MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori v225d chromosome

Total Repeats: 220

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017355	TTTTA	2	10	4913	4922	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017355	GCTTT	2	10	13334	13343	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017355	ATACC	2	10	24937	24946	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
4	NC_017355	CTATT	2	10	42212	42221	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017355	AACGA	2	10	53552	53561	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017355	TTAAA	2	10	53564	53573	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017355	ACAAA	2	10	53593	53602	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017355	TAAGA	2	10	53912	53921	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017355	TATCC	2	10	57102	57111	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
10	NC_017355	TAAAA	2	10	85436	85445	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017355	GAAAT	2	10	87668	87677	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017355	GGCTT	2	10	89829	89838	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017355	AATTT	2	10	94526	94535	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017355	TTTAT	2	10	103701	103710	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017355	GAATG	2	10	105925	105934	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017355	TTAAT	2	10	110079	110088	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017355	ATGAT	2	10	139730	139739	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017355	CAAAT	2	10	152459	152468	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017355	CAAAA	2	10	159849	159858	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017355	AAAAC	2	10	162676	162685	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017355	TTTAA	2	10	176687	176696	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017355	AAACA	2	10	201167	201176	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017355	AAGCG	2	10	218537	218546	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017355	AACAG	2	10	220363	220372	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017355	AAATT	2	10	243383	243392	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017355	CAATC	2	10	252449	252458	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
27	NC_017355	CTCTT	2	10	257238	257247	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_017355	AAATA	2	10	269366	269375	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017355	GTTTT	2	10	274980	274989	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017355	TTATA	2	10	318199	318208	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017355	AAGTT	2	10	324800	324809	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017355	GATTT	2	10	329621	329630	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017355	TTGTG	2	10	332994	333003	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017355	AAAAG	2	10	352464	352473	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017355	AAAGG	2	10	411106	411115	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017355	TTAAT	2	10	412717	412726	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017355	ATAAA	2	10	422867	422876	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017355	AAAAT	2	10	422901	422910	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017355	GTTTT	2	10	430976	430985	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017355	TCTTT	2	10	434925	434934	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017355	TTAGG	2	10	434988	434997	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017355	AATAA	2	10	435778	435787	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017355	CTTGT	2	10	439649	439658	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017355	TAACA	2	10	443621	443630	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_017355	AATAA	2	10	445014	445023	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017355	TAAAA	2	10	445106	445115	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017355	AAAAT	2	10	449745	449754	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017355	TATCC	2	10	459891	459900	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_017355	AGTTT	2	10	465850	465859	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017355	ATTTT	2	10	467106	467115	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017355	CGTTC	2	10	469529	469538	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_017355	TAACT	2	10	470180	470189	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017355	AGGCT	2	10	478484	478493	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_017355	TTTAT	2	10	483957	483966	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017355	TAAAA	2	10	484246	484255	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017355	ATTTA	2	10	509315	509324	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017355	GCATT	2	10	514181	514190	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_017355	TTTCT	2	10	514219	514228	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017355	TAGAT	2	10	515809	515818	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017355	GCATT	2	10	529840	529849	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017355	TTTCT	2	10	529878	529887	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017355	ATTTT	2	10	536334	536343	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017355	TTGTA	2	10	540383	540392	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017355	TAAGG	2	10	579033	579042	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017355	ATTTT	2	10	579260	579269	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017355	AAAAT	2	10	584602	584611	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017355	ATTTG	2	10	585179	585188	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017355	TAAAA	2	10	606577	606586	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017355	TTTAA	2	10	611198	611207	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017355	TTTAA	2	10	633835	633844	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017355	TGCAA	2	10	664304	664313	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017355	AGGTT	2	10	664385	664394	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017355	GCTTT	2	10	664759	664768	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_017355	TCTAT	2	10	665246	665255	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017355	GAAAA	2	10	665360	665369	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017355	CAAAA	2	10	665551	