MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila psittaci C19/98 chromosome

Total Repeats: 399

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017291	AATC	2	8	5414	5421	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_017291	TAAT	2	8	6732	6739	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017291	GAAT	2	8	6852	6859	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017291	TAAA	2	8	17025	17032	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017291	TTTC	2	8	17682	17689	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_017291	ATTT	2	8	26656	26663	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017291	ATTA	2	8	26667	26674	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017291	TTTC	2	8	31652	31659	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
9	NC_017291	TCTA	2	8	32056	32063	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_017291	AATT	2	8	32380	32387	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017291	TTAA	2	8	32420	32427	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017291	TTAA	2	8	33516	33523	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017291	AGAT	2	8	33559	33566	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017291	TCAA	2	8	37781	37788	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_017291	GTCG	2	8	44200	44207	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_017291	ATAA	2	8	49533	49540	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017291	AAAG	2	8	52613	52620	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017291	TTTA	2	8	52623	52630	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017291	GAAG	2	8	52726	52733	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017291	AAAG	2	8	54791	54798	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017291	GTTT	2	8	59897	59904	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017291	TATG	2	8	59912	59919	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017291	CTTT	2	8	64572	64579	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_017291	GATA	2	8	70220	70227	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017291	TAAT	2	8	77665	77672	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017291	TATT	2	8	77682	77689	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017291	TTAA	2	8	77691	77698	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017291	TAAA	2	8	77722	77729	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017291	ATTA	2	8	77739	77746	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017291	TAAA	2	8	80503	80510	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017291	AAAG	2	8	83483	83490	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017291	CAAG	2	8	84840	84847	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_017291	TTTA	2	8	87396	87403	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017291	ATAA	2	8	87451	87458	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017291	ATGT	2	8	93633	93640	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017291	ATAC	2	8	99191	99198	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_017291	AACA	2	8	99362	99369	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_017291	TGAT	2	8	99630	99637	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017291	TTAA	2	8	107111	107118	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017291	ATTT	2	8	122759	122766	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017291	AAAG	2	8	122934	122941	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017291	TAAT	2	8	123103	123110	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017291	TTAA	2	8	128518	128525	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017291	CTGG	2	8	128669	128676	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_017291	TTTA	2	8	128695	128702	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017291	TGAT	2	8	139126	139133	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017291	TAGT	2	8	140254	140261	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017291	TTAT	2	8	146095	146102	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017291	TTAT	2	8	146130	146137	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017291	GTAA	2	8	146151	146158	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017291	TTTA	2	8	147425	147432	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017291	AATA	2	8	147480	147487	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017291	ATTT	3	12	147538	147549	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017291	TAAG	2	8	148605	148612	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017291	AAAG	2	8	148635	148642	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017291	GATG	2	8	159379	159386	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017291	GTAG	2	8	159405	159412	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017291	TTTC	2	8	160510	160517	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_017291	AAAT	2	8	164574	164581	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017291	ACTT	2	8	164627	164634	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_017291	TAGT	2	8	170086	170093	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017291	AAGA	2	8	173683	173690	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017291	TAAA	2	8	179359	179366	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017291	TTTA	2	8	179420	179427	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017291	AACT	2	8	179436	179443	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_017291	GATT	2	8	187304	187311	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017291	AGAT	2	8	191791	191798	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017291	GTTT	2	8	193724	193731	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017291	TATT	2	8	195450	195457	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017291	TAAA	3	12	195481	195492	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017291	GTTT	2	8	196531	196538	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017291	CACT	2	8	198179	198186	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_017291	GCTT	2	8	198273	198280	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_017291	CTTT	2	8	198433	198440	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_017291	ATTA	2	8	198450	198457	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017291	CTTT	2	8	198608	198615	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_017291	AATC	2	8	198616	198623	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_017291	ATTA	2	8	198753	198760	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017291	TAAT	2	8	201081	201088	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017291	TAAA	2	8	204094	204101	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017291	CAAA	2	8	205217	205224	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_017291	TTTA	2	8	205663	205670	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017291	GTTT	2	8	211875	211882	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017291	AAGA	2	8	222930	222937	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017291	AACA	2	8	226748	226755	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_017291	ATTA	2	8	232252	232259	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017291	CTTG	2	8	238178	238185	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_017291	GAAT	2	8	238229	238236	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017291	AATT	2	8	238368	238375	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017291	TTTC	2	8	238468	238475	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_017291	ATAA	2	8	239850	239857	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017291	GCTT	2	8	240028	240035	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
93	NC_017291	GTTT	2	8	240899	240906	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017291	TCAT	2	8	241129	241136	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_017291	AGGA	2	8	244059	244066	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017291	TAAA	2	8	263029	263036	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017291	GTTC	2	8	266716	266723	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_017291	TAAT	2	8	266819	266826	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017291	AATT	2	8	266834	266841	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017291	TAAT	2	8	267911	267918	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017291	TAAA	2	8	268025	268032	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017291	TTGT	2	8	274653	274660	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017291	AAAT	2	8	276698	276705	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017291	TACT	2	8	281047	281054	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_017291	AATT	2	8	281068	281075	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017291	TGTA	2	8	281111	281118	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017291	GTTT	2	8	282020	282027	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017291	ATTT	2	8	289673	289680	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017291	TAAT	3	12	289720	289731	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017291	TAGA	2	8	291557	291564	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017291	TCTA	2	8	291589	291596	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_017291	TATT	2	8	291640	291647	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017291	AATG	2	8	299738	299745	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017291	GTTT	2	8	299887	299894	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017291	TGTT	2	8	301204	301211	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017291	ATTG	2	8	301291	301298	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017291	TTGA	2	8	301362	301369	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017291	GATT	2	8	307642	307649	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017291	GAAA	2	8	307774	307781	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017291	CTAC	2	8	307842	307849	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_017291	TTAT	2	8	310336	310343	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017291	GGGA	2	8	310503	310510	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017291	ATGC	2	8	319043	319050	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_017291	TTCG	2	8	319164	319171	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_017291	AGGA	2	8	319181	319188	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017291	TGCA	2	8	329990	329997	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_017291	AAAG	2	8	330127	330134	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017291	TTTG	2	8	333362	333369	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017291	AGTT	2	8	339567	339574	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017291	CAGA	2	8	340411	340418	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_017291	TGAT	2	8	340437	340444	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017291	TATT	2	8	342623	342630	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017291	ATAA	2	8	346433	346440	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017291	TCTT	2	8	347198	347205	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_017291	AGAA	2	8	349200	349207	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017291	ATTT	2	8	351746	351753	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017291	TAGT	2	8	351801	351808	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017291	ATAC	2	8	354008	354015	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_017291	TTTG	2	8	359300	359307	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017291	AGAA	2	8	359424	359431	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017291	GCTT	2	8	360648	360655	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
142	NC_017291	TTAA	2	8	369557	369564	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017291	ATCT	2	8	372572	372579	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_017291	AACT	2	8	373416	373423	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_017291	GTTT	2	8	384403	384410	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017291	TAAT	2	8	387101	387108	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017291	AAGA	2	8	387136	387143	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017291	ATTA	2	8	387161	387168	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017291	AAAC	2	8	388474	388481	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_017291	GTTT	2	8	398821	398828	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017291	TTAA	2	8	398843	398850	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017291	TAAT	2	8	398862	398869	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.