MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Candidatus Tremblaya princeps PCVAL chromosome

Total Repeats: 221

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017293	TAGT	2	8	1918	1925	25 %	50 %	25 %	0 %	409191059
2	NC_017293	CAAG	2	8	2210	2217	50 %	0 %	25 %	25 %	409191059
3	NC_017293	GTCT	2	8	2300	2307	0 %	50 %	25 %	25 %	409191059
4	NC_017293	GCGG	2	8	3159	3166	0 %	0 %	75 %	25 %	409191060
5	NC_017293	TTGC	2	8	3224	3231	0 %	50 %	25 %	25 %	409191060
6	NC_017293	GGAT	2	8	5532	5539	25 %	25 %	50 %	0 %	409191061
7	NC_017293	TCTG	2	8	6102	6109	0 %	50 %	25 %	25 %	409191063
8	NC_017293	CTCG	2	8	6673	6680	0 %	25 %	25 %	50 %	409191064
9	NC_017293	CCTG	2	8	6772	6779	0 %	25 %	25 %	50 %	409191064
10	NC_017293	CTAC	2	8	7493	7500	25 %	25 %	0 %	50 %	409191064
11	NC_017293	AGGG	2	8	7710	7717	25 %	0 %	75 %	0 %	409191064
12	NC_017293	CTGC	2	8	9634	9641	0 %	25 %	25 %	50 %	409191065
13	NC_017293	GCTG	2	8	9972	9979	0 %	25 %	50 %	25 %	409191065
14	NC_017293	ATGC	2	8	10086	10093	25 %	25 %	25 %	25 %	409191065
15	NC_017293	CCAT	2	8	10224	10231	25 %	25 %	0 %	50 %	409191065
16	NC_017293	AGAT	2	8	10807	10814	50 %	25 %	25 %	0 %	409191066
17	NC_017293	CCAG	2	8	11088	11095	25 %	0 %	25 %	50 %	409191066
18	NC_017293	GCTG	2	8	11783	11790	0 %	25 %	50 %	25 %	409191066
19	NC_017293	CTAC	2	8	11839	11846	25 %	25 %	0 %	50 %	409191066
20	NC_017293	GGCA	2	8	12512	12519	25 %	0 %	50 %	25 %	409191067
21	NC_017293	TAAC	2	8	12833	12840	50 %	25 %	0 %	25 %	409191067
22	NC_017293	AGGC	2	8	13562	13569	25 %	0 %	50 %	25 %	409191068
23	NC_017293	CGCA	2	8	13769	13776	25 %	0 %	25 %	50 %	409191068
24	NC_017293	CATC	2	8	13965	13972	25 %	25 %	0 %	50 %	409191069
25	NC_017293	GAAC	2	8	15114	15121	50 %	0 %	25 %	25 %	409191071
26	NC_017293	AACT	2	8	16727	16734	50 %	25 %	0 %	25 %	409191072
27	NC_017293	CCTG	2	8	17458	17465	0 %	25 %	25 %	50 %	409191072
28	NC_017293	CCAT	2	8	18036	18043	25 %	25 %	0 %	50 %	409191072
29	NC_017293	GGAG	2	8	19994	20001	25 %	0 %	75 %	0 %	409191074
30	NC_017293	ACGC	2	8	20512	20519	25 %	0 %	25 %	50 %	409191074
31	NC_017293	CTGC	2	8	21225	21232	0 %	25 %	25 %	50 %	409191074
32	NC_017293	TATC	2	8	21731	21738	25 %	50 %	0 %	25 %	409191074
33	NC_017293	TAAC	2	8	22540	22547	50 %	25 %	0 %	25 %	409191075
34	NC_017293	CTGC	2	8	22792	22799	0 %	25 %	25 %	50 %	409191075
35	NC_017293	CGAG	2	8	23816	23823	25 %	0 %	50 %	25 %	409191076
36	NC_017293	TCGT	2	8	24339	24346	0 %	50 %	25 %	25 %	409191076
37	NC_017293	ATGC	2	8	24473	24480	25 %	25 %	25 %	25 %	409191076
38	NC_017293	GGCT	2	8	25415	25422	0 %	25 %	50 %	25 %	409191077
39	NC_017293	TGCA	2	8	25634	25641	25 %	25 %	25 %	25 %	409191077
40	NC_017293	GCAT	2	8	25794	25801	25 %	25 %	25 %	25 %	409191077
41	NC_017293	GGCT	2	8	25856	25863	0 %	25 %	50 %	25 %	409191077
42	NC_017293	AGCA	2	8	26103	26110	50 %	0 %	25 %	25 %	409191078
43	NC_017293	TATG	2	8	33711	33718	25 %	50 %	25 %	0 %	409191080
44	NC_017293	TCGT	2	8	36097	36104	0 %	50 %	25 %	25 %	409191081
45	NC_017293	TAGC	2	8	36560	36567	25 %	25 %	25 %	25 %	409191081
