MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Shigella flexneri 2002017 chromosome

Total Repeats: 3152

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017328	CGCTG	2	10	692	701	0 %	20 %	40 %	40 %	384541582
2	NC_017328	ATTGC	2	10	3395	3404	20 %	40 %	20 %	20 %	384541583
3	NC_017328	TGCGT	2	10	4986	4995	0 %	40 %	40 %	20 %	384541584
4	NC_017328	CGCAG	2	10	8359	8368	20 %	0 %	40 %	40 %	384541587
5	NC_017328	CGTAC	2	10	9787	9796	20 %	20 %	20 %	40 %	384541588
6	NC_017328	CGCGC	2	10	10774	10783	0 %	0 %	40 %	60 %	384541590
7	NC_017328	TCTTT	2	10	11867	11876	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017328	CCGAT	2	10	16491	16500	20 %	20 %	20 %	40 %	384541596
9	NC_017328	AGCGA	2	10	16879	16888	40 %	0 %	40 %	20 %	384541596
10	NC_017328	ATCAC	2	10	19074	19083	40 %	20 %	0 %	40 %	384541598
11	NC_017328	ATTTA	2	10	28145	28154	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017328	CATCG	2	10	29586	29595	20 %	20 %	20 %	40 %	384541609
13	NC_017328	GCGAA	2	10	31383	31392	40 %	0 %	40 %	20 %	384541610
14	NC_017328	CACGG	2	10	32654	32663	20 %	0 %	40 %	40 %	384541610
15	NC_017328	CGAAT	2	10	35364	35373	40 %	20 %	20 %	20 %	384541614
16	NC_017328	CCATG	2	10	36902	36911	20 %	20 %	20 %	40 %	384541615
17	NC_017328	CCGTA	2	10	38548	38557	20 %	20 %	20 %	40 %	384541616
18	NC_017328	GTACA	2	10	39038	39047	40 %	20 %	20 %	20 %	384541616
19	NC_017328	TTAAA	2	10	39286	39295	60 %	40 %	0 %	0 %	384541616
20	NC_017328	ACCCA	2	10	40029	40038	40 %	0 %	0 %	60 %	384541617
21	NC_017328	TGATC	2	10	41540	41549	20 %	40 %	20 %	20 %	384541618
22	NC_017328	CGGCG	2	10	41789	41798	0 %	0 %	60 %	40 %	384541618
23	NC_017328	AATCA	2	10	42071	42080	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017328	CGGTT	2	10	43026	43035	0 %	40 %	40 %	20 %	384541619
25	NC_017328	GTGAT	2	10	43421	43430	20 %	40 %	40 %	0 %	384541619
26	NC_017328	TGGCG	2	10	44718	44727	0 %	20 %	60 %	20 %	384541621
27	NC_017328	TGCAC	2	10	46483	46492	20 %	20 %	20 %	40 %	384541622
28	NC_017328	AGGGC	2	10	47568	47577	20 %	0 %	60 %	20 %	384541623
29	NC_017328	GAAAC	2	10	48415	48424	60 %	0 %	20 %	20 %	384541623
30	NC_017328	AACGT	2	10	50326	50335	40 %	20 %	20 %	20 %	384541627
31	NC_017328	CCCCA	2	10	52805	52814	20 %	0 %	0 %	80 %	384541630
32	NC_017328	GCGTC	2	10	53310	53319	0 %	20 %	40 %	40 %	384541630
33	NC_017328	ATGTT	2	10	54124	54133	20 %	60 %	20 %	0 %	384541631
34	NC_017328	CTTCG	2	10	54557	54566	0 %	40 %	20 %	40 %	384541631
35	NC_017328	TGCGT	2	10	54843	54852	0 %	40 %	40 %	20 %	384541631
36	NC_017328	AAAGT	2	10	60577	60586	60 %	20 %	20 %	0 %	384541634
37	NC_017328	AGTCG	2	10	61546	61555	20 %	20 %	40 %	20 %	384541635
38	NC_017328	GGTGA	2	10	62825	62834	20 %	20 %	60 %	0 %	384541635
39	NC_017328	TCGCG	2	10	65463	65472	0 %	20 %	40 %	40 %	384541637
40	NC_017328	TAGTG	2	10	72941	72950	20 %	40 %	40 %	0 %	384541644
41	NC_017328	ATTTT	2	10	74657	74666	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017328	CTGGA	2	10	75729	75738	20 %	20 %	40 %	20 %	384541646
43	NC_017328	CTGGT	2	10	79022	79031	0 %	40 %	40 %	20 %	384541649
44	NC_017328	GACCG	2	10	79570	79579	20 %	0 %	40 %	40 %	384541650
45	NC_017328	ATGTT	2	10	82118	82127	20 %	60 %	20 %	0 %	384541651
46	NC_017328	AAAAC	2	10	82533	82542	80 %	0 %	0 %	20 %	384541651
47	NC_017328	TGCAT	2	10	83060	83069	20 %	40 %	20 %	20 %	384541652
48	NC_017328	ATTCC	2	10	83230	83239	20 %	40 %	0 %	40 %	384541652
49	NC_017328	GTGAT	2	10	86778	86787	20 %	40 %	40 %	0 %	384541658
50	NC_017328	AGTTC	2	10	89100	89109	20 %	40 %	20 %	20 %	384541660
51	NC_017328	CGTGG	2	10	90473	90482	0 %	20 %	60 %	20 %	384541662
52	NC_017328	TATCG	2	10	90980	90989	20 %	40 %	20 %	20 %	384541662
