MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Corynebacterium pseudotuberculosis PAT10 chromosome

Total Repeats: 253

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017305	TTATC	2	10	14084	14093	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017305	ACGTA	2	10	14247	14256	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017305	CAGTA	2	10	14630	14639	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017305	TAGCG	2	10	18329	18338	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017305	CACAT	2	10	39587	39596	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_017305	TTGGA	2	10	52670	52679	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017305	TTGAT	2	10	52705	52714	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017305	TGCAC	2	10	52799	52808	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_017305	TCTGT	2	10	64658	64667	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017305	AAGAT	2	10	69395	69404	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017305	GGAGC	2	10	69502	69511	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017305	TAATT	2	10	76486	76495	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017305	AACAA	2	10	93591	93600	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017305	TGCAC	2	10	104191	104200	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_017305	TGTTT	2	10	120878	120887	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017305	CGGGA	2	10	125522	125531	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017305	AAAAC	2	10	144806	144815	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017305	TTGCC	2	10	153751	153760	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_017305	GTACC	2	10	155710	155719	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_017305	GGTTG	2	10	161037	161046	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017305	GCATA	2	10	163137	163146	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017305	TGTGC	2	10	164360	164369	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017305	GGGAC	2	10	171395	171404	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017305	CACTT	2	10	171575	171584	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
25	NC_017305	TTAAG	2	10	184399	184408	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017305	AGGTG	2	10	186270	186279	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017305	TTGCA	2	10	186603	186612	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017305	CAATG	2	10	192400	192409	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017305	ATTCT	2	10	207109	207118	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017305	GAAAA	2	10	224694	224703	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017305	CGAGA	2	10	225335	225344	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017305	CAAAA	2	10	228957	228966	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017305	TGGGG	2	10	256233	256242	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017305	ATTAG	2	10	305371	305380	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017305	TGCGA	2	10	310560	310569	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017305	TGTTC	2	10	312193	312202	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017305	AGCGG	2	10	313393	313402	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017305	TGGGG	2	10	321089	321098	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017305	TTGTG	2	10	321904	321913	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017305	ATGCC	2	10	325427	325436	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_017305	TGGCG	2	10	325968	325977	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017305	CTTGG	2	10	349578	349587	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_017305	CAGCT	2	10	350269	350278	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_017305	CTTGC	2	10	355549	355558	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_017305	AGGGG	2	10	364864	364873	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017305	CGAGC	2	10	399752	399761	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
47	NC_017305	GATGC	2	10	399953	399962	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017305	GCGGA	2	10	403167	403176	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017305	GGGTG	2	10	404194	404203	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017305	AGGAA	2	10	405526	405535	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017305	AAGAC	2	10	423220	423229	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017305	GATGT	2	10	447477	447486	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017305	GGTGG	2	10	451363	451372	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017305	GCATC	2	10	452646	452655	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_017305	CGCAA	2	10	452827	452836	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_017305	AGGTG	2	10	462155	462164	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017305	TGCCT	2	10	468582	468591	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_017305	AGGGG	2	10	500780	500789	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017305	CTTCT	2	10	511842	511851	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_017305	TTCAA	2	10	533323	533332	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017305	GATAA	2	10	576945	576954	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017305	GGGAT	2	10	577103	577112	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017305	ATATC	2	10	584149	584158	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017305	GACTG	2	10	584208	584217	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017305	TTAGG	2	10	588536	588545	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017305	CGCTA	2	10	597334	597343	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
