MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Tremblaya princeps PCVAL chromosome

Total Repeats: 52

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017293	AGGGA	2	10	304	313	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017293	TCACG	2	10	925	934	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_017293	GGACG	2	10	1458	1467	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017293	GCCTG	2	10	4138	4147	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
5	NC_017293	GCTGG	2	10	4662	4671	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017293	GCACA	2	10	4999	5008	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_017293	GCGCC	2	10	11907	11916	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
8	NC_017293	AATGC	2	10	15461	15470	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017293	CCCTG	2	10	15600	15609	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
10	NC_017293	GCGTA	2	10	15625	15634	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017293	GCAGT	2	10	15754	15763	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017293	TCGTG	2	10	27821	27830	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017293	TGCTG	2	10	29818	29827	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017293	CTCAT	2	10	30843	30852	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
15	NC_017293	CAAGA	2	10	31140	31149	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017293	AGCGC	2	10	31671	31680	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_017293	CAGTT	2	10	35250	35259	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017293	GGTGG	2	10	35704	35713	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017293	GCGCA	2	10	37169	37178	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
20	NC_017293	ATGGC	2	10	38444	38453	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017293	GCTGC	2	10	44088	44097	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
22	NC_017293	CATGG	2	10	45259	45268	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017293	GCGCC	2	10	45636	45645	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
24	NC_017293	ACTGG	2	10	47977	47986	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017293	GCTTA	2	10	48369	48378	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017293	GAAAG	2	10	48538	48547	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017293	ACGCC	2	10	52492	52501	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
28	NC_017293	GCCAT	2	10	56417	56426	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_017293	AGCGA	2	10	57714	57723	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017293	ATGTA	2	10	60115	60124	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017293	ACCAT	2	10	63934	63943	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_017293	CAGCT	2	10	65705	65714	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_017293	CCAGC	2	10	65909	65918	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
34	NC_017293	TGCAT	2	10	66164	66173	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017293	GCAGA	2	10	66184	66193	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017293	GCAAC	2	10	66910	66919	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_017293	CGGCG	2	10	67041	67050	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
38	NC_017293	TGCAT	2	10	71520	71529	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017293	TCTTG	2	10	103987	103996	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017293	GATGA	2	10	104283	104292	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017293	CACAG	2	10	105307	105316	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_017293	CACGA	2	10	107306	107315	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_017293	CGGCG	2	10	111247	111256	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
44	NC_017293	TACCA	2	10	111618	111627	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_017293	CGGCG	2	10	111810	111819	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
46	NC_017293	CGCAC	2	10	113435	113444	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
47	NC_017293	TATGC	2	10	114078	114087	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017293	GACGC	2	10	114677	114686	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
49	NC_017293	GCGCC	2	10	114900	114909	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
50	NC_017293	CGTGC	2	10	117083	117092	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_017293	GCCCA	2	10	130238	130247	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
52	NC_017293	CGCAC	2	10	136110	136119	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.