MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Clostridium thermocellum DSM 1313 chromosome

Total Repeats: 253

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017304	AAAATT	2	12	21813	21824	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017304	TATAAA	2	12	27661	27672	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017304	TAAAAA	2	12	28141	28152	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017304	ATTATA	2	12	29452	29463	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017304	AATAAA	2	12	30570	30581	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017304	TAAAAA	2	12	30594	30605	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017304	CATTAT	2	12	63848	63859	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017304	TAAAAT	2	12	65737	65748	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017304	TAAAAA	2	12	82758	82769	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017304	CAATGA	2	12	93109	93120	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_017304	ATGAAG	2	12	174589	174600	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017304	AATTAA	2	12	198636	198647	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017304	TTATTT	2	12	267903	267914	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017304	AAAATG	2	12	306380	306391	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017304	TAATTT	2	12	319795	319806	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017304	TTTGTA	2	12	321078	321089	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017304	AGCAAA	2	12	336258	336269	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_017304	GTATAT	2	12	339172	339183	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017304	ATATAA	2	12	354568	354579	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017304	CAAATT	2	12	364652	364663	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017304	TTGTTT	2	12	376411	376422	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017304	TAGAAT	2	12	385781	385792	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017304	ATTTGC	2	12	402490	402501	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017304	TTTGAT	2	12	436998	437009	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017304	TTTACA	2	12	464445	464456	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017304	AATATT	2	12	467684	467695	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017304	ATTAAA	2	12	481301	481312	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017304	TTTGAT	2	12	496627	496638	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017304	ATATAA	2	12	533408	533419	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017304	AGCATA	2	12	533442	533453	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_017304	TAATTT	2	12	545353	545364	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017304	ATTTTT	2	12	550478	550489	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017304	CATATT	2	12	555849	555860	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_017304	GTTTTT	2	12	566711	566722	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017304	CCGTTG	2	12	584228	584239	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017304	ATATTT	2	12	628175	628186	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017304	CATTTA	2	12	634379	634390	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_017304	TGTTAA	2	12	637741	637752	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017304	ATGAAA	2	12	642232	642243	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017304	TTATAT	2	12	652644	652655	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017304	GCTCCT	2	12	676562	676573	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
42	NC_017304	ATATTT	2	12	681365	681376	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017304	TTAAAC	2	12	682870	682881	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_017304	AACTAC	2	12	697407	697418	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_017304	TATTAA	2	12	704487	704498	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017304	ACATAA	2	12	714280	714291	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_017304	ACTTTT	2	12	719015	719026	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_017304	ATTAAA	2	12	736311	736322	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017304	TATATT	2	12	738633	738644	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017304	AAAATA	2	12	776498	776509	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017304	TGTAAA	2	12	779249	779260	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017304	GTATAT	2	12	780878	780889	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017304	ATTTTT	2	12	796568	796579	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017304	CAAAAA	2	12	809734	809745	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_017304	TATTAA	2	12	821157	821168	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017304	AATTAC	2	12	828984	828995	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_017304	TTTTGT	2	12	838063	838074	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017304	ATTGAT	2	12	897261	897272	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017304	AAAAAG	2	12	935999	936010	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017304	ATACGT	2	12	936190	936201	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_017304	TTGTGT	2	12	939135	939146	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017304	ATAATT	2	12	957442	957453	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017304	AAGAAA	2	12	979960	979971	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017304	ATTATA	2	12	998119	998130	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017304	TAATAT	2	12	1005362	1005373	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017304	TATTAA	2	12	1011969	1011980	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017304	GCAGGA	2	12	1023140	1023151	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_017304	AATAAA	2	12	1032296	1032307	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017304	AATTTT	2	12	1073333	1073344	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017304	AATTAA	2	12	1073425	1073436	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017304	TTATAA	2	12	1084912	1084923	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017304	TAAAAA	2	12	1089271	1089282	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017304	AAAAGA	2	12	1107937	1107948	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017304	ATGGGA	2	12	1111689	1111700	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017304	GTTTTG	2	12	1134828	1134839	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017304	TAAAAA	2	12	1177521	1177532	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017304	TTATAA	2	12	1188903	1188914	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017304	AAGATG	2	12	1232059	1232070	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017304	AATTAA	2	12	1267149	1267160	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017304	GTAAAA	2	12	1269410	1269421	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017304	AACGGC	2	12	1281962	1281973	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_017304	TGCTTT	2	12	1289847	1289858	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_017304	TTTTTC	2	12	1290557	1290568	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_017304	TCTTTC	2	12	1290573	1290584	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_017304	TTTTTC	2	12	1290585	1290596	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_017304	ATTCAT	2	12	1294604	1294615	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_017304	ATTTAT	2	12	1320608	1320619	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017304	TAAAAA	2	12	1344072	1344083	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017304	ATTAAA	2	12	1351712	1351723	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017304	AAGATA	2	12	1363910	1363921	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017304	ACAAAA	2	12	1375292	1375303	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_017304	GATTTT	2	12	1375335	1375346	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017304	TTTTGC	2	12	1398385	1398396	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_017304	AATAGA	2	12	1402411	1402422	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017304	TAGGAA	2	12	1408884	1408895	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017304	ATAAAA	2	12	1417717	1417728	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017304	AGCTTA	2	12	1436546	1436557	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_017304	TACATA	2	12	1442913	1442924	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_017304	TATATT	2	12	1476278	1476289	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017304	GATTTT	2	12	1477845	1477856	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017304	TAAAAA	2	12	1482634	1482645	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017304	TCAATT	2	12	1488037	1488048	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_017304	TTTTGC	2	12	1490075	1490086	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_017304	ATAAAA	2	12	1508331	1508342	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017304	AGTTTA	2	12	1529342	1529353	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017304	ATAAAG	2	12	1531067	1531078	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017304	ATTGAA	2	12	1552451	1552462	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017304	TAATAT	2	12	1563008	1563019	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017304	ATAAAT	2	12	1564638	1564649	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017304	ATAAAA	2	12	1570595	1570606	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017304	ATGAAA	2	12	1570966	1570977	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017304	TTTAAA	2	12	1577056	1577067	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017304	TTAAAA	2	12	1588503	1588514	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017304	GTTTGA	2	12	1590220	1590231	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017304	TTTTAA	2	12	1604350	1604361	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017304	TATTTT	2	12	1638706	1638717	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017304	ATAATT	2	12	1651431	1651442	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017304	ATTTTT	2	12	1678845	1678856	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017304	AAAATT	2	12	1693802	1693813	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017304	TAAATA	2	12	1710884	1710895	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017304	GAACGT	2	12	1728899	1728910	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_017304	AAAAAT	2	12	1752823	1752834	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017304	TAAAAA	2	12	1784215	1784226	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017304	CATTAA	2	12	1797953	1797964	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_017304	TATTTT	2	12	1808088	1808099	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017304	TTATTT	2	12	1819777	1819788	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017304	CATATA	2	12	1830705	1830716	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_017304	CATATA	2	12	1830741	1830752	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_017304	AAAAAC	2	12	1832262	1832273	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_017304	TAAAAT	2	12	1866556	1866567	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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253	NC_017304	GTAGAA	2	12	3496884	3496895	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.