67	NC_017305	TCGTG	2	10	620045	620054	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017305	CGTCA	2	10	620381	620390	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_017305	GTGTT	2	10	620663	620672	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017305	TGTGT	2	10	620808	620817	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017305	GGGAG	2	10	621466	621475	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017305	TGACA	2	10	624052	624061	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017305	TGTGT	2	10	624067	624076	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017305	CGTCT	2	10	641491	641500	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_017305	GTCCT	2	10	642975	642984	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_017305	AAAGG	2	10	645012	645021	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017305	GTTTT	2	10	688784	688793	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017305	TGAAT	2	10	719782	719791	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017305	GGGAA	2	10	731503	731512	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017305	GCGAC	2	10	775491	775500	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_017305	GAACA	2	10	791153	791162	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017305	GCGAT	2	10	795367	795376	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017305	TCTCC	2	10	808585	808594	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
84	NC_017305	GAATC	2	10	816108	816117	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_017305	TCTCT	2	10	844857	844866	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_017305	GCTGT	2	10	845612	845621	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
87	NC_017305	AGGAG	2	10	846446	846455	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017305	AACCA	2	10	847626	847635	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
89	NC_017305	TAATG	2	10	847697	847706	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017305	ATTTT	2	10	873565	873574	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017305	GTAGG	2	10	875038	875047	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017305	GTGTG	2	10	879684	879693	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017305	TTTTG	2	10	896585	896594	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017305	CGCAC	2	10	897018	897027	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
95	NC_017305	CGAAA	2	10	898223	898232	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017305	ATAAA	2	10	915319	915328	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017305	CCCTG	2	10	915366	915375	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
98	NC_017305	AAGAA	2	10	915380	915389	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017305	TATGT	2	10	925206	925215	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017305	TTTCC	2	10	933284	933293	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
101	NC_017305	ACTAA	2	10	933448	933457	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017305	AATAA	2	10	941980	941989	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017305	CTCAT	2	10	944078	944087	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_017305	CGTAA	2	10	946586	946595	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_017305	ACGGT	2	10	947675	947684	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017305	CGCTG	2	10	948174	948183	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
107	NC_017305	CTGCA	2	10	956929	956938	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
108	NC_017305	TAAAA	2	10	960707	960716	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017305	TACCG	2	10	962022	962031	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_017305	AGGGG	2	10	966439	966448	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017305	TCTAG	2	10	972367	972376	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017305	AGAGA	2	10	987441	987450	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017305	GAACA	2	10	994368	994377	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017305	AGCAC	2	10	1000875	1000884	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
115	NC_017305	GGGAT	2	10	1002743	1002752	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017305	AGACC	2	10	1003550	1003559	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
117	NC_017305	GGGGA	2	10	1005867	1005876	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017305	GGATC	2	10	1017996	1018005	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017305	ATTCA	2	10	1022351	1022360	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017305	TTGTG	2	10	1027269	1027278	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017305	TGTGG	2	10	1027348	1027357	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017305	TCGTG	2	10	1028577	1028586	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017305	CGTCA	2	10	1028913	1028922	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
124	NC_017305	GTGTT	2	10	1029195	1029204	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017305	TGTGT	2	10	1029340	1029349	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017305	GGGAG	2	10	1029998	1030007	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017305	TGACA	2	10	1032585	1032594	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_017305	TGTGT	2	10	1032600	1032609	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017305	TTTTG	2	10	1047047	1047056	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017305	AAAGC	2	10	1055179	1055188	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017305	TTGAG	2	10	1069874	1069883	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017305	TTTGC	2	10	1078195	1078204	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017305	CGTAA	2	10	1081314	1081323	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017305	CTTTA	2	10	1103670	1103679	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017305	TAGCT	2	10	1107635	1107644	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_017305	GTTGG	2	10	1107659	1107668	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017305	TAACG	2	10	1123853	1123862	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017305	CTTAC	2	10	1127008	1127017	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
139	NC_017305	CGGGG	2	10	1132709	1132718	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017305	ACAAT	2	10	1134351	1134360	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017305	CAAAA	2	10	1151921	1151930	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_017305	CCCGG	2	10	1152169	1152178	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
