MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Desulfovibrio vulgaris RCH1 chromosome

Total Repeats: 139

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017310	CGCACC	2	12	117	128	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_017310	GTTTCC	2	12	15824	15835	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017310	GCGGAA	2	12	51491	51502	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017310	TCCGTG	2	12	52961	52972	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017310	GGGTCG	2	12	75784	75795	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_017310	GCGAAG	2	12	147696	147707	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_017310	CGGTGC	2	12	171480	171491	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_017310	TCAGCC	2	12	268106	268117	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
9	NC_017310	ATGGCA	2	12	269362	269373	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_017310	GCGAAG	2	12	299304	299315	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_017310	CATTGA	2	12	319673	319684	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_017310	CGGGAG	2	12	326886	326897	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_017310	TTCGCC	2	12	333129	333140	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
14	NC_017310	TCGACG	2	12	350193	350204	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_017310	CTTTGT	2	12	357578	357589	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_017310	GCGGGC	2	12	357877	357888	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_017310	CGCTGG	2	12	366623	366634	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_017310	GCGTGC	2	12	366733	366744	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017310	CGGTTG	2	12	400652	400663	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_017310	GTGCGT	2	12	406908	406919	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017310	AGCAAC	2	12	413842	413853	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017310	GTGGCG	2	12	438342	438353	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_017310	GGTTGA	2	12	450411	450422	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017310	CATGCG	2	12	459193	459204	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_017310	GACGAG	2	12	483565	483576	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017310	CGGGTT	2	12	504005	504016	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_017310	TAATTG	2	12	531795	531806	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017310	CTTTTT	2	12	537345	537356	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_017310	GGAGGT	2	12	687926	687937	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017310	ATGAAA	2	12	688767	688778	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017310	TTGTCA	3	18	701701	701718	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_017310	GCCCTC	2	12	735785	735796	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_017310	TGATAT	2	12	750135	750146	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017310	CCTGTC	2	12	776101	776112	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
35	NC_017310	GCGCAG	2	12	776256	776267	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017310	TGCGGG	2	12	793393	793404	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_017310	CCTCTT	2	12	795957	795968	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_017310	AGGAGC	2	12	803995	804006	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_017310	GTGCCT	2	12	804959	804970	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017310	CGAATG	2	12	875131	875142	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_017310	GGAGAG	2	12	883545	883556	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017310	GTTTGC	2	12	890362	890373	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_017310	CGGTTG	2	12	890677	890688	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_017310	GGAAGA	2	12	911211	911222	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017310	AGGATT	2	12	931627	931638	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017310	TTTCAC	2	12	940220	940231	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017310	GGCCGT	2	12	1031183	1031194	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_017310	GCCGCT	2	12	1062254	1062265	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
49	NC_017310	CGGGGT	2	12	1062398	1062409	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_017310	GGGGCG	2	12	1063081	1063092	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_017310	TGCCCC	2	12	1129961	1129972	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_017310	CGTTCT	2	12	1208881	1208892	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_017310	TTTTCT	2	12	1263540	1263551	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017310	GCCAGC	2	12	1355885	1355896	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
55	NC_017310	GGGGAG	2	12	1364051	1364062	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017310	ATGCTG	2	12	1494801	1494812	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_017310	CGCAAG	2	12	1497476	1497487	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_017310	ACCGCA	2	12	1522930	1522941	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
59	NC_017310	CTGTGC	2	12	1577009	1577020	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_017310	CGGTCG	2	12	1607966	1607977	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_017310	GGATTC	2	12	1613602	1613613	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_017310	CGGCTG	2	12	1619524	1619535	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_017310	TTGGCC	2	12	1660277	1660288	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017310	AAAGGG	2	12	1690970	1690981	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017310	GACGCA	2	12	1701589	1701600	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017310	ATGCCA	2	12	1734524	1734535	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_017310	TGGCGG	2	12	1744762	1744773	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_017310	CTTTGC	2	12	1771159	1771170	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_017310	CTATGC	2	12	1777244	1777255	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_017310	TTTGTG	2	12	1781292	1781303	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017310	GCTGCC	2	12	1814300	1814311	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
