MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Clostridium thermocellum DSM 1313 chromosome

Total Repeats: 2844

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017304	GGAAA	2	10	860	869	60 %	0 %	40 %	0 %	385777387
2	NC_017304	TTCAA	2	10	2804	2813	40 %	40 %	0 %	20 %	385777388
3	NC_017304	ATTTA	2	10	4297	4306	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017304	ATAAA	2	10	4309	4318	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017304	CCATA	2	10	5069	5078	40 %	20 %	0 %	40 %	385777392
6	NC_017304	AGTTG	2	10	6575	6584	20 %	40 %	40 %	0 %	385777392
7	NC_017304	TTAAA	2	10	7475	7484	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017304	TCTTG	2	10	7757	7766	0 %	60 %	20 %	20 %	385777393
9	NC_017304	GAAAA	2	10	9773	9782	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017304	ACAAA	2	10	9785	9794	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017304	GAAAA	2	10	10014	10023	80 %	0 %	20 %	0 %	385777395
12	NC_017304	ATTGT	2	10	10485	10494	20 %	60 %	20 %	0 %	385777396
13	NC_017304	AATAT	2	10	11038	11047	60 %	40 %	0 %	0 %	385777396
14	NC_017304	TATAA	2	10	11227	11236	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017304	TAAAC	2	10	12695	12704	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017304	GAAAT	2	10	14637	14646	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017304	CTTTT	2	10	15324	15333	0 %	80 %	0 %	20 %	385777399
18	NC_017304	TTTGA	2	10	17372	17381	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017304	CAAAT	2	10	19184	19193	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017304	ATTAT	2	10	19321	19330	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017304	TGCTT	2	10	21021	21030	0 %	60 %	20 %	20 %	385777404
22	NC_017304	AGTGG	2	10	21439	21448	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017304	TTTGC	2	10	22760	22769	0 %	60 %	20 %	20 %	385777407
24	NC_017304	AATAT	2	10	25782	25791	60 %	40 %	0 %	0 %	385777411
25	NC_017304	TTGAT	2	10	26745	26754	20 %	60 %	20 %	0 %	385777412
26	NC_017304	TTGGA	2	10	26953	26962	20 %	40 %	40 %	0 %	385777412
27	NC_017304	AAAGT	2	10	27410	27419	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017304	GTTAT	2	10	29239	29248	20 %	60 %	20 %	0 %	385777414
29	NC_017304	TTTGC	2	10	31787	31796	0 %	60 %	20 %	20 %	385777416
30	NC_017304	TAAAA	2	10	32377	32386	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017304	GGCAT	2	10	32427	32436	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017304	TATAA	2	10	33371	33380	60 %	40 %	0 %	0 %	385777417
33	NC_017304	ATATT	2	10	33548	33557	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017304	TGCAG	2	10	35243	35252	20 %	20 %	40 %	20 %	385777419
35	NC_017304	TTTTG	2	10	35819	35828	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017304	AATTT	2	10	35928	35937	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017304	GTATA	2	10	43726	43735	40 %	40 %	20 %	0 %	385777427
38	NC_017304	TTTAA	2	10	43736	43745	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017304	TGATA	2	10	43768	43777	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017304	AAAAG	2	10	46011	46020	80 %	0 %	20 %	0 %	385777429
41	NC_017304	TTCTT	2	10	49306	49315	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017304	TTCTT	2	10	49947	49956	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_017304	CATGC	2	10	53529	53538	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_017304	AATTT	2	10	55846	55855	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017304	ATAGC	2	10	56459	56468	40 %	20 %	20 %	20 %	385777436
