MICAS: Microsatellite Analysis Server

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Clostridium thermocellum DSM 1313 chromosome

Total Repeats: 788

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017304	ATTTA	2	10	4297	4306	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017304	ATAAA	2	10	4309	4318	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017304	TTAAA	2	10	7475	7484	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017304	GAAAA	2	10	9773	9782	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017304	ACAAA	2	10	9785	9794	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017304	TATAA	2	10	11227	11236	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017304	TAAAC	2	10	12695	12704	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017304	GAAAT	2	10	14637	14646	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017304	TTTGA	2	10	17372	17381	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017304	CAAAT	2	10	19184	19193	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017304	ATTAT	2	10	19321	19330	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017304	AGTGG	2	10	21439	21448	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017304	AAAGT	2	10	27410	27419	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017304	TAAAA	2	10	32377	32386	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017304	GGCAT	2	10	32427	32436	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017304	ATATT	2	10	33548	33557	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017304	TTTTG	2	10	35819	35828	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017304	AATTT	2	10	35928	35937	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017304	TTTAA	2	10	43736	43745	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017304	TGATA	2	10	43768	43777	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017304	TTCTT	2	10	49306	49315	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017304	TTCTT	2	10	49947	49956	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017304	CATGC	2	10	53529	53538	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_017304	AATTT	2	10	55846	55855	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017304	TCAAT	2	10	74903	74912	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017304	AATAA	2	10	78119	78128	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017304	AATTA	2	10	87501	87510	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017304	TTGAT	2	10	97860	97869	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017304	ATATT	2	10	97935	97944	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017304	TTTAT	2	10	98083	98092	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017304	TTATA	2	10	101313	101322	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017304	TATAT	2	10	109343	109352	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017304	TTAAA	2	10	121774	121783	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017304	TTATA	2	10	121947	121956	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017304	TAAAG	2	10	126620	126629	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017304	TGTAA	2	10	126633	126642	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017304	GCAAA	2	10	126664	126673	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017304	GGAGT	2	10	130407	130416	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017304	TTTTA	2	10	144782	144791	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017304	ATATT	2	10	146457	146466	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017304	CAATG	2	10	162738	162747	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017304	TAAAT	2	10	167349	167358	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017304	AACAA	2	10	167929	167938	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017304	GCGTA	2	10	174083	174092	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_017304	AGATG	2	10	174168	174177	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017304	ATTAT	2	10	174873	174882	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017304	CAAAC	2	10	175858	175867	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_017304	AATAT	2	10	176063	176072	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017304	TTATA	2	10	182660	182669	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017304	AAAGG	2	10	186570	186579	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017304	ATTTA	2	10	188299	188308	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017304	ATTTT	2	10	192177	192186	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017304	AGGGG	2	10	192341	192350	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017304	TATAA	2	10	197507	197516	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017304	TAAAG	2	10	203473	203482	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017304	TATTG	2	10	224980	224989	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017304	CAAGT	2	10	229036	229045	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_017304	AATTG	2	10	231101	231110	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017304	TTTTA	2	10	232934	232943	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017304	ATTAT	2	10	237619	237628	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017304	AAAGT	2	10	240205	240214	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017304	TATAA	2	10	240292	240301	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017304	AGCAT	2	10	268880	268889	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017304	TCAAA	2	10	268914	268923	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017304	AATAA	2	10	268927	268936	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017304	TAAAA	2	10	269232	269241	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017304	TAAAA	2	10	269245	269254	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017304	TATTG	2	10	271708	271717	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017304	TGGAA	2	10	280741	280750	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017304	AATTG	2	10	281031	281040	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017304	ATAAA	2	10	288430	288439	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017304	AAGCC	2	10	288798	288807	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_017304	TTTAA	2	10	289337	289346	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017304	TCTAT	2	10	289495	289504	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017304	TAAAA	2	10	299079	299088	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017304	ATACA	2	10	304248	304257	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017304	ATAAA	2	10	311320	311329	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017304	ATTTT	2	10	316604	316613	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017304	TAAAT	2	10	338402	338411	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017304	AAAAT	2	10	338975	338984	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017304	TGTAA	2	10	347540	347549	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017304	ATTTA	2	10	351687	351696	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017304	TAATG	2	10	359294	359303	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017304	ATTTT	2	10	364735	364744	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017304	TATTT	2	10	364767	364776	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017304	TATAA	2	10	368049	368058	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017304	TATAT	