MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Candidatus Tremblaya princeps PCVAL chromosome

Total Repeats: 153

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017293	AGGGA	2	10	304	313	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017293	TCACG	2	10	925	934	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_017293	GGACG	2	10	1458	1467	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017293	CACGC	2	10	1782	1791	20 %	0 %	20 %	60 %	409191059
5	NC_017293	GGCTA	2	10	2312	2321	20 %	20 %	40 %	20 %	409191059
6	NC_017293	TGTGC	2	10	3149	3158	0 %	40 %	40 %	20 %	409191060
7	NC_017293	GCCTG	2	10	4138	4147	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
8	NC_017293	GCTGG	2	10	4662	4671	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017293	GCACA	2	10	4999	5008	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_017293	CTGTG	2	10	5995	6004	0 %	40 %	40 %	20 %	409191063
11	NC_017293	TGCAC	2	10	9854	9863	20 %	20 %	20 %	40 %	409191065
12	NC_017293	GCGCA	2	10	10300	10309	20 %	0 %	40 %	40 %	409191065
13	NC_017293	GACAT	2	10	11306	11315	40 %	20 %	20 %	20 %	409191066
14	NC_017293	GCGAC	2	10	11397	11406	20 %	0 %	40 %	40 %	409191066
15	NC_017293	GCATG	2	10	11682	11691	20 %	20 %	40 %	20 %	409191066
16	NC_017293	GCGCC	2	10	11907	11916	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
17	NC_017293	GGGCT	2	10	12095	12104	0 %	20 %	60 %	20 %	409191067
18	NC_017293	AAGGC	2	10	12244	12253	40 %	0 %	40 %	20 %	409191067
19	NC_017293	GCGCC	2	10	13847	13856	0 %	0 %	40 %	60 %	409191069
20	NC_017293	AATGC	2	10	15461	15470	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017293	CCCTG	2	10	15600	15609	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
22	NC_017293	GCGTA	2	10	15625	15634	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017293	GCAGT	2	10	15754	15763	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017293	TGGCC	2	10	17131	17140	0 %	20 %	40 %	40 %	409191072
25	NC_017293	GGCTG	2	10	17948	17957	0 %	20 %	60 %	20 %	409191072
26	NC_017293	ATGCC	2	10	25659	25668	20 %	20 %	20 %	40 %	409191077
27	NC_017293	TCGTG	2	10	27821	27830	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017293	TGCTG	2	10	29818	29827	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017293	CTCAT	2	10	30843	30852	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
30	NC_017293	CAAGA	2	10	31140	31149	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017293	AGCGC	2	10	31671	31680	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
32	NC_017293	CAGTT	2	10	35250	35259	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017293	GGTGG	2	10	35704	35713	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017293	TGGCG	2	10	36269	36278	0 %	20 %	60 %	20 %	409191081
35	NC_017293	ATAGC	2	10	36449	36458	40 %	20 %	20 %	20 %	409191081
36	NC_017293	CGAGC	2	10	36547	36556	20 %	0 %	40 %	40 %	409191081
37	NC_017293	GCGCA	2	10	37169	37178	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_017293	ATGGC	2	10	38444	38453	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017293	CATGC	2	10	40191	40200	20 %	20 %	20 %	40 %	409191083
40	NC_017293	AGCGT	2	10	40291	40300	20 %	20 %	40 %	20 %	409191084
41	NC_017293	CGAGC	2	10	40392	40401	20 %	0 %	40 %	40 %	409191084
42	NC_017293	GCACA	2	10	41232	41241	40 %	0 %	20 %	40 %	409191084
43	NC_017293	ATGGC	2	10	43181	43190	20 %	20 %	40 %	20 %	409191086
44	NC_017293	GCTGT	2	10	43490	43499	0 %	40 %	40 %	20 %	409191087
45	NC_017293	GCACC	2	10	43717	43726	20 %	0 %	20 %	60 %	409191088
46	NC_017293	GCTGC	2	10	44088	44097	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
47	NC_017293	CATGG	2	10	45259	45268	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017293	GCGCC	2	10	45636	45645	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
49	NC_017293	TCGCA	2	10	46010	46019	20 %	20 %	20 %	40 %	409191089
