MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Clostridium thermocellum DSM 1313 chromosome

Total Repeats: 45655

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017304	ATT	2	6	10	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017304	AAT	2	6	127	132	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017304	ACC	2	6	140	145	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_017304	GGA	2	6	202	207	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017304	CGG	2	6	351	356	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385777387
6	NC_017304	CAA	2	6	361	366	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385777387
7	NC_017304	CCG	2	6	498	503	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385777387
8	NC_017304	TTC	2	6	715	720	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385777387
9	NC_017304	ACA	2	6	783	788	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385777387
10	NC_017304	GAA	2	6	794	799	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777387
11	NC_017304	GAC	2	6	839	844	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777387
12	NC_017304	GGA	3	9	874	882	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777387
13	NC_017304	TTC	2	6	884	889	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385777387
14	NC_017304	CAC	2	6	1264	1269	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385777387
15	NC_017304	GAA	2	6	1310	1315	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777387
16	NC_017304	AGA	2	6	1326	1331	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777387
17	NC_017304	CGG	2	6	1423	1428	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385777387
18	NC_017304	TAC	2	6	1438	1443	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385777387
19	NC_017304	GAA	2	6	1472	1477	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777387
20	NC_017304	AGG	2	6	1499	1504	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777387
21	NC_017304	CTG	2	6	1529	1534	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385777387
22	NC_017304	CAA	2	6	1551	1556	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_017304	TTG	2	6	1560	1565	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017304	AAT	2	6	1598	1603	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017304	TTA	2	6	1729	1734	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017304	TAT	2	6	1736	1741	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017304	ATT	2	6	1755	1760	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017304	AGG	2	6	1777	1782	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017304	CGT	2	6	1837	1842	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385777388
30	NC_017304	AAG	2	6	2023	2028	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777388
31	NC_017304	AAC	2	6	2336	2341	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385777388
32	NC_017304	TGA	2	6	2416	2421	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777388
33	NC_017304	TAT	2	6	2524	2529	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777388
34	NC_017304	ACC	2	6	2530	2535	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385777388
35	NC_017304	GAA	2	6	2696	2701	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777388
36	NC_017304	GCA	2	6	2721	2726	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777388
37	NC_017304	TGA	2	6	3000	3005	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777389
38	NC_017304	AAG	2	6	3046	3051	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777389
39	NC_017304	GAA	2	6	3054	3059	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777389
40	NC_017304	TTG	2	6	3078	3083	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385777389
41	NC_017304	GTA	2	6	3412	3417	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777390
42	NC_017304	ATA	2	6	3502	3507	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777390
43	NC_017304	AAG	2	6	3509	3514	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777390
44	NC_017304	AGA	2	6	3526	3531	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777390
45	NC_017304	GCA	2	6	3585	3590	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777390
46	NC_017304	ACA	2	6	3712	3717	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385777390
47	NC_017304	GAT	2	6	3934	3939	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777390
48	NC_017304	CCT	2	6	4001	4006	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385777390
49	NC_017304	TGT	2	6	4007	4012	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385777390
50	NC_017304	ATA	2	6	4036	4041	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777390
51	NC_017304	TGA	2	6	4077	4082	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777390
52	NC_017304	AGA	2	6	4108	4113	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777390
53	NC_017304	TTA	2	6	4151	4156	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777390
54	NC_017304	ATT	2	6	4173	4178	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777390
55	NC_017304	GAA	2	6	4226	4231	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777390
56	NC_017304	TTA	2	6	4233	4238	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777390
57	NC_017304	TAT	3	9	4249	4257	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017304	ATT	2	6	4328	4333	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017304	GGA	2	6	4399	4404	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017304	GGA	2	6	4425	4430	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777391
61	NC_017304	GTA	2	6	4437	4442	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777391
62	NC_017304	GAA	3	9	4524	4532	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777391
63	NC_017304	TAA	2	6	4576	4581	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777391
64	NC_017304	TAT	2	6	4601	4606	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777391
65	NC_017304	TTC	2	6	4622	4627	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385777391
66	NC_017304	GGA	2	6	4658	4663	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777391
67	NC_017304	AGG	2	6	4762	4767	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017304	TAA	2	6	4784	4789	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777392
69	NC_017304	GGA	2	6	5124	5129	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777392
70	NC_017304	ACT	2	6	5286	5291	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385777392
71	NC_017304	GAG	2	6	5415	5420	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777392
72	NC_017304	ATA	2	6	5602	5607	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777392
73	NC_017304	TCA	2	6	5755	5760	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385777392
74	NC_017304	AAG	2	6	5825	5830	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777392
75	NC_017304	TTG	2	6	5833	5838	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385777392
76	NC_017304	ATA	2	6	5844	5849	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777392
