MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Corynebacterium pseudotuberculosis 42/02-A chromosome

Total Repeats: 263

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017306	TTATC	2	10	14084	14093	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017306	ACGTA	2	10	14247	14256	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017306	CAGTA	2	10	14630	14639	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017306	TAGCG	2	10	18329	18338	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017306	CACAT	2	10	39587	39596	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_017306	TTGGA	2	10	52671	52680	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017306	TTGAT	2	10	52706	52715	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017306	TGCAC	2	10	52800	52809	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_017306	TCTGT	2	10	64664	64673	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017306	AAGAT	2	10	69420	69429	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017306	GGAGC	2	10	69527	69536	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017306	CATGT	2	10	71817	71826	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017306	TAATT	2	10	76514	76523	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017306	CAAAA	2	10	90782	90791	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017306	AACAA	2	10	93623	93632	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017306	TGCAC	2	10	104223	104232	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_017306	TGTTT	2	10	120901	120910	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017306	CGGGA	2	10	125545	125554	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017306	TTAAG	2	10	130899	130908	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017306	GTGCG	2	10	131439	131448	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017306	AAAAC	2	10	144892	144901	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017306	TTGCC	2	10	153837	153846	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_017306	GTACC	2	10	155796	155805	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_017306	GGTTG	2	10	161123	161132	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017306	GCATA	2	10	163223	163232	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017306	TGTGC	2	10	164446	164455	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017306	GGGAC	2	10	171484	171493	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017306	CACTT	2	10	171664	171673	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
29	NC_017306	TTAAG	2	10	184488	184497	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017306	AGGTG	2	10	186359	186368	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017306	TTGCA	2	10	186692	186701	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017306	GAAAA	2	10	224803	224812	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017306	CGAGA	2	10	225443	225452	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017306	CAAAA	2	10	229068	229077	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017306	TGGGG	2	10	256344	256353	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017306	ATTAG	2	10	305512	305521	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017306	TGCGA	2	10	310701	310710	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017306	TGTTC	2	10	312333	312342	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017306	AGCGG	2	10	313533	313542	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017306	AGGGG	2	10	315498	315507	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017306	TGGGG	2	10	321223	321232	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017306	TTGTG	2	10	322038	322047	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017306	ATGCC	2	10	325561	325570	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_017306	TGGCG	2	10	326102	326111	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
45	NC_017306	CTTGC	2	10	355612	355621	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
46	NC_017306	AGGGG	2	10	364928	364937	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017306	CGAGC	2	10	399801	399810	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
48	NC_017306	GATGC	2	10	400002	400011	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017306	GCGGA	2	10	403249	403258	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
50	NC_017306	GGGTG	2	10	404276	404285	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017306	AGGAA	2	10	405608	405617	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017306	AAGAC	2	10	423280	423289	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017306	GATGT	2	10	447549	447558	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017306	GGTGG	2	10	451435	451444	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017306	GCATC	2	10	452718	452727	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_017306	CGCAA	2	10	452898	452907	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_017306	CGATC	2	10	453793	453802	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_017306	TGCGC	2	10	453936	453945	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
59	NC_017306	AGGTG	2	10	462215	462224	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017306	TGCCT	2	10	468642	468651	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_017306	AGGGG	2	10	500869	500878	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017306	TCCCA	2	10	510472	510481	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
63	NC_017306	CTTCT	2	10	511932	511941	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_017306	TTCAA	2	10	533419	533428	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017306	AGCTC	2	10	583915	583924	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_017306	ATATC	2	10	584242	584251	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017306	GACTG	2	10	584301	584310	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017306	CGCTA	2	10	597423	597432	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_017306	TCGTG	2	10	620134	620143	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017306	CGTCA	2	10	620470	620479	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_017306	GTGTT	2	10	620752	620761	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017306	TGTGT	2	10	620897	620906	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017306	GGGAG	2	10	621555	621564	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017306	TGACA	2	10	624141	624150	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017306	TGTGT	2	10	624156	624165	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017306	CGTCT	2	10	641609	641618	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_017306	GTCCT	2	10	643093	643102	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
78	NC_017306	GAAAA	2	10	644888	644897	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017306	AAAGG	2	10	645130	645139	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017306	TGTTT	2	10	670272	670281	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017306	GTTTT	2	10	688905	688914	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017306	TGAAT	2	10	719922	719931	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017306	GGGAA	2	10	731644	731653	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017306	GCGAC	2	10	775656	775665	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
85	NC_017306	GAACA	2	10	791318	791327	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017306	GCGAT	2	10	795530	795539	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
87	NC_017306	TCTCC	2	10	808754	808763	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
88	NC_017306	GAATC	2	10	816277	816286	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017306	CATTA	2	10	833171	833180	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_017306	TGGTT	2	10	863848	863857	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017306	ATTTT	2	10	873733	873742	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017306	GTAGG	2	10	875206	875215	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017306	GTGTG	2	10	879852	879861	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017306	TTTTG	2	10	896765	896774	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017306	CGCAC	2	10	897198	897207	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
96	NC_017306	CGAAA	2	10	898403	898412	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017306	ATAAA	2	10	915500	915509	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017306	CCCTG	2	10	915547	915556	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
99	NC_017306	AAGAA	2	10	915561	915570	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017306	TATGT	2	10	925387	925396	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017306	TTTCC	2	10	933465	933474	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
102	NC_017306	ACTAA	2	10	933629	933638	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017306	AATAA	2	10	942161	942170	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017306	CTCAT	2	10	944259	944268	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