53	NC_017328	GCCTG	2	10	95312	95321	0 %	20 %	40 %	40 %	384541666
54	NC_017328	ACCGT	2	10	97225	97234	20 %	20 %	20 %	40 %	384541667
55	NC_017328	ATCAG	2	10	98998	99007	40 %	20 %	20 %	20 %	384541669
56	NC_017328	AGCCG	2	10	100766	100775	20 %	0 %	40 %	40 %	384541670
57	NC_017328	GCGCA	2	10	103094	103103	20 %	0 %	40 %	40 %	384541672
58	NC_017328	TGGCG	2	10	104088	104097	0 %	20 %	60 %	20 %	384541673
59	NC_017328	CCGGC	2	10	107058	107067	0 %	0 %	40 %	60 %	384541676
60	NC_017328	CGCGG	2	10	110267	110276	0 %	0 %	60 %	40 %	384541680
61	NC_017328	ATCCC	2	10	112511	112520	20 %	20 %	0 %	60 %	384541684
62	NC_017328	CATCG	2	10	112524	112533	20 %	20 %	20 %	40 %	384541684
63	NC_017328	AACGC	2	10	113219	113228	40 %	0 %	20 %	40 %	384541684
64	NC_017328	ATGCC	2	10	113677	113686	20 %	20 %	20 %	40 %	384541684
65	NC_017328	AATGC	2	10	114722	114731	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017328	TCTGT	2	10	115668	115677	0 %	60 %	20 %	20 %	384541686
67	NC_017328	AGCAG	2	10	118099	118108	40 %	0 %	40 %	20 %	384541689
68	NC_017328	CGAAG	2	10	120014	120023	40 %	0 %	40 %	20 %	384541690
69	NC_017328	ACACG	2	10	120147	120156	40 %	0 %	20 %	40 %	384541690
70	NC_017328	TCGCG	2	10	120408	120417	0 %	20 %	40 %	40 %	384541690
71	NC_017328	GCATC	2	10	120498	120507	20 %	20 %	20 %	40 %	384541690
72	NC_017328	GACTG	2	10	121816	121825	20 %	20 %	40 %	20 %	384541691
73	NC_017328	AGAGC	2	10	122226	122235	40 %	0 %	40 %	20 %	384541691
74	NC_017328	AGGCG	2	10	127486	127495	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017328	GGTTG	2	10	128239	128248	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017328	TCTGG	2	10	130885	130894	0 %	40 %	40 %	20 %	384541694
77	NC_017328	GCGAT	2	10	132081	132090	20 %	20 %	40 %	20 %	384541695
78	NC_017328	GGGCA	2	10	132296	132305	20 %	0 %	60 %	20 %	384541695
79	NC_017328	CAGCG	2	10	132575	132584	20 %	0 %	40 %	40 %	384541696
80	NC_017328	ACGAC	2	10	133855	133864	40 %	0 %	20 %	40 %	384541697
81	NC_017328	GCGCG	2	10	138614	138623	0 %	0 %	60 %	40 %	384541700
82	NC_017328	CCGTC	2	10	139405	139414	0 %	20 %	20 %	60 %	384541701
83	NC_017328	GTGAA	2	10	139415	139424	40 %	20 %	40 %	0 %	384541701
84	NC_017328	GGCAT	2	10	139577	139586	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_017328	GTTCA	2	10	139802	139811	20 %	40 %	20 %	20 %	384541702
86	NC_017328	ATCCA	2	10	140128	140137	40 %	20 %	0 %	40 %	384541702
87	NC_017328	GTAAG	2	10	140341	140350	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017328	CTTTA	2	10	141391	141400	20 %	60 %	0 %	20 %	384541704
89	NC_017328	TGGCG	2	10	141618	141627	0 %	20 %	60 %	20 %	384541704
90	NC_017328	TCCTC	2	10	142061	142070	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
91	NC_017328	TTTCA	2	10	143931	143940	20 %	60 %	0 %	20 %	384541707
92	NC_017328	TGAAG	2	10	147154	147163	40 %	20 %	40 %	0 %	384541711
93	NC_017328	ACCGC	2	10	147259	147268	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
94	NC_017328	GCGGT	2	10	147278	147287	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017328	GTGAT	2	10	147973	147982	20 %	40 %	40 %	0 %	384541713
96	NC_017328	GCGAG	2	10	149691	149700	20 %	0 %	60 %	20 %	384541715
97	NC_017328	GGCGT	2	10	150129	150138	0 %	20 %	60 %	20 %	384541715
98	NC_017328	ATCAG	2	10	150767	150776	40 %	20 %	20 %	20 %	384541716
99	NC_017328	ACCAC	2	10	153032	153041	40 %	0 %	0 %	60 %	384541719
100	NC_017328	GGCGT	2	10	154735	154744	0 %	20 %	60 %	20 %	384541720
101	NC_017328	CGACG	2	10	155774	155783	20 %	0 %	40 %	40 %	384541720
102	NC_017328	TTATC	2	10	158686	158695	20 %	60 %	0 %	20 %	384541722
