MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Shigella flexneri 2002017 plasmid pSFxv_2

Total Repeats: 86

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017320	GTG	2	6	3	8	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017320	GCG	2	6	143	148	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384541570
3	NC_017320	GAC	2	6	169	174	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384541570
4	NC_017320	AGA	2	6	179	184	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384541570
5	NC_017320	TGG	2	6	194	199	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384541570
6	NC_017320	GAA	2	6	207	212	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384541570
7	NC_017320	TGA	2	6	257	262	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541570
8	NC_017320	AAC	2	6	398	403	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384541570
9	NC_017320	CAG	2	6	429	434	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384541571
10	NC_017320	AGC	2	6	544	549	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384541571
11	NC_017320	AGC	2	6	577	582	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384541571
12	NC_017320	CAG	2	6	597	602	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384541571
13	NC_017320	GAT	2	6	662	667	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541571
14	NC_017320	GCC	2	6	1025	1030	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384541572
15	NC_017320	AAT	2	6	1235	1240	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384541572
16	NC_017320	AGG	2	6	1315	1320	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017320	AGG	2	6	1336	1341	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017320	GGC	2	6	1429	1434	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017320	TAT	2	6	1459	1464	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017320	TAA	2	6	1490	1495	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017320	TTA	2	6	1552	1557	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384541573
22	NC_017320	TGT	2	6	1693	1698	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384541573
23	NC_017320	TTG	2	6	1729	1734	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384541573
24	NC_017320	ATT	2	6	1800	1805	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384541573
25	NC_017320	CAA	2	6	1819	1824	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384541573
26	NC_017320	TAT	2	6	1831	1836	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384541573
27	NC_017320	TCT	2	6	1860	1865	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384541573
28	NC_017320	TTA	2	6	1926	1931	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384541573
29	NC_017320	TGA	2	6	1968	1973	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541573
30	NC_017320	CAT	2	6	1999	2004	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384541573
31	NC_017320	AGA	2	6	2062	2067	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384541573
32	NC_017320	GTT	2	6	2071	2076	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384541573
33	NC_017320	ATA	2	6	2098	2103	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384541573
34	NC_017320	TCC	2	6	2151	2156	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384541573
35	NC_017320	ACC	2	6	2357	2362	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384541573
36	NC_017320	ATG	2	6	2374	2379	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541573
37	NC_017320	GTT	2	6	2432	2437	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384541573
38	NC_017320	TAT	2	6	2552	2557	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384541573
39	NC_017320	ATG	2	6	2668	2673	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541573
40	NC_017320	ATA	2	6	2716	2721	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384541573
41	NC_017320	CAA	2	6	2728	2733	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384541573
42	NC_017320	ATG	2	6	2782	2787	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541573
43	NC_017320	GTA	2	6	2818	2823	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541573
44	NC_017320	TGC	2	6	2905	2910	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384541573
45	NC_017320	AAT	2	6	2957	2962	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384541573
46	NC_017320	AAT	2	6	3023	3028	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384541573
47	NC_017320	GTT	2	6	3071	3076	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017320	ATT	2	6	3224	3229	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017320	CAA	2	6	3230	3235	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017320	TAT	2	6	3247	3252	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017320	CCT	2	6	3361	3366	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_017320	GTT	2	6	3737	3742	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017320	CTG	2	6	3794	3799	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_017320	GTG	2	6	3812	3817	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017320	GCA	2	6	3922	3927	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_017320	TAC	2	6	4164	4169	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_017320	ACC	2	6	4243	4248	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_017320	ATG	2	6	4285	4290	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541575
59	NC_017320	AAC	2	6	4291	4296	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384541575
60	NC_017320	GCC	2	6	4394	4399	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384541575
61	NC_017320	GGT	2	6	4494	4499	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017320	ACA	2	6	4715	4720	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_017320	TAT	2	6	4770	4775	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017320	GAA	2	6	4880	4885	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384541576
65	NC_017320	AGA	3	9	5108	5116	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384541576
66	NC_017320	GAA	2	6	5159	5164	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384541576
67	NC_017320	AGT	2	6	5187	5192	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017320	GAA	2	6	5315	5320	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384541577
69	NC_017320	GGT	2	6	5435	5440	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384541577
70	NC_017320	TTG	2	6	5441	5446	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384541577
71	NC_017320	GCT	2	6	5626	5631	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384541578
72	NC_017320	TTG	2	6	5733	5738	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384541578
73	NC_017320	TTG	2	6	5834	5839	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384541578
74	NC_017320	GGT	2	6	6039	6044	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384541579
75	NC_017320	TCT	2	6	6060	6065	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384541579
76	NC_017320	GGT	2	6	6126	6131	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384541579
77	NC_017320	CAG	2	6	6182	6187	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384541579
78	NC_017320	CCA	2	6	6233	6238	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384541579
79	NC_017320	CAC	2	6	6256	6261	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384541579
80	NC_017320	GCT	2	6	6298	6303	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384541579
81	NC_017320	GCA	2	6	6366	6371	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_017320	CCA	2	6	6527	6532	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384541580
83	NC_017320	CCA	2	6	6573	6578	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384541580
84	NC_017320	CGC	2	6	6726	6731	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_017320	CTG	2	6	6797	6802	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_017320	GCC	2	6	6813	6818	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.