MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Shigella flexneri 2002017 plasmid pSFxv_3

Total Repeats: 79

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017329	CCG	2	6	40	45	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_017329	TGG	2	6	131	136	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017329	CTG	2	6	137	142	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017329	CCA	2	6	411	416	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384541561
5	NC_017329	TCT	2	6	495	500	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384541561
6	NC_017329	CGC	2	6	565	570	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384541561
7	NC_017329	CTG	2	6	636	641	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384541561
8	NC_017329	TGC	2	6	651	656	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384541561
9	NC_017329	AAC	2	6	777	782	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_017329	ATG	2	6	820	825	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541562
11	NC_017329	AAC	2	6	826	831	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384541562
12	NC_017329	AAT	2	6	1151	1156	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017329	TTC	2	6	1249	1254	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_017329	CAT	2	6	1323	1328	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_017329	GAA	2	6	1476	1481	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017329	GGT	2	6	1596	1601	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017329	TTG	2	6	1602	1607	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017329	GTT	2	6	1793	1798	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384541563
19	NC_017329	CTC	2	6	1803	1808	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384541563
20	NC_017329	CTG	2	6	1869	1874	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384541563
21	NC_017329	CTG	2	6	1890	1895	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384541563
22	NC_017329	CCT	2	6	1949	1954	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384541563
23	NC_017329	CAG	2	6	2179	2184	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384541563
24	NC_017329	GTA	2	6	2278	2283	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017329	GGT	2	6	2389	2394	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384541564
26	NC_017329	ATG	2	6	2426	2431	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541564
27	NC_017329	GGT	3	9	2470	2478	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384541564
28	NC_017329	TGG	2	6	2481	2486	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384541564
29	NC_017329	ATA	2	6	2492	2497	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384541564
30	NC_017329	TCA	2	6	2531	2536	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384541564
31	NC_017329	GAA	2	6	2568	2573	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384541564
32	NC_017329	CTG	2	6	2594	2599	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384541564
33	NC_017329	TAA	2	6	2604	2609	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384541564
34	NC_017329	CAT	2	6	2617	2622	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384541564
35	NC_017329	GGC	2	6	2803	2808	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384541565
36	NC_017329	GAA	2	6	2966	2971	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384541565
37	NC_017329	GCG	2	6	3091	3096	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384541565
38	NC_017329	GCC	2	6	3110	3115	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384541565
39	NC_017329	TGA	2	6	3124	3129	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541565
40	NC_017329	AAC	2	6	3141	3146	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384541565
41	NC_017329	CTC	2	6	3360	3365	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384541566
42	NC_017329	GTC	2	6	3501	3506	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384541566
43	NC_017329	GGC	2	6	3534	3539	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384541566
44	NC_017329	ATG	2	6	3604	3609	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541566
45	NC_017329	ATG	2	6	3615	3620	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541566
46	NC_017329	TCA	2	6	3659	3664	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384541566
47	NC_017329	CGC	2	6	3681	3686	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384541566
48	NC_017329	ATC	2	6	3720	3725	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384541566
49	NC_017329	TCA	2	6	3985	3990	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384541566
50	NC_017329	TCT	2	6	3997	4002	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384541566
51	NC_017329	GGC	2	6	4126	4131	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384541566
52	NC_017329	CTG	2	6	4309	4314	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384541567
53	NC_017329	GCC	2	6	4321	4326	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384541567
54	NC_017329	CCA	2	6	4366	4371	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384541567
55	NC_017329	AAC	2	6	4403	4408	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384541567
56	NC_017329	GCG	2	6	4477	4482	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384541567
57	NC_017329	AAG	2	6	4503	4508	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384541567
58	NC_017329	TGC	2	6	4620	4625	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384541567
59	NC_017329	GCC	2	6	4671	4676	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384541567
60	NC_017329	TCC	2	6	4722	4727	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384541567
61	NC_017329	TGA	2	6	4735	4740	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541567
62	NC_017329	CGG	2	6	4809	4814	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384541567
63	NC_017329	CAC	2	6	4849	4854	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384541567
64	NC_017329	TGA	2	6	4963	4968	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017329	GCC	2	6	5031	5036	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384541568
66	NC_017329	GCG	3	9	5100	5108	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384541568
67	NC_017329	AGC	2	6	5267	5272	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384541568
68	NC_017329	CGC	2	6	5363	5368	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384541568
69	NC_017329	ATG	2	6	5379	5384	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541568
70	NC_017329	ACG	2	6	5439	5444	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384541568
71	NC_017329	GAT	2	6	5454	5459	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541568
72	NC_017329	CAC	2	6	5521	5526	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384541568
73	NC_017329	GCG	2	6	5649	5654	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384541568
74	NC_017329	ATG	2	6	5799	5804	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541568
75	NC_017329	TAA	4	12	5830	5841	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017329	ATG	3	9	5920	5928	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017329	CTT	2	6	5993	5998	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_017329	TGC	2	6	6002	6007	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017329	TCT	2	6	6110	6115	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.