MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Shigella flexneri 2002017 plasmid pSFxv_1

Total Repeats: 43

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017319	CAGAG	2	10	5176	5185	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017319	ATGTA	2	10	10371	10380	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017319	GTCTG	2	10	13511	13520	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017319	GAACG	2	10	15979	15988	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017319	ATGAA	2	10	17598	17607	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017319	ATTAC	2	10	18843	18852	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_017319	TAACG	2	10	21530	21539	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017319	CGAGT	2	10	21632	21641	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017319	TGTTT	2	10	24254	24263	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017319	CCCAG	2	10	24484	24493	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
11	NC_017319	CGAGT	2	10	30080	30089	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017319	AGCGC	2	10	36133	36142	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_017319	ATGTC	2	10	37727	37736	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017319	CCTGA	2	10	40942	40951	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_017319	CTCTT	2	10	57037	57046	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_017319	AGCGC	2	10	72278	72287	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_017319	CAGAC	2	10	75168	75177	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_017319	CGTTC	2	10	79461	79470	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_017319	ACAAG	2	10	79630	79639	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017319	GTCAG	2	10	82926	82935	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017319	TAAGC	2	10	89665	89674	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017319	GTCTG	2	10	90683	90692	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017319	CCTGA	2	10	100266	100275	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_017319	TGGGG	2	10	103546	103555	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017319	TTTTA	2	10	103750	103759	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017319	TTTAT	2	10	103785	103794	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017319	CTTTA	2	10	112146	112155	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017319	TATCA	2	10	140354	140363	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017319	AAACA	2	10	140666	140675	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017319	TTCAT	2	10	144398	144407	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017319	AATAT	2	10	146561	146570	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017319	CGCGG	2	10	162903	162912	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
33	NC_017319	ACGGG	2	10	162954	162963	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017319	GCCAG	2	10	180013	180022	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
35	NC_017319	GCCCG	2	10	180212	180221	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
36	NC_017319	TTCAT	2	10	181300	181309	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017319	CAGGA	2	10	183532	183541	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017319	GTCTG	2	10	184619	184628	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017319	GGTGG	2	10	191226	191235	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017319	ATTTA	2	10	195652	195661	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017319	ACTTT	2	10	209043	209052	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017319	CCTGT	2	10	210529	210538	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_017319	ATGAA	2	10	220883	220892	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.