MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydophila psittaci 01DC11 chromosome

Total Repeats: 358

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017289	CTGTGG	2	12	4820	4831	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384451110
2	NC_017289	GAGAAA	2	12	8592	8603	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384451113
3	NC_017289	AGGAAG	2	12	11322	11333	50 %	0 %	50 %	0 %	384451114
4	NC_017289	AAGAGT	2	12	12925	12936	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384451114
5	NC_017289	ATAGTT	2	12	13147	13158	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384451114
6	NC_017289	AAAAGC	2	12	17202	17213	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	384451117
7	NC_017289	TAAGTG	2	12	29027	29038	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384451123
8	NC_017289	TGATGT	2	12	34193	34204	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384451131
9	NC_017289	TTTTTA	2	12	39397	39408	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384451135
10	NC_017289	CGATTT	2	12	40267	40278	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384451137
11	NC_017289	GATAAA	2	12	40418	40429	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384451137
12	NC_017289	TGCTGG	2	12	44640	44651	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384451142
13	NC_017289	CTTATC	2	12	54352	54363	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384451149
14	NC_017289	AAATTT	2	12	55120	55131	50 %	50 %	0 %	0 %	384451150
15	NC_017289	TTGTTC	2	12	61426	61437	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384451156
16	NC_017289	TTATGG	2	12	62248	62259	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384451156
17	NC_017289	ATTTGG	2	12	62632	62643	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384451156
18	NC_017289	AAGTTG	2	12	65590	65601	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384451158
19	NC_017289	TAGGGC	2	12	72925	72936	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384451165
20	NC_017289	CCTGAT	2	12	72950	72961	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384451165
21	NC_017289	TGTTTC	2	12	75006	75017	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384451168
22	NC_017289	CACCTC	2	12	78330	78341	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	384451170
23	NC_017289	GCTGAT	2	12	80157	80168	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384451171
24	NC_017289	TCAAAA	2	12	85890	85901	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384451177
25	NC_017289	GATATC	3	18	90712	90729	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384451180
26	NC_017289	CATTTC	2	12	90943	90954	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384451180
27	NC_017289	TTGGGG	2	12	91295	91306	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384451180
28	NC_017289	CTTTTG	2	12	91992	92003	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384451180
29	NC_017289	ACCACA	2	12	98183	98194	50 %	0 %	0 %	50 %	384451186
30	NC_017289	TGAATA	2	12	102279	102290	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384451192
31	NC_017289	CTCTTC	2	12	103792	103803	0 %	50 %	0 %	50 %	384451193
32	NC_017289	AAATTA	2	12	107051	107062	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384451197
33	NC_017289	TAAAGG	2	12	108837	108848	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384451199
34	NC_017289	GTAAAG	2	12	112633	112644	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384451206
35	NC_017289	ATTCCT	2	12	115368	115379	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384451213
36	NC_017289	TGCATT	2	12	124581	124592	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384451225
37	NC_017289	TATACT	2	12	124788	124799	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384451226
38	NC_017289	ATATGA	2	12	127977	127988	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384451229
39	NC_017289	AGCAAC	2	12	129748	129759	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384451230
40	NC_017289	TTTCTT	2	12	131899	131910	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384451232
41	NC_017289	TGATTC	2	12	134345	134356	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384451233
42	NC_017289	TGTTTT	2	12	145533	145544	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	384451244
43	NC_017289	ATAGGC	2	12	146935	146946	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384451247
44	NC_017289	AAGTAA	2	12	147817	147828	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384451249
45	NC_017289	CTCTAT	2	12	152303	152314	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384451251
46	NC_017289	TGGATT	2	12	160824	160835	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384451258
47	NC_017289	AAGAGA	2	12	166643	166654	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384451263
48	NC_017289	TAAAGA	2	12	173148	173159	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384451270
49	NC_017289	GTTTTT	2	12	173486	173497	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	384451271
50	NC_017289	TGCTGG	2	12	174181	174192	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384451272
51	NC_017289	GATAGA	2	12	174469	174480	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384451272
