MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Desulfovibrio vulgaris RCH1 plasmid pDEVAL01

Total Repeats: 123

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017311	GGGCGT	2	12	168	179	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	387133887
2	NC_017311	CAAGCT	2	12	273	284	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	387133887
3	NC_017311	CAGCTT	2	12	2111	2122	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	387133889
4	NC_017311	ACGGGC	2	12	3737	3748	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	387133890
5	NC_017311	GCCCCG	2	12	4121	4132	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387133890
6	NC_017311	TTGACC	2	12	4430	4441	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	387133890
7	NC_017311	GTAGCC	2	12	5020	5031	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	387133891
8	NC_017311	AGGTCG	2	12	6158	6169	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	387133891
9	NC_017311	TGCCCG	2	12	10244	10255	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	387133894
10	NC_017311	GAGGTT	2	12	11595	11606	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	387133895
11	NC_017311	AACTCG	2	12	12681	12692	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	387133896
12	NC_017311	TGATCA	2	12	13138	13149	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	387133897
13	NC_017311	GGGCAT	2	12	23955	23966	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	387133906
14	NC_017311	TCGCCA	2	12	24699	24710	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	387133907
15	NC_017311	TGCCCG	2	12	25303	25314	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	387133907
16	NC_017311	TTGCAG	2	12	26900	26911	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387133909
17	NC_017311	TGGCAT	2	12	27918	27929	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387133910
18	NC_017311	CATCAG	2	12	29325	29336	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	387133911
19	NC_017311	GATGGA	2	12	29802	29813	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	387133911
20	NC_017311	CGGGGC	2	12	30825	30836	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387133912
21	NC_017311	TCCGTC	2	12	32112	32123	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	387133914
22	NC_017311	CCGAGG	2	12	32199	32210	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	387133914
23	NC_017311	AGAGCG	2	12	32710	32721	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	387133914
24	NC_017311	GGTCTC	2	12	34079	34090	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387133914
25	NC_017311	TGAAGA	2	12	34540	34551	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	387133914
26	NC_017311	CTGGCG	2	12	36378	36389	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	387133916
27	NC_017311	GGGCCG	2	12	37024	37035	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387133916
28	NC_017311	GGCGCA	2	12	37352	37363	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	387133916
29	NC_017311	CGCCCT	2	12	37736	37747	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	387133916
30	NC_017311	TGCTGG	2	12	38673	38684	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	387133917
31	NC_017311	GGGTGC	2	12	39501	39512	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	387133917
32	NC_017311	GCGGGG	2	12	41873	41884	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	387133919
33	NC_017311	CGGTGC	2	12	42613	42624	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	387133920
34	NC_017311	TGACGG	2	12	44537	44548	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	387133921
35	NC_017311	CCCCCG	2	12	44606	44617	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	387133921
36	NC_017311	GACGCA	2	12	44661	44672	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387133921
37	NC_017311	CAGGTG	2	12	44866	44877	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	387133921
38	NC_017311	ACAACG	2	12	45289	45300	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	387133922
39	NC_017311	CTTCGA	2	12	46127	46138	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	387133922
40	NC_017311	CGGGGC	2	12	48924	48935	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387133925
41	NC_017311	ACGCCA	2	12	50569	50580	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	387133926
42	NC_017311	CGCTGC	2	12	51646	51657	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	387133927
43	NC_017311	CCATGA	2	12	53461	53472	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	387133928
44	NC_017311	GTGGGG	2	12	53730	53741	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	387133928
45	NC_017311	GGTGGG	2	12	54374	54385	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	387133929
46	NC_017311	TGCGGC	2	12	54521	54532	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	387133929
47	NC_017311	CGCTGG	2	12	55477	55488	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	387133929
48	NC_017311	CGTGGA	2	12	60626	60637	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	387133935
49	NC_017311	CGCCCT	2	12	60968	60979	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	387133935
50	NC_017311	CGCGTC	2	12	61391	61402	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	387133935
51	NC_017311	GTCAGG	2	12	65185	65196	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	387133939
52	NC_017311	GCCTCG	2	12	66846	66857	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	387133939
53	NC_017311	GGGCGG	2	12	67968	67979	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	387133940
54	NC_017311	CCCGGT	2	12	70054	70065	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	387133941
55	NC_017311	GGGCTT	2	12	71217	71228	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	387133942
56	NC_017311	CGCGTG	2	12	71624	71635	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	387133942
57	NC_017311	CCGTGC	2	12	72182	72193	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	387133943
58	NC_017311	GTGGGG	2	12	72208	72219	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	387133943
59	NC_017311	CCTCGC	2	12	73743	73754	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	387133944
60	NC_017311	GGCAGG	2	12	74484	74495	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	387133944
61	NC_017311	CCGGGG	2	12	74543	74554	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387133944
62	NC_017311	CCTCGC	2	12	75464	75475	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	387133945
