	4659	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017358	TAAAA	2	10	5252	5261	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017358	ATAAA	2	10	5271	5280	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017358	GCTTT	2	10	11405	11414	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017358	ATACC	2	10	23012	23021	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_017358	TTAAA	2	10	55783	55792	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017358	ACAAA	2	10	55812	55821	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017358	GGTGG	2	10	58989	58998	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017358	TTTTA	2	10	66780	66789	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017358	TTACA	2	10	68665	68674	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017358	TAAGA	2	10	82059	82068	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017358	TAAAA	2	10	82130	82139	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017358	GGCTT	2	10	86528	86537	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017358	AATTT	2	10	91203	91212	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017358	CAAAA	2	10	97893	97902	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017358	CAAAT	2	10	146282	146291	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017358	CAAAA	2	10	153551	153560	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017358	TTTAA	2	10	170620	170629	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017358	GAGAT	2	10	176229	176238	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017358	AGAGG	2	10	177121	177130	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017358	AAACA	2	10	223977	223986	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017358	TGTAG	2	10	244487	244496	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017358	TTAAA	2	10	244552	244561	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017358	TAAAC	2	10	250388	250397	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017358	TTGTT	2	10	250554	250563	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017358	CATAG	2	10	251678	251687	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017358	TTGCT	2	10	253106	253115	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017358	TTTTC	2	10	253573	253582	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017358	GAAAA	2	10	262996	263005	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017358	CAAAA	2	10	263123	263132	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017358	GGATG	2	10	263871	263880	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017358	AAGCG	2	10	281183	281192	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017358	AAAAC	2	10	281586	281595	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017358	TAAAA	2	10	295114	295123	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017358	AAATT	2	10	305974	305983	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017358	CAATC	2	10	315059	315068	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_017358	ACAAA	2	10	322099	322108	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017358	AAATA	2	10	333737	333746	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017358	GTTTT	2	10	339351	339360	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017358	GTGGG	2	10	357576	357585	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017358	ATTTT	2	10	357626	357635	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017358	TTATA	2	10	382569	382578	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017358	AAGTT	2	10	389521	389530	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017358	CCTAG	2	10	416282	416291	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_017358	AAAAC	2	10	418910	418919	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017358	TTATT	2	10	449267	449276	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017358	AATCA	2	10	468662	468671	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017358	AAAGG	2	10	481380	481389	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017358	TTAAT	2	10	482991	483000	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017358	CCTTG	2	10	487795	487804	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_017358	ATAAA	2	10	493205	493214	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017358	AAAAT	2	10	493238	493247	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017358	GTTTT	2	10	501279	501288	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017358	ATTGA	2	10	515381	515390	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017358	AATAA	2	10	515411	515420	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017358	TAAAA	2	10	515505	515514	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017358	AAAAT	2	10	520153	520162	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017358	TATCC	2	10	528516	528525	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_017358	AGTTT	2	10	535185	535194	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017358	TAACT	2	10	539719	539728	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017358	AGGCT	2	10	548077	548086	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017358	TTTAT	2	10	553534	553543	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017358	TTTGG	2	10	553698	553707	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017358	TAAAA	2	10	553816	553825	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017358	TCGTT	2	10	573084	573093	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017358	TCGTT	2	10	573306	573315	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017358	AAAAT	2	10	573808	573817	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017358	ATTTA	2	10	578617	578626	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017358	GCATT	2	10	596711	596720	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017358	GCTAT	2	10	603109	603118	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017358	ATTTT	2	10	603142	603151	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017358	GATGC	2	10	606805	606814	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017358	TTGTA	2	10	607189	607198	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017358	AACGA	2	10	621171	621180	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017358	TAAGG	2	10	642759	642768	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017358	ATTTT	2	10	642986	642995	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017358	AAAAT	2	10	648331	648340	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017358	ATTTG	2	10	648909	648918	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017358	TTTAA	2	10	698497	698506	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017358	AAAAT	2	10	701727	701736	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017358	ATTTT	2	10	736131	736140	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017358	TAAAT	2	10	747935	747944	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017358	AAAAC	2	10	753778	753787	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017358	TTCTA	2	10	764292	764301	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_017358	ATCAA	2	10	777743	777752	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017358	ATTTA	2	10	785863	785872	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017358	ACCAC	2	10	786351	786360	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
