MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Candidatus Tremblaya princeps PCVAL chromosome

Total Repeats: 101

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017293	CACGC	2	10	1782	1791	20 %	0 %	20 %	60 %	409191059
2	NC_017293	GGCTA	2	10	2312	2321	20 %	20 %	40 %	20 %	409191059
3	NC_017293	TGTGC	2	10	3149	3158	0 %	40 %	40 %	20 %	409191060
4	NC_017293	CTGTG	2	10	5995	6004	0 %	40 %	40 %	20 %	409191063
5	NC_017293	TGCAC	2	10	9854	9863	20 %	20 %	20 %	40 %	409191065
6	NC_017293	GCGCA	2	10	10300	10309	20 %	0 %	40 %	40 %	409191065
7	NC_017293	GACAT	2	10	11306	11315	40 %	20 %	20 %	20 %	409191066
8	NC_017293	GCGAC	2	10	11397	11406	20 %	0 %	40 %	40 %	409191066
9	NC_017293	GCATG	2	10	11682	11691	20 %	20 %	40 %	20 %	409191066
10	NC_017293	GGGCT	2	10	12095	12104	0 %	20 %	60 %	20 %	409191067
11	NC_017293	AAGGC	2	10	12244	12253	40 %	0 %	40 %	20 %	409191067
12	NC_017293	GCGCC	2	10	13847	13856	0 %	0 %	40 %	60 %	409191069
13	NC_017293	TGGCC	2	10	17131	17140	0 %	20 %	40 %	40 %	409191072
14	NC_017293	GGCTG	2	10	17948	17957	0 %	20 %	60 %	20 %	409191072
15	NC_017293	ATGCC	2	10	25659	25668	20 %	20 %	20 %	40 %	409191077
16	NC_017293	TGGCG	2	10	36269	36278	0 %	20 %	60 %	20 %	409191081
17	NC_017293	ATAGC	2	10	36449	36458	40 %	20 %	20 %	20 %	409191081
18	NC_017293	CGAGC	2	10	36547	36556	20 %	0 %	40 %	40 %	409191081
19	NC_017293	CATGC	2	10	40191	40200	20 %	20 %	20 %	40 %	409191083
20	NC_017293	AGCGT	2	10	40291	40300	20 %	20 %	40 %	20 %	409191084
21	NC_017293	CGAGC	2	10	40392	40401	20 %	0 %	40 %	40 %	409191084
22	NC_017293	GCACA	2	10	41232	41241	40 %	0 %	20 %	40 %	409191084
23	NC_017293	ATGGC	2	10	43181	43190	20 %	20 %	40 %	20 %	409191086
24	NC_017293	GCTGT	2	10	43490	43499	0 %	40 %	40 %	20 %	409191087
25	NC_017293	GCACC	2	10	43717	43726	20 %	0 %	20 %	60 %	409191088
26	NC_017293	TCGCA	2	10	46010	46019	20 %	20 %	20 %	40 %	409191089
27	NC_017293	GCATG	2	10	46198	46207	20 %	20 %	40 %	20 %	409191089
28	NC_017293	ACGCT	2	10	47191	47200	20 %	20 %	20 %	40 %	409191089
29	NC_017293	GTTGT	2	10	47329	47338	0 %	60 %	40 %	0 %	409191089
30	NC_017293	ATGCC	2	10	49327	49336	20 %	20 %	20 %	40 %	409191090
31	NC_017293	CCAGG	2	10	51375	51384	20 %	0 %	40 %	40 %	409191093
32	NC_017293	ATGCC	2	10	53694	53703	20 %	20 %	20 %	40 %	409191094
33	NC_017293	GCTCT	2	10	53962	53971	0 %	40 %	20 %	40 %	409191095
34	NC_017293	ACAGC	2	10	55167	55176	40 %	0 %	20 %	40 %	409191096
35	NC_017293	GCGTA	2	10	55278	55287	20 %	20 %	40 %	20 %	409191096
36	NC_017293	CTGCG	2	10	55675	55684	0 %	20 %	40 %	40 %	409191096
37	NC_017293	GGCGA	2	10	59032	59041	20 %	0 %	60 %	20 %	409191097
38	NC_017293	GGCCT	2	10	59283	59292	0 %	20 %	40 %	40 %	409191097
39	NC_017293	GCTCG	2	10	61842	61851	0 %	20 %	40 %	40 %	409191101
40	NC_017293	ACCTC	2	10	64321	64330	20 %	20 %	0 %	60 %	409191103
41	NC_017293	CACTG	2	10	65649	65658	20 %	20 %	20 %	40 %	409191104
42	NC_017293	CCCTG	2	10	68902	68911	0 %	20 %	20 %	60 %	409191105
43	NC_017293	CGCTG	2	10	69140	69149	0 %	20 %	40 %	40 %	409191105
44	NC_017293	ACCCC	2	10	70492	70501	20 %	0 %	0 %	80 %	409191106
45	NC_017293	CCTGC	2	10	70985	70994	0 %	20 %	20 %	60 %	409191106
46	NC_017293	CCCAT	2	10	71105	71114	20 %	20 %	0 %	60 %	409191106
47	NC_017293	ACACG	2	10	71196	71205	40 %	0 %	20 %	40 %	409191106
48	NC_017293	GCTGC	2	10	71876	71885	0 %	20 %	40 %	40 %	409191107
49	NC_017293	CCATG	2	10	74644	74653	20 %	20 %	20 %	40 %	409191110
50	NC_017293	GCTGC	2	10	75122	75131	0 %	20 %	40 %	40 %	409191111