63	NC_017311	ACCTGC	2	12	76676	76687	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	387133946
64	NC_017311	GGGGCC	2	12	77323	77334	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387133946
65	NC_017311	CTGTCG	2	12	77733	77744	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387133947
66	NC_017311	CCCCGA	2	12	83870	83881	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	387133950
67	NC_017311	GGCGGG	2	12	86883	86894	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	387133953
68	NC_017311	GGCGAA	2	12	94626	94637	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	387133956
69	NC_017311	TCGCCC	2	12	102708	102719	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	387133964
70	NC_017311	CGACCC	2	12	103569	103580	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	387133964
71	NC_017311	GGGCGA	2	12	109833	109844	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	387133968
72	NC_017311	GACGCC	2	12	110392	110403	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	387133968
73	NC_017311	TCGAGG	2	12	110570	110581	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	387133968
74	NC_017311	GTGATG	2	12	111435	111446	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	387133970
75	NC_017311	TCGGTG	2	12	113688	113699	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	387133970
76	NC_017311	GCCTCG	2	12	114614	114625	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	387133971
77	NC_017311	CGGCCC	2	12	115508	115519	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387133971
78	NC_017311	GACGGC	2	12	120483	120494	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	387133976
79	NC_017311	GCCGGG	2	12	122187	122198	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387133977
80	NC_017311	GCCACG	2	12	124200	124211	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	387133980
81	NC_017311	ACGGGC	2	12	124552	124563	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	387133980
82	NC_017311	GCTGGT	2	12	124856	124867	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	387133980
83	NC_017311	AGGCCG	2	12	126339	126350	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	387133981
84	NC_017311	GAAGGC	2	12	128934	128945	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	387133983
85	NC_017311	GCCGCT	2	12	129408	129419	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	387133983
86	NC_017311	GCTTGC	2	12	132770	132781	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387133986
87	NC_017311	GGCGAA	2	12	133353	133364	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	387133986
88	NC_017311	GCCAGC	2	12	136041	136052	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	387133989
89	NC_017311	CGAAGA	2	12	136657	136668	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	387133989
90	NC_017311	AGGTAG	2	12	137279	137290	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	387133990
91	NC_017311	TCCACG	2	12	137766	137777	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	387133992
92	NC_017311	CGCAGG	2	12	140088	140099	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	387133994
93	NC_017311	GCGAGG	2	12	140112	140123	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	387133994
94	NC_017311	GCCACG	2	12	140150	140161	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	387133994
95	NC_017311	TTCGGC	2	12	141848	141859	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387133997
96	NC_017311	CGTGGC	2	12	142018	142029	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	387133997
97	NC_017311	AGCATG	2	12	142726	142737	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	387133998
98	NC_017311	CGACCT	2	12	145292	145303	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	387134000
99	NC_017311	CCTCAT	2	12	145506	145517	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	387134000
100	NC_017311	GCCCAC	2	12	149373	149384	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	387134005
101	NC_017311	TCGCCC	2	12	150248	150259	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	387134006
102	NC_017311	CCCGCC	2	12	150769	150780	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	387134007
103	NC_017311	CGTCAC	2	12	155520	155531	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	387134012
104	NC_017311	TCGAAC	2	12	155804	155815	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	387134012
105	NC_017311	CGGGCG	2	12	155925	155936	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387134012
106	NC_017311	TACAGC	2	12	157554	157565	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	387134015
107	NC_017311	GGTGCT	2	12	157716	157727	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	387134016
108	NC_017311	CTGGCG	2	12	158866	158877	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	387134016
109	NC_017311	GGCCAC	2	12	161382	161393	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	387134018
110	NC_017311	GGCGGG	2	12	162127	162138	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	387134018
111	NC_017311	ATGGCG	2	12	172704	172715	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	387134026
112	NC_017311	GCCAGC	2	12	174761	174772	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	387134028
113	NC_017311	GCAGAC	2	12	175647	175658	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387134028
114	NC_017311	GGCCGG	2	12	176770	176781	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387134029
115	NC_017311	CCATGC	2	12	177136	177147	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	387134029
116	NC_017311	GTTCCT	2	12	180674	180685	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	387134030
117	NC_017311	CTGCGC	2	12	183306	183317	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	387134031
118	NC_017311	ATCGTC	2	12	183768	183779	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	387134031
119	NC_017311	CGACCT	2	12	187712	187723	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	387134033
120	NC_017311	CGAGGC	2	12	187946	187957	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	387134033
121	NC_017311	ACCTGC	2	12	189086	189097	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	387134034
122	NC_017311	GCCGGG	2	12	190177	190188	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387134034
123	NC_017311	CCGACA	2	12	194671	194682	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	387134037

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.