MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Corynebacterium pseudotuberculosis C231 chromosome

Total Repeats: 239

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017301	TTATC	2	10	14085	14094	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017301	ACGTA	2	10	14248	14257	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017301	CAGTA	2	10	14631	14640	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017301	TAGCG	2	10	18330	18339	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017301	CACAT	2	10	39587	39596	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_017301	TTGGA	2	10	52670	52679	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017301	TTGAT	2	10	52705	52714	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017301	TGCAC	2	10	52799	52808	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_017301	TCTGT	2	10	64664	64673	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017301	AAGAT	2	10	69420	69429	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017301	GGAGC	2	10	69527	69536	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017301	TAATT	2	10	76511	76520	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017301	TGCAC	2	10	104221	104230	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
14	NC_017301	TGTTT	2	10	120895	120904	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017301	CGGGA	2	10	125539	125548	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017301	TTAAG	2	10	130892	130901	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017301	AAAAC	2	10	144883	144892	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017301	TTGCC	2	10	153828	153837	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_017301	GTACC	2	10	155787	155796	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_017301	GGTTG	2	10	161114	161123	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017301	GCATA	2	10	163214	163223	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017301	TGTGC	2	10	164437	164446	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017301	GGGAC	2	10	171475	171484	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017301	CACTT	2	10	171655	171664	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
25	NC_017301	TTAAG	2	10	184479	184488	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017301	AGGTG	2	10	186350	186359	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017301	TTGCA	2	10	186683	186692	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017301	CAATG	2	10	192480	192489	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017301	ATTCT	2	10	207189	207198	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017301	GAAAA	2	10	224773	224782	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017301	CGAGA	2	10	225414	225423	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017301	CAAAA	2	10	229036	229045	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017301	TGGGG	2	10	256312	256321	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017301	ATTAG	2	10	305319	305328	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017301	TGCGA	2	10	310508	310517	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017301	TGTTC	2	10	312141	312150	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017301	AGCGG	2	10	313341	313350	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017301	TGGGG	2	10	321037	321046	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017301	TTGTG	2	10	321850	321859	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017301	ATGCC	2	10	325373	325382	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_017301	TGGCG	2	10	325914	325923	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017301	CTTGG	2	10	349433	349442	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_017301	CAGCT	2	10	350125	350134	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_017301	CTTGC	2	10	355405	355414	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_017301	AGGGG	2	10	364721	364730	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017301	TTTGG	2	10	379103	379112	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017301	CGAGC	2	10	399593	399602	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
48	NC_017301	GATGC	2	10	399794	399803	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017301	GCGGA	2	10	403041	403050	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
50	NC_017301	GGGTG	2	10	404068	404077	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017301	AGGAA	2	10	405400	405409	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017301	GATGT	2	10	447339	447348	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017301	GGTGG	2	10	451225	451234	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017301	GCATC	2	10	452508	452517	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_017301	CGCAA	2	10	452688	452697	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_017301	GCTGT	2	10	453455	453464	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_017301	AGGTG	2	10	462006	462015	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017301	TGCCT	2	10	468433	468442	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_017301	AGGGG	2	10	500629	500638	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017301	CTTCT	2	10	511690	511699	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
