MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Corynebacterium pseudotuberculosis 1/06-A chromosome

Total Repeats: 120

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017308	AGCTTC	2	12	21323	21334	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_017308	CTCCTG	2	12	35658	35669	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
3	NC_017308	CCCGGA	2	12	61300	61311	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
4	NC_017308	GAACCT	2	12	73925	73936	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017308	TATTGG	2	12	108129	108140	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017308	CTCACT	2	12	118794	118805	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
7	NC_017308	GGTGTA	2	12	128005	128016	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017308	GAGGAA	2	12	147410	147421	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017308	TGGGGC	2	12	177480	177491	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_017308	TTTGCC	2	12	310056	310067	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_017308	ACGGTA	2	12	311120	311131	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_017308	AATTTT	2	12	314381	314392	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017308	GCTATA	2	12	367572	367583	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_017308	ACGTTG	2	12	368101	368112	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_017308	TGAGTA	2	12	378115	378126	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017308	TCGAAG	2	12	378259	378270	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_017308	CTAAAA	2	12	385196	385207	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_017308	CGCCCG	2	12	388926	388937	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_017308	CCGAGA	2	12	410297	410308	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_017308	TCACCA	2	12	427130	427141	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_017308	AGCTTT	2	12	456894	456905	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_017308	GTGCCT	2	12	467548	467559	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_017308	TGGTTC	2	12	470960	470971	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017308	GCACCT	2	12	496800	496811	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
25	NC_017308	CCCCCG	2	12	509839	509850	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
26	NC_017308	GCGCAA	2	12	511530	511541	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017308	ATAAGA	2	12	575404	575415	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017308	GTTTTT	2	12	575657	575668	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017308	GGGTGT	2	12	597338	597349	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017308	GTTTTT	2	12	599311	599322	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017308	AGCGAA	2	12	600388	600399	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_017308	CTGAGC	2	12	629558	629569	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_017308	TTCATA	2	12	725981	725992	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_017308	GGCTGC	2	12	748364	748375	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_017308	GTTTTT	2	12	774298	774309	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017308	AGGGGT	2	12	852205	852216	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017308	CCTTTT	2	12	911156	911167	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017308	GACGGT	2	12	925982	925993	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_017308	CTGCAT	2	12	939909	939920	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017308	GTGGTT	2	12	943862	943873	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017308	GTAAAG	2	12	974253	974264	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017308	TTCTAC	2	12	997791	997802	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017308	GGCAGA	2	12	998084	998095	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_017308	ATCGAT	2	12	998193	998204	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_017308	GTCGAA	2	12	999733	999744	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_017308	GGGTGT	2	12	1006935	1006946	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017308	GTTTTT	2	12	1008971	1008982	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017308	AGCGAA	2	12	1010049	1010060	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_017308	TCAACT	2	12	1055786	1055797	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017308	TGGGGG	2	12	1080719	1080730	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017308	TTTTAT	2	12	1107479	1107490	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017308	GATCGC	2	12	1108981	1108992	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_017308	AGCTTT	2	12	1112166	1112177	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017308	AAGCTC	2	12	1178108	1178119	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_017308	CAAGAA	2	12	1260023	1260034	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_017308	CCCTAT	2	12	1262060	1262071	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_017308	CGCAAA	2	12	1384354	1384365	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_017308	AATCTA	2	12	1387183	1387194	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_017308	TATTTC	2	12	1401313	1401324	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_017308	GACGGT	2	12	1420134	1420145	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_017308	TCCATC	2	12	1431684	1431695	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_017308	TCTGGG	2	12	1433055	1433066	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_017308	GTCTGT	2	12	1447855	1447866	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_017308	AATTTC	2	12	1481219	1481230	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_017308	CGTCAT	2	12	1511045	1511056	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017308	CTGTGC	2	12	1521576	1521587	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_017308	GCTCTT	2	12	1524966	1524977	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_017308	CAGCGA	2	12	1555095	1555106	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_017308	CTCCAT	2	12	1604733	1604744	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_017308	TTAGCG	2	12	1695631	1695642	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_017308	ATTTTT	2	12	1703774	1703785	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017308	ATTGAC	2	12	1711534	1711545	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017308	GCATCT	2	12	1752116	1752127	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_017308	GGAGCT	2	12	1753933	1753944	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_017308	CCATGC	2	12	1754750	1754761	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
76	NC_017308	AGCTTT	2	12	1765859	1765870	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_017308	GCATTG	2	12	1776701	1776712	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_017308	ATAAAA	2	12	1778021	1778032	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017308	ACCTTT	2	12	1784807	1784818	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_017308	AGTGGT	2	12	1789651	1789662	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017308	CCTTCA	2	12	1791316	1791327	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_017308	CCTAAC	2	12	1793920	1793931	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_017308	AAGTTC	2	12	1794427	1794438	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_017308	CAAAGG	2	12	1795464	1795475	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_017308	TTCGCT	2	12	1806503	1806514	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_017308	AAAAAC	2	12	1807580	1807591	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_017308	AGAACG	2	12	1854263	1854274	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_017308	CAACGC	2	12	1861197	1861208	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
89	NC_017308	TTCCAT	2	12	1889113	1889124	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_017308	AAACAA	2	12	1900305	1900316	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_017308	CATTAT	2	12	1926564	1926575	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_017308	GCCAAT	2	12	1951945	1951956	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_017308	TCCTTG	2	12	1979563	1979574	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_017308	CGTATA	2	12	1981655	1981666	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_017308	TACCCC	2	12	1990398	1990409	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_017308	ATGTTG	2	12	2008875	2008886	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017308	GATGAG	2	12	2009333	2009344	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017308	CAAGGA	2	12	2009422	2009433	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_017308	TCCCAC	2	12	2009756	2009767	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_017308	AACTGC	2	12	2011051	2011062	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_017308	TTCAAT	2	12	2014016	2014027	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_017308	CTTTAA	2	12	2029250	2029261	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_017308	AGGTCA	2	12	2031485	2031496	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_017308	CGCTCG	2	12	2034534	2034545	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
105	NC_017308	CTTTAG	2	12	2040113	2040124	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_017308	CCCCCG	2	12	2066921	2066932	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
107	NC_017308	ACCGCC	2	12	2084630	2084641	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
108	NC_017308	TCAAAG	2	12	2115181	2115192	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_017308	CATAGA	2	12	2131395	2131406	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_017308	AGAAAA	2	12	2139730	2139741	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017308	CGATGC	2	12	2154624	2154635	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_017308	GAGTCC	2	12	2157594	2157605	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_017308	CCCAGA	2	12	2158432	2158443	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
114	NC_017308	TTCGCT	2	12	2172760	2172771	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_017308	AAAAAC	2	12	2173837	2173848	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_017308	TTACCC	2	12	2181359	2181370	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_017308	GAATAG	2	12	2182292	2182303	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017308	TCTTTA	2	12	2221513	2221524	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_017308	AAAGAT	2	12	2245779	2245790	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017308	TTTTCT	2	12	2268807	2268818	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.