143	NC_017305	TAAAG	2	10	1161014	1161023	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017305	CTGAA	2	10	1249589	1249598	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
145	NC_017305	TGCGC	2	10	1249878	1249887	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
146	NC_017305	ATTCC	2	10	1252738	1252747	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
147	NC_017305	TCAGG	2	10	1271323	1271332	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
148	NC_017305	CTTAA	2	10	1275239	1275248	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
149	NC_017305	GCTTA	2	10	1283934	1283943	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
150	NC_017305	ATCGT	2	10	1286195	1286204	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
151	NC_017305	CTTAC	2	10	1296684	1296693	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
152	NC_017305	TCCTA	2	10	1299082	1299091	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
153	NC_017305	CATTC	2	10	1302416	1302425	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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155	NC_017305	CTTTT	2	10	1382328	1382337	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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158	NC_017305	ACGGT	2	10	1402676	1402685	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
159	NC_017305	CCCGC	2	10	1405253	1405262	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
160	NC_017305	CTGGC	2	10	1421639	1421648	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
161	NC_017305	AAAAG	2	10	1439448	1439457	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
162	NC_017305	TCTAG	2	10	1452181	1452190	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
163	NC_017305	TTGCG	2	10	1460945	1460954	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
164	NC_017305	TTTTC	2	10	1460957	1460966	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
165	NC_017305	CCCCG	2	10	1461274	1461283	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
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167	NC_017305	AAAAT	2	10	1475608	1475617	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_017305	TTGAT	2	10	1478502	1478511	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
169	NC_017305	TCCCT	2	10	1479346	1479355	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
170	NC_017305	TATTG	2	10	1489771	1489780	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
171	NC_017305	TTCCT	2	10	1535722	1535731	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
172	NC_017305	TTAAG	2	10	1541757	1541766	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
173	NC_017305	AAAGC	2	10	1552648	1552657	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
174	NC_017305	AATGC	2	10	1555825	1555834	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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177	NC_017305	TCCCC	2	10	1608046	1608055	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
178	NC_017305	AAGGC	2	10	1609309	1609318	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
179	NC_017305	TGCGG	2	10	1666933	1666942	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
180	NC_017305	ATATA	2	10	1687429	1687438	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
181	NC_017305	CACCC	2	10	1688062	1688071	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
182	NC_017305	CATCA	2	10	1688461	1688470	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
183	NC_017305	GCAGT	2	10	1706015	1706024	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
184	NC_017305	TTAGC	2	10	1712867	1712876	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
185	NC_017305	ACACA	2	10	1715577	1715586	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
186	NC_017305	CGCGT	2	10	1722900	1722909	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
187	NC_017305	GTAAA	2	10	1757648	1757657	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
188	NC_017305	CCTAA	2	10	1765802	1765811	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
189	NC_017305	ACGCA	2	10	1766537	1766546	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
190	NC_017305	GTGCT	2	10	1837907	1837916	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
191	NC_017305	CATGT	2	10	1852749	1852758	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
192	NC_017305	CTCCC	2	10	1855337	1855346	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
193	NC_017305	CAACA	2	10	1856111	1856120	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
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195	NC_017305	TGACG	2	10	1856422	1856431	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
196	NC_017305	CACGA	2	10	1856758	1856767	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
197	NC_017305	CAACA	2	10	1858488	1858497	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
198	NC_017305	ACCCC	2	10	1861706	1861715	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
199	NC_017305	ACAAA	2	10	1866139	1866148	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
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242	NC_017305	CAACA	2	10	2231768	2231777	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
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244	NC_017305	ATGCA	2	10	2246120	2246129	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
245	NC_017305	AGCCT	2	10	2248104	2248113	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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247	NC_017305	TTAAA	2	10	2281825	2281834	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
248	NC_017305	AAAAT	2	10	2291438	2291447	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
249	NC_017305	GGGCC	2	10	2298721	2298730	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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251	NC_017305	CTTTT	2	10	2317280	2317289	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
252	NC_017305	AGAAA	2	10	2321424	2321433	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
253	NC_017305	ACCTC	2	10	2325020	2325029	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.