MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Corynebacterium pseudotuberculosis I19 chromosome

Total Repeats: 89

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017303	AGCTTC	2	12	21472	21483	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_017303	TTTTCT	2	12	22075	22086	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_017303	CAGAAG	2	12	74757	74768	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017303	CTCACT	2	12	121045	121056	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_017303	TGGGGC	2	12	182615	182626	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_017303	TTTGCC	2	12	321016	321027	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017303	ACGGTA	2	12	322086	322097	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017303	AATTTT	2	12	325347	325358	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017303	TTCCTC	2	12	347090	347101	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_017303	GCTATA	2	12	378660	378671	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_017303	ACGTTG	2	12	379188	379199	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_017303	TGAGTA	2	12	390454	390465	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017303	CTAAAA	2	12	397541	397552	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_017303	AAAAGC	2	12	408105	408116	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_017303	AGGGCT	2	12	429753	429764	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_017303	AGCTTT	2	12	469903	469914	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_017303	GTGCCT	2	12	480564	480575	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_017303	GCGCAA	2	12	524629	524640	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017303	TGCTCG	2	12	584626	584637	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_017303	AAAAAG	2	12	613917	613928	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017303	GGGTGT	2	12	618569	618580	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017303	GTTTTT	2	12	620605	620616	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017303	AGCGAA	2	12	621682	621693	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017303	CTGAGC	2	12	650784	650795	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_017303	AGCGCC	2	12	655069	655080	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
26	NC_017303	CCGATT	2	12	655264	655275	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017303	GGCTGC	2	12	770148	770159	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_017303	AGGGGT	2	12	874256	874267	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017303	CCGTGC	2	12	939206	939217	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
30	NC_017303	GACGGT	2	12	948226	948237	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_017303	GTGGTT	2	12	966145	966156	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017303	TTCTAC	2	12	1020176	1020187	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_017303	GGCAGA	2	12	1020469	1020480	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_017303	ATCGAT	2	12	1020578	1020589	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017303	GGGTGT	2	12	1029455	1029466	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017303	GTTTTT	2	12	1031491	1031502	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017303	AGCGAA	2	12	1032568	1032579	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_017303	TCAACT	2	12	1085189	1085200	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_017303	TTTTAT	2	12	1136884	1136895	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017303	AGAAAA	2	12	1150745	1150756	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017303	TCTTTT	2	12	1150766	1150777	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_017303	CAAGAA	2	12	1289559	1289570	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_017303	AATCTA	2	12	1417001	1417012	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_017303	TATTTC	2	12	1431148	1431159	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_017303	GACGGT	2	12	1450030	1450041	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_017303	GTCTGT	2	12	1477764	1477775	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_017303	AATTTC	2	12	1511196	1511207	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_017303	CTGTGC	2	12	1551542	1551553	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_017303	AGCTGG	2	12	1600395	1600406	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_017303	TTGTGT	2	12	1640251	1640262	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017303	TTCATT	2	12	1712606	1712617	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_017303	TTAGCG	2	12	1745852	1745863	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_017303	ATTTTT	2	12	1754007	1754018	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017303	ACCCCT	2	12	1769042	1769053	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_017303	AAAAGA	2	12	1814953	1814964	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017303	AGCTTT	2	12	1816152	1816163	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_017303	ACCTTT	2	12	1835551	1835562	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_017303	AGTGGT	2	12	1840396	1840407	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017303	CCTTCA	2	12	1842061	1842072	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_017303	TTCGCT	2	12	1857662	1857673	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_017303	AAAAAC	2	12	1858739	1858750	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_017303	CAACGC	2	12	1912653	1912664	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
63	NC_017303	CCAAGC	2	12	1923790	1923801	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
64	NC_017303	TAATTT	2	12	1935815	1935826	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017303	CGCATA	2	12	1944790	1944801	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017303	AAACAA	2	12	1952182	1952193	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_017303	CATTAT	2	12	1978536	1978547	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_017303	ACAGCC	2	12	1982010	1982021	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
69	NC_017303	TCCTTG	2	12	2032837	2032848	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_017303	TAGGTG	2	12	2034949	2034960	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017303	TACCCC	2	12	2043796	2043807	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_017303	CATATA	2	12	2058559	2058570	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017303	ATGTTG	2	12	2065830	2065841	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017303	GATGAG	2	12	2066294	2066305	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017303	CAAGGA	2	12	2066383	2066394	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_017303	TTCAAT	2	12	2071155	2071166	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_017303	GCACGC	2	12	2072377	2072388	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
78	NC_017303	TCCTTA	2	12	2087704	2087715	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017303	AGGTCA	2	12	2088875	2088886	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017303	GCTTGG	2	12	2089363	2089374	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_017303	TTTAGT	2	12	2097509	2097520	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017303	CCCCCG	2	12	2124394	2124405	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
83	NC_017303	CATAGA	2	12	2189256	2189267	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_017303	AGAAAA	2	12	2197596	2197607	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017303	TTCGCT	2	12	2230886	2230897	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_017303	AAAAAC	2	12	2231963	2231974	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_017303	CACCCA	2	12	2234000	2234011	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
88	NC_017303	TGCCCA	2	12	2309990	2310001	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
89	NC_017303	TTTTCT	2	12	2327381	2327392	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.