MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila psittaci 02DC15 chromosome

Total Repeats: 132

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017292	TGTTT	2	10	6761	6770	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017292	ATAAA	2	10	34287	34296	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017292	TTTTG	2	10	52489	52498	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017292	TTAAT	2	10	57969	57978	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017292	CACTT	2	10	71134	71143	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_017292	AATTT	2	10	77747	77756	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017292	GAAAA	2	10	82760	82769	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017292	AGGAA	2	10	84759	84768	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017292	AGAAA	2	10	87356	87365	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017292	AATTA	2	10	93965	93974	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017292	ATTTG	2	10	98962	98971	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017292	AAAAT	2	10	99683	99692	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017292	CTTTT	2	10	108365	108374	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017292	CTTTT	2	10	122881	122890	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017292	TTCTT	2	10	131364	131373	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017292	TTTTA	2	10	148192	148201	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017292	TAAAT	2	10	164511	164520	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017292	TTTTC	2	10	169263	169272	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017292	CAAAA	2	10	173583	173592	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017292	CGCAT	2	10	173953	173962	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_017292	AATGT	2	10	187385	187394	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017292	TTTTA	2	10	193926	193935	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017292	CCCTA	2	10	195289	195298	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
24	NC_017292	GTTTT	2	10	198641	198650	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017292	ATTAA	2	10	201065	201074	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017292	ATAAA	2	10	225899	225908	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017292	ATTTT	2	10	226756	226765	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017292	TAAAA	2	10	240127	240136	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017292	TTTAA	2	10	255889	255898	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017292	AAGAT	2	10	255963	255972	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017292	GAAGA	2	10	267657	267666	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017292	TAAAA	2	10	274670	274679	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017292	ATTTT	2	10	289735	289744	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017292	AAAGG	2	10	301451	301460	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017292	ATAGG	2	10	307678	307687	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017292	CATAG	2	10	310413	310422	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017292	TAAGA	2	10	318961	318970	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017292	TGAAA	2	10	332749	332758	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017292	ATTAT	2	10	342250	342259	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017292	CTTTT	2	10	343132	343141	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017292	TTTCT	2	10	347570	347579	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017292	AATAA	2	10	350935	350944	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017292	TGAAA	2	10	352163	352172	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017292	GTATT	2	10	363294	363303	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017292	GCATA	2	10	369391	369400	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017292	GAATA	2	10	371372	371381	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017292	CACTA	2	10	390023	390032	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_017292	GTTTC	2	10	391123	391132	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017292	TTTAA	2	10	397271	397280	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017292	ATTTT	2	10	446561	446570	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017292	GCTTC	2	10	455475	455484	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_017292	ATAGA	2	10	463471	463480	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017292	ATGTA	2	10	470360	470369	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017292	TAAAT	2	10	477002	477011	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017292	AACTT	2	10	477015	477024	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_017292	TGAGA	2	10	477123	477132	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017292	TAAAT	2	10	478288	478297	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017292	AAATA	2	10	483680	483689	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017292	TTAAA	2	10	484840	484849	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017292	TTTAC	2	10	493664	493673	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017292	AAAAT	2	10	493721	493730	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017292	AATCT	2	10	504514	504523	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017292	TAGGG	2	10	504639	504648	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017292	TAAAA	2	10	549009	549018	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017292	TTTCT	2	10	559599	559608	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017292	AAATA	3	15	559612	559626	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017292	TTATT	2	10	570904	570913	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017292	ATTAA	2	10	570942	570951	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017292	ATATA	2	10	585369	585378	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017292	ACAAA	2	10	586627	586636	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017292	CAATA	2	10	592227	592236	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017292	AATTA	2	10	593097	593106	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017292	ATTTA	2	10	597330	597339	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017292	ATTTT	2	10	601200	601209	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017292	ACACG	2	10	606005	606014	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_017292	TATCC	2	10	622693	622702	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_017292	AGGGG	2	10	630516	630525	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017292	ATCAA	2	10	654160	654169	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_017292	TTTTA	2	10	657152	657161	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017292	ATTCT	2	10	660981	660990	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017292	AAGAG	2	10	663370	663379	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017292	TCTTA	2	10	664518	664527	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017292	AAATA	2	10	664549	664558	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017292	CTAAG	2	10	667524	667533	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_017292	AAAAT	2	10	669393	669402	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017292	TTAAT	2	10	669410	669419	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017292	CACAA	2	10	673952	673961	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
88	NC_017292	TAAAA	2	10	675805	675814	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017292	TAAAA	2	10	692118	692127	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017292	CAGAG	2	10	726383	726392	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017292	GGCCT	2	10	758308	758317	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
92	NC_017292	AATCA	2	10	760290	760299	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017292	GAAAA	2	10	801933	801942	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017292	AGCTA	2	10	805074	805083	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017292	TTTAC	2	10	806997	807006	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017292	AAGAA	2	10	809691	809700	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017292	GTTTT	2	10	818942	818951	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017292	TCTTT	2	10	834730	834739	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017292	ATTTT	2	10	844690	844699	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017292	AGAAC	2	10	855167	855176	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017292	TAAAA	2	10	864602	864611	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017292	AAAAG	2	10	866316	866325	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017292	TCAAA	2	10	867882	867891	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017292	TAAAA	2	10	873316	873325	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017292	AAAAG	2	10	881268	881277	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017292	TTTTC	2	10	884405	884414	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017292	AAGTT	2	10	894165	894174	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017292	TCTAT	2	10	920639	920648	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017292	AAAAG	2	10	920719	920728	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017292	TTAAA	2	10	933664	933673	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017292	TTCTT	2	10	946886	946895	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017292	ACTAG	2	10	954478	954487	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_017292	AATTA	2	10	959174	959183	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017292	CCCTT	2	10	972245	972254	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
115	NC_017292	AATTT	2	10	984250	984259	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017292	TCTTT	2	10	995718	995727	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_017292	TATTG	2	10	995913	995922	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017292	TAAAT	2	10	1013271	1013280	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017292	TAGAT	2	10	1019358	1019367	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017292	GTAAC	2	10	1019695	1019704	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_017292	AACCT	2	10	1021173	1021182	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_017292	TAACT	2	10	1022100	1022109	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017292	ACATA	2	10	1022839	1022848	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_017292	CTTTC	2	10	1023919	1023928	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_017292	CTTCT	2	10	1025026	1025035	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
126	NC_017292	TTAAA	2	10	1031980	1031989	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017292	AACAA	2	10	1032193	1032202	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_017292	TAAAA	2	10	1056796	1056805	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017292	AGCCC	2	10	1070419	1070428	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
130	NC_017292	TTAAT	2	10	1073357	1073366	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017292	TAAAA	2	10	1112674	1112683	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017292	AAAAG	2	10	1154731	1154740	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.