MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Clostridium thermocellum DSM 1313 chromosome

Total Repeats: 1334

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017304	TGGCCG	2	12	600	611	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	385777387
2	NC_017304	GAAGTT	2	12	5178	5189	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777392
3	NC_017304	GCCGAT	2	12	6276	6287	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385777392
4	NC_017304	TAAAAA	2	12	10424	10435	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385777396
5	NC_017304	GGAAAA	2	12	10670	10681	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777396
6	NC_017304	TGGAAC	2	12	11447	11458	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385777397
7	NC_017304	AAGGAA	2	12	14235	14246	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777398
8	NC_017304	AAAAAT	2	12	14457	14468	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385777398
9	NC_017304	AGGTTG	2	12	16118	16129	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	385777400
10	NC_017304	ATTTTC	2	12	18366	18377	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385777402
11	NC_017304	TTAAAT	2	12	19511	19522	50 %	50 %	0 %	0 %	385777403
12	NC_017304	TCATTA	2	12	19548	19559	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385777403
13	NC_017304	AATGCC	2	12	21145	21156	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385777404
14	NC_017304	AAAATT	2	12	21813	21824	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017304	TATAAA	2	12	27661	27672	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017304	TATTAA	2	12	28016	28027	50 %	50 %	0 %	0 %	385777413
17	NC_017304	TAAAAA	2	12	28141	28152	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017304	ATTATA	2	12	29452	29463	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017304	AATAAA	2	12	30570	30581	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017304	TAAAAA	2	12	30594	30605	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017304	TGAAAA	2	12	36744	36755	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385777420
22	NC_017304	TGAAAC	2	12	41154	41165	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385777426
23	NC_017304	GTAAAA	2	12	43429	43440	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385777427
24	NC_017304	TGGATT	2	12	44317	44328	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385777428
25	NC_017304	TGAAAA	2	12	44885	44896	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385777428
26	NC_017304	AAGGAA	2	12	45685	45696	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777429
27	NC_017304	CTGCCG	2	12	53460	53471	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	385777433
28	NC_017304	ATAGGT	2	12	53498	53509	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777433
29	NC_017304	TTTTTC	2	12	54750	54761	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385777435
30	NC_017304	ATAAAG	2	12	57526	57537	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385777436
31	NC_017304	GTTCCA	2	12	59163	59174	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385777438
32	NC_017304	TGTCAT	2	12	61317	61328	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385777439
33	NC_017304	GAAGGA	2	12	61961	61972	50 %	0 %	50 %	0 %	385777439
34	NC_017304	CATTAT	2	12	63848	63859	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017304	TAAAAT	2	12	65737	65748	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017304	CTTTGG	2	12	71872	71883	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385777448
37	NC_017304	ATGGCT	2	12	77720	77731	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385777456
38	NC_017304	ACCGGT	2	12	81078	81089	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385777459
39	NC_017304	TAAAAA	2	12	82758	82769	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017304	GTTAAA	2	12	82831	82842	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385777461
41	NC_017304	ATTGGC	2	12	85325	85336	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385777462
42	NC_017304	TTGTCA	2	12	90926	90937	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385777465
43	NC_017304	CAATGA	2	12	93109	93120	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_017304	TGGTAC	2	12	96017	96028	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385777468
45	NC_017304	ACCGGA	2	12	103233	103244	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777473
46	NC_017304	CCGACG	2	12	103509	103520	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	385777473
47	NC_017304	CGACAC	2	12	103612	103623	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	385777473
48	NC_017304	ACCGGA	2	12	103760	103771	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777473
49	NC_017304	GCCGGA	2	12	103790	103801	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	385777473
50	NC_017304	GCTTTG	2	12	108783	108794	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385777476
51	NC_017304	TGCCAT	2	12	111490	111501	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385777479
52	NC_017304	TTGGAA	2	12	113542	113553	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777482
53	NC_017304	CAAGGA	2	12	118314	118325	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385777485
54	NC_017304	CGAAGA	2	12	119148	119159	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385777487
55	NC_017304	ATTAAG	2	12	119610	119621	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385777488
56	NC_017304	ATCGAG	2	12	124213	124224	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385777493
57	NC_017304	GTTCAA	2	12	124487	124498	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385777493
58	NC_017304	TGACAA	2	12	127158	127169	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385777495
59	NC_017304	AAACAA	2	12	129670	129681	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	385777497
60	NC_017304	GATTGT	2	12	138158	138169	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385777506
61	NC_017304	TAAGTT	2	12	138971	138982	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385777507
62	NC_017304	AAAATT	2	12	141188	141199	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777509
63	NC_017304	TTTCCA	2	12	148590	148601	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385777518
64	NC_017304	TTCACC	2	12	157729	157740	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385777526
65	NC_017304	AGCATA	2	12	169107	169118	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385777534
66	NC_017304	TTTATC	2	12	169822	169833	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385777536
67	NC_017304	ATTGTC	2	12	169957	169968	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385777536
68	NC_017304	ATGAAG	2	12	174589	174600	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017304	TTGATT	2	12	177747	177758	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385777543
70	NC_017304	AACCGG	2	12	178087	178098	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777543