46	NC_017293	GCTG	2	8	38719	38726	0 %	25 %	50 %	25 %	409191082
47	NC_017293	AGAT	2	8	38804	38811	50 %	25 %	25 %	0 %	409191082
48	NC_017293	CCCT	2	8	39259	39266	0 %	25 %	0 %	75 %	409191083
49	NC_017293	TCGT	2	8	39423	39430	0 %	50 %	25 %	25 %	409191083
50	NC_017293	TAAC	2	8	39544	39551	50 %	25 %	0 %	25 %	409191083
51	NC_017293	GCAG	2	8	39688	39695	25 %	0 %	50 %	25 %	409191083
52	NC_017293	ACGC	2	8	40364	40371	25 %	0 %	25 %	50 %	409191084
53	NC_017293	TGCA	2	8	40443	40450	25 %	25 %	25 %	25 %	409191084
54	NC_017293	TGCG	2	8	40811	40818	0 %	25 %	50 %	25 %	409191084
55	NC_017293	TGCG	2	8	41050	41057	0 %	25 %	50 %	25 %	409191084
56	NC_017293	CAGG	2	8	41100	41107	25 %	0 %	50 %	25 %	409191084
57	NC_017293	GAAG	2	8	41311	41318	50 %	0 %	50 %	0 %	409191084
58	NC_017293	TGCA	2	8	41413	41420	25 %	25 %	25 %	25 %	409191084
59	NC_017293	TGTA	2	8	41856	41863	25 %	50 %	25 %	0 %	409191085
60	NC_017293	AGGC	2	8	42266	42273	25 %	0 %	50 %	25 %	409191085
61	NC_017293	GATG	2	8	43675	43682	25 %	25 %	50 %	0 %	409191088
62	NC_017293	GGAG	2	8	46145	46152	25 %	0 %	75 %	0 %	409191089
63	NC_017293	AGCG	2	8	46592	46599	25 %	0 %	50 %	25 %	409191089
64	NC_017293	AGTG	2	8	46797	46804	25 %	25 %	50 %	0 %	409191089
65	NC_017293	CTGT	2	8	47522	47529	0 %	50 %	25 %	25 %	409191089
66	NC_017293	CATC	2	8	50142	50149	25 %	25 %	0 %	50 %	409191092
67	NC_017293	TGCC	2	8	50866	50873	0 %	25 %	25 %	50 %	409191093
68	NC_017293	GCCC	2	8	50898	50905	0 %	0 %	25 %	75 %	409191093
69	NC_017293	TGGT	2	8	53126	53133	0 %	50 %	50 %	0 %	409191094
70	NC_017293	GCTA	2	8	53168	53175	25 %	25 %	25 %	25 %	409191094
71	NC_017293	AGTT	2	8	53398	53405	25 %	50 %	25 %	0 %	409191094
72	NC_017293	AGGC	2	8	54031	54038	25 %	0 %	50 %	25 %	409191095
73	NC_017293	GGTG	2	8	54066	54073	0 %	25 %	75 %	0 %	409191095
74	NC_017293	TCAT	2	8	54278	54285	25 %	50 %	0 %	25 %	409191095
75	NC_017293	AGGG	2	8	54551	54558	25 %	0 %	75 %	0 %	409191095
76	NC_017293	GCAG	2	8	55141	55148	25 %	0 %	50 %	25 %	409191096
77	NC_017293	ATGC	2	8	59658	59665	25 %	25 %	25 %	25 %	409191097
78	NC_017293	ATGC	2	8	59690	59697	25 %	25 %	25 %	25 %	409191097
79	NC_017293	GCCT	2	8	61231	61238	0 %	25 %	25 %	50 %	409191101
80	NC_017293	GCAT	2	8	63209	63216	25 %	25 %	25 %	25 %	409191102
81	NC_017293	TGCA	2	8	64673	64680	25 %	25 %	25 %	25 %	409191104
82	NC_017293	GCGA	2	8	65200	65207	25 %	0 %	50 %	25 %	409191104
83	NC_017293	TGCC	2	8	65371	65378	0 %	25 %	25 %	50 %	409191104
84	NC_017293	CCTG	2	8	65486	65493	0 %	25 %	25 %	50 %	409191104
85	NC_017293	GCAG	2	8	65575	65582	25 %	0 %	50 %	25 %	409191104
86	NC_017293	CCTT	2	8	68989	68996	0 %	50 %	0 %	50 %	409191105
87	NC_017293	GAGC	2	8	69367	69374	25 %	0 %	50 %	25 %	409191105
88	NC_017293	CGCA	2	8	70379	70386	25 %	0 %	25 %	50 %	409191106
89	NC_017293	GAGC	2	8	70552	70559	25 %	0 %	50 %	25 %	409191106
90	NC_017293	AATC	2	8	70661	70668	50 %	25 %	0 %	25 %	409191106
91	NC_017293	GATG	2	8	71848	71855	25 %	25 %	50 %	0 %	409191107
