MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydophila psittaci 02DC15 chromosome

Total Repeats: 408

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017292	CTGTGG	2	12	4820	4831	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384454039
2	NC_017292	GAGAAA	2	12	8592	8603	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384454042
3	NC_017292	AGGAAG	2	12	11322	11333	50 %	0 %	50 %	0 %	384454043
4	NC_017292	AAGAGT	2	12	12925	12936	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384454043
5	NC_017292	ATAGTT	2	12	13147	13158	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384454043
6	NC_017292	AAAAGC	2	12	17202	17213	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	384454046
7	NC_017292	TAAGTG	2	12	29027	29038	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384454052
8	NC_017292	ATTTAA	2	12	33598	33609	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017292	TGATGT	2	12	34193	34204	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384454060
10	NC_017292	TTTTTA	2	12	39397	39408	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384454064
11	NC_017292	CGATTT	2	12	40267	40278	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384454066
12	NC_017292	GATAAA	2	12	40418	40429	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384454066
13	NC_017292	TTTTAA	2	12	42721	42732	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017292	TGCTGG	2	12	44640	44651	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384454071
15	NC_017292	CTTATC	2	12	54352	54363	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384454078
16	NC_017292	AAATTT	2	12	55120	55131	50 %	50 %	0 %	0 %	384454079
17	NC_017292	TTGTTC	2	12	61426	61437	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384454085
18	NC_017292	TTATGG	2	12	62248	62259	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384454085
19	NC_017292	ATTTGG	2	12	62632	62643	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384454085
20	NC_017292	AAGTTG	2	12	65590	65601	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384454087
21	NC_017292	TAGGGC	2	12	72925	72936	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384454094
22	NC_017292	CCTGAT	2	12	72950	72961	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384454094
23	NC_017292	TGTTTC	2	12	75006	75017	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384454097
24	NC_017292	ATTATA	2	12	77761	77772	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017292	CACCTC	2	12	78330	78341	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	384454099
26	NC_017292	GCTGAT	2	12	80157	80168	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384454100
27	NC_017292	TCAAAA	2	12	85890	85901	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384454105
28	NC_017292	GATATC	3	18	90712	90729	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384454108
29	NC_017292	CATTTC	2	12	90943	90954	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384454108
30	NC_017292	TTGGGG	2	12	91295	91306	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384454108
31	NC_017292	CTTTTG	2	12	91992	92003	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384454108
32	NC_017292	ACCACA	2	12	98183	98194	50 %	0 %	0 %	50 %	384454114
33	NC_017292	TGAATA	2	12	102279	102290	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384454120
34	NC_017292	CTCTTC	2	12	103792	103803	0 %	50 %	0 %	50 %	384454121
35	NC_017292	AAATTA	2	12	107051	107062	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384454125
36	NC_017292	TAAAGG	2	12	108837	108848	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384454127
37	NC_017292	GTAAAG	2	12	112633	112644	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384454134
38	NC_017292	ATTCCT	2	12	115368	115379	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384454141
39	NC_017292	TTTCTT	2	12	123039	123050	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_017292	TGCATT	2	12	124580	124591	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384454153
41	NC_017292	TATACT	2	12	124787	124798	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384454154
42	NC_017292	ATATGA	2	12	127976	127987	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384454157
43	NC_017292	AGCAAC	2	12	129747	129758	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384454158
44	NC_017292	TTTCTT	2	12	131898	131909	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384454160
45	NC_017292	TGATTC	2	12	134344	134355	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384454161
46	NC_017292	TGTTTT	2	12	145531	145542	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	384454172
47	NC_017292	ATAGGC	2	12	146933	146944	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384454175
48	NC_017292	AAGTAA	2	12	147815	147826	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384454177
49	NC_017292	TTCCGT	2	12	148028	148039	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017292	CTCTAT	2	12	152301	152312	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384454179
51	NC_017292	TGGATT	2	12	160820	160831	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384454186
52	NC_017292	AGAAAA	2	12	163063	163074	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017292	AAGAGA	2	12	166639	166650	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384454191
54	NC_017292	TAAAGA	2	12	173144	173155	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384454198
55	NC_017292	GTTTTT	2	12	173482	173493	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	384454199
56	NC_017292	TGCTGG	2	12	174177	174188	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384454200
57	NC_017292	GATAGA	2	12	174465	174476	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384454200
58	NC_017292	ACCAAC	2	12	182869	182880	50 %	0 %	0 %	50 %	384454207
59	NC_017292	TCCCTG	2	12	183863	183874	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	384454208
60	NC_017292	AAGGAG	2	12	188853	188864	50 %	0 %	50 %	0 %	384454213
61	NC_017292	GCCTTG	2	12	190272	190283	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384454213
62	NC_017292	ACAATC	2	12	194582	194593	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384454215
63	NC_017292	CAAAGG	2	12	194713	194724	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384454215
64	NC_017292	TGCAGA	2	12	202263	202274	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384454221
65	NC_017292	AAAGAC	2	12	205393	205404	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	384454224
66	NC_017292	TATTAC	2	12	206395	206406	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384454226
67	NC_017292	AGGAAA	2	12	207781	207792	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384454226
68	NC_017292	CAGGAA	2	12	209304	209315	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384454228
69	NC_017292	TTTTTA	2	12	210486	210497	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384454230
70	NC_017292	AATGGT	2	12	221547	221558	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384454239
71	NC_017292	AGTAGA	2	12	222276	222287	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384454239
72	NC_017292	CAGGAG	2	12	222557	222568	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	384454239
73	NC_017292	GCCAAC	2	12	226312	226323	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	384454241
74	NC_017292	TAAAGA	2	12	226841	226852	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017292	AAGACC	2	12	227307	227318	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384454243
76	NC_017292	ATATTT	2	12	228646	228657	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384454244