46	NC_017304	GCTTT	2	10	57945	57954	0 %	60 %	20 %	20 %	385777436
47	NC_017304	GTTTT	2	10	59090	59099	0 %	80 %	20 %	0 %	385777438
48	NC_017304	TCTTT	2	10	59310	59319	0 %	80 %	0 %	20 %	385777438
49	NC_017304	AATGC	2	10	60992	61001	40 %	20 %	20 %	20 %	385777439
50	NC_017304	AGTAA	2	10	62383	62392	60 %	20 %	20 %	0 %	385777439
51	NC_017304	CGGAA	2	10	63419	63428	40 %	0 %	40 %	20 %	385777440
52	NC_017304	CAGAG	2	10	63563	63572	40 %	0 %	40 %	20 %	385777440
53	NC_017304	GAGAA	2	10	64337	64346	60 %	0 %	40 %	0 %	385777441
54	NC_017304	CAAAC	2	10	73910	73919	60 %	0 %	0 %	40 %	385777451
55	NC_017304	TCAAT	2	10	74903	74912	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_017304	AACGG	2	10	77515	77524	40 %	0 %	40 %	20 %	385777456
57	NC_017304	AATTT	2	10	77877	77886	40 %	60 %	0 %	0 %	385777456
58	NC_017304	AATAA	2	10	78119	78128	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017304	TGCAA	2	10	78549	78558	40 %	20 %	20 %	20 %	385777457
60	NC_017304	CATAT	2	10	79640	79649	40 %	40 %	0 %	20 %	385777457
61	NC_017304	TTGCA	2	10	84019	84028	20 %	40 %	20 %	20 %	385777462
62	NC_017304	CGGTT	2	10	84151	84160	0 %	40 %	40 %	20 %	385777462
63	NC_017304	AATTA	2	10	87501	87510	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017304	CTTTA	2	10	89353	89362	20 %	60 %	0 %	20 %	385777465
65	NC_017304	GGGTT	2	10	91844	91853	0 %	40 %	60 %	0 %	385777466
66	NC_017304	TTCCA	2	10	94459	94468	20 %	40 %	0 %	40 %	385777468
67	NC_017304	ATTTG	2	10	94474	94483	20 %	60 %	20 %	0 %	385777468
68	NC_017304	CATAC	2	10	94907	94916	40 %	20 %	0 %	40 %	385777468
69	NC_017304	CAGTG	2	10	96732	96741	20 %	20 %	40 %	20 %	385777468
70	NC_017304	TTGAT	2	10	97860	97869	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017304	ATATT	2	10	97935	97944	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017304	TTTAT	2	10	98083	98092	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017304	GCAAA	2	10	98548	98557	60 %	0 %	20 %	20 %	385777470
74	NC_017304	ACGGT	2	10	98855	98864	20 %	20 %	40 %	20 %	385777470
75	NC_017304	TCAAT	2	10	98924	98933	40 %	40 %	0 %	20 %	385777471
76	NC_017304	TGTAC	2	10	100656	100665	20 %	40 %	20 %	20 %	385777472
77	NC_017304	GTATT	2	10	100983	100992	20 %	60 %	20 %	0 %	385777472
78	NC_017304	TTATA	2	10	101313	101322	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017304	TATAT	2	10	109343	109352	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017304	ACTTC	2	10	110981	110990	20 %	40 %	0 %	40 %	385777479
81	NC_017304	ACCTT	2	10	115086	115095	20 %	40 %	0 %	40 %	385777482
82	NC_017304	GCAAA	2	10	116161	116170	60 %	0 %	20 %	20 %	385777484
83	NC_017304	CAAAA	2	10	118328	118337	80 %	0 %	0 %	20 %	385777485
84	NC_017304	TTTCC	2	10	119049	119058	0 %	60 %	0 %	40 %	385777487
85	NC_017304	AGAAA	3	15	119101	119115	80 %	0 %	20 %	0 %	385777487
86	NC_017304	AGAGC	2	10	119418	119427	40 %	0 %	40 %	20 %	385777487
87	NC_017304	AAAAT	2	10	121072	121081	80 %	20 %	0 %	0 %	385777488
88	NC_017304	TTAAA	2	10	121774	121783	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017304	TTATA	2	10	121947	121956	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017304	AAAAT	2	10	123508	123517	80 %	20 %	0 %	0 %	385777491
91	NC_017304	ATAAG	2	10	124099	124108	60 %	20 %	20 %	0 %	385777492
92	NC_017304	AAAGG	2	10	125013	125022	60 %	0 %	40 %	0 %	385777494
