MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Corynebacterium pseudotuberculosis CIP 52.97 chromosome

Total Repeats: 108

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017307	AGCTTC	2	12	21341	21352	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_017307	TATTGG	2	12	109965	109976	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017307	CTCACT	2	12	121073	121084	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_017307	TTGATC	2	12	165718	165729	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017307	TGAGGG	2	12	171133	171144	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017307	TGGGGC	2	12	180166	180177	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_017307	TGGGCT	2	12	301756	301767	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017307	TTTGCC	2	12	314456	314467	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_017307	ACGGTA	2	12	315528	315539	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_017307	TTCCTC	2	12	340531	340542	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_017307	AGTGGG	2	12	344203	344214	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017307	GCTATA	2	12	372004	372015	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_017307	ACGTTG	2	12	372536	372547	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_017307	TGAGTA	2	12	389382	389393	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017307	CTAAAA	2	12	396469	396480	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_017307	CGCCCG	2	12	400199	400210	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_017307	AAAAGC	2	12	406479	406490	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_017307	GTGCCT	2	12	478929	478940	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017307	TGGTTC	2	12	482318	482329	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_017307	GCGCAA	2	12	522913	522924	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_017307	ATGCGT	2	12	541859	541870	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_017307	CGCGGG	2	12	563358	563369	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_017307	TGCTCG	2	12	575964	575975	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017307	ATAAGA	2	12	587776	587787	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017307	GTTTTT	2	12	588029	588040	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017307	GTTTTT	2	12	612067	612078	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017307	AGCGAA	2	12	613144	613155	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017307	TTCATA	2	12	741388	741399	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_017307	ATGAAG	2	12	749694	749705	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017307	GGCTGC	2	12	763763	763774	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_017307	AGGGGT	2	12	867749	867760	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017307	CCTTTT	2	12	926775	926786	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_017307	GTGGTT	2	12	959646	959657	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017307	GTAAAG	2	12	990109	990120	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017307	TTCTAC	2	12	1013648	1013659	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017307	GGCAGA	2	12	1013941	1013952	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_017307	ATCGAT	2	12	1014050	1014061	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_017307	GTTTTT	2	12	1024943	1024954	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017307	AGCGAA	2	12	1026019	1026030	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_017307	TCAACT	2	12	1071655	1071666	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017307	TGGGGG	2	12	1096581	1096592	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017307	AGAAAA	2	12	1137264	1137275	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017307	TCTTTT	2	12	1137285	1137296	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_017307	AAGCTC	2	12	1194126	1194137	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_017307	CAAGAA	2	12	1276071	1276082	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_017307	CCCTAT	2	12	1278108	1278119	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_017307	ATTTTT	2	12	1302763	1302774	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017307	GCCTCA	2	12	1335496	1335507	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
49	NC_017307	AATCTA	2	12	1403258	1403269	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_017307	TATTTC	2	12	1417404	1417415	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_017307	GACGGT	2	12	1436289	1436300	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_017307	GTCTGT	2	12	1464022	1464033	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_017307	AATTTC	2	12	1497454	1497465	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017307	CTGTGC	2	12	1537838	1537849	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_017307	CGTCGA	2	12	1564008	1564019	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_017307	CGTCGA	2	12	1564364	1564375	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_017307	CAGCGA	2	12	1571091	1571102	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_017307	TTGTGT	2	12	1611592	1611603	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017307	CCGCGC	2	12	1654049	1654060	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_017307	CCCCTC	2	12	1665212	1665223	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
61	NC_017307	GGCTTA	2	12	1700291	1700302	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_017307	ATTTTT	2	12	1723211	1723222	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017307	AGCTTT	2	12	1785259	1785270	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_017307	ACCTTT	2	12	1808866	1808877	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_017307	AGTGGT	2	12	1813713	1813724	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017307	TTCGCT	2	12	1830589	1830600	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_017307	AAAAAC	2	12	1831671	1831682	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_017307	AGCGGA	2	12	1897309	1897320	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_017307	AAACAA	2	12	1927615	1927626	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_017307	TCCGTG	2	12	1952256	1952267	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017307	CATTAT	2	12	1953892	1953903	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_017307	CTTTCG	2	12	1960570	1960581	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_017307	GGCTTT	2	12	1960719	1960730	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_017307	TCTTCC	2	12	1988966	1988977	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_017307	TCCTTG	2	12	2008048	2008059	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_017307	CGTATA	2	12	2010159	2010170	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_017307	TACCCC	2	12	2018983	2018994	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_017307	ATCTAA	2	12	2020970	2020981	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_017307	AGATCG	2	12	2026976	2026987	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017307	AAGGAA	2	12	2028041	2028052	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017307	GCCTCA	2	12	2028297	2028308	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
82	NC_017307	CACGAG	2	12	2029333	2029344	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_017307	CCCAGC	2	12	2034592	2034603	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_017307	GATGAG	2	12	2045331	2045342	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017307	CAAGGA	2	12	2045420	2045431	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_017307	ATGTTG	2	12	2045821	2045832	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017307	GATGAG	2	12	2046269	2046280	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017307	CAAGGA	2	12	2046358	2046369	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_017307	TTCAAT	2	12	2050977	2050988	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_017307	TTTCAT	2	12	2056610	2056621	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_017307	CTTTAA	2	12	2066406	2066417	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_017307	AGGTCA	2	12	2068695	2068706	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_017307	CTTTAG	2	12	2077319	2077330	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_017307	CCCCCG	2	12	2104195	2104206	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
95	NC_017307	ACCGCC	2	12	2121910	2121921	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_017307	ACTGCT	2	12	2150375	2150386	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_017307	TCAAAG	2	12	2152507	2152518	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_017307	TCAAAG	2	12	2153939	2153950	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_017307	CATAGA	2	12	2170422	2170433	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_017307	AGAAAA	2	12	2178757	2178768	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017307	CGATGC	2	12	2195645	2195656	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_017307	TTCGCT	2	12	2213923	2213934	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_017307	AAAAAC	2	12	2215003	2215014	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_017307	TTACCC	2	12	2222503	2222514	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_017307	GAATAG	2	12	2223497	2223508	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017307	CACCGG	2	12	2230249	2230260	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
107	NC_017307	TCTTTA	2	12	2262838	2262849	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_017307	TTTTCT	2	12	2310244	2310255	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.