MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Shigella flexneri 2002017 plasmid pSFxv_1

Total Repeats: 83

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017319	GCAGAA	2	12	3250	3261	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_017319	GGTTCG	2	12	6655	6666	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384545975
3	NC_017319	CCCTTC	2	12	13944	13955	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384545986
4	NC_017319	GCCGGA	2	12	15483	15494	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	384545987
5	NC_017319	AGGGAA	2	12	19427	19438	50 %	0 %	50 %	0 %	384545993
6	NC_017319	CAGGAG	2	12	23437	23448	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	384545998
7	NC_017319	TATCGA	2	12	36776	36787	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384546020
8	NC_017319	TTCCAT	2	12	38707	38718	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384546023
9	NC_017319	AATCTG	2	12	39280	39291	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384546024
10	NC_017319	CTGGCT	2	12	41777	41788	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384546026
11	NC_017319	GATGCG	2	12	42791	42802	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384546026
12	NC_017319	GCAGAA	2	12	44088	44099	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384546028
13	NC_017319	CGGCTT	2	12	44661	44672	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384546029
14	NC_017319	CTCAGA	2	12	44770	44781	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384546030
15	NC_017319	CAAAAC	2	12	44821	44832	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384546030
16	NC_017319	TTCCAT	2	12	49588	49599	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384546037
17	NC_017319	AATCTG	2	12	50161	50172	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384546038
18	NC_017319	GCAGAA	2	12	51414	51425	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384546040
19	NC_017319	GGCGGA	2	12	51672	51683	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	384546041
20	NC_017319	TGGCGG	2	12	52464	52475	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	384546042
21	NC_017319	GCATCA	2	12	54147	54158	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384546043
22	NC_017319	ATGCTG	2	12	59866	59877	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384546049
23	NC_017319	ATGAAG	2	12	60302	60313	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384546049
24	NC_017319	TAATTT	2	12	61903	61914	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017319	AACTCA	2	12	62258	62269	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384546053
26	NC_017319	GATGCG	2	12	63773	63784	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384546053
27	NC_017319	GCATAA	2	12	63912	63923	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017319	GATGCG	2	12	65964	65975	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384546054
29	NC_017319	GCAGAA	2	12	67261	67272	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384546056
30	NC_017319	TCCGCC	2	12	70510	70521	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	384546061
31	NC_017319	ACTCTG	2	12	70685	70696	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384546061
32	NC_017319	CGTAAA	2	12	79861	79872	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384546074
33	NC_017319	GGTTCG	2	12	87560	87571	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384546086
34	NC_017319	ATTAAA	2	12	89264	89275	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384546089
35	NC_017319	GAGATG	2	12	95528	95539	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017319	AAGCCG	2	12	95787	95798	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384546095
37	NC_017319	GCTCCT	2	12	101043	101054	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	384546101
38	NC_017319	TATCTT	2	12	102006	102017	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_017319	TGCTGA	2	12	102534	102545	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_017319	TTATAA	2	12	103948	103959	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017319	AGAGAA	2	12	105725	105736	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384546104
42	NC_017319	TATCTG	2	12	107771	107782	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384546106
43	NC_017319	GTTCAT	2	12	113052	113063	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384546111
44	NC_017319	TAAAAA	2	12	115408	115419	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384546113
45	NC_017319	GAAAAA	2	12	117375	117386	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384546115
46	NC_017319	AAGTGA	2	12	125198	125209	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384546126
47	NC_017319	AGTGAA	2	12	125319	125330	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384546126
48	NC_017319	GATGCG	2	12	125685	125696	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384546127
49	NC_017319	AGAAAA	2	12	126368	126379	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384546127
50	NC_017319	TTAATG	2	12	127710	127721	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384546128
51	NC_017319	CGGTTT	2	12	128713	128724	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384546129
52	NC_017319	ATTTAA	2	12	133125	133136	50 %	50 %	0 %	0 %	384546136
53	NC_017319	CGGCTT	2	12	135935	135946	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384546139
54	NC_017319	TTCATT	2	12	138982	138993	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384546147
55	NC_017319	GCAGAA	2	12	142932	142943	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384546156
56	NC_017319	GCCTGC	2	12	144839	144850	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
57	NC_017319	TAGTGA	2	12	148881	148892	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384546164
58	NC_017319	GGTTAT	2	12	149086	149097	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384546164
59	NC_017319	GCAGAA	2	12	153402	153413	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384546168
60	NC_017319	GATGTG	2	12	160245	160256	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	384546178
61	NC_017319	ACCGGA	2	12	164804	164815	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384546186
62	NC_017319	GGTTCG	2	12	168073	168084	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384546189
63	NC_017319	AAATGT	2	12	171195	171206	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384546194
64	NC_017319	TGCTGA	2	12	171769	171780	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384546194
65	NC_017319	CGTAAA	2	12	171919	171930	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384546195
66	NC_017319	TCAGAT	2	12	178335	178346	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384546207
67	NC_017319	ATGGAA	2	12	178909	178920	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384546208
68	NC_017319	GATGCG	2	12	182894	182905	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384546213
69	NC_017319	GCAGAA	2	12	187508	187519	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384546221
70	NC_017319	CCTGCT	2	12	189288	189299	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	384546225
71	NC_017319	CAGTTG	2	12	190093	190104	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384546225
72	NC_017319	CTTCAT	2	12	196173	196184	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384546230
73	NC_017319	GGTTCG	2	12	197204	197215	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384546231
74	NC_017319	ATGTGG	2	12	201439	201450	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	384546238
75	NC_017319	TGGGGC	2	12	201745	201756	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	384546238
76	NC_017319	TGCCCT	2	12	202538	202549	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	384546238
77	NC_017319	AACACG	2	12	203986	203997	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384546239
78	NC_017319	TGGGGA	2	12	204259	204270	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	384546239
79	NC_017319	CTTCCG	2	12	205396	205407	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
80	NC_017319	GGTTCG	2	12	206759	206770	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384546243
81	NC_017319	TCCGCA	2	12	213149	213160	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	384546255
82	NC_017319	AGCCAG	2	12	214165	214176	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384546255
83	NC_017319	AAGCCG	2	12	216293	216304	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384546258

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.