93	NC_017304	CCAAA	2	10	125616	125625	60 %	0 %	0 %	40 %	385777494
94	NC_017304	TACAC	2	10	126202	126211	40 %	20 %	0 %	40 %	385777494
95	NC_017304	TAAAG	2	10	126620	126629	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017304	TGTAA	2	10	126633	126642	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017304	GCAAA	2	10	126664	126673	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017304	GAACA	2	10	128310	128319	60 %	0 %	20 %	20 %	385777496
99	NC_017304	TCAAG	2	10	129354	129363	40 %	20 %	20 %	20 %	385777497
100	NC_017304	GGAGT	2	10	130407	130416	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017304	TGCCC	2	10	130747	130756	0 %	20 %	20 %	60 %	385777498
102	NC_017304	TTGGA	2	10	130804	130813	20 %	40 %	40 %	0 %	385777498
103	NC_017304	CCGAT	2	10	131558	131567	20 %	20 %	20 %	40 %	385777499
104	NC_017304	GTACT	2	10	134522	134531	20 %	40 %	20 %	20 %	385777502
105	NC_017304	TTCCG	2	10	135957	135966	0 %	40 %	20 %	40 %	385777503
106	NC_017304	GCAAA	2	10	136625	136634	60 %	0 %	20 %	20 %	385777503
107	NC_017304	GAAAA	2	10	136692	136701	80 %	0 %	20 %	0 %	385777503
108	NC_017304	TTTAT	2	10	137301	137310	20 %	80 %	0 %	0 %	385777504
109	NC_017304	GGAAA	2	10	137590	137599	60 %	0 %	40 %	0 %	385777505
110	NC_017304	AATGA	2	10	137605	137614	60 %	20 %	20 %	0 %	385777505
111	NC_017304	AGCAG	2	10	138686	138695	40 %	0 %	40 %	20 %	385777507
112	NC_017304	CATTT	2	10	141201	141210	20 %	60 %	0 %	20 %	385777509
113	NC_017304	TTTCA	2	10	141418	141427	20 %	60 %	0 %	20 %	385777510
114	NC_017304	AAATT	2	10	142500	142509	60 %	40 %	0 %	0 %	385777511
115	NC_017304	TTTTA	2	10	144782	144791	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017304	AAAGA	2	10	145743	145752	80 %	0 %	20 %	0 %	385777515
117	NC_017304	GGCGG	2	10	146005	146014	0 %	0 %	80 %	20 %	385777515
118	NC_017304	ATATT	2	10	146457	146466	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017304	GTAAA	2	10	148852	148861	60 %	20 %	20 %	0 %	385777518
120	NC_017304	CATTC	2	10	148891	148900	20 %	40 %	0 %	40 %	385777518
121	NC_017304	CCAAA	2	10	148977	148986	60 %	0 %	0 %	40 %	385777518
122	NC_017304	AACAT	2	10	150845	150854	60 %	20 %	0 %	20 %	385777520
123	NC_017304	CAGGG	2	10	151358	151367	20 %	0 %	60 %	20 %	385777521
124	NC_017304	TATCA	2	10	153681	153690	40 %	40 %	0 %	20 %	385777523
125	NC_017304	CATGG	2	10	155543	155552	20 %	20 %	40 %	20 %	385777524
126	NC_017304	TAAAT	2	10	155806	155815	60 %	40 %	0 %	0 %	385777525
127	NC_017304	AAAAG	2	10	158643	158652	80 %	0 %	20 %	0 %	385777527
128	NC_017304	TCGAA	2	10	159752	159761	40 %	20 %	20 %	20 %	385777527
129	NC_017304	GCATG	2	10	160892	160901	20 %	20 %	40 %	20 %	385777529
130	NC_017304	CAATG	2	10	162738	162747	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017304	GTATC	2	10	166125	166134	20 %	40 %	20 %	20 %	385777532
132	NC_017304	CATTG	2	10	166717	166726	20 %	40 %	20 %	20 %	385777533
133	NC_017304	TCGTT	2	10	166998	167007	0 %	60 %	20 %	20 %	385777533
134	NC_017304	TAAAT	2	10	167349	167358	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017304	AACAA	2	10	167929	167938	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_017304	ATTAT	2	10	169330	169339	40 %	60 %	0 %	0 %	385777534
137	NC_017304	CTTTT	2	10	170757	170766	0 %	80 %	0 %	20 %	385777537
138	NC_017304	TAAAA	2	10	173547	173556	80 %	20 %	0 %	0 %	385777539
139	NC_017304	GGAAG	2	10	173765	173774	40 %	0 %	60 %	0 %	385777539
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