MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila psittaci C19/98 chromosome

Total Repeats: 132

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017291	TGTTT	2	10	6761	6770	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017291	ATAAA	2	10	34287	34296	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017291	TTTTG	2	10	52489	52498	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017291	TTAAT	2	10	57969	57978	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017291	CACTT	2	10	71134	71143	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_017291	AATTT	2	10	77747	77756	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017291	AGGAA	2	10	84759	84768	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017291	AGAAA	2	10	87356	87365	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017291	AATTA	2	10	93965	93974	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017291	ATTTG	2	10	98962	98971	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017291	AAAAT	2	10	99683	99692	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017291	CTTTT	2	10	108365	108374	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017291	AGCTT	2	10	108476	108485	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017291	CTTTT	2	10	122881	122890	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017291	TTCTT	2	10	131364	131373	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017291	TTTTA	2	10	148192	148201	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017291	TAAAT	2	10	164511	164520	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017291	TTTTC	2	10	169263	169272	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017291	CAAAA	2	10	173583	173592	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017291	CGCAT	2	10	173953	173962	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_017291	AATGT	2	10	187385	187394	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017291	TTTTA	2	10	193926	193935	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017291	CCCTA	2	10	195289	195298	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
24	NC_017291	GTTTT	2	10	198641	198650	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017291	ATTAA	2	10	201065	201074	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017291	ATAAA	2	10	225899	225908	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017291	ATTTT	2	10	226756	226765	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017291	TAAAA	2	10	240127	240136	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017291	TTTAA	2	10	255889	255898	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017291	AAGAT	2	10	255963	255972	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017291	GAAGA	2	10	267657	267666	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017291	TAAAA	2	10	274672	274681	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017291	ATTTT	2	10	289737	289746	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017291	AAAGG	2	10	301454	301463	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017291	ATAGG	2	10	307681	307690	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017291	CATAG	2	10	310416	310425	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017291	TAAGA	2	10	318971	318980	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017291	TGAAA	2	10	330086	330095	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017291	ATTAT	2	10	339587	339596	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017291	CTTTT	2	10	340469	340478	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017291	TTTCT	2	10	344907	344916	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017291	AATAA	2	10	348272	348281	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017291	TGAAA	2	10	349500	349509	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017291	GTATT	2	10	360631	360640	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017291	GCATA	2	10	366728	366737	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017291	GAATA	2	10	368709	368718	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017291	CACTA	2	10	387359	387368	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_017291	GTTTC	2	10	388459	388468	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017291	TTTAA	2	10	394606	394615	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017291	ATTTT	2	10	443898	443907	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017291	GCTTC	2	10	452812	452821	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_017291	ATAGA	2	10	460679	460688	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017291	ATGTA	2	10	467568	467577	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017291	TAAAT	2	10	474210	474219	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017291	AACTT	2	10	474223	474232	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_017291	TGAGA	2	10	474331	474340	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017291	TAAAT	2	10	475496	475505	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017291	AAATA	2	10	480889	480898	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017291	TTAAA	2	10	482049	482058	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017291	TTTAC	2	10	490873	490882	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017291	AAAAT	2	10	490930	490939	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017291	AATCT	2	10	501723	501732	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017291	TAGGG	2	10	501848	501857	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017291	TAAAA	2	10	546221	546230	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017291	TTTCT	2	10	556811	556820	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017291	AAATA	3	15	556824	556838	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017291	TTATT	2	10	568116	568125	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017291	ATTAA	2	10	568154	568163	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017291	ATATA	2	10	582581	582590	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017291	ACAAA	2	10	583839	583848	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017291	CAATA	2	10	589439	589448	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017291	AATTA	2	10	590309	590318	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017291	ATTTA	2	10	594559	594568	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017291	ATTTT	2	10	598429	598438	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017291	TATCC	2	10	619924	619933	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
76	NC_017291	AGGGG	2	10	627747	627756	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017291	ATCAA	2	10	651389	651398	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_017291	TTTTA	2	10	654380	654389	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017291	ATTCT	2	10	658209	658218	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_017291	AAGAG	2	10	660598	660607	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017291	TCTTA	2	10	661746	661755	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017291	AAATA	2	10	661777	661786	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017291	CTAAG	2	10	664752	664761	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017291	AAAAT	2	10	666621	666630	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017291	TTAAT	2	10	666638	666647	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017291	CACAA	2	10	671180	671189	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_017291	TAAAA	2	10	673033	673042	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017291	TAAAA	2	10	689346	689355	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017291	CAGAG	2	10	723598	723607	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_017291	GGCCT	2	10	755523	755532	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
91	NC_017291	AATCA	2	10	757505	757514	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_017291	GAAAA	2	10	799145	799154	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017291	AGCTA	2	10	802286	802295	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_017291	TTTAC	2	10	804209	804218	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017291	AAGAA	2	10	806903	806912	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017291	GTTTT	2	10	816154	816163	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017291	TAAAA	2	10	816841	816850	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017291	TCTTT	2	10	831943	831952	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017291	ATTTT	2	10	841903	841912	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017291	AGAAC	2	10	852380	852389	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017291	TAAAA	2	10	861816	861825	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017291	AAAAG	2	10	863530	863539	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017291	TCAAA	2	10	865096	865105	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017291	TAAAA	2	10	870530	870539	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017291	AAAAG	2	10	878482	878491	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017291	TTTTC	2	10	881619	881628	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017291	AAGTT	2	10	891379	891388	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017291	TCTAT	2	10	917853	917862	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017291	AAAAG	2	10	917933	917942	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017291	TTAAA	2	10	930878	930887	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017291	TTCTT	2	10	944100	944109	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017291	ACTAG	2	10	951692	951701	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_017291	AATTA	2	10	956388	956397	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017291	CCCTT	2	10	969459	969468	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
115	NC_017291	AATTT	2	10	981467	981476	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017291	TCTTT	2	10	992935	992944	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_017291	TATTG	2	10	993130	993139	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017291	TAAAT	2	10	1010488	1010497	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017291	TAGAT	2	10	1016576	1016585	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017291	GTAAC	2	10	1016913	1016922	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_017291	AACCT	2	10	1018391	1018400	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_017291	TAACT	2	10	1019318	1019327	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017291	ACATA	2	10	1020057	1020066	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_017291	CTTTC	2	10	1021137	1021146	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_017291	CTTCT	2	10	1022244	1022253	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
126	NC_017291	TTAAA	2	10	1029198	1029207	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017291	AACAA	2	10	1029411	1029420	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_017291	TAAAA	2	10	1054014	1054023	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017291	AGCCC	2	10	1067637	1067646	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
130	NC_017291	TTAAT	2	10	1070575	1070584	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017291	CAAAG	2	10	1097466	1097475	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017291	AAAAG	2	10	1151922	1151931	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.