2	10	370176	370185	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017304	TAAAT	2	10	372121	372130	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017304	TATAA	2	10	378697	378706	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017304	TTTTA	2	10	399041	399050	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017304	TAAAA	2	10	405691	405700	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017304	TGAAG	2	10	405770	405779	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017304	TATAA	2	10	419941	419950	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017304	AACAA	2	10	422781	422790	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017304	AATTA	2	10	429980	429989	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017304	TAAAG	2	10	438858	438867	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017304	AATAA	2	10	441040	441049	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017304	TAAAA	2	10	443349	443358	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017304	TTTTA	2	10	448068	448077	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017304	TTGAG	2	10	448114	448123	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017304	ATAAA	2	10	448308	448317	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017304	TATAT	2	10	456081	456090	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017304	ATTTA	2	10	459473	459482	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017304	ATTTA	2	10	459501	459510	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017304	AATAT	2	10	466753	466762	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017304	TAATA	2	10	467673	467682	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017304	TTTAT	2	10	473982	473991	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017304	AGCGA	2	10	475856	475865	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017304	TAATA	2	10	486523	486532	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017304	ATATT	2	10	486533	486542	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017304	ATATT	2	10	493408	493417	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017304	CATTT	2	10	493519	493528	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_017304	TTATT	2	10	494274	494283	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017304	ATTTT	2	10	494288	494297	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017304	TCGTG	2	10	498170	498179	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
116	NC_017304	AAAGG	2	10	499013	499022	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017304	GGGAG	2	10	499559	499568	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017304	AAAGT	2	10	500337	500346	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017304	ACAAT	2	10	502247	502256	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017304	TAAAA	2	10	517435	517444	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017304	TATAA	2	10	529295	529304	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017304	TAAAC	2	10	533506	533515	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017304	TATAA	2	10	535277	535286	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017304	ATACC	2	10	537259	537268	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_017304	TTTTA	2	10	550496	550505	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017304	TGGTG	2	10	555417	555426	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017304	ATAAA	2	10	556766	556775	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017304	GATTT	2	10	557073	557082	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017304	ATATT	2	10	558847	558856	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017304	AAAAT	2	10	561257	561266	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017304	ATTAT	2	10	568852	568861	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017304	TATAA	2	10	571401	571410	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017304	TAAAA	2	10	580366	580375	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017304	TAGAA	2	10	581872	581881	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017304	AAAAC	2	10	581927	581936	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_017304	GAACA	2	10	584313	584322	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
137	NC_017304	TTCTT	2	10	585423	585432	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017304	CATTG	2	10	594260	594269	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017304	AATAA	2	10	599982	599991	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017304	TTGAC	2	10	603701	603710	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017304	ATATA	2	10	604774	604783	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017304	TATGC	2	10	607416	607425	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017304	TAAAA	2	10	613621	613630	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017304	TTGCT	2	10	616943	616952	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
145	NC_017304	AAGAT	2	10	619918	619927	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017304	CATAA	2	10	634342	634351	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_017304	TTTTG	2	10	637838	637847	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017304	AAACA	2	10	638426	638435	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
149	NC_017304	TTCAA	2	10	638475	638484	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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441	NC_017304	ATTAT	2	10	2134585	2134594	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
442	NC_017304	AATTT	2	10	2138271	2138280	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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454	NC_017304	ATTGA	2	10	2161509	2161518	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
455	NC_017304	TTTTA	2	10	2163166	2163175	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
456	NC_017304	GAAAT	2	10	2171687	2171696	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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463	NC_017304	TAAAA	2	10	2197560	2197569	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
464	NC_017304	ATAAA	2	10	2212329	2212338	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
465	NC_017304	ATATA	2	10	2226442	2226451	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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467	NC_017304	TTTTA	2	10	2249545	2249554	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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470	NC_017304	ATATT	2	10	2252406	2252415	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
471	NC_017304	AAAAT	2	10	2260241	2260250	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
472	NC_017304	ATTTT	2	10	2260269	2260278	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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474	NC_017304	GCAAA	2	10	2262114	2262123	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
475	NC_017304	AATAG	2	10	2265922	2265931	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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495	NC_017304	CATAA	2	10	2351682	2351691	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
496	NC_017304	ATTTA	2	10	2361323	2361332	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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500	NC_017304	TTTAG	2	10	2372169	2372178	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding

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