MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Corynebacterium pseudotuberculosis I19 chromosome

Total Repeats: 244

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017303	TTATC	2	10	14086	14095	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017303	ACGTA	2	10	14249	14258	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017303	CAGTA	2	10	14632	14641	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017303	TAGCG	2	10	18331	18340	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017303	CACAT	2	10	39590	39599	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_017303	TTGGA	2	10	52673	52682	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017303	TTGAT	2	10	52708	52717	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017303	TGCAC	2	10	52802	52811	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_017303	TCTGT	2	10	64664	64673	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017303	TAATT	2	10	76511	76520	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017303	AACAA	2	10	93621	93630	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017303	TGCAC	2	10	104221	104230	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_017303	TGTTT	2	10	120895	120904	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017303	CGGGA	2	10	125539	125548	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017303	TTAAG	2	10	130892	130901	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017303	AAAAC	2	10	144884	144893	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017303	TTGCC	2	10	153829	153838	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_017303	GTACC	2	10	155788	155797	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_017303	GGTTG	2	10	161115	161124	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017303	GCATA	2	10	163215	163224	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017303	TGTGC	2	10	164438	164447	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017303	GGGAC	2	10	171473	171482	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017303	CACTT	2	10	171653	171662	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
24	NC_017303	TTAAG	2	10	184477	184486	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017303	AGGTG	2	10	186348	186357	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017303	CAATG	2	10	192478	192487	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017303	TAACG	2	10	193447	193456	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017303	ATTCT	2	10	207205	207214	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017303	GAAAA	2	10	224789	224798	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017303	CGAGA	2	10	225430	225439	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017303	CAAAA	2	10	229052	229061	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017303	TGGGG	2	10	256328	256337	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017303	ATTAG	2	10	305494	305503	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017303	TGCGA	2	10	310683	310692	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017303	TGTTC	2	10	312316	312325	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017303	AGCGG	2	10	313516	313525	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017303	TGGGG	2	10	321212	321221	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017303	TTGTG	2	10	322025	322034	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017303	ATGCC	2	10	325548	325557	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_017303	TGGCG	2	10	326089	326098	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017303	CTTGG	2	10	349608	349617	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017303	CAGCT	2	10	350321	350330	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_017303	CTTGC	2	10	355601	355610	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_017303	AGGGG	2	10	364917	364926	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017303	CGAGC	2	10	399789	399798	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_017303	GATGC	2	10	399990	399999	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017303	GCGGA	2	10	403237	403246	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017303	GGGTG	2	10	404264	404273	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017303	AGGAA	2	10	405596	405605	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017303	GATGT	2	10	447523	447532	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017303	GGTGG	2	10	451409	451418	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017303	GCATC	2	10	452692	452701	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_017303	CGCAA	2	10	452871	452880	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_017303	GCTGT	2	10	453638	453647	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017303	AGGTG	2	10	462188	462197	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017303	TGCCT	2	10	468615	468624	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_017303	AGGGG	2	10	500844	500853	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017303	CTTCT	2	10	511905	511914	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_017303	TTCAA	2	10	533393	533402	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017303	ATATC	2	10	584216	584225	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017303	GACTG	2	10	584275	584284	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017303	TTAGG	2	10	588603	588612	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017303	CGCTA	2	10	597409	597418	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_017303	TCGTG	2	10	620120	620129	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017303	CGTCA	2	10	620456	620465	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_017303	GTGTT	2	10	620738	620747	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017303	TGTGT	2	10	620883	620892	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017303	GGGAG	2	10	621541	621550	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017303	TGACA	2	10	624127	624136	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017303	TGTGT	2	10	624142	624151	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017303	GGTTG	2	10	635619	635628	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017303	CGTCT	2	10	641429	641438	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_017303	GTCCT	2	10	642913	642922	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_017303	AAAGG	2	10	644950	644959	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017303	GTTTT	2	10	688723	688732	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017303	TGAAT	2	10	719741	719750	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017303	GGGAA	2	10	731462	731471	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017303	GCGAC	2	10	775472	775481	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
79	NC_017303	GAACA	2	10	791134	791143	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_017303	TCTCC	2	10	808571	808580	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
81	NC_017303	GAATC	2	10	816094	816103	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017303	CATTA	2	10	832988	832997	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017303	TGGTT	2	10	863668	863677	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017303	ATTTT	2	10	873553	873562	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017303	GTAGG	2	10	875026	875035	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017303	GTGTG	2	10	879672	879681	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017303	TTTTG	2	10	896585	896594	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017303	CGCAC	2	10	897018	897027	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
89	NC_017303	CGAAA	2	10	898223	898232	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_017303	ATAAA	2	10	915320	915329	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017303	CCCTG	2	10	915367	915376	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
92	NC_017303	AAGAA	2	10	915381	915390	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017303	TATGT	2	10	925207	925216	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017303	TTTCC	2	10	933285	933294	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
95	NC_017303	ACTAA	2	10	933449	933458	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017303	AATAA	2	10	941981	941990	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017303	CTCAT	2	10	944079	944088	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_017303	CGTAA	2	10	946586	946595	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017303	ACGGT	2	10	947675	947684	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017303	CGCTG	2	10	948174	948183	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
