MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydophila psittaci 6BC chromosome

Total Repeats: 358

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017287	CTGTGG	2	12	4728	4739	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384450099
2	NC_017287	GAGAAA	2	12	8500	8511	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384450102
3	NC_017287	AGGAAG	2	12	11230	11241	50 %	0 %	50 %	0 %	384450103
4	NC_017287	AAGAGT	2	12	12833	12844	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384450103
5	NC_017287	ATAGTT	2	12	13055	13066	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384450103
6	NC_017287	AAAAGC	2	12	17110	17121	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	384450106
7	NC_017287	TAAGTG	2	12	28935	28946	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384450113
8	NC_017287	TGATGT	2	12	34101	34112	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384450121
9	NC_017287	CGATTT	2	12	40175	40186	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384450126
10	NC_017287	GATAAA	2	12	40326	40337	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384450126
11	NC_017287	TTTTAA	2	12	42629	42640	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384450128
12	NC_017287	TGCTGG	2	12	44548	44559	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384450131
13	NC_017287	CTTATC	2	12	54260	54271	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384450139
14	NC_017287	AAATTT	2	12	55028	55039	50 %	50 %	0 %	0 %	384450140
15	NC_017287	TTGTTC	2	12	61334	61345	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384450145
16	NC_017287	TTATGG	2	12	62156	62167	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384450145
17	NC_017287	ATTTGG	2	12	62540	62551	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384450145
18	NC_017287	AAGTTG	2	12	65498	65509	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384450147
19	NC_017287	TAGGGC	2	12	72833	72844	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384450155
20	NC_017287	CCTGAT	2	12	72858	72869	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384450155
21	NC_017287	TGTTTC	2	12	74914	74925	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384450158
22	NC_017287	CACCTC	2	12	78238	78249	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	384450160
23	NC_017287	GCTGAT	2	12	80065	80076	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384450161
24	NC_017287	TCAAAA	2	12	85798	85809	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384450168
25	NC_017287	GATATC	3	18	90620	90637	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384450171
26	NC_017287	CATTTC	2	12	90851	90862	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384450171
27	NC_017287	TTGGGG	2	12	91203	91214	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384450171
28	NC_017287	CTTTTG	2	12	91900	91911	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384450171
29	NC_017287	ACCACA	2	12	98091	98102	50 %	0 %	0 %	50 %	384450177
30	NC_017287	TGAATA	2	12	102187	102198	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384450184
31	NC_017287	CTCTTC	2	12	103700	103711	0 %	50 %	0 %	50 %	384450185
32	NC_017287	AAATTA	2	12	106959	106970	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384450189
33	NC_017287	TAAAGG	2	12	108745	108756	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384450191
34	NC_017287	GTAAAG	2	12	112541	112552	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384450198
35	NC_017287	ATTCCT	2	12	115276	115287	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384450205
36	NC_017287	TTTCTT	2	12	122947	122958	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384450216
37	NC_017287	TGCATT	2	12	124488	124499	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384450218
38	NC_017287	TATACT	2	12	124695	124706	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384450219
39	NC_017287	ATATGA	2	12	127884	127895	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384450222
40	NC_017287	AGCAAC	2	12	129655	129666	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384450223
41	NC_017287	TTTCTT	2	12	131806	131817	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384450225
42	NC_017287	TGATTC	2	12	134252	134263	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384450226
43	NC_017287	TGTTTT	2	12	145439	145450	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	384450238
44	NC_017287	AAGTAA	2	12	147723	147734	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384450243
45	NC_017287	CTCTAT	2	12	152209	152220	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384450245
46	NC_017287	TGGATT	2	12	160728	160739	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384450253
47	NC_017287	AAGAGA	2	12	166547	166558	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384450258
48	NC_017287	TAAAGA	2	12	173052	173063	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384450265
49	NC_017287	GTTTTT	2	12	173390	173401	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	384450266
50	NC_017287	TGCTGG	2	12	174085	174096	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384450267
51	NC_017287	GATAGA	2	12	174373	174384	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384450267
52	NC_017287	ACCAAC	2	12	182777	182788	50 %	0 %	0 %	50 %	384450274
53	NC_017287	TCCCTG	2	12	183771	183782	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	384450275
54	NC_017287	AAGGAG	2	12	188761	188772	50 %	0 %	50 %	0 %	384450280
55	NC_017287	GCCTTG	2	12	190180	190191	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384450280
56	NC_017287	ACAATC	2	12	194490	194501	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384450282
57	NC_017287	CAAAGG	2	12	194621	194632	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384450282
58	NC_017287	TGCAGA	2	12	202171	202182	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384450288
59	NC_017287	AAAGAC	2	12	205301	205312	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	384450293
60	NC_017287	TATTAC	2	12	206303	206314	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384450295
61	NC_017287	AGGAAA	2	12	207689	207700	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384450295
62	NC_017287	CAGGAA	2	12	209212	209223	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384450297
63	NC_017287	AATGGT	2	12	221455	221466	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384450309
64	NC_017287	AGTAGA	2	12	222184	222195	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384450309
65	NC_017287	CAGGAG	2	12	222465	222476	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	384450309
66	NC_017287	GCCAAC	2	12	226220	226231	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	384450311
67	NC_017287	AAGACC	2	12	227215	227226	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384450313
68	NC_017287	ATATTT	2	12	228554	228565	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384450314
69	NC_017287	AATTGA	2	12	230741	230752	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384450318
70	NC_017287	ATTTTG	2	12	232784	232795	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384450320
71	NC_017287	TGCGAA	2	12	235174	235185	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384450322
72	NC_017287	TAGGAA	2	12	235701	235712	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384450322
73	NC_017287	TTTCCT	2	12	244744	244755	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384450332
74	NC_017287	TTTAGG	2	12	245352	245363	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384450333