71	NC_017304	GATTGT	2	12	189115	189126	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385777554
72	NC_017304	CCGGTG	2	12	196225	196236	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	385777561
73	NC_017304	GCTTTG	2	12	197953	197964	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385777563
74	NC_017304	AATTAA	2	12	198636	198647	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017304	ATTGGA	2	12	199271	199282	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777565
76	NC_017304	TGTATT	2	12	204244	204255	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385777570
77	NC_017304	GAAGCC	2	12	204954	204965	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777572
78	NC_017304	AAAGGT	2	12	221542	221553	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385777581
79	NC_017304	AAAAGG	2	12	227885	227896	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777587
80	NC_017304	TTGATA	2	12	230304	230315	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385777589
81	NC_017304	TGGCAA	2	12	232393	232404	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385777592
82	NC_017304	TGTGGT	2	12	239707	239718	0 %	50 %	50 %	0 %	385777598
83	NC_017304	TGCCTA	2	12	243846	243857	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385777600
84	NC_017304	ATGTAA	2	12	244121	244132	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385777600
85	NC_017304	TTGAAA	2	12	246457	246468	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385777603
86	NC_017304	TGCCAG	2	12	247947	247958	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385777605
87	NC_017304	GCCAAT	2	12	266031	266042	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385777622
88	NC_017304	TTATTT	2	12	267903	267914	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017304	AAAAGG	2	12	268383	268394	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777625
90	NC_017304	AATATG	2	12	277784	277795	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385777635
91	NC_017304	CCTTGA	2	12	287346	287357	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385777644
92	NC_017304	TAGAAT	2	12	290822	290833	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385777646
93	NC_017304	TTGGTT	2	12	302948	302959	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385777655
94	NC_017304	CGGTCA	2	12	305751	305762	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385777657
95	NC_017304	AAAATG	2	12	306380	306391	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017304	AGGGGA	2	12	307391	307402	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777658
97	NC_017304	ATTTTA	2	12	309193	309204	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777661
98	NC_017304	TTGCAA	2	12	312226	312237	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385777664
99	NC_017304	GATATT	2	12	313888	313899	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385777665
100	NC_017304	ACTTTG	2	12	316940	316951	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385777669
101	NC_017304	GTTCCA	2	12	317661	317672	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385777670
102	NC_017304	TAATTT	2	12	319795	319806	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017304	ATGGGA	2	12	320483	320494	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385777671
104	NC_017304	TTTGTA	2	12	321078	321089	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017304	GACAGG	2	12	321282	321293	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	385777672
106	NC_017304	GTATAT	2	12	324038	324049	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385777674
107	NC_017304	GTAACG	2	12	326868	326879	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385777677
108	NC_017304	GAACTT	2	12	336159	336170	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385777685
109	NC_017304	AGCAAA	2	12	336258	336269	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_017304	GTTTGA	2	12	337182	337193	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385777687
111	NC_017304	GTATAT	2	12	339172	339183	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017304	ATTTAA	2	12	340151	340162	50 %	50 %	0 %	0 %	385777690
113	NC_017304	TGAGGC	2	12	341765	341776	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385777690
114	NC_017304	TATATG	2	12	342480	342491	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385777690
115	NC_017304	AAAAGT	2	12	346261	346272	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385777691
116	NC_017304	GGCTCT	2	12	347973	347984	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385777694
117	NC_017304	ACAGGA	2	12	348387	348398	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385777695
118	NC_017304	AGTTGA	2	12	348492	348503	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777695
119	NC_017304	GGCATT	2	12	349152	349163	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385777695
120	NC_017304	CATTCC	2	12	354290	354301	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385777700
121	NC_017304	ATATAA	2	12	354568	354579	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017304	CAGCGA	2	12	357538	357549	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777703
123	NC_017304	TTGAAG	2	12	359524	359535	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777705
124	NC_017304	CAAATT	2	12	364652	364663	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_017304	TTTTTG	2	12	367529	367540	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	385777711
126	NC_017304	GGAAAG	2	12	375597	375608	50 %	0 %	50 %	0 %	385777721
127	NC_017304	TTGTTT	2	12	376411	376422	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017304	CTTGAA	2	12	377232	377243	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385777722
129	NC_017304	ACAATG	2	12	377271	377282	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385777722
130	NC_017304	TCCGAC	2	12	382363	382374	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385777725
131	NC_017304	CGGTGA	2	12	383673	383684	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385777726
132	NC_017304	TAGAAT	2	12	385781	385792	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017304	TGCCAA	2	12	389731	389742	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385777729
134	NC_017304	CTGTGG	2	12	393774	393785	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	385777733
135	NC_017304	ATTTGC	2	12	402490	402501	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_017304	AAAGGA	2	12	406084	406095	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777748
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138	NC_017304	CCGATG	2	12	409502	409513	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385777751
139	NC_017304	ATGAAA	2	12	411286	411297	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385777753
140	NC_017304	CCTGAC	2	12	412186	412197	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385777753