72	NC_017310	CTTTTT	2	12	1827462	1827473	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017310	GTCCAC	2	12	1890108	1890119	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
74	NC_017310	CTTGCC	2	12	2050643	2050654	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
75	NC_017310	ACGCCG	2	12	2088958	2088969	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
76	NC_017310	CCATCT	2	12	2104615	2104626	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_017310	CGCTGC	2	12	2121715	2121726	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
78	NC_017310	ATCGCC	2	12	2126169	2126180	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
79	NC_017310	CAAAAA	2	12	2132630	2132641	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017310	TGAAGC	2	12	2169787	2169798	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_017310	CACCGT	2	12	2183013	2183024	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
82	NC_017310	CTGAAG	2	12	2211495	2211506	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_017310	GGGGCC	2	12	2232374	2232385	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017310	TGCGCC	2	12	2243983	2243994	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
85	NC_017310	TGGCGA	2	12	2249144	2249155	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_017310	TTATCT	2	12	2284268	2284279	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_017310	GCTCAT	2	12	2299115	2299126	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_017310	CTCACC	2	12	2373431	2373442	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
89	NC_017310	CGGCGT	2	12	2433766	2433777	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_017310	TCGGTG	2	12	2443806	2443817	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_017310	GCAGGC	2	12	2462887	2462898	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_017310	CTTTTT	2	12	2478575	2478586	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_017310	GTTGCG	2	12	2513435	2513446	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_017310	ACGCGC	2	12	2518854	2518865	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
95	NC_017310	GCCTGC	2	12	2528053	2528064	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
96	NC_017310	ATGCCC	2	12	2537129	2537140	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
97	NC_017310	CCACGG	2	12	2555039	2555050	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
98	NC_017310	GCTGCG	2	12	2558549	2558560	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_017310	CCTTCG	2	12	2586114	2586125	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
100	NC_017310	GGAAGG	2	12	2600768	2600779	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017310	CTGTCC	2	12	2654985	2654996	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
102	NC_017310	CTTCGC	2	12	2701423	2701434	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
103	NC_017310	TCGCCA	2	12	2723046	2723057	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
104	NC_017310	CTGGCA	2	12	2735784	2735795	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_017310	CAAGGA	2	12	2761751	2761762	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_017310	TTCCCG	2	12	2769684	2769695	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
107	NC_017310	CAACGG	2	12	2871257	2871268	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_017310	ACGTCA	2	12	2871556	2871567	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_017310	GCCTGC	2	12	2879361	2879372	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
110	NC_017310	TAACCG	2	12	2884788	2884799	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_017310	TCGACA	2	12	2895572	2895583	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_017310	CATCGC	2	12	2915341	2915352	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
113	NC_017310	CCGACG	2	12	3005773	3005784	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
114	NC_017310	CCCGCG	2	12	3036327	3036338	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_017310	CCCGCG	2	12	3036493	3036504	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
116	NC_017310	CCAGCC	2	12	3059875	3059886	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
117	NC_017310	CTTTTC	2	12	3065092	3065103	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_017310	TGGGTG	2	12	3085316	3085327	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017310	GGGGCA	2	12	3141298	3141309	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_017310	CAAGGA	2	12	3157477	3157488	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_017310	GCAAAG	2	12	3171055	3171066	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_017310	CAAGCG	2	12	3171302	3171313	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_017310	AAAACG	2	12	3227355	3227366	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_017310	CTTCGC	2	12	3255434	3255445	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
125	NC_017310	GAACAT	2	12	3280264	3280275	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_017310	GAGACG	2	12	3300392	3300403	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_017310	TGCCCG	2	12	3303804	3303815	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
128	NC_017310	CCGCAC	2	12	3310233	3310244	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
129	NC_017310	GCCCCC	2	12	3320419	3320430	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
130	NC_017310	CGGCAC	2	12	3336735	3336746	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
131	NC_017310	CGTCCG	2	12	3358216	3358227	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
132	NC_017310	CAAGGC	2	12	3368025	3368036	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_017310	ACGGCT	2	12	3425767	3425778	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_017310	GACATC	2	12	3437938	3437949	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_017310	TGACGC	2	12	3459565	3459576	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_017310	CGTGCC	2	12	3472502	3472513	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
137	NC_017310	CACACG	2	12	3498404	3498415	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
138	NC_017310	CGCAAC	2	12	3504390	3504401	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
139	NC_017310	CACGAA	2	12	3505400	3505411	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.