52	NC_017289	ACCAAC	2	12	182873	182884	50 %	0 %	0 %	50 %	384451279
53	NC_017289	TCCCTG	2	12	183867	183878	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	384451280
54	NC_017289	AAGGAG	2	12	188857	188868	50 %	0 %	50 %	0 %	384451285
55	NC_017289	GCCTTG	2	12	190276	190287	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384451285
56	NC_017289	ACAATC	2	12	194586	194597	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384451287
57	NC_017289	CAAAGG	2	12	194717	194728	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384451287
58	NC_017289	TGCAGA	2	12	202267	202278	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384451293
59	NC_017289	AAAGAC	2	12	205397	205408	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	384451296
60	NC_017289	TATTAC	2	12	206399	206410	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384451298
61	NC_017289	AGGAAA	2	12	207785	207796	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384451298
62	NC_017289	CAGGAA	2	12	209308	209319	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384451300
63	NC_017289	TTTTTA	2	12	210490	210501	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384451302
64	NC_017289	AATGGT	2	12	221551	221562	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384451311
65	NC_017289	AGTAGA	2	12	222280	222291	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384451311
66	NC_017289	CAGGAG	2	12	222561	222572	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	384451311
67	NC_017289	GCCAAC	2	12	226316	226327	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	384451313
68	NC_017289	AAGACC	2	12	227311	227322	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384451315
69	NC_017289	ATATTT	2	12	228650	228661	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384451316
70	NC_017289	AATTGA	2	12	230837	230848	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384451320
71	NC_017289	ATTTTG	2	12	232880	232891	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384451322
72	NC_017289	TGCGAA	2	12	235270	235281	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384451324
73	NC_017289	TAGGAA	2	12	235797	235808	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384451324
74	NC_017289	TTTCCT	2	12	244840	244851	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384451332
75	NC_017289	TTTAGG	2	12	245448	245459	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384451333
76	NC_017289	TAAAAG	2	12	245540	245551	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384451333
77	NC_017289	GTTAAT	2	12	257071	257082	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384451346
78	NC_017289	TTTCAT	2	12	257586	257597	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384451346
79	NC_017289	GACTTT	2	12	258049	258060	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384451347
80	NC_017289	AATTTA	2	12	258670	258681	50 %	50 %	0 %	0 %	384451348
81	NC_017289	GTGTAA	2	12	261439	261450	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384451349
82	NC_017289	TATTTC	2	12	271278	271289	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384451357
83	NC_017289	TGAAAA	2	12	272452	272463	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384451359
84	NC_017289	TCTAGA	2	12	273373	273384	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384451360
85	NC_017289	CTGTTT	2	12	275568	275579	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384451362
86	NC_017289	TTTTAT	2	12	276268	276279	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384451362
87	NC_017289	CTAAGT	2	12	279111	279122	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384451365
88	NC_017289	AGCACG	2	12	284136	284147	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384451369
89	NC_017289	GGATTA	2	12	290167	290178	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384451373
90	NC_017289	ATAGAA	2	12	290707	290718	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384451373
91	NC_017289	GATTTA	2	12	294245	294256	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384451375
92	NC_017289	TCTTTT	2	12	294460	294471	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384451375
93	NC_017289	TTTTTG	2	12	297947	297958	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	384451376
94	NC_017289	ATTTGT	2	12	300926	300937	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384451377
95	NC_017289	TAGGCG	2	12	302575	302586	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384451378
96	NC_017289	GGTTAC	2	12	304052	304063	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384451378
97	NC_017289	TATATT	2	12	304515	304526	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384451379
98	NC_017289	GCAATC	2	12	312585	312596	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384451381
99	NC_017289	GTCTTT	2	12	325318	325329	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384451386
100	NC_017289	AGAACC	2	12	326065	326076	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384451386
101	NC_017289	GTCTTT	2	12	327992	328003	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384451387
102	NC_017289	ACCAAT	2	12	331766	331777	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384451388