50	NC_017293	GCATG	2	10	46198	46207	20 %	20 %	40 %	20 %	409191089
51	NC_017293	ACGCT	2	10	47191	47200	20 %	20 %	20 %	40 %	409191089
52	NC_017293	GTTGT	2	10	47329	47338	0 %	60 %	40 %	0 %	409191089
53	NC_017293	ACTGG	2	10	47977	47986	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_017293	GCTTA	2	10	48369	48378	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017293	GAAAG	2	10	48538	48547	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017293	ATGCC	2	10	49327	49336	20 %	20 %	20 %	40 %	409191090
57	NC_017293	CCAGG	2	10	51375	51384	20 %	0 %	40 %	40 %	409191093
58	NC_017293	ACGCC	2	10	52492	52501	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
59	NC_017293	ATGCC	2	10	53694	53703	20 %	20 %	20 %	40 %	409191094
60	NC_017293	GCTCT	2	10	53962	53971	0 %	40 %	20 %	40 %	409191095
61	NC_017293	ACAGC	2	10	55167	55176	40 %	0 %	20 %	40 %	409191096
62	NC_017293	GCGTA	2	10	55278	55287	20 %	20 %	40 %	20 %	409191096
63	NC_017293	CTGCG	2	10	55675	55684	0 %	20 %	40 %	40 %	409191096
64	NC_017293	GCCAT	2	10	56417	56426	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_017293	AGCGA	2	10	57714	57723	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017293	GGCGA	2	10	59032	59041	20 %	0 %	60 %	20 %	409191097
67	NC_017293	GGCCT	2	10	59283	59292	0 %	20 %	40 %	40 %	409191097
68	NC_017293	ATGTA	2	10	60115	60124	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017293	GCTCG	2	10	61842	61851	0 %	20 %	40 %	40 %	409191101
70	NC_017293	ACCAT	2	10	63934	63943	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_017293	ACCTC	2	10	64321	64330	20 %	20 %	0 %	60 %	409191103
72	NC_017293	CACTG	2	10	65649	65658	20 %	20 %	20 %	40 %	409191104
73	NC_017293	CAGCT	2	10	65705	65714	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_017293	CCAGC	2	10	65909	65918	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
75	NC_017293	TGCAT	2	10	66164	66173	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017293	GCAGA	2	10	66184	66193	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017293	GCAAC	2	10	66910	66919	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
78	NC_017293	CGGCG	2	10	67041	67050	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
79	NC_017293	CCCTG	2	10	68902	68911	0 %	20 %	20 %	60 %	409191105
80	NC_017293	CGCTG	2	10	69140	69149	0 %	20 %	40 %	40 %	409191105
81	NC_017293	ACCCC	2	10	70492	70501	20 %	0 %	0 %	80 %	409191106
82	NC_017293	CCTGC	2	10	70985	70994	0 %	20 %	20 %	60 %	409191106
83	NC_017293	CCCAT	2	10	71105	71114	20 %	20 %	0 %	60 %	409191106
84	NC_017293	ACACG	2	10	71196	71205	40 %	0 %	20 %	40 %	409191106
85	NC_017293	TGCAT	2	10	71520	71529	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017293	GCTGC	2	10	71876	71885	0 %	20 %	40 %	40 %	409191107
87	NC_017293	CCATG	2	10	74644	74653	20 %	20 %	20 %	40 %	409191110
88	NC_017293	GCTGC	2	10	75122	75131	0 %	20 %	40 %	40 %	409191111
89	NC_017293	GCCAT	2	10	75820	75829	20 %	20 %	20 %	40 %	409191112
90	NC_017293	CCTGG	2	10	77079	77088	0 %	20 %	40 %	40 %	409191114
91	NC_017293	CGCAA	2	10	77686	77695	40 %	0 %	20 %	40 %	409191115
92	NC_017293	GCGAG	2	10	77817	77826	20 %	0 %	60 %	20 %	409191115
93	NC_017293	CCAGC	2	10	78603	78612	20 %	0 %	20 %	60 %	409191115
94	NC_017293	TGCGC	2	10	79516	79525	0 %	20 %	40 %	40 %	409191117
95	NC_017293	GCCTG	2	10	79738	79747	0 %	20 %	40 %	40 %	409191118
96	NC_017293	CTCTA	2	10	80190	80199	20 %	40 %	0 %	40 %	409191119
97	NC_017293	CTGCG	2	10	80980	80989	0 %	20 %	40 %	40 %	409191120
98	NC_017293	GCCCC	2	10	81880	81889	0 %	0 %	20 %	80 %	409191123
99	NC_017293	CGAGC	2	10	82011	82020	20 %	0 %	40 %	40 %	409191124
100	NC_017293	TGTGC	2	10	82125	82134	0 %	40 %	40 %	20 %	409191124
101	NC_017293	ACCTC	2	10	82584	82593	20 %	20 %	0 %	60 %	409191126
102	NC_017293	GCCCT	2	10	82735	82744	0 %	20 %	20 %	60 %	409191126