61	NC_017301	TTCAA	2	10	533178	533187	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017301	ATATC	2	10	584001	584010	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017301	GACTG	2	10	584060	584069	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017301	TTAGG	2	10	588388	588397	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017301	CGCTA	2	10	597182	597191	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_017301	TCGTG	2	10	619879	619888	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017301	CGTCA	2	10	620215	620224	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_017301	GTGTT	2	10	620497	620506	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017301	TGTGT	2	10	620642	620651	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017301	GGGAG	2	10	621300	621309	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017301	TGACA	2	10	623886	623895	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017301	TGTGT	2	10	623901	623910	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017301	CGTCT	2	10	641294	641303	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_017301	GTCCT	2	10	642778	642787	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_017301	GAAAA	2	10	644573	644582	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017301	AAAGG	2	10	644815	644824	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017301	GTTTT	2	10	688577	688586	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017301	TGAAT	2	10	719595	719604	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017301	GGGAA	2	10	731316	731325	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017301	GCGAC	2	10	775309	775318	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_017301	GAACA	2	10	790971	790980	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017301	TCTCC	2	10	808408	808417	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
83	NC_017301	GAATC	2	10	815931	815940	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017301	TGGTT	2	10	863475	863484	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017301	ATTTT	2	10	873360	873369	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017301	GTAGG	2	10	874833	874842	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017301	GTGTG	2	10	879479	879488	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017301	TTTTG	2	10	896389	896398	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017301	CGCAC	2	10	896822	896831	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
90	NC_017301	CGAAA	2	10	898027	898036	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017301	ATAAA	2	10	915124	915133	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017301	CCCTG	2	10	915171	915180	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
93	NC_017301	AAGAA	2	10	915185	915194	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017301	TATGT	2	10	925011	925020	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017301	TTTCC	2	10	933089	933098	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
96	NC_017301	ACTAA	2	10	933253	933262	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017301	AATAA	2	10	941785	941794	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017301	CTCAT	2	10	943882	943891	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_017301	CGTAA	2	10	946391	946400	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017301	ACGGT	2	10	947480	947489	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017301	CGCTG	2	10	947979	947988	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
102	NC_017301	CTGCA	2	10	956734	956743	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
103	NC_017301	TAAAA	2	10	960515	960524	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017301	TACCG	2	10	961830	961839	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_017301	TGATG	2	10	966413	966422	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017301	AGGGG	2	10	968685	968694	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017301	TCTAG	2	10	974612	974621	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017301	AGAGA	2	10	989672	989681	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017301	GAACA	2	10	996599	996608	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017301	AGCAC	2	10	1003106	1003115	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
111	NC_017301	GGGAT	2	10	1004974	1004983	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017301	AGACC	2	10	1005781	1005790	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_017301	GGGGA	2	10	1008098	1008107	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017301	ATTCA	2	10	1024580	1024589	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_017301	TTGTG	2	10	1029499	1029508	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017301	TGTGG	2	10	1029578	1029587	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017301	TCGTG	2	10	1030808	1030817	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017301	CGTCA	2	10	1031144	1031153	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
119	NC_017301	GTGTT	2	10	1031426	1031435	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017301	TGTGT	2	10	1031571	1031580	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017301	GGGAG	2	10	1032229	1032238	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017301	TGACA	2	10	1034815	1034824	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017301	TGTGT	2	10	1034830	1034839	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017301	TTTTG	2	10	1049275	1049284	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017301	AAAGC	2	10	1057407	1057416	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_017301	TTGAG	2	10	1072102	1072111	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017301	TTTGC	2	10	1080423	1080432	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_017301	CGTAA	2	10	1083542	1083551	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017301	CTTTA	2	10	1106114	1106123	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_017301	TAACG	2	10	1126297	1126306	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017301	CTTAC	2	10	1129452	1129461	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
132	NC_017301	CGGGG	2	10	1135153	1135162	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017301	ACAAT	2	10	1136795	1136804	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017301	CAAAA	2	10	1154366	1154375	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017301	CCCGG	2	10	1154614	1154623	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
136	NC_017301	TAAAG	2	10	1163459	1163468	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017301	CTGAA	2	10	1251916	1251925	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017301	TGCGC	2	10	1252205	1252214	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
139	NC_017301	ATTCC	2	10	1255065	1255074	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