665560	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017355	AAAGC	2	10	666684	666693	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_017355	ATTTT	2	10	672559	672568	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017355	TGTTT	2	10	681054	681063	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017355	CTTAT	2	10	682501	682510	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017355	TAAAT	2	10	685735	685744	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017355	AAAAC	2	10	691561	691570	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017355	ATCAA	2	10	715593	715602	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017355	ATTAA	2	10	718035	718044	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017355	ATTTA	2	10	723744	723753	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017355	ATTTT	2	10	741006	741015	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017355	TCTTT	2	10	760697	760706	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017355	CACCC	2	10	768173	768182	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
89	NC_017355	TTTTA	2	10	778392	778401	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017355	TTTTA	2	10	787617	787626	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017355	AATTG	2	10	794401	794410	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017355	AAATA	2	10	839526	839535	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017355	CCCTA	2	10	855654	855663	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
94	NC_017355	TTTAT	2	10	855676	855685	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017355	TTTCT	2	10	856155	856164	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017355	TTTTG	2	10	859436	859445	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017355	AATTT	2	10	860441	860450	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017355	ATTTC	2	10	860566	860575	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017355	TTTAA	2	10	874352	874361	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017355	ATTTT	2	10	879055	879064	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017355	TATAA	2	10	888429	888438	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017355	GAAAG	2	10	891572	891581	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017355	TTAAA	2	10	899785	899794	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017355	AAAAG	2	10	899807	899816	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017355	TCGTA	2	10	905115	905124	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017355	TAAAA	2	10	908606	908615	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017355	GCGTG	2	10	917088	917097	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017355	TCAAG	2	10	939812	939821	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017355	AGATT	2	10	953005	953014	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017355	AAACA	2	10	962741	962750	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_017355	GACTT	2	10	974413	974422	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017355	TCTCA	2	10	1000435	1000444	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
113	NC_017355	AAACC	2	10	1021176	1021185	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
114	NC_017355	AAAGA	2	10	1021226	1021235	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017355	TTCAA	2	10	1022616	1022625	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_017355	CTCAT	2	10	1022846	1022855	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
117	NC_017355	TCACT	2	10	1024324	1024333	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_017355	TACTT	2	10	1024623	1024632	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017355	TAACT	2	10	1024817	1024826	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017355	AAAAT	2	10	1027732	1027741	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017355	AGCGA	2	10	1028698	1028707	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
122	NC_017355	AACGA	2	10	1028798	1028807	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017355	ATTTA	2	10	1029385	1029394	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017355	CAACA	2	10	1030090	1030099	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_017355	TTGGA	2	10	1035774	1035783	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017355	AAAAT	2	10	1050929	1050938	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017355	AACCT	2	10	1058593	1058602	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
128	NC_017355	TTCTC	2	10	1077505	1077514	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
129	NC_017355	ATCGT	2	10	1077758	1077767	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_017355	TAAAA	2	10	1083381	1083390	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017355	TGAAA	2	10	1097709	1097718	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017355	TTTAA	2	10	1098067	1098076	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017355	TGATT	2	10	1109356	1109365	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017355	AAATC	2	10	1111395	1111404	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017355	AAAAC	2	10	1116239	1116248	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_017355	AAAAC	2	10	1126920	1126929	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_017355	TTCAT	2	10	1127199	1127208	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017355	ATATT	2	10	1144145	1144154	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017355	GATTT	2	10	1145491	1145500	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017355	AATTT	2	10	1145527	1145536	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017355	AAACA	2	10	1145980	1145989	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_017355	CACGA	2	10	1146919	1146928	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
143	NC_017355	TTACC	2	10	1147717	1147726	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
144	NC_017355	TTAAA	2	10	1155845	1155854	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017355	TAAAA	2	10	1166598	1166607	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017355	TTAAT	2	10	1181254	1181263	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017355	TATTT	2	10	1181290	1181299	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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185	NC_017355	ATTTA	2	10	1389299	1389308	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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195	NC_017355	CATTC	2	10	1439601	1439610	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.