MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Corynebacterium pseudotuberculosis CIP 52.97 chromosome

Total Repeats: 286

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017307	TTATC	2	10	14087	14096	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017307	CAGTA	2	10	14634	14643	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017307	TAGCG	2	10	18333	18342	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017307	CACAT	2	10	39456	39465	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
5	NC_017307	AATCC	2	10	39505	39514	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_017307	CAGTG	2	10	48297	48306	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_017307	TGAGA	2	10	48639	48648	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017307	AGTGA	2	10	48689	48698	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017307	TTGGA	2	10	51728	51737	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017307	TTGAT	2	10	51763	51772	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017307	TGCAC	2	10	51857	51866	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_017307	ATTTG	2	10	67915	67924	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017307	TAATT	2	10	76243	76252	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017307	AACAA	2	10	93358	93367	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017307	TGCAC	2	10	103959	103968	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_017307	TGTTT	2	10	120923	120932	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017307	CGGGA	2	10	125567	125576	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017307	AAAAC	2	10	144808	144817	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017307	GTACC	2	10	155711	155720	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_017307	GGTTG	2	10	161037	161046	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017307	GCATA	2	10	163137	163146	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017307	TGTGC	2	10	164360	164369	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017307	CGGTG	2	10	165384	165393	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017307	GGGAC	2	10	171402	171411	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017307	CACTT	2	10	171583	171592	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
26	NC_017307	AAACT	2	10	172459	172468	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017307	ACCGG	2	10	172854	172863	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
28	NC_017307	CCTAC	2	10	177296	177305	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
29	NC_017307	TTAAG	2	10	182029	182038	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017307	TAATA	2	10	183753	183762	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017307	TTGCA	2	10	184234	184243	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017307	TTGCA	2	10	184674	184683	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017307	TTTTA	2	10	184853	184862	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017307	GAAAA	2	10	218576	218585	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017307	CGAGA	2	10	219215	219224	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017307	CAAAA	2	10	222840	222849	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017307	GACGT	2	10	234885	234894	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017307	ATTAG	2	10	298941	298950	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017307	TGCGA	2	10	304130	304139	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017307	AGCGG	2	10	306962	306971	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017307	TGGGG	2	10	314652	314661	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017307	TTGTG	2	10	315467	315476	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017307	TCTCC	2	10	322935	322944	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
44	NC_017307	GCGCT	2	10	323208	323217	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
45	NC_017307	CTTGC	2	10	348942	348951	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
46	NC_017307	AGGGG	2	10	358261	358270	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017307	TAAGA	2	10	376895	376904	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017307	CGAGC	2	10	398716	398725	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
49	NC_017307	GATGC	2	10	398917	398926	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_017307	CTCCG	2	10	400726	400735	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
51	NC_017307	TGGCT	2	10	400959	400968	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017307	AGCGC	2	10	401168	401177	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
53	NC_017307	GCGGA	2	10	401611	401620	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
54	NC_017307	GGGTG	2	10	402638	402647	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017307	AGGAA	2	10	403970	403979	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017307	ATCAC	2	10	438046	438055	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_017307	GATGT	2	10	445888	445897	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017307	GGTGG	2	10	449773	449782	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017307	CGCAA	2	10	451237	451246	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_017307	CGATC	2	10	452132	452141	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_017307	TGCGC	2	10	452275	452284	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
62	NC_017307	CTGTG	2	10	452453	452462	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017307	AAATT	2	10	463186	463195	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017307	ATCTG	2	10	463307	463316	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017307	AGGCA	2	10	466951	466960	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017307	TGCCT	2	10	466981	466990	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
67	NC_017307	CTTTG	2	10	473499	473508	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017307	AGGGG	2	10	499187	499196	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017307	CGTCC	2	10	508727	508736	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
70	NC_017307	CTTCT	2	10	510189	510198	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_017307	TTCAA	2	10	531665	531674	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017307	GCACA	2	10	574395	574404	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_017307	TTAGG	2	10	579942	579951	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017307	ACCTA	2	10	579955	579964	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_017307	TGGGG	2	10	587881	587890	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017307	TTGTG	2	10	610274	610283	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017307	TGTGG	2	10	610353	610362	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017307	TCGTG	2	10	611582	611591	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_017307	CGTCA	2	10	611918	611927	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_017307	GTGTT	2	10	612200	612209	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017307	TGTGT	2	10	612345	612354	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017307	GGGAG	2	10	613003	613012	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017307	TGTGT	3	15	615600	615614	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017307	CGTCT	2	10	633056	633065	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
85	NC_017307	GTCCT	2	10	634540	634549	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
86	NC_017307	AAAGG	2	10	636577	636586	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017307	TCAAA	2	10	652323	652332	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017307	TGTTT	2	10	661713	661722	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017307	GTTTT	2	10	680350	680359	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017307	AGAAA	2	10	702127	702136	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017307	TGAAT	2	10	713086	713095	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017307	GGGAA	2	10	725084	725093	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017307	TCCTG	2	10	735842	735851	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_017307	GCGAC	2	10	769089	769098	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