140	NC_017301	TCAGG	2	10	1273651	1273660	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017301	CTTAA	2	10	1277567	1277576	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_017301	GCTTA	2	10	1286262	1286271	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017301	ATCGT	2	10	1288523	1288532	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_017301	CTTAC	2	10	1299012	1299021	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
145	NC_017301	TCCTA	2	10	1301368	1301377	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
146	NC_017301	CATTC	2	10	1304702	1304711	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
147	NC_017301	TTTCA	2	10	1372590	1372599	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_017301	CTTTT	2	10	1384667	1384676	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
149	NC_017301	AAGAA	2	10	1384856	1384865	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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151	NC_017301	ACGGT	2	10	1405045	1405054	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
152	NC_017301	CCCGC	2	10	1407622	1407631	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
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154	NC_017301	TTCTT	2	10	1417500	1417509	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
155	NC_017301	CTGGC	2	10	1424009	1424018	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
156	NC_017301	AAAAG	2	10	1441814	1441823	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
157	NC_017301	TCTAG	2	10	1454554	1454563	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
158	NC_017301	GAAAT	2	10	1473019	1473028	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
159	NC_017301	AAAAT	2	10	1477981	1477990	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_017301	TTGAT	2	10	1480875	1480884	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
161	NC_017301	TCCCT	2	10	1481719	1481728	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
162	NC_017301	TATTG	2	10	1492144	1492153	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
163	NC_017301	GGTTC	2	10	1515957	1515966	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
164	NC_017301	TTCCT	2	10	1538108	1538117	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
165	NC_017301	TTAAG	2	10	1544143	1544152	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
166	NC_017301	AAAGC	2	10	1555034	1555043	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
167	NC_017301	AATGC	2	10	1558211	1558220	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
168	NC_017301	AGTTC	2	10	1564575	1564584	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
169	NC_017301	ACATC	2	10	1577518	1577527	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
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171	NC_017301	AAGGC	2	10	1611650	1611659	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
172	NC_017301	TCCGA	2	10	1626217	1626226	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
173	NC_017301	ATATA	2	10	1689773	1689782	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_017301	CACCC	2	10	1690406	1690415	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
175	NC_017301	CATCA	2	10	1690805	1690814	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
176	NC_017301	GCAGT	2	10	1708359	1708368	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
177	NC_017301	TTAGC	2	10	1715212	1715221	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
178	NC_017301	ACACA	2	10	1717922	1717931	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
179	NC_017301	GTAAA	2	10	1760019	1760028	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
180	NC_017301	CCTAA	2	10	1768173	1768182	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
181	NC_017301	ACGCA	2	10	1768908	1768917	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
182	NC_017301	GTGCT	2	10	1840279	1840288	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
183	NC_017301	CATGT	2	10	1845785	1845794	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
184	NC_017301	CTCCC	2	10	1848373	1848382	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
185	NC_017301	CAACA	2	10	1849147	1849156	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
186	NC_017301	CAACA	2	10	1849175	1849184	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
187	NC_017301	TGACG	2	10	1849458	1849467	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
188	NC_017301	CACGA	2	10	1849794	1849803	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
189	NC_017301	CAACA	2	10	1851525	1851534	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
190	NC_017301	ACCCC	2	10	1854743	1854752	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
191	NC_017301	ACAAA	2	10	1859176	1859185	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
192	NC_017301	CTAAC	2	10	1869767	1869776	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
193	NC_017301	AAAAG	2	10	1869787	1869796	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
194	NC_017301	CCCCA	2	10	1889319	1889328	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
195	NC_017301	ATTTC	2	10	1903088	1903097	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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197	NC_017301	TCCCC	2	10	1912857	1912866	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
198	NC_017301	TAACC	2	10	1941393	1941402	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
199	NC_017301	TCTAA	2	10	1946127	1946136	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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233	NC_017301	TTAAA	2	10	2274775	2274784	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
234	NC_017301	AAAAT	2	10	2284388	2284397	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
235	NC_017301	GGGCC	2	10	2291696	2291705	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
236	NC_017301	CCAGC	2	10	2291718	2291727	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
237	NC_017301	CTTTT	2	10	2310255	2310264	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
238	NC_017301	AGAAA	2	10	2314399	2314408	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
239	NC_017301	ACCTC	2	10	2317995	2318004	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.