103	NC_017289	TGTTGC	2	12	337309	337320	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384451391
104	NC_017289	AGCAAT	2	12	341990	342001	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384451395
105	NC_017289	TTGACT	2	12	347981	347992	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384451401
106	NC_017289	ATGTTC	2	12	350318	350329	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384451402
107	NC_017289	TATTAA	2	12	352536	352547	50 %	50 %	0 %	0 %	384451405
108	NC_017289	ATGATC	2	12	354164	354175	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384451405
109	NC_017289	GCTAAA	2	12	354862	354873	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384451406
110	NC_017289	CCTTTT	2	12	357981	357992	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384451408
111	NC_017289	CTAAAG	2	12	358453	358464	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384451408
112	NC_017289	GCTGAT	2	12	364212	364223	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384451415
113	NC_017289	ATCGGG	2	12	366395	366406	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384451416
114	NC_017289	CTAAAT	2	12	367982	367993	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384451418
115	NC_017289	AATTCC	2	12	368970	368981	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384451418
116	NC_017289	GAATGT	2	12	372590	372601	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384451422
117	NC_017289	TCTATG	2	12	379766	379777	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384451428
118	NC_017289	GTTTTT	2	12	380841	380852	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	384451429
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231	NC_017289	AACCGC	2	12	744640	744651	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	384451732
232	NC_017289	TAGCTA	2	12	745284	745295	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384451733
233	NC_017289	TCTATT	2	12	746069	746080	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384451735
234	NC_017289	TATTTT	2	12	746246	746257	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384451735
235	NC_017289	TCCGCA	2	12	746650	746661	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	384451735
236	NC_017289	CGGCGC	2	12	748084	748095	0 %	0 %	50 %	50 %	384451737
237	NC_017289	AGCTAC	2	12	749278	749289	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384451738
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239	NC_017289	CCTTCC	2	12	757709	757720	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384451743
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243	NC_017289	TGGATG	2	12	769686	769697	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	384451753
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254	NC_017289	TTTAGC	2	12	804963	804974	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384451777
255	NC_017289	GGTGTT	2	12	807442	807453	0 %	50 %	50 %	0 %	384451780
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333	NC_017289	GCTTTT	2	12	1081295	1081306	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384452001
334	NC_017289	TCAGAT	2	12	1083250	1083261	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384452002
335	NC_017289	GATAAT	2	12	1087912	1087923	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384452006
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337	NC_017289	GTTTTT	2	12	1094056	1094067	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	384452015
338	NC_017289	CATTGC	2	12	1094927	1094938	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384452016
339	NC_017289	CGCAAG	2	12	1105265	1105276	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384452024
340	NC_017289	CAAACA	2	12	1107450	1107461	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384452025
341	NC_017289	CACCAA	2	12	1108325	1108336	50 %	0 %	0 %	50 %	384452026
342	NC_017289	ATGACT	2	12	1110957	1110968	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384452028
343	NC_017289	ACAAAA	2	12	1116650	1116661	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	384452033
344	NC_017289	TTACAA	2	12	1118944	1118955	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384452034
345	NC_017289	GCTCTT	2	12	1124937	1124948	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	384452038
346	NC_017289	CGATTC	2	12	1130508	1130519	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384452042
347	NC_017289	CTAACC	2	12	1145560	1145571	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	384452058
348	NC_017289	TATCGA	2	12	1146861	1146872	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384452059
349	NC_017289	GAGAAG	2	12	1146986	1146997	50 %	0 %	50 %	0 %	384452059
350	NC_017289	AAATAA	2	12	1150916	1150927	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384452061
351	NC_017289	ACTCAC	2	12	1152741	1152752	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	384452063
352	NC_017289	AAAATC	2	12	1153003	1153014	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384452063
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358	NC_017289	CACAGG	2	12	1168800	1168811	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384452078

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.