101	NC_017303	CTGCA	2	10	956929	956938	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_017303	TAAAA	2	10	960710	960719	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017303	TACCG	2	10	962025	962034	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_017303	TGATG	2	10	966608	966617	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017303	AGGGG	2	10	968881	968890	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017303	TCTAG	2	10	974808	974817	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017303	AGAGA	2	10	989868	989877	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017303	GAACA	2	10	996796	996805	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017303	AGCAC	2	10	1003303	1003312	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_017303	GGGAT	2	10	1005171	1005180	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017303	AGACC	2	10	1005978	1005987	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_017303	GGGGA	2	10	1008295	1008304	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017303	GGATC	2	10	1020425	1020434	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017303	ATTCA	2	10	1024780	1024789	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_017303	TTGTG	2	10	1029698	1029707	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017303	TGTGG	2	10	1029777	1029786	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017303	TCGTG	2	10	1031006	1031015	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017303	CGTCA	2	10	1031342	1031351	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
119	NC_017303	GTGTT	2	10	1031624	1031633	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017303	TGTGT	2	10	1031769	1031778	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017303	GGGAG	2	10	1032427	1032436	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017303	TGACA	2	10	1035014	1035023	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017303	TGTGT	2	10	1035029	1035038	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017303	TTTTG	2	10	1049476	1049485	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017303	AAAGC	2	10	1057608	1057617	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_017303	TTGAG	2	10	1072303	1072312	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017303	TTTGC	2	10	1080624	1080633	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_017303	CGTAA	2	10	1083737	1083746	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017303	CTTTA	2	10	1106117	1106126	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_017303	TAACG	2	10	1126300	1126309	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017303	CTTAC	2	10	1129455	1129464	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
132	NC_017303	CGGGG	2	10	1135156	1135165	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017303	ACAAT	2	10	1136798	1136807	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017303	ATCGC	2	10	1154225	1154234	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
135	NC_017303	CAAAA	2	10	1154370	1154379	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_017303	CCCGG	2	10	1154618	1154627	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
137	NC_017303	TAAAG	2	10	1163463	1163472	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017303	CTGAA	2	10	1252060	1252069	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017303	TGCGC	2	10	1252349	1252358	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
140	NC_017303	ATTCC	2	10	1255209	1255218	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
141	NC_017303	TCAGG	2	10	1273795	1273804	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_017303	CTTAA	2	10	1277710	1277719	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017303	GCTTA	2	10	1286405	1286414	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_017303	ATCGT	2	10	1288666	1288675	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
145	NC_017303	CTTAC	2	10	1299156	1299165	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
146	NC_017303	TCCTA	2	10	1301512	1301521	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
147	NC_017303	CATTC	2	10	1304846	1304855	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
148	NC_017303	TTTCA	2	10	1372700	1372709	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
149	NC_017303	CTTTT	2	10	1384777	1384786	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
150	NC_017303	AAGAA	2	10	1384966	1384975	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017303	GAACA	2	10	1387863	1387872	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
152	NC_017303	ACGGT	2	10	1405110	1405119	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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154	NC_017303	CTGGC	2	10	1424074	1424083	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
155	NC_017303	AAAAG	2	10	1441896	1441905	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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158	NC_017303	AAAAT	2	10	1478059	1478068	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_017303	TTGAT	2	10	1480953	1480962	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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161	NC_017303	TATTG	2	10	1492222	1492231	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
162	NC_017303	GGTTC	2	10	1516035	1516044	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
163	NC_017303	TTCCT	2	10	1538147	1538156	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
164	NC_017303	TTAAG	2	10	1544182	1544191	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
165	NC_017303	AAAGC	2	10	1555074	1555083	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
166	NC_017303	AATGC	2	10	1558251	1558260	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
167	NC_017303	AGTTC	2	10	1564615	1564624	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
168	NC_017303	ACATC	2	10	1577558	1577567	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
169	NC_017303	TCCCC	2	10	1610480	1610489	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
170	NC_017303	AAGGC	2	10	1611743	1611752	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
171	NC_017303	ATATA	2	10	1689863	1689872	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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173	NC_017303	CATCA	2	10	1690895	1690904	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
174	NC_017303	GCAGT	2	10	1708449	1708458	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
175	NC_017303	TTAGC	2	10	1715301	1715310	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
176	NC_017303	ACACA	2	10	1718011	1718020	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
177	NC_017303	CGCGT	2	10	1725339	1725348	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
178	NC_017303	GTAAA	2	10	1760086	1760095	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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181	NC_017303	GTGCT	2	10	1840347	1840356	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
182	NC_017303	AAGCA	2	10	1842038	1842047	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
183	NC_017303	CAGCA	2	10	1842344	1842353	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
184	NC_017303	CATGT	2	10	1855217	1855226	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
185	NC_017303	CTCCC	2	10	1857805	1857814	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
186	NC_017303	CAACA	2	10	1858579	1858588	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
187	NC_017303	CAACA	2	10	1858607	1858616	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
188	NC_017303	TGACG	2	10	1858890	1858899	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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191	NC_017303	ACCCC	2	10	1864174	1864183	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
192	NC_017303	ACAAA	2	10	1868607	1868616	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
193	NC_017303	CTAAC	2	10	1879198	1879207	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
194	NC_017303	AAAAG	2	10	1879218	1879227	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
195	NC_017303	CCCCA	2	10	1898750	1898759	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
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197	NC_017303	CGACG	2	10	1916114	1916123	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
198	NC_017303	TCCCC	2	10	1922288	1922297	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
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236	NC_017303	AGCCT	2	10	2250510	2250519	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
237	NC_017303	AAACC	2	10	2265893	2265902	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
238	NC_017303	TTAAA	2	10	2284232	2284241	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
239	NC_017303	AAAAT	2	10	2293845	2293854	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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242	NC_017303	CTTTT	2	10	2319687	2319696	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
243	NC_017303	AGAAA	2	10	2323831	2323840	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
244	NC_017303	ACCTC	2	10	2327427	2327436	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.