141	NC_017304	TTGCCA	2	12	412823	412834	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385777754
142	NC_017304	TGCCAT	2	12	413710	413721	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385777755
143	NC_017304	TTCCGG	2	12	422561	422572	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385777765
144	NC_017304	AGTGGA	2	12	424827	424838	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385777766
145	NC_017304	TGGAAA	2	12	425951	425962	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385777768
146	NC_017304	AGTCAA	2	12	431505	431516	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385777772
147	NC_017304	TGAGTT	2	12	434873	434884	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385777773
148	NC_017304	TTTGAT	2	12	436998	437009	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017304	ACAAAA	2	12	439449	439460	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	385777775
150	NC_017304	GCTTGA	2	12	443824	443835	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385777777
151	NC_017304	GTGATT	2	12	444126	444137	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385777778
152	NC_017304	GTTTTT	2	12	445239	445250	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	385777778
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154	NC_017304	GGCAGT	2	12	451225	451236	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385777781
155	NC_017304	TCCTGT	2	12	457183	457194	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385777784
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157	NC_017304	TTGCTT	2	12	463393	463404	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385777788
158	NC_017304	TTTACA	2	12	464445	464456	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
159	NC_017304	AATATT	2	12	467684	467695	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_017304	AAATTA	2	12	471161	471172	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777793
161	NC_017304	AAGCTC	2	12	472375	472386	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385777793
162	NC_017304	GAGATA	2	12	472666	472677	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385777793
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169	NC_017304	ATTAAA	2	12	481301	481312	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_017304	GCAAAA	2	12	482878	482889	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385777802
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178	NC_017304	AATGAA	2	12	504054	504065	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385777821
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190	NC_017304	AGCATA	2	12	533442	533453	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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199	NC_017304	GGTGTT	2	12	551321	551332	0 %	50 %	50 %	0 %	385777876
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206	NC_017304	TATGGC	2	12	567323	567334	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385777885
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210	NC_017304	GCAATA	2	12	584912	584923	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385777902
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216	NC_017304	ATTGCA	2	12	609098	609109	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385777922
217	NC_017304	ATTCTG	2	12	610122	610133	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385777924
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219	NC_017304	ACAAAA	2	12	621271	621282	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	385777931
220	NC_017304	CTTAGC	2	12	623485	623496	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385777933
221	NC_017304	TCTATT	2	12	624838	624849	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385777935
222	NC_017304	TGCTTT	2	12	626774	626785	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385777935
223	NC_017304	ATATTT	2	12	628175	628186	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
224	NC_017304	TTTCAT	2	12	629517	629528	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385777940
225	NC_017304	ATATCC	2	12	631838	631849	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385777943
226	NC_017304	ACGCAA	2	12	632376	632387	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385777943
227	NC_017304	AAAGAG	2	12	632545	632556	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777943
228	NC_017304	CAATAT	2	12	633037	633048	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385777943
229	NC_017304	CATTTA	2	12	634379	634390	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
230	NC_017304	GTTTTG	2	12	635026	635037	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385777946
231	NC_017304	TGTTAA	2	12	637741	637752	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
232	NC_017304	GATGGA	2	12	641398	641409	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385777950
233	NC_017304	ATGAAA	2	12	642232	642243	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
234	NC_017304	CCTTTG	2	12	644050	644061	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385777954
235	NC_017304	GCATTT	2	12	644140	644151	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385777954
236	NC_017304	TAATAT	2	12	645050	645061	50 %	50 %	0 %	0 %	385777955
237	NC_017304	TTTGCC	2	12	652238	652249	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385777960
238	NC_017304	TTATAT	2	12	652644	652655	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
239	NC_017304	TTTTGT	2	12	653176	653187	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	385777961
240	NC_017304	AAGGCA	2	12	658721	658732	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385777966
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258	NC_017304	TTAAAC	2	12	682870	682881	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
259	NC_017304	TTATAT	2	12	690187	690198	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777980
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270	NC_017304	GCTACG	2	12	705637	705648	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385777993
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340	NC_017304	TCGTGA	2	12	876364	876375	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385778124
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346	NC_017304	ATTGAT	2	12	897261	897272	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
347	NC_017304	AATGAC	2	12	900575	900586	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385778142
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350	NC_017304	AAAAGA	2	12	901720	901731	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385778142
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465	NC_017304	TAAAAA	2	12	1177521	1177532	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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467	NC_017304	TGAAGA	2	12	1190907	1190918	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385778371
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