103	NC_017293	CTGCT	2	10	83330	83339	0 %	40 %	20 %	40 %	409191127
104	NC_017293	CCTGC	2	10	86822	86831	0 %	20 %	20 %	60 %	409191135
105	NC_017293	TACTG	2	10	87385	87394	20 %	40 %	20 %	20 %	409191136
106	NC_017293	GCCAT	2	10	89602	89611	20 %	20 %	20 %	40 %	409191141
107	NC_017293	CTGCG	2	10	91067	91076	0 %	20 %	40 %	40 %	409191143
108	NC_017293	TATCC	2	10	91871	91880	20 %	40 %	0 %	40 %	409191144
109	NC_017293	TTATG	2	10	93743	93752	20 %	60 %	20 %	0 %	409191145
110	NC_017293	TAGAG	2	10	95991	96000	40 %	20 %	40 %	0 %	409191147
111	NC_017293	CTGTG	2	10	97855	97864	0 %	40 %	40 %	20 %	409191147
112	NC_017293	AACGG	2	10	98870	98879	40 %	0 %	40 %	20 %	409191148
113	NC_017293	AGGAA	2	10	100005	100014	60 %	0 %	40 %	0 %	409191148
114	NC_017293	TCCAA	2	10	100587	100596	40 %	20 %	0 %	40 %	409191148
115	NC_017293	GTGCT	2	10	101856	101865	0 %	40 %	40 %	20 %	409191148
116	NC_017293	CTCTG	2	10	102345	102354	0 %	40 %	20 %	40 %	409191150
117	NC_017293	TCCAT	2	10	102496	102505	20 %	40 %	0 %	40 %	409191150
118	NC_017293	CTTGC	2	10	103239	103248	0 %	40 %	20 %	40 %	409191151
119	NC_017293	TCTTG	2	10	103987	103996	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017293	GATGA	2	10	104283	104292	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017293	CACAG	2	10	105307	105316	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
122	NC_017293	CACGA	2	10	107306	107315	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
123	NC_017293	CGGCG	2	10	111247	111256	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
124	NC_017293	TACCA	2	10	111618	111627	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_017293	CGGCG	2	10	111810	111819	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
126	NC_017293	TATCC	2	10	112512	112521	20 %	40 %	0 %	40 %	409191155
127	NC_017293	CGCAC	2	10	113435	113444	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
128	NC_017293	TATGC	2	10	114078	114087	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017293	GACGC	2	10	114677	114686	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
130	NC_017293	GCGCC	2	10	114900	114909	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
131	NC_017293	TGGTA	2	10	116348	116357	20 %	40 %	40 %	0 %	409191156
132	NC_017293	CGTGC	2	10	117083	117092	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
133	NC_017293	GCACC	2	10	117401	117410	20 %	0 %	20 %	60 %	409191157
134	NC_017293	CACGG	2	10	120077	120086	20 %	0 %	40 %	40 %	409191159
135	NC_017293	AGCGC	2	10	120328	120337	20 %	0 %	40 %	40 %	409191159
136	NC_017293	CGCTA	2	10	123780	123789	20 %	20 %	20 %	40 %	409191163
137	NC_017293	TATCC	2	10	125952	125961	20 %	40 %	0 %	40 %	409191165
138	NC_017293	ACACC	2	10	127319	127328	40 %	0 %	0 %	60 %	409191167
139	NC_017293	AGCTG	2	10	127779	127788	20 %	20 %	40 %	20 %	409191167
140	NC_017293	AGGAT	2	10	127847	127856	40 %	20 %	40 %	0 %	409191167
141	NC_017293	GCCCA	2	10	130238	130247	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
142	NC_017293	ACCTT	2	10	131197	131206	20 %	40 %	0 %	40 %	409191170
143	NC_017293	CGGGT	2	10	131344	131353	0 %	20 %	60 %	20 %	409191170
144	NC_017293	TGCGC	2	10	131595	131604	0 %	20 %	40 %	40 %	409191170
145	NC_017293	AGCGC	2	10	131612	131621	20 %	0 %	40 %	40 %	409191170
146	NC_017293	CTTGC	2	10	131637	131646	0 %	40 %	20 %	40 %	409191170
147	NC_017293	CCTCT	2	10	132089	132098	0 %	40 %	0 %	60 %	409191171
148	NC_017293	CACGC	2	10	132368	132377	20 %	0 %	20 %	60 %	409191171
149	NC_017293	CAGTG	2	10	133094	133103	20 %	20 %	40 %	20 %	409191171
150	NC_017293	ACTGC	2	10	135102	135111	20 %	20 %	20 %	40 %	409191173
151	NC_017293	GCGCA	2	10	135144	135153	20 %	0 %	40 %	40 %	409191173
152	NC_017293	CGCAC	2	10	136110	136119	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
153	NC_017293	TCCAC	2	10	138325	138334	20 %	20 %	0 %	60 %	409191174

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.