103	NC_017328	AAAAC	2	10	159761	159770	80 %	0 %	0 %	20 %	384541723
104	NC_017328	TGGTT	2	10	160018	160027	0 %	60 %	40 %	0 %	384541723
105	NC_017328	AACCT	2	10	162099	162108	40 %	20 %	0 %	40 %	384541725
106	NC_017328	TGGTC	2	10	162141	162150	0 %	40 %	40 %	20 %	384541725
107	NC_017328	TGGCG	2	10	163386	163395	0 %	20 %	60 %	20 %	384541726
108	NC_017328	CGGCG	2	10	164016	164025	0 %	0 %	60 %	40 %	384541726
109	NC_017328	TGGTG	2	10	164028	164037	0 %	40 %	60 %	0 %	384541726
110	NC_017328	TTCCA	2	10	164627	164636	20 %	40 %	0 %	40 %	384541726
111	NC_017328	GGTCC	2	10	168950	168959	0 %	20 %	40 %	40 %	384541731
112	NC_017328	ACGGG	2	10	170867	170876	20 %	0 %	60 %	20 %	384541733
113	NC_017328	GTGAT	2	10	173026	173035	20 %	40 %	40 %	0 %	384541734
114	NC_017328	GTGAT	2	10	173317	173326	20 %	40 %	40 %	0 %	384541734
115	NC_017328	TACGT	2	10	173562	173571	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_017328	GCCAG	2	10	177034	177043	20 %	0 %	40 %	40 %	384541737
117	NC_017328	GTTCT	2	10	178475	178484	0 %	60 %	20 %	20 %	384541737
118	NC_017328	CTGAA	2	10	180467	180476	40 %	20 %	20 %	20 %	384541739
119	NC_017328	AAGCG	2	10	180531	180540	40 %	0 %	40 %	20 %	384541739
120	NC_017328	TGGTG	2	10	182437	182446	0 %	40 %	60 %	0 %	384541742
121	NC_017328	TGCAC	2	10	182563	182572	20 %	20 %	20 %	40 %	384541742
122	NC_017328	TGCGC	2	10	182956	182965	0 %	20 %	40 %	40 %	384541742
123	NC_017328	AAATA	2	10	183178	183187	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017328	GTCTG	2	10	183263	183272	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017328	CATGG	2	10	184799	184808	20 %	20 %	40 %	20 %	384541744
126	NC_017328	CAGAT	2	10	185838	185847	40 %	20 %	20 %	20 %	384541745
127	NC_017328	ACTTT	2	10	185971	185980	20 %	60 %	0 %	20 %	384541745
128	NC_017328	GTTGG	2	10	186382	186391	0 %	40 %	60 %	0 %	384541746
129	NC_017328	GACGT	2	10	189891	189900	20 %	20 %	40 %	20 %	384541748
130	NC_017328	CGACG	2	10	191718	191727	20 %	0 %	40 %	40 %	384541750
131	NC_017328	ATGCC	2	10	194286	194295	20 %	20 %	20 %	40 %	384541753
132	NC_017328	ACCGC	2	10	195625	195634	20 %	0 %	20 %	60 %	384541755
133	NC_017328	GTAAC	2	10	196355	196364	40 %	20 %	20 %	20 %	384541755
134	NC_017328	AGCCG	2	10	196983	196992	20 %	0 %	40 %	40 %	384541755
135	NC_017328	GGTGG	2	10	197092	197101	0 %	20 %	80 %	0 %	384541755
136	NC_017328	TTAAC	2	10	205235	205244	40 %	40 %	0 %	20 %	384541762
137	NC_017328	TGCGC	2	10	206447	206456	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
138	NC_017328	ACGGT	2	10	208102	208111	20 %	20 %	40 %	20 %	384541766
139	NC_017328	TGATT	2	10	210943	210952	20 %	60 %	20 %	0 %	384541769
140	NC_017328	CGGTT	2	10	213906	213915	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017328	GGCAA	2	10	221610	221619	40 %	0 %	40 %	20 %	384541774
142	NC_017328	GTGAA	2	10	224212	224221	40 %	20 %	40 %	0 %	384541777
143	NC_017328	TAATT	2	10	224396	224405	40 %	60 %	0 %	0 %	384541777
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149	NC_017328	GCCAT	2	10	231185	231194	20 %	20 %	20 %	40 %	384541786
150	NC_017328	CGCCA	2	10	231789	231798	20 %	0 %	20 %	60 %	384541786
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152	NC_017328	ACCGG	2	10	233520	233529	20 %	0 %	40 %	40 %	384541788
153	NC_017328	GCACT	2	10	235795	235804	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
154	NC_017328	AGTGG	2	10	235902	235911	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017328	TGGGC	2	10	237407	237416	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
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157	NC_017328	CAGAC	2	10	240946	240955	40 %	0 %	20 %	40 %	384541795
