MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Corynebacterium pseudotuberculosis 1002 chromosome

Total Repeats: 84

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017300	AGCTTC	2	12	21472	21483	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_017300	TTTTCT	2	12	22074	22085	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_017300	CAGAAG	2	12	74763	74774	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017300	CTCACT	2	12	121055	121066	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_017300	TGGGGC	2	12	182651	182662	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_017300	GAAAAA	2	12	188077	188088	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017300	TTTGCC	2	12	321034	321045	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_017300	ACGGTA	2	12	322104	322115	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017300	AATTTT	2	12	325365	325376	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017300	GCTATA	2	12	378677	378688	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_017300	ACGTTG	2	12	379205	379216	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_017300	TGAGTA	2	12	390470	390481	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017300	CTAAAA	2	12	397558	397569	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_017300	ATTCCG	2	12	428586	428597	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_017300	AGGGCT	2	12	429769	429780	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_017300	AGCTTT	2	12	469931	469942	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_017300	GTGCCT	2	12	480590	480601	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_017300	TGGTTC	2	12	484002	484013	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_017300	GCGCAA	2	12	524642	524653	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_017300	CTCGGT	2	12	581043	581054	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_017300	AAAAAG	2	12	613931	613942	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017300	GGGTGT	2	12	618568	618579	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017300	GTTTTT	2	12	620604	620615	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017300	AGCGAA	2	12	621681	621692	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_017300	CTGAGC	2	12	650890	650901	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_017300	GGCTGC	2	12	770252	770263	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017300	AGGGGT	2	12	874340	874351	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017300	CCGTGC	2	12	939289	939300	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
29	NC_017300	GACGGT	2	12	948309	948320	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_017300	GTGGTT	2	12	966227	966238	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017300	GGGTGT	2	12	1027092	1027103	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017300	GTTTTT	2	12	1029128	1029139	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017300	AGCGAA	2	12	1030205	1030216	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_017300	TCAACT	2	12	1082831	1082842	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_017300	TTTTAT	2	12	1134516	1134527	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017300	AGAAAA	2	12	1148377	1148388	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017300	TCTTTT	2	12	1148398	1148409	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_017300	AAGCTC	2	12	1205163	1205174	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_017300	CAAGAA	2	12	1287110	1287121	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_017300	ATGCAG	2	12	1412672	1412683	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_017300	AATCTA	2	12	1414561	1414572	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_017300	TATTTC	2	12	1428682	1428693	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_017300	GACGGT	2	12	1447565	1447576	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_017300	GTCTGT	2	12	1475295	1475306	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_017300	AATTTC	2	12	1508726	1508737	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_017300	CTGTGC	2	12	1549112	1549123	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017300	CGTCGA	2	12	1575297	1575308	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_017300	CGTCGA	2	12	1575610	1575621	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_017300	CGTCGA	2	12	1575923	1575934	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017300	AGCTGG	2	12	1597911	1597922	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_017300	TTGTGT	2	12	1637764	1637775	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017300	TTCATT	2	12	1710109	1710120	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_017300	ATTTTT	2	12	1751520	1751531	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017300	ATTGAC	2	12	1759288	1759299	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_017300	ACCCCT	2	12	1766555	1766566	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_017300	AAAAGA	2	12	1812467	1812478	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017300	AGCTTT	2	12	1813666	1813677	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_017300	ACCTTT	2	12	1833065	1833076	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_017300	AGTGGT	2	12	1837910	1837921	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017300	TTCGCT	2	12	1855159	1855170	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_017300	AAAAAC	2	12	1856236	1856247	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_017300	CACCCA	2	12	1858273	1858284	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_017300	CAACGC	2	12	1910151	1910162	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
64	NC_017300	TAATTT	2	12	1933316	1933327	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017300	AAACAA	2	12	1949683	1949694	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_017300	CATTAT	2	12	1976038	1976049	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_017300	ACAGCC	2	12	1979512	1979523	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
68	NC_017300	TACCCC	2	12	2041267	2041278	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
69	NC_017300	CATATA	2	12	2056031	2056042	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_017300	ATGTTG	2	12	2063294	2063305	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017300	GATGAG	2	12	2063758	2063769	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017300	CAAGGA	2	12	2063847	2063858	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017300	TTCAAT	2	12	2068619	2068630	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_017300	GCACGC	2	12	2069843	2069854	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
75	NC_017300	TCCTTA	2	12	2085170	2085181	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_017300	AGGTCA	2	12	2086341	2086352	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_017300	TTTAGT	2	12	2094975	2094986	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017300	CCCCCG	2	12	2121878	2121889	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
79	NC_017300	CATAGA	2	12	2186721	2186732	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017300	AGAAAA	2	12	2195062	2195073	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017300	TTCGCT	2	12	2228282	2228293	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_017300	AAAAAC	2	12	2229359	2229370	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_017300	CACCCA	2	12	2231396	2231407	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_017300	TTTTCT	2	12	2324764	2324775	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.