MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Candidatus Tremblaya princeps PCVAL chromosome

Total Repeats: 43

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017293	GCGCTC	2	12	10949	10960	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	409191066
2	NC_017293	GCATGG	2	12	11343	11354	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	409191066
3	NC_017293	CTAGCC	2	12	11555	11566	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	409191066
4	NC_017293	CACTAT	2	12	21461	21472	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409191074
5	NC_017293	CGAAGG	2	12	27467	27478	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_017293	CACTGA	2	12	27495	27506	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017293	ATACGC	2	12	39379	39390	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	409191083
8	NC_017293	CTAGCG	2	12	40785	40796	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	409191084
9	NC_017293	CTGTGG	2	12	43991	44002	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_017293	ACGGCT	2	12	47830	47841	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_017293	AGGCTC	2	12	56153	56164	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	409191096
12	NC_017293	CGCACC	2	12	58471	58482	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
13	NC_017293	TGGCAC	2	12	62966	62977	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	409191102
14	NC_017293	CCGCAT	2	12	63814	63825	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
15	NC_017293	GACACG	2	12	64690	64701	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409191104
16	NC_017293	GACAGG	2	12	65050	65061	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	409191104
17	NC_017293	AGAAGT	2	12	78120	78131	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	409191115
18	NC_017293	GTGCCA	2	12	78674	78685	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	409191115
19	NC_017293	GTCAGT	2	12	79098	79109	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	409191116
20	NC_017293	CCCTTG	2	12	83708	83719	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	409191128
21	NC_017293	CCTCTC	2	12	84592	84603	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	409191130
22	NC_017293	AGGGGT	2	12	91365	91376	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	409191144
23	NC_017293	TGGCGT	2	12	92368	92379	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	409191144
24	NC_017293	CCTCAT	2	12	92909	92920	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	409191144
25	NC_017293	GCACCA	2	12	94084	94095	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	409191146
26	NC_017293	TAACCC	2	12	94700	94711	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	409191147
27	NC_017293	GCCCTC	2	12	96913	96924	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	409191147
28	NC_017293	CCTGCT	3	18	98107	98124	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	409191148
29	NC_017293	CCATGC	2	12	98640	98651	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	409191148
30	NC_017293	AGCGTT	2	12	101673	101684	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	409191148
31	NC_017293	TGCGCC	2	12	101989	102000	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	409191149
32	NC_017293	TCAGTG	2	12	107630	107641	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_017293	GCCTTC	2	12	107657	107668	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
34	NC_017293	TTACGC	2	12	112133	112144	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	409191154
35	NC_017293	AGGGAC	2	12	113077	113088	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	409191155
36	NC_017293	GTTCAG	2	12	115733	115744	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	409191156
37	NC_017293	GCTGCC	2	12	116064	116075	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	409191156
38	NC_017293	AGCCTC	2	12	121994	122005	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	409191161
39	NC_017293	CTGCGC	2	12	122850	122861	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	409191161
40	NC_017293	CGTGCT	2	12	123549	123560	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409191163
41	NC_017293	ACGCTA	2	12	127720	127731	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	409191167
42	NC_017293	GCTAGC	2	12	129823	129834	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017293	CGCACG	2	12	135161	135172	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409191173

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.