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162	NC_017328	CCCAT	2	10	253513	253522	20 %	20 %	0 %	60 %	384541808
163	NC_017328	TTGCG	2	10	254762	254771	0 %	40 %	40 %	20 %	384541810
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172	NC_017328	TCCGT	2	10	267721	267730	0 %	40 %	20 %	40 %	384541827
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174	NC_017328	ATCAC	2	10	272881	272890	40 %	20 %	0 %	40 %	384541832
175	NC_017328	ATTTT	2	10	273311	273320	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_017328	GGGAA	2	10	274053	274062	40 %	0 %	60 %	0 %	384541835
177	NC_017328	GCATT	2	10	274613	274622	20 %	40 %	20 %	20 %	384541837
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197	NC_017328	AGCGA	2	10	309137	309146	40 %	0 %	40 %	20 %	384541870
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201	NC_017328	CAGTG	2	10	316475	316484	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
202	NC_017328	GCTTT	2	10	316919	316928	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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247	NC_017328	AGCGT	2	10	385829	385838	20 %	20 %	40 %	20 %	384541968
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255	NC_017328	GCCCG	2	10	402485	402494	0 %	0 %	40 %	60 %	384541983
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257	NC_017328	CTGGT	2	10	404159	404168	0 %	40 %	40 %	20 %	384541987
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259	NC_017328	TCGAT	2	10	410236	410245	20 %	40 %	20 %	20 %	384541993
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262	NC_017328	AACAA	2	10	415534	415543	80 %	0 %	0 %	20 %	384541997
263	NC_017328	GCGTC	2	10	418698	418707	0 %	20 %	40 %	40 %	384542001
264	NC_017328	GTCGT	2	10	418928	418937	0 %	40 %	40 %	20 %	384542001
265	NC_017328	TCAGG	2	10	421809	421818	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
266	NC_017328	CGACC	2	10	422559	422568	20 %	0 %	20 %	60 %	384542004
267	NC_017328	TGAGT	2	10	428158	428167	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
268	NC_017328	CAACA	2	10	428451	428460	60 %	0 %	0 %	40 %	384542009
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270	NC_017328	TTGCC	2	10	429120	429129	0 %	40 %	20 %	40 %	384542010
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282	NC_017328	TCAGG	2	10	459180	459189	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
283	NC_017328	GGCGT	2	10	459217	459226	0 %	20 %	60 %	20 %	384542035
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384	NC_017328	TCGGC	2	10	604593	604602	0 %	20 %	40 %	40 %	384542170
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391	NC_017328	AAAAT	2	10	618103	618112	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
392	NC_017328	TCACA	2	10	618603	618612	40 %	20 %	0 %	40 %	384542182
393	NC_017328	GATGG	2	10	622652	622661	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
394	NC_017328	AATTT	2	10	622945	622954	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
395	NC_017328	CGCCT	2	10	623138	623147	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
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397	NC_017328	CAACC	2	10	624747	624756	40 %	0 %	0 %	60 %	384542186
398	NC_017328	GCGCA	2	10	626868	626877	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
399	NC_017328	GGCGA	2	10	630967	630976	20 %	0 %	60 %	20 %	384542191
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497	NC_017328	CGCCC	2	10	796081	796090	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
498	NC_017328	TGCGC	2	10	796624	796633	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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