77	NC_017292	AATTGA	2	12	230833	230844	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384454248
78	NC_017292	ATTTTG	2	12	232876	232887	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384454250
79	NC_017292	TGCGAA	2	12	235266	235277	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384454252
80	NC_017292	TAGGAA	2	12	235793	235804	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384454252
81	NC_017292	ATTATA	2	12	239710	239721	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017292	TTGAAT	2	12	244023	244034	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017292	TTTCCT	2	12	244836	244847	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384454260
84	NC_017292	TTTAGG	2	12	245444	245455	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384454261
85	NC_017292	TAAAAG	2	12	245536	245547	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384454261
86	NC_017292	GTTAAT	2	12	257067	257078	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384454274
87	NC_017292	TTTCAT	2	12	257582	257593	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384454274
88	NC_017292	GACTTT	2	12	258045	258056	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384454275
89	NC_017292	AATTTA	2	12	258666	258677	50 %	50 %	0 %	0 %	384454276
90	NC_017292	GTGTAA	2	12	261435	261446	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384454277
91	NC_017292	ATATAA	2	12	261775	261786	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017292	GGGAAA	2	12	267742	267753	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017292	TATTTC	2	12	271274	271285	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384454285
94	NC_017292	TGAAAA	2	12	272446	272457	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384454287
95	NC_017292	TCTAGA	2	12	273367	273378	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384454288
96	NC_017292	CTGTTT	2	12	275562	275573	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384454290
97	NC_017292	TTTTAT	2	12	276262	276273	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384454290
98	NC_017292	TAAGAA	2	12	277659	277670	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017292	CTAAGT	2	12	279105	279116	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384454293
100	NC_017292	AGCACG	2	12	284130	284141	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384454297
101	NC_017292	GGATTA	2	12	290161	290172	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384454301
102	NC_017292	ATAGAA	2	12	290701	290712	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384454301
103	NC_017292	TAAAAT	2	12	291667	291678	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017292	GATTTA	2	12	294239	294250	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384454303
105	NC_017292	TCTTTT	2	12	294454	294465	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384454303
106	NC_017292	TTTTTG	2	12	297940	297951	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	384454304
107	NC_017292	ATTTGT	2	12	300918	300929	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384454305
108	NC_017292	TAGGCG	2	12	302567	302578	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384454306
109	NC_017292	GGTTAC	2	12	304044	304055	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384454306
110	NC_017292	TATATT	2	12	304507	304518	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384454307
111	NC_017292	GCAATC	2	12	312577	312588	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384454309
112	NC_017292	GTCTTT	2	12	319955	319966	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384454312
113	NC_017292	GTCTTT	2	12	325310	325321	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384454314
114	NC_017292	AGAACC	2	12	326057	326068	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384454314
115	NC_017292	GTCTTT	2	12	327984	327995	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384454315
116	NC_017292	ACCAAT	2	12	331759	331770	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384454316
117	NC_017292	TGAAAA	2	12	337044	337055	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017292	TGTTGC	2	12	337302	337313	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384454319
119	NC_017292	AGCAAT	2	12	341983	341994	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384454323
120	NC_017292	TTGACT	2	12	347974	347985	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384454329
121	NC_017292	ATGTTC	2	12	350311	350322	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384454330
122	NC_017292	TATTAA	2	12	352529	352540	50 %	50 %	0 %	0 %	384454333
123	NC_017292	ATGATC	2	12	354157	354168	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384454333
124	NC_017292	GCTAAA	2	12	354855	354866	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384454334
125	NC_017292	CCTTTT	2	12	357973	357984	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384454336
126	NC_017292	CTAAAG	2	12	358445	358456	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384454336
127	NC_017292	GCTGAT	2	12	364204	364215	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384454343
128	NC_017292	ATCGGG	2	12	366387	366398	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384454344
129	NC_017292	CTAAAT	2	12	367974	367985	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384454346
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131	NC_017292	ATTTTT	2	12	371432	371443	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017292	GAATGT	2	12	372582	372593	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384454350
133	NC_017292	TCTATG	2	12	379759	379770	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384454356
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173	NC_017292	ATCAAA	2	12	474250	474261	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384454447
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223	NC_017292	ATAAAG	2	12	619465	619476	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384454572
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225	NC_017292	TTCTCC	2	12	624358	624369	0 %	50 %	0 %	50 %	384454577
226	NC_017292	AGATAA	2	12	625389	625400	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384454578
227	NC_017292	CTTGTT	2	12	635056	635067	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384454586
228	NC_017292	TCTTCG	2	12	637260	637271	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	384454587
229	NC_017292	TTTCTA	2	12	639790	639801	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384454587
230	NC_017292	ATGGAT	2	12	639864	639875	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384454587
231	NC_017292	GCCATA	2	12	646094	646105	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384454588
232	NC_017292	CATGAA	2	12	653190	653201	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384454593
233	NC_017292	CTTTTG	2	12	656278	656289	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
234	NC_017292	AAATAC	2	12	661836	661847	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
235	NC_017292	CAATCT	2	12	662422	662433	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
236	NC_017292	TTAGGG	2	12	662784	662795	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	384454603
237	NC_017292	TCATTC	2	12	664671	664682	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
238	NC_017292	TCCCAG	2	12	667236	667247	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	384454608
239	NC_017292	AGAATA	2	12	667318	667329	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384454608
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.