75	NC_017287	TAAAAG	2	12	245444	245455	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384450333
76	NC_017287	GTTAAT	2	12	256975	256986	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384450347
77	NC_017287	TTTCAT	2	12	257490	257501	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384450347
78	NC_017287	GACTTT	2	12	257953	257964	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384450348
79	NC_017287	AATTTA	2	12	258574	258585	50 %	50 %	0 %	0 %	384450349
80	NC_017287	GTGTAA	2	12	261343	261354	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384450350
81	NC_017287	TATTTC	2	12	271182	271193	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384450358
82	NC_017287	TGAAAA	2	12	272356	272367	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384450360
83	NC_017287	TCTAGA	2	12	273277	273288	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384450361
84	NC_017287	CTGTTT	2	12	275472	275483	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384450363
85	NC_017287	TTTTAT	2	12	276172	276183	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384450363
86	NC_017287	CTAAGT	2	12	279015	279026	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384450366
87	NC_017287	AGCACG	2	12	284220	284231	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384450370
88	NC_017287	GGATTA	2	12	290251	290262	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384450374
89	NC_017287	ATAGAA	2	12	290791	290802	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384450374
90	NC_017287	GATTTA	2	12	294329	294340	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384450376
91	NC_017287	TCTTTT	2	12	294544	294555	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384450376
92	NC_017287	TTTTTG	2	12	298030	298041	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	384450377
93	NC_017287	ATTTGT	2	12	301008	301019	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384450378
94	NC_017287	TAGGCG	2	12	302657	302668	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384450379
95	NC_017287	GGTTAC	2	12	304134	304145	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384450379
96	NC_017287	TATATT	2	12	304597	304608	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384450381
97	NC_017287	GTCTTT	2	12	320044	320055	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384450386
98	NC_017287	GTCTTT	2	12	325399	325410	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384450388
99	NC_017287	AGAACC	2	12	326146	326157	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384450388
100	NC_017287	ACCAAT	2	12	331846	331857	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384450389
101	NC_017287	TGTTGC	2	12	337388	337399	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384450390
102	NC_017287	AGCAAT	2	12	342069	342080	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384450394
103	NC_017287	TTGACT	2	12	348060	348071	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384450400
104	NC_017287	ATGTTC	2	12	350397	350408	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384450401
105	NC_017287	TATTAA	2	12	352615	352626	50 %	50 %	0 %	0 %	384450404
106	NC_017287	ATGATC	2	12	354243	354254	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384450404
107	NC_017287	GCTAAA	2	12	354941	354952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384450405
108	NC_017287	CCTTTT	2	12	358059	358070	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384450407
109	NC_017287	CTAAAG	2	12	358531	358542	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384450407
110	NC_017287	GCTGAT	2	12	364290	364301	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384450414
111	NC_017287	ATCGGG	2	12	366473	366484	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384450415
112	NC_017287	CTAAAT	2	12	368060	368071	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384450417
113	NC_017287	AATTCC	2	12	369048	369059	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384450417
114	NC_017287	GAATGT	2	12	372668	372679	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384450421
115	NC_017287	TCTATG	2	12	379844	379855	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384450426
116	NC_017287	GTTTTT	2	12	380919	380930	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	384450427
117	NC_017287	AGAAAA	2	12	381589	381600	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384450427
118	NC_017287	CTTAGG	2	12	384979	384990	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384450430
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231	NC_017287	TAAAAG	2	12	739163	739174	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384450733
232	NC_017287	AACCGC	2	12	744016	744027	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	384450737
233	NC_017287	TAGCTA	2	12	744660	744671	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384450738
234	NC_017287	TCTATT	2	12	745445	745456	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384450740
235	NC_017287	TATTTT	2	12	745622	745633	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384450740
236	NC_017287	TCCGCA	2	12	746026	746037	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	384450740
237	NC_017287	CGGCGC	2	12	747460	747471	0 %	0 %	50 %	50 %	384450742
238	NC_017287	AGCTAC	2	12	748654	748665	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384450743
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240	NC_017287	CCTTCC	2	12	757085	757096	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384450748
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333	NC_017287	GCTTTT	2	12	1080674	1080685	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384451014
334	NC_017287	TCAGAT	2	12	1082629	1082640	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384451015
335	NC_017287	GATAAT	2	12	1087291	1087302	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384451020
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337	NC_017287	GTTTTT	2	12	1093435	1093446	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	384451029
338	NC_017287	CATTGC	2	12	1094306	1094317	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384451030
339	NC_017287	CGCAAG	2	12	1104644	1104655	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384451038
340	NC_017287	CAAACA	2	12	1106829	1106840	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384451039
341	NC_017287	CACCAA	2	12	1107704	1107715	50 %	0 %	0 %	50 %	384451040
342	NC_017287	ATGACT	2	12	1110336	1110347	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384451042
343	NC_017287	ACAAAA	2	12	1116029	1116040	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	384451047
344	NC_017287	TTACAA	2	12	1118323	1118334	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384451049
345	NC_017287	GCTCTT	2	12	1124316	1124327	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	384451053
346	NC_017287	CGATTC	2	12	1129887	1129898	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384451057
347	NC_017287	CTAACC	2	12	1144939	1144950	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	384451073
348	NC_017287	TATCGA	2	12	1146240	1146251	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384451074
349	NC_017287	GAGAAG	2	12	1146365	1146376	50 %	0 %	50 %	0 %	384451074
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351	NC_017287	ACTCAC	2	12	1152120	1152131	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	384451079
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358	NC_017287	CACAGG	2	12	1168178	1168189	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384451094

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.