77	NC_017304	AAG	2	6	5966	5971	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777392
78	NC_017304	TTG	2	6	6055	6060	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385777392
79	NC_017304	AAT	2	6	6263	6268	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777392
80	NC_017304	GAA	2	6	6477	6482	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777392
81	NC_017304	CGA	2	6	6602	6607	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777392
82	NC_017304	TAA	2	6	6828	6833	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017304	TAA	2	6	6838	6843	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017304	TTG	2	6	6856	6861	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017304	AAT	2	6	6863	6868	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017304	ACA	2	6	7230	7235	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_017304	ACA	2	6	7278	7283	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_017304	AAT	2	6	7407	7412	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017304	ATA	2	6	7440	7445	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017304	CAA	2	6	7467	7472	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_017304	GAA	2	6	7487	7492	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017304	GCA	2	6	7503	7508	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_017304	CAC	2	6	7537	7542	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_017304	ACT	3	9	7733	7741	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385777393
95	NC_017304	TAA	2	6	7875	7880	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777393
96	NC_017304	ATG	2	6	7896	7901	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777393
97	NC_017304	TCC	2	6	8062	8067	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385777393
98	NC_017304	GCT	2	6	8077	8082	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385777393
99	NC_017304	CTG	2	6	8100	8105	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385777393
100	NC_017304	AGT	2	6	8224	8229	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777393
101	NC_017304	ATT	2	6	8318	8323	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777393
102	NC_017304	ATA	2	6	8369	8374	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777393
103	NC_017304	GAG	2	6	8444	8449	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777393
104	NC_017304	GAA	2	6	8512	8517	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777394
105	NC_017304	GTC	2	6	8641	8646	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385777394
106	NC_017304	AGA	2	6	8701	8706	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777394
107	NC_017304	GGC	2	6	8712	8717	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385777394
108	NC_017304	ACG	2	6	8734	8739	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777394
109	NC_017304	GAA	2	6	8881	8886	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777394
110	NC_017304	CTG	2	6	9010	9015	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385777394
111	NC_017304	ACA	2	6	9023	9028	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385777394
112	NC_017304	ATA	2	6	9058	9063	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777394
113	NC_017304	GAG	2	6	9187	9192	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777394
114	NC_017304	AAT	2	6	9235	9240	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777394
115	NC_017304	ATT	2	6	9266	9271	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777394
116	NC_017304	GGA	3	9	9273	9281	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777394
117	NC_017304	ATT	2	6	9300	9305	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777394
118	NC_017304	TAA	2	6	9318	9323	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777394
119	NC_017304	ATC	2	6	9380	9385	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_017304	ATT	2	6	9468	9473	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017304	TTA	2	6	9474	9479	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017304	AAT	2	6	9489	9494	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017304	TAT	2	6	9500	9505	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017304	TAA	2	6	9558	9563	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017304	CGG	2	6	9690	9695	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_017304	GCA	2	6	9763	9768	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_017304	ATA	2	6	9866	9871	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017304	TCA	2	6	9892	9897	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385777395
129	NC_017304	ATA	2	6	9973	9978	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777395
130	NC_017304	GAA	2	6	10063	10068	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777395
131	NC_017304	ATA	2	6	10079	10084	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777395
132	NC_017304	GAA	2	6	10110	10115	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777395
133	NC_017304	TGA	2	6	10203	10208	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777395
134	NC_017304	GAC	2	6	10246	10251	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777395
135	NC_017304	TAA	2	6	10268	10273	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777395
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259	NC_017304	ATT	2	6	19300	19305	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
260	NC_017304	TAT	2	6	19415	19420	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
261	NC_017304	ATA	2	6	19497	19502	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
262	NC_017304	AAG	2	6	19532	19537	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777403
263	NC_017304	TCT	2	6	19628	19633	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385777403
264	NC_017304	TCC	2	6	19877	19882	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385777403
265	NC_017304	CTT	2	6	19918	19923	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385777403
266	NC_017304	CTT	2	6	19936	19941	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385777403
267	NC_017304	GCA	2	6	20032	20037	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777403
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280	NC_017304	CTA	2	6	20816	20821	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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282	NC_017304	GGT	2	6	20965	20970	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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286	NC_017304	AAT	2	6	21285	21290	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777404
287	NC_017304	TAA	2	6	21339	21344	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
288	NC_017304	ATT	2	6	21345	21350	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
289	NC_017304	ATA	2	6	21470	21475	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777405
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294	NC_017304	GTT	2	6	22039	22044	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385777406
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