95	NC_017307	GCCAT	2	10	775797	775806	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
96	NC_017307	AGGGG	2	10	793700	793709	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017307	GGGAT	2	10	794306	794315	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017307	TCTCC	2	10	802059	802068	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
99	NC_017307	GAATC	2	10	809582	809591	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017307	CATTA	2	10	826476	826485	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017307	TGGTT	2	10	857158	857167	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017307	ATTTT	2	10	867044	867053	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017307	GTAGG	2	10	868518	868527	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017307	GTCGC	2	10	883792	883801	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
105	NC_017307	CGAAT	2	10	883996	884005	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017307	TTTTG	2	10	890079	890088	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017307	CGCAC	2	10	890512	890521	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
108	NC_017307	CGAAA	2	10	891717	891726	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017307	ATAAA	2	10	908814	908823	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017307	CCCTG	2	10	908861	908870	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
111	NC_017307	AAGAA	2	10	908875	908884	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017307	TATGT	2	10	918702	918711	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017307	GCATG	2	10	918925	918934	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017307	ACTAA	2	10	926942	926951	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_017307	AATAA	2	10	935480	935489	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017307	CTCAT	2	10	937584	937593	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
117	NC_017307	CGTAA	2	10	940091	940100	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017307	CTGCA	2	10	950427	950436	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
119	NC_017307	TAAAA	2	10	954209	954218	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017307	TACCG	2	10	955526	955535	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
121	NC_017307	TGATG	2	10	960109	960118	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017307	AGGGG	2	10	962380	962389	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017307	TCTAG	2	10	968306	968315	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_017307	GAGAA	2	10	983353	983362	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017307	GAACA	2	10	990267	990276	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_017307	AGCAC	2	10	996776	996785	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
127	NC_017307	GGGGA	2	10	1001766	1001775	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017307	CAAAA	2	10	1009233	1009242	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017307	GGATC	2	10	1013897	1013906	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
130	NC_017307	ATTCA	2	10	1018252	1018261	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017307	TCGTG	2	10	1024458	1024467	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017307	CGTCA	2	10	1024794	1024803	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
133	NC_017307	GTGTT	2	10	1025076	1025085	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017307	TGTGT	2	10	1025221	1025230	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017307	GGGAG	2	10	1025879	1025888	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017307	TGTGT	3	15	1028478	1028492	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017307	AAAGC	2	10	1051062	1051071	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017307	GCAAA	2	10	1056284	1056293	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017307	TGTTC	2	10	1056323	1056332	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017307	TTTGC	2	10	1067084	1067093	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017307	CGTAA	2	10	1070203	1070212	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_017307	CTTTA	2	10	1092580	1092589	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017307	TAGCT	2	10	1096545	1096554	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_017307	GTTGG	2	10	1096569	1096578	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017307	TAACG	2	10	1112763	1112772	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_017307	CTTAC	2	10	1115918	1115927	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
147	NC_017307	CGGGG	2	10	1121619	1121628	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
148	NC_017307	ACAAT	2	10	1123261	1123270	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
149	NC_017307	AAGGA	2	10	1134649	1134658	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017307	TTCGC	2	10	1136383	1136392	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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153	NC_017307	CCCGG	2	10	1141137	1141146	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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155	NC_017307	AGCTG	2	10	1141441	1141450	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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159	NC_017307	CTGAA	2	10	1238587	1238596	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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162	NC_017307	AGTCA	2	10	1246890	1246899	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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165	NC_017307	GCTTA	2	10	1272917	1272926	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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181	NC_017307	AAAAG	2	10	1428151	1428160	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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189	NC_017307	GGTTC	2	10	1502293	1502302	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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192	NC_017307	AGTTC	2	10	1550897	1550906	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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225	NC_017307	CTAAC	2	10	1852101	1852110	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
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262	NC_017307	CCATT	2	10	2155371	2155380	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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269	NC_017307	CAACA	2	10	2214842	2214851	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
270	NC_017307	CAACA	2	10	2214870	2214879	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
271	NC_017307	TGACG	2	10	2215154	2215163	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
272	NC_017307	CACGA	2	10	2215490	2215499	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
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275	NC_017307	AGCCT	2	10	2233439	2233448	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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280	NC_017307	AAAAT	2	10	2276745	2276754	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
281	NC_017307	TACCC	2	10	2276980	2276989	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
282	NC_017307	GGGCC	2	10	2284008	2284017	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
283	NC_017307	CCAGC	2	10	2284030	2284039	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
284	NC_017307	CCACC	2	10	2285561	2285570	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
285	NC_017307	CTTTT	2	10	2302568	2302577	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.