88	NC_017358	TCTTT	2	10	822799	822808	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017358	TATAA	2	10	844155	844164	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017358	TCTCA	2	10	848669	848678	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
91	NC_017358	TTTTA	2	10	848703	848712	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017358	TTTGT	2	10	854579	854588	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017358	ATTAA	2	10	887342	887351	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017358	ATAAA	2	10	894996	895005	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017358	TTTTA	2	10	910281	910290	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017358	TTTTA	2	10	913598	913607	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017358	TTTAA	2	10	932755	932764	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017358	ATTTT	2	10	937459	937468	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017358	TATAA	2	10	945645	945654	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017358	TAGAA	2	10	959485	959494	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017358	GAAAA	2	10	959727	959736	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017358	AAATC	2	10	960072	960081	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017358	TAAAA	2	10	964858	964867	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017358	AATAA	2	10	969416	969425	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017358	GCGTG	2	10	972265	972274	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017358	TCAAG	2	10	995085	995094	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017358	TTTAG	2	10	1006584	1006593	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017358	ATTCA	2	10	1008134	1008143	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017358	AGATT	2	10	1008234	1008243	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017358	AAATT	2	10	1014848	1014857	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017358	TTCAA	2	10	1061606	1061615	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017358	CTCAT	2	10	1061836	1061845	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
113	NC_017358	TCACT	2	10	1063315	1063324	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
114	NC_017358	TACTT	2	10	1063614	1063623	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_017358	TAAAT	2	10	1064008	1064017	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017358	AGCGA	2	10	1067721	1067730	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
117	NC_017358	AACGA	2	10	1067821	1067830	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017358	GTTTT	2	10	1068123	1068132	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017358	ATTTA	2	10	1068408	1068417	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017358	CAACA	2	10	1069113	1069122	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
121	NC_017358	AAAAT	2	10	1089888	1089897	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017358	AATTG	2	10	1107196	1107205	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017358	GTTTT	2	10	1107261	1107270	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017358	ATAAA	2	10	1111258	1111267	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017358	TAAAA	2	10	1122242	1122251	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017358	GTTTT	2	10	1125675	1125684	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017358	TGAAA	2	10	1136048	1136057	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017358	AAATC	2	10	1151440	1151449	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017358	AAAAC	2	10	1156288	1156297	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_017358	ATTTT	2	10	1165948	1165957	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017358	AAAAC	2	10	1167069	1167078	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017358	TTCAT	2	10	1167349	1167358	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017358	AAAAT	2	10	1169719	1169728	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017358	GATTT	2	10	1185932	1185941	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017358	AATTT	2	10	1185968	1185977	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017358	AAACA	2	10	1186421	1186430	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_017358	AAACC	2	10	1186653	1186662	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
138	NC_017358	CACGA	2	10	1187455	1187464	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
139	NC_017358	TTACC	2	10	1188253	1188262	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
140	NC_017358	TTAAA	2	10	1196446	1196455	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017358	AAAGC	2	10	1211092	1211101	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_017358	TTAAT	2	10	1221875	1221884	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017358	TATTT	2	10	1221911	1221920	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017358	TTGTG	2	10	1221943	1221952	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017358	AAATC	2	10	1227758	1227767	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_017358	ACTTT	2	10	1241142	1241151	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_017358	AATCC	2	10	1254432	1254441	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
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186	NC_017358	TATAA	2	10	1560269	1560278	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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188	NC_017358	AAAAG	2	10	1570652	1570661	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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195	NC_017358	ATAAA	2	10	1629985	1629994	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
196	NC_017358	TAAAA	2	10	1633933	1633942	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
197	NC_017358	GATAA	2	10	1634090	1634099	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
198	NC_017358	TTAAA	2	10	1634369	1634378	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.