MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila psittaci 08DC60 chromosome

Total Repeats: 433

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017290	AATC	2	8	5414	5421	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_017290	TAAT	2	8	6732	6739	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017290	GAAT	2	8	6852	6859	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017290	TAAA	2	8	17025	17032	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017290	TTTC	2	8	17682	17689	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_017290	ATTT	2	8	26656	26663	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017290	ATTA	2	8	26667	26674	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017290	TTTC	2	8	31652	31659	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
9	NC_017290	TCTA	2	8	32056	32063	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_017290	AATT	2	8	32380	32387	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017290	TTAA	2	8	32420	32427	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017290	TTAA	2	8	33516	33523	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017290	AGAT	2	8	33559	33566	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017290	TCAA	2	8	37781	37788	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_017290	GTCG	2	8	44200	44207	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_017290	ATAA	2	8	49533	49540	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017290	AAAG	2	8	52613	52620	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017290	TTTA	2	8	52623	52630	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017290	GAAG	2	8	52726	52733	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017290	AAAG	2	8	54791	54798	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017290	GTTT	2	8	59897	59904	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017290	TATG	2	8	59912	59919	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017290	CTTT	2	8	64572	64579	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_017290	GATA	2	8	70220	70227	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017290	TAAT	2	8	77665	77672	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017290	TATT	2	8	77682	77689	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017290	TTAA	2	8	77691	77698	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017290	TAAA	2	8	77722	77729	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017290	ATTA	2	8	77739	77746	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017290	TAAA	2	8	80503	80510	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017290	AAAG	2	8	83483	83490	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017290	CAAG	2	8	84840	84847	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_017290	TTTA	2	8	87396	87403	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017290	ATAA	2	8	87451	87458	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017290	ATGT	2	8	93633	93640	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017290	ATAC	2	8	99191	99198	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_017290	AACA	2	8	99362	99369	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_017290	TGAT	2	8	99630	99637	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017290	TTAA	2	8	107111	107118	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017290	ATTT	2	8	122759	122766	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017290	AAAG	2	8	122934	122941	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017290	TAAT	2	8	123103	123110	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017290	TTAA	2	8	128518	128525	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017290	CTGG	2	8	128669	128676	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_017290	TTTA	2	8	128695	128702	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017290	TGAT	2	8	139126	139133	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017290	TAGT	2	8	140255	140262	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017290	TTAT	2	8	146096	146103	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017290	TTAT	2	8	146131	146138	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017290	GTAA	2	8	146152	146159	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017290	TTTA	2	8	147426	147433	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017290	AATA	2	8	147481	147488	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017290	ATTT	3	12	147539	147550	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017290	TAAG	2	8	148606	148613	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017290	AAAG	2	8	148636	148643	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017290	GATG	2	8	159381	159388	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017290	GTAG	2	8	159407	159414	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017290	TTTC	2	8	160512	160519	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_017290	AAAT	2	8	164576	164583	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017290	ACTT	2	8	164629	164636	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_017290	TAGT	2	8	170088	170095	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017290	AAGA	2	8	173685	173692	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017290	TAAA	2	8	179361	179368	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017290	TTTA	2	8	179422	179429	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017290	AACT	2	8	179438	179445	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_017290	GATT	2	8	187306	187313	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017290	AGAT	2	8	191793	191800	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017290	GTTT	2	8	193726	193733	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017290	TATT	2	8	195452	195459	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017290	TAAA	3	12	195483	195494	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017290	GTTT	2	8	196533	196540	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017290	CACT	2	8	198181	198188	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_017290	GCTT	2	8	198275	198282	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_017290	CTTT	2	8	198435	198442	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_017290	ATTA	2	8	198452	198459	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017290	CTTT	2	8	198610	198617	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_017290	AATC	2	8	198618	198625	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_017290	ATTA	2	8	198755	198762	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017290	TAAT	2	8	201083	201090	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017290	TAAA	2	8	204096	204103	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017290	CAAA	2	8	205219	205226	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_017290	TTTA	2	8	205665	205672	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017290	GTTT	2	8	211877	211884	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017290	AAGA	2	8	222932	222939	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017290	AACA	2	8	226750	226757	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_017290	ATTA	2	8	232254	232261	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017290	CTTG	2	8	238180	238187	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_017290	GAAT	2	8	238231	238238	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017290	AATT	2	8	238370	238377	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017290	TTTC	2	8	238470	238477	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_017290	ATAA	2	8	239852	239859	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017290	GCTT	2	8	240030	240037	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
93	NC_017290	GTTT	2	8	240901	240908	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017290	TCAT	2	8	241131	241138	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_017290	AGGA	2	8	244061	244068	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017290	TAAA	2	8	263032	263039	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017290	GTTC	2	8	266719	266726	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_017290	TAAT	2	8	266822	266829	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017290	AATT	2	8	266837	266844	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017290	TAAT	2	8	267914	267921	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017290	TAAA	2	8	268028	268035	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017290	TTGT	2	8	274656	274663	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017290	AAAT	2	8	276701	276708	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017290	TACT	2	8	281050	281057	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_017290	AATT	2	8	281071	281078	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017290	TGTA	2	8	281114	281121	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017290	GTTT	2	8	282023	282030	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017290	ATTT	2	8	289676	289683	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017290	TAAT	3	12	289723	289734	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017290	TAGA	2	8	291560	291567	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017290	TCTA	2	8	291592	291599	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_017290	TATT	2	8	291643	291650	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017290	TCTG	2	8	297042	297049	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_017290	AATG	2	8	299741	299748	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017290	GTTT	2	8	299890	299897	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017290	TGTT	2	8	301207	301214	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017290	ATTG	2	8	301294	301301	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017290	TTGA	2	8	301365	301372	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017290	GATT	2	8	307645	307652	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017290	GAAA	2	8	307777	307784	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017290	CTAC	2	8	307845	307852	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
122	NC_017290	TTAT	2	8	310339	310346	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017290	GGGA	2	8	310506	310513	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017290	TGCT	3	12	316442	316453	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_017290	TTGT	2	8	316810	316817	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017290	AGAA	2	8	316990	316997	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017290	GAAT	2	8	317862	317869	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017290	TTTC	2	8	318087	318094	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_017290	ATTC	2	8	318371	318378	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_017290	TGTT	2	8	318704	318711	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017290	ATGC	2	8	319039	319046	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_017290	TTCG	2	8	319160	319167	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_017290	AGGA	2	8	319177	319184	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017290	GCTG	2	8	327207	327214	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
135	NC_017290	ACTG	2	8	327339	327346	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
136	NC_017290	TGCA	2	8	327652	327659	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
137	NC_017290	CTGT	2	8	328549	328556	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
138	NC_017290	TTAG	2	8	328624	328631	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017290	GAGG	2	8	328651	328658	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017290	TAAA	2	8	329122	329129	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017290	TGCT	2	8	329304	329311	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
142	NC_017290	AAGA	2	8	329564	329571	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017290	AAAG	2	8	332799	332806	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017290	TTTG	2	8	336034	336041	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017290	AGTT	2	8	342239	342246	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017290	CAGA	2	8	343083	343090	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_017290	TGAT	2	8	343109	343116	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017290	TATT	2	8	345295	345302	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017290	ATAA	2	8	349105	349112	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017290	TCTT	2	8	349870	349877	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
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152	NC_017290	ATTT	2	8	354417	354424	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.