MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila psittaci 01DC11 chromosome

Total Repeats: 48

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017289	ATTTAA	2	12	33598	33609	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017289	TTTTAA	2	12	42721	42732	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017289	ATTATA	2	12	77761	77772	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017289	TTTCTT	2	12	123040	123051	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017289	TTCCGT	2	12	148030	148041	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_017289	AGAAAA	2	12	163067	163078	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017289	TAAAGA	2	12	226845	226856	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017289	ATTATA	2	12	239714	239725	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017289	TTGAAT	2	12	244027	244038	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017289	ATATAA	2	12	261779	261790	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017289	GGGAAA	2	12	267746	267757	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017289	TAAGAA	2	12	277665	277676	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017289	TAAAAT	2	12	291673	291684	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017289	TGAAAA	2	12	337051	337062	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017289	ATTTTT	2	12	371440	371451	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017289	AAAATC	2	12	396448	396459	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_017289	AAAAAT	2	12	470428	470439	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017289	TATAAT	2	12	489882	489893	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017289	TTAATT	2	12	507578	507589	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017289	AAATAA	2	12	587403	587414	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017289	CTTTTG	2	12	656308	656319	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_017289	AAATAC	2	12	661864	661875	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_017289	CAATCT	2	12	662450	662461	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017289	TCATTC	2	12	664699	664710	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_017289	AAGGGA	2	12	703550	703561	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017289	ATTAAT	2	12	706240	706251	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017289	TTAGTG	2	12	708397	708408	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017289	AAAGAC	2	12	712544	712555	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_017289	TAAAAG	2	12	739787	739798	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017289	ATTTTA	2	12	752479	752490	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017289	TAACCT	2	12	793859	793870	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_017289	CTATGT	2	12	814142	814153	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_017289	ATTTTA	2	12	951311	951322	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017289	ATCTAT	2	12	966603	966614	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017289	ATAAAA	2	12	983051	983062	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017289	TGAGAA	2	12	995901	995912	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017289	TTTTCT	2	12	1014007	1014018	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_017289	AAATAA	2	12	1019231	1019242	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017289	TCGCTT	2	12	1022091	1022102	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017289	TTATCC	2	12	1022995	1023006	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017289	AAATTT	2	12	1025136	1025147	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017289	CTTTGT	2	12	1036579	1036590	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_017289	AAAAAT	2	12	1056853	1056864	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017289	TAATTT	2	12	1103485	1103496	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017289	AAAATA	2	12	1141985	1141996	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017289	TACAGA	2	12	1154663	1154674	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_017289	GTTAAA	2	12	1167594	1167605	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017289	CCTTCG	2	12	1170383	1170394	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.