MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Clostridium thermocellum DSM 1313 chromosome

Total Repeats: 37797

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017304	CGG	2	6	351	356	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385777387
2	NC_017304	CAA	2	6	361	366	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385777387
3	NC_017304	CCG	2	6	498	503	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385777387
4	NC_017304	TTC	2	6	715	720	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385777387
5	NC_017304	ACA	2	6	783	788	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385777387
6	NC_017304	GAA	2	6	794	799	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777387
7	NC_017304	GAC	2	6	839	844	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777387
8	NC_017304	GGA	3	9	874	882	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777387
9	NC_017304	TTC	2	6	884	889	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385777387
10	NC_017304	CAC	2	6	1264	1269	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385777387
11	NC_017304	GAA	2	6	1310	1315	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777387
12	NC_017304	AGA	2	6	1326	1331	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777387
13	NC_017304	CGG	2	6	1423	1428	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385777387
14	NC_017304	TAC	2	6	1438	1443	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385777387
15	NC_017304	GAA	2	6	1472	1477	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777387
16	NC_017304	AGG	2	6	1499	1504	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777387
17	NC_017304	CTG	2	6	1529	1534	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385777387
18	NC_017304	CGT	2	6	1837	1842	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385777388
19	NC_017304	AAG	2	6	2023	2028	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777388
20	NC_017304	AAC	2	6	2336	2341	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385777388
21	NC_017304	TGA	2	6	2416	2421	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777388
22	NC_017304	TAT	2	6	2524	2529	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777388
23	NC_017304	ACC	2	6	2530	2535	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385777388
24	NC_017304	GAA	2	6	2696	2701	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777388
25	NC_017304	GCA	2	6	2721	2726	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777388
26	NC_017304	TGA	2	6	3000	3005	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777389
27	NC_017304	AAG	2	6	3046	3051	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777389
28	NC_017304	GAA	2	6	3054	3059	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777389
29	NC_017304	TTG	2	6	3078	3083	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385777389
30	NC_017304	GTA	2	6	3412	3417	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777390
31	NC_017304	ATA	2	6	3502	3507	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777390
32	NC_017304	AAG	2	6	3509	3514	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777390
33	NC_017304	AGA	2	6	3526	3531	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777390
34	NC_017304	GCA	2	6	3585	3590	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777390
35	NC_017304	ACA	2	6	3712	3717	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385777390
36	NC_017304	GAT	2	6	3934	3939	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777390
37	NC_017304	CCT	2	6	4001	4006	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385777390
38	NC_017304	TGT	2	6	4007	4012	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385777390
39	NC_017304	ATA	2	6	4036	4041	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777390
40	NC_017304	TGA	2	6	4077	4082	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777390
41	NC_017304	AGA	2	6	4108	4113	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777390
42	NC_017304	TTA	2	6	4151	4156	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777390
43	NC_017304	ATT	2	6	4173	4178	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777390
44	NC_017304	GAA	2	6	4226	4231	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777390
45	NC_017304	TTA	2	6	4233	4238	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777390
46	NC_017304	GGA	2	6	4425	4430	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777391
47	NC_017304	GTA	2	6	4437	4442	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777391
48	NC_017304	GAA	3	9	4524	4532	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777391
49	NC_017304	TAA	2	6	4576	4581	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777391
50	NC_017304	TAT	2	6	4601	4606	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777391
51	NC_017304	TTC	2	6	4622	4627	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385777391
52	NC_017304	GGA	2	6	4658	4663	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777391
53	NC_017304	TAA	2	6	4784	4789	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777392
54	NC_017304	GGA	2	6	5124	5129	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777392
55	NC_017304	ACT	2	6	5286	5291	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385777392
56	NC_017304	GAG	2	6	5415	5420	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777392
57	NC_017304	ATA	2	6	5602	5607	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777392
58	NC_017304	TCA	2	6	5755	5760	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385777392
59	NC_017304	AAG	2	6	5825	5830	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777392
60	NC_017304	TTG	2	6	5833	5838	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385777392
61	NC_017304	ATA	2	6	5844	5849	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777392
62	NC_017304	AAG	2	6	5966	5971	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777392
63	NC_017304	TTG	2	6	6055	6060	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385777392
64	NC_017304	AAT	2	6	6263	6268	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777392
65	NC_017304	GAA	2	6	6477	6482	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777392
66	NC_017304	CGA	2	6	6602	6607	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777392
67	NC_017304	ACT	3	9	7733	7741	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385777393