92	NC_017293	AGGC	2	8	71912	71919	25 %	0 %	50 %	25 %	409191107
93	NC_017293	CTGG	2	8	73363	73370	0 %	25 %	50 %	25 %	409191108
94	NC_017293	AGCA	2	8	74383	74390	50 %	0 %	25 %	25 %	409191110
95	NC_017293	CCCA	2	8	74971	74978	25 %	0 %	0 %	75 %	409191110
96	NC_017293	CCAT	2	8	76087	76094	25 %	25 %	0 %	50 %	409191112
97	NC_017293	CGAG	2	8	76558	76565	25 %	0 %	50 %	25 %	409191113
98	NC_017293	GCTT	2	8	76825	76832	0 %	50 %	25 %	25 %	409191113
99	NC_017293	TAGG	2	8	77624	77631	25 %	25 %	50 %	0 %	409191114
100	NC_017293	GCCT	2	8	78001	78008	0 %	25 %	25 %	50 %	409191115
101	NC_017293	CCTT	2	8	78530	78537	0 %	50 %	0 %	50 %	409191115
102	NC_017293	GCTG	2	8	78635	78642	0 %	25 %	50 %	25 %	409191115
103	NC_017293	TCCT	2	8	79281	79288	0 %	50 %	0 %	50 %	409191117
104	NC_017293	CCTA	2	8	79313	79320	25 %	25 %	0 %	50 %	409191117
105	NC_017293	CCCG	2	8	80359	80366	0 %	0 %	25 %	75 %	409191119
106	NC_017293	TGCA	2	8	80617	80624	25 %	25 %	25 %	25 %	409191119
107	NC_017293	CCCT	2	8	80734	80741	0 %	25 %	0 %	75 %	409191119
108	NC_017293	TGCC	2	8	81262	81269	0 %	25 %	25 %	50 %	409191121
109	NC_017293	CCCT	2	8	82228	82235	0 %	25 %	0 %	75 %	409191124
110	NC_017293	CTAA	2	8	82393	82400	50 %	25 %	0 %	25 %	409191125
111	NC_017293	GCGT	2	8	82448	82455	0 %	25 %	50 %	25 %	409191125
112	NC_017293	CAGC	2	8	82848	82855	25 %	0 %	25 %	50 %	409191126
113	NC_017293	CAGC	2	8	83079	83086	25 %	0 %	25 %	50 %	409191127
114	NC_017293	TGGG	2	8	83559	83566	0 %	25 %	75 %	0 %	409191128
115	NC_017293	CACC	2	8	83749	83756	25 %	0 %	0 %	75 %	409191128
116	NC_017293	ACGC	2	8	83761	83768	25 %	0 %	25 %	50 %	409191128
117	NC_017293	CTGC	2	8	84136	84143	0 %	25 %	25 %	50 %	409191129
118	NC_017293	GCGA	2	8	84209	84216	25 %	0 %	50 %	25 %	409191129
119	NC_017293	ACGC	2	8	84765	84772	25 %	0 %	25 %	50 %	409191131
120	NC_017293	GCCA	2	8	85179	85186	25 %	0 %	25 %	50 %	409191131
121	NC_017293	TGCA	2	8	85385	85392	25 %	25 %	25 %	25 %	409191132
122	NC_017293	TGCC	2	8	85546	85553	0 %	25 %	25 %	50 %	409191132
123	NC_017293	TAGA	2	8	86286	86293	50 %	25 %	25 %	0 %	409191134
124	NC_017293	TCCT	2	8	86366	86373	0 %	50 %	0 %	50 %	409191134
125	NC_017293	CCTT	2	8	87677	87684	0 %	50 %	0 %	50 %	409191137
126	NC_017293	CCCT	2	8	87727	87734	0 %	25 %	0 %	75 %	409191138
127	NC_017293	TGCC	2	8	87788	87795	0 %	25 %	25 %	50 %	409191138
128	NC_017293	GCCT	2	8	88287	88294	0 %	25 %	25 %	50 %	409191138
129	NC_017293	AGTG	2	8	88686	88693	25 %	25 %	50 %	0 %	409191140
130	NC_017293	CCGG	2	8	89893	89900	0 %	0 %	50 %	50 %	409191142
131	NC_017293	TCCT	2	8	90239	90246	0 %	50 %	0 %	50 %	409191143
132	NC_017293	GCTC	2	8	91188	91195	0 %	25 %	25 %	50 %	409191143
133	NC_017293	ACTG	2	8	91833	91840	25 %	25 %	25 %	25 %	409191144
134	NC_017293	TACC	2	8	91965	91972	25 %	25 %	0 %	50 %	409191144
135	NC_017293	ACTG	2	8	92220	92227	25 %	25 %	25 %	25 %	409191144
136	NC_017293	GCCT	2	8	93087	93094	0 %	25 %	25 %	50 %	409191144
137	NC_017293	CCAT	2	8	93246	93253	25 %	25 %	0 %	50 %	409191144
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.