105	NC_017306	CGTAA	2	10	946766	946775	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017306	CGCTG	2	10	948345	948354	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
107	NC_017306	CTGCA	2	10	957100	957109	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
108	NC_017306	TAAAA	2	10	960881	960890	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017306	TACCG	2	10	962196	962205	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_017306	TGATG	2	10	966779	966788	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017306	AGGGG	2	10	969051	969060	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017306	TCTAG	2	10	974978	974987	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_017306	AGAGA	2	10	990024	990033	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017306	GAACA	2	10	996952	996961	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_017306	AGCAC	2	10	1003459	1003468	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
116	NC_017306	GGGGA	2	10	1008450	1008459	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017306	GGATC	2	10	1020580	1020589	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017306	GCAAA	2	10	1022702	1022711	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017306	ATTCA	2	10	1024934	1024943	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017306	TTGTG	2	10	1029852	1029861	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017306	TGTGG	2	10	1029931	1029940	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017306	TCGTG	2	10	1031160	1031169	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017306	CGTCA	2	10	1031496	1031505	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
124	NC_017306	GTGTT	2	10	1031778	1031787	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017306	TGTGT	2	10	1031923	1031932	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017306	GGGAG	2	10	1032581	1032590	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017306	TGACA	2	10	1035168	1035177	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_017306	TGTGT	2	10	1035183	1035192	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017306	TTTTG	2	10	1049630	1049639	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017306	AAAGC	2	10	1057762	1057771	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017306	GCAAA	2	10	1062984	1062993	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017306	TGTTC	2	10	1063023	1063032	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017306	AGCCA	3	15	1071984	1071998	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
134	NC_017306	TTGAG	2	10	1072457	1072466	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017306	TTTGC	2	10	1080777	1080786	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_017306	CGTAA	2	10	1083896	1083905	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
137	NC_017306	CTTTA	2	10	1106243	1106252	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017306	TAGCT	2	10	1110208	1110217	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017306	GTTGG	2	10	1110232	1110241	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017306	TAACG	2	10	1126426	1126435	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017306	CTTAC	2	10	1129581	1129590	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
142	NC_017306	CGGGG	2	10	1135282	1135291	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017306	ACAAT	2	10	1136924	1136933	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_017306	CAAAA	2	10	1154496	1154505	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_017306	CCCGG	2	10	1154744	1154753	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
146	NC_017306	TGATC	2	10	1155032	1155041	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
147	NC_017306	AGCTG	2	10	1155049	1155058	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
148	NC_017306	TAAAG	2	10	1163589	1163598	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017306	CCCAT	2	10	1248687	1248696	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
150	NC_017306	CTGAA	2	10	1252049	1252058	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
151	NC_017306	TGCGC	2	10	1252338	1252347	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
152	NC_017306	ATTCC	2	10	1255198	1255207	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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154	NC_017306	TCAGG	2	10	1273784	1273793	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
155	NC_017306	TGCCA	2	10	1276337	1276346	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
156	NC_017306	CTTAA	2	10	1277699	1277708	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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158	NC_017306	ATCGT	2	10	1288655	1288664	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
159	NC_017306	CTTAC	2	10	1299145	1299154	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
160	NC_017306	TCCTA	2	10	1301501	1301510	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
161	NC_017306	CATTC	2	10	1304835	1304844	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
162	NC_017306	TCTGC	2	10	1331302	1331311	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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164	NC_017306	CTTTT	2	10	1384774	1384783	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
165	NC_017306	AAGAA	2	10	1384963	1384972	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
166	NC_017306	GAACA	2	10	1387860	1387869	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
167	NC_017306	ACGGT	2	10	1405107	1405116	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
168	NC_017306	CCCGC	2	10	1407684	1407693	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
169	NC_017306	CTGGC	2	10	1424071	1424080	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
170	NC_017306	AAAAG	2	10	1441888	1441897	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
171	NC_017306	AATCA	2	10	1442893	1442902	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
172	NC_017306	TCTAG	2	10	1454627	1454636	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
173	NC_017306	GAAGC	2	10	1458360	1458369	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
174	NC_017306	GAAAT	2	10	1473089	1473098	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
175	NC_017306	AAAAT	2	10	1478052	1478061	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_017306	TTGAT	2	10	1480946	1480955	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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178	NC_017306	TATTG	2	10	1492215	1492224	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
179	NC_017306	GGTTC	2	10	1516028	1516037	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
180	NC_017306	TTCCT	2	10	1538179	1538188	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
181	NC_017306	TTAAG	2	10	1544214	1544223	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
182	NC_017306	AAAGC	2	10	1555106	1555115	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
183	NC_017306	AATGC	2	10	1558283	1558292	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
184	NC_017306	AGTTC	2	10	1564647	1564656	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
185	NC_017306	ACATC	2	10	1577590	1577599	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
186	NC_017306	CCAGG	2	10	1592202	1592211	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
187	NC_017306	CAGCC	2	10	1592889	1592898	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
188	NC_017306	TCCCC	2	10	1610508	1610517	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
189	NC_017306	AAGGC	2	10	1611770	1611779	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
190	NC_017306	GTTTT	2	10	1628841	1628850	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
191	NC_017306	ATATA	2	10	1689882	1689891	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_017306	CACCC	2	10	1690515	1690524	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
193	NC_017306	CATCA	2	10	1690914	1690923	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
194	NC_017306	GCAGT	2	10	1708468	1708477	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
195	NC_017306	TTAGC	2	10	1715319	1715328	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
196	NC_017306	ACACA	2	10	1718029	1718038	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
197	NC_017306	GTAAA	2	10	1760113	1760122	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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250	NC_017306	TGACG	2	10	2231995	2232004	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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260	NC_017306	CCAGC	2	10	2301029	2301038	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
261	NC_017306	CTTTT	2	10	2319566	2319575	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
262	NC_017306	AGAAA	2	10	2323710	2323719	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
263	NC_017306	ACCTC	2	10	2327306	2327315	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.