51	NC_017293	GCCAT	2	10	75820	75829	20 %	20 %	20 %	40 %	409191112
52	NC_017293	CCTGG	2	10	77079	77088	0 %	20 %	40 %	40 %	409191114
53	NC_017293	CGCAA	2	10	77686	77695	40 %	0 %	20 %	40 %	409191115
54	NC_017293	GCGAG	2	10	77817	77826	20 %	0 %	60 %	20 %	409191115
55	NC_017293	CCAGC	2	10	78603	78612	20 %	0 %	20 %	60 %	409191115
56	NC_017293	TGCGC	2	10	79516	79525	0 %	20 %	40 %	40 %	409191117
57	NC_017293	GCCTG	2	10	79738	79747	0 %	20 %	40 %	40 %	409191118
58	NC_017293	CTCTA	2	10	80190	80199	20 %	40 %	0 %	40 %	409191119
59	NC_017293	CTGCG	2	10	80980	80989	0 %	20 %	40 %	40 %	409191120
60	NC_017293	GCCCC	2	10	81880	81889	0 %	0 %	20 %	80 %	409191123
61	NC_017293	CGAGC	2	10	82011	82020	20 %	0 %	40 %	40 %	409191124
62	NC_017293	TGTGC	2	10	82125	82134	0 %	40 %	40 %	20 %	409191124
63	NC_017293	ACCTC	2	10	82584	82593	20 %	20 %	0 %	60 %	409191126
64	NC_017293	GCCCT	2	10	82735	82744	0 %	20 %	20 %	60 %	409191126
65	NC_017293	CTGCT	2	10	83330	83339	0 %	40 %	20 %	40 %	409191127
66	NC_017293	CCTGC	2	10	86822	86831	0 %	20 %	20 %	60 %	409191135
67	NC_017293	TACTG	2	10	87385	87394	20 %	40 %	20 %	20 %	409191136
68	NC_017293	GCCAT	2	10	89602	89611	20 %	20 %	20 %	40 %	409191141
69	NC_017293	CTGCG	2	10	91067	91076	0 %	20 %	40 %	40 %	409191143
70	NC_017293	TATCC	2	10	91871	91880	20 %	40 %	0 %	40 %	409191144
71	NC_017293	TTATG	2	10	93743	93752	20 %	60 %	20 %	0 %	409191145
72	NC_017293	TAGAG	2	10	95991	96000	40 %	20 %	40 %	0 %	409191147
73	NC_017293	CTGTG	2	10	97855	97864	0 %	40 %	40 %	20 %	409191147
74	NC_017293	AACGG	2	10	98870	98879	40 %	0 %	40 %	20 %	409191148
75	NC_017293	AGGAA	2	10	100005	100014	60 %	0 %	40 %	0 %	409191148
76	NC_017293	TCCAA	2	10	100587	100596	40 %	20 %	0 %	40 %	409191148
77	NC_017293	GTGCT	2	10	101856	101865	0 %	40 %	40 %	20 %	409191148
78	NC_017293	CTCTG	2	10	102345	102354	0 %	40 %	20 %	40 %	409191150
79	NC_017293	TCCAT	2	10	102496	102505	20 %	40 %	0 %	40 %	409191150
80	NC_017293	CTTGC	2	10	103239	103248	0 %	40 %	20 %	40 %	409191151
81	NC_017293	TATCC	2	10	112512	112521	20 %	40 %	0 %	40 %	409191155
82	NC_017293	TGGTA	2	10	116348	116357	20 %	40 %	40 %	0 %	409191156
83	NC_017293	GCACC	2	10	117401	117410	20 %	0 %	20 %	60 %	409191157
84	NC_017293	CACGG	2	10	120077	120086	20 %	0 %	40 %	40 %	409191159
85	NC_017293	AGCGC	2	10	120328	120337	20 %	0 %	40 %	40 %	409191159
86	NC_017293	CGCTA	2	10	123780	123789	20 %	20 %	20 %	40 %	409191163
87	NC_017293	TATCC	2	10	125952	125961	20 %	40 %	0 %	40 %	409191165
88	NC_017293	ACACC	2	10	127319	127328	40 %	0 %	0 %	60 %	409191167
89	NC_017293	AGCTG	2	10	127779	127788	20 %	20 %	40 %	20 %	409191167
90	NC_017293	AGGAT	2	10	127847	127856	40 %	20 %	40 %	0 %	409191167
91	NC_017293	ACCTT	2	10	131197	131206	20 %	40 %	0 %	40 %	409191170
92	NC_017293	CGGGT	2	10	131344	131353	0 %	20 %	60 %	20 %	409191170
93	NC_017293	TGCGC	2	10	131595	131604	0 %	20 %	40 %	40 %	409191170
94	NC_017293	AGCGC	2	10	131612	131621	20 %	0 %	40 %	40 %	409191170
95	NC_017293	CTTGC	2	10	131637	131646	0 %	40 %	20 %	40 %	409191170
96	NC_017293	CCTCT	2	10	132089	132098	0 %	40 %	0 %	60 %	409191171
97	NC_017293	CACGC	2	10	132368	132377	20 %	0 %	20 %	60 %	409191171
98	NC_017293	CAGTG	2	10	133094	133103	20 %	20 %	40 %	20 %	409191171
99	NC_017293	ACTGC	2	10	135102	135111	20 %	20 %	20 %	40 %	409191173
100	NC_017293	GCGCA	2	10	135144	135153	20 %	0 %	40 %	40 %	409191173
101	NC_017293	TCCAC	2	10	138325	138334	20 %	20 %	0 %	60 %	409191174

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.