68	NC_017304	TAA	2	6	7875	7880	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777393
69	NC_017304	ATG	2	6	7896	7901	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777393
70	NC_017304	TCC	2	6	8062	8067	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385777393
71	NC_017304	GCT	2	6	8077	8082	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385777393
72	NC_017304	CTG	2	6	8100	8105	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385777393
73	NC_017304	AGT	2	6	8224	8229	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777393
74	NC_017304	ATT	2	6	8318	8323	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777393
75	NC_017304	ATA	2	6	8369	8374	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777393
76	NC_017304	GAG	2	6	8444	8449	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777393
77	NC_017304	GAA	2	6	8512	8517	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777394
78	NC_017304	GTC	2	6	8641	8646	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385777394
79	NC_017304	AGA	2	6	8701	8706	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777394
80	NC_017304	GGC	2	6	8712	8717	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385777394
81	NC_017304	ACG	2	6	8734	8739	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777394
82	NC_017304	GAA	2	6	8881	8886	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777394
83	NC_017304	CTG	2	6	9010	9015	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385777394
84	NC_017304	ACA	2	6	9023	9028	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385777394
85	NC_017304	ATA	2	6	9058	9063	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777394
86	NC_017304	GAG	2	6	9187	9192	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777394
87	NC_017304	AAT	2	6	9235	9240	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777394
88	NC_017304	ATT	2	6	9266	9271	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777394
89	NC_017304	GGA	3	9	9273	9281	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777394
90	NC_017304	ATT	2	6	9300	9305	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777394
91	NC_017304	TAA	2	6	9318	9323	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777394
92	NC_017304	TCA	2	6	9892	9897	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385777395
93	NC_017304	ATA	2	6	9973	9978	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777395
94	NC_017304	GAA	2	6	10063	10068	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777395
95	NC_017304	ATA	2	6	10079	10084	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777395
96	NC_017304	GAA	2	6	10110	10115	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777395
97	NC_017304	TGA	2	6	10203	10208	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777395
98	NC_017304	GAC	2	6	10246	10251	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777395
99	NC_017304	TAA	2	6	10268	10273	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777395
100	NC_017304	CAA	2	6	10298	10303	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385777395
101	NC_017304	GAA	2	6	10354	10359	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777395
102	NC_017304	ATT	2	6	10391	10396	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777395
103	NC_017304	GTA	2	6	10461	10466	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777396
104	NC_017304	TAA	2	6	10523	10528	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777396
105	NC_017304	CTT	2	6	10809	10814	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385777396
106	NC_017304	ATA	2	6	10840	10845	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777396
107	NC_017304	ATG	2	6	10987	10992	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777396
108	NC_017304	ATT	2	6	10996	11001	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777396
109	NC_017304	TGA	2	6	11006	11011	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777396
110	NC_017304	TTA	2	6	11015	11020	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777396
111	NC_017304	AAG	2	6	11068	11073	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777396
112	NC_017304	CAG	2	6	11105	11110	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777396
113	NC_017304	TTA	2	6	11111	11116	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777396
114	NC_017304	TGA	2	6	11421	11426	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777397
115	NC_017304	AGA	2	6	11431	11436	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777397
116	NC_017304	ATC	2	6	11526	11531	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385777397
117	NC_017304	GGA	2	6	11538	11543	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777397
118	NC_017304	TTC	2	6	11618	11623	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385777397
119	NC_017304	AAG	2	6	11691	11696	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777397
120	NC_017304	GAA	2	6	11962	11967	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777397
121	NC_017304	ATT	2	6	11993	11998	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777397
122	NC_017304	TGC	2	6	12117	12122	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385777397
123	NC_017304	GAA	2	6	12208	12213	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777397
124	NC_017304	GTG	2	6	12274	12279	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385777397
125	NC_017304	CGG	2	6	12308	12313	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385777397
126	NC_017304	ACA	2	6	12350	12355	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385777397
127	NC_017304	AAG	2	6	12402	12407	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777397
128	NC_017304	CAG	2	6	12520	12525	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777397
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130	NC_017304	GTT	2	6	12594	12599	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385777397
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255	NC_017304	GGA	2	6	23911	23916	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777408
256	NC_017304	TTA	2	6	23975	23980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777408
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287	NC_017304	GGC	2	6	26573	26578	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385777412
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