MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila psittaci 6BC chromosome

Total Repeats: 404

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017287	AATC	2	8	5322	5329	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_017287	TAAT	2	8	6640	6647	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017287	GAAT	2	8	6760	6767	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017287	TAAA	2	8	16933	16940	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017287	TTTC	2	8	17590	17597	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_017287	ATTT	2	8	26564	26571	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017287	ATTA	2	8	26575	26582	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017287	TTTC	2	8	31560	31567	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
9	NC_017287	TCTA	2	8	31964	31971	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_017287	AATT	2	8	32288	32295	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017287	TTAA	2	8	32328	32335	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017287	TTAA	2	8	33424	33431	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017287	AGAT	2	8	33467	33474	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017287	TCAA	2	8	37689	37696	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_017287	GAAA	2	8	43410	43417	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017287	ATAA	2	8	49441	49448	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017287	AAAG	2	8	52521	52528	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017287	TTTA	2	8	52531	52538	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017287	GAAG	2	8	52634	52641	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017287	AAAG	2	8	54699	54706	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017287	GTTT	2	8	59805	59812	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017287	TATG	2	8	59820	59827	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017287	CTTT	2	8	64480	64487	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_017287	TAAT	2	8	77573	77580	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017287	TATT	2	8	77590	77597	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017287	TTAA	2	8	77599	77606	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017287	TAAA	2	8	77630	77637	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017287	ATTA	2	8	77647	77654	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017287	TAAA	2	8	80411	80418	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017287	AAAG	2	8	83391	83398	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017287	CAAG	2	8	84748	84755	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_017287	TTTA	2	8	87304	87311	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017287	ATAA	2	8	87359	87366	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017287	AGTT	2	8	87385	87392	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017287	ATAC	2	8	99099	99106	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_017287	AACA	2	8	99270	99277	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_017287	TGAT	2	8	99538	99545	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017287	TTAA	2	8	107019	107026	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017287	ATTT	2	8	122667	122674	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017287	AAAG	2	8	122842	122849	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017287	TAAT	2	8	123011	123018	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017287	TTAA	2	8	128426	128433	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017287	CTGG	2	8	128577	128584	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
44	NC_017287	TTTA	2	8	128603	128610	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017287	TAGT	2	8	140162	140169	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017287	TTAT	2	8	146003	146010	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017287	TTTA	2	8	147333	147340	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017287	AATA	2	8	147388	147395	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017287	ATTT	3	12	147446	147457	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017287	TAAG	2	8	148513	148520	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017287	AAAG	2	8	148543	148550	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017287	AAAT	2	8	164482	164489	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017287	ACTT	2	8	164535	164542	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_017287	TAGT	2	8	169994	170001	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017287	AAGA	2	8	173591	173598	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017287	TAAA	2	8	179267	179274	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017287	TTTA	2	8	179328	179335	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017287	AACT	2	8	179344	179351	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_017287	GATT	2	8	187212	187219	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017287	AGAT	2	8	191699	191706	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017287	GTTT	2	8	193632	193639	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017287	TATT	2	8	195358	195365	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017287	TAAA	3	12	195389	195400	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017287	GTTT	2	8	196439	196446	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017287	CACT	2	8	198087	198094	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_017287	GCTT	2	8	198181	198188	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_017287	CTTT	2	8	198341	198348	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_017287	ATTA	2	8	198358	198365	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017287	CTTT	2	8	198516	198523	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_017287	AATC	2	8	198524	198531	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_017287	ATTA	2	8	198661	198668	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017287	TAAT	2	8	200989	200996	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017287	CTTC	2	8	203145	203152	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_017287	CTTT	2	8	203210	203217	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_017287	TAAA	2	8	204002	204009	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017287	TTTA	2	8	205571	205578	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017287	AAGA	2	8	222838	222845	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017287	AACA	2	8	226656	226663	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_017287	ATTA	2	8	232160	232167	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017287	CTTG	2	8	238086	238093	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_017287	GAAT	2	8	238137	238144	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017287	AATT	2	8	238276	238283	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017287	TTTC	2	8	238376	238383	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_017287	GTTT	2	8	240807	240814	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017287	TCAT	2	8	241037	241044	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_017287	AGGA	2	8	243967	243974	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017287	TAAA	2	8	262937	262944	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017287	GTTC	2	8	266624	266631	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_017287	TAAT	2	8	266727	266734	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017287	AATT	2	8	266742	266749	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017287	TAAT	2	8	267819	267826	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017287	TAAA	2	8	267933	267940	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017287	TTGT	2	8	274561	274568	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017287	AAAT	2	8	276606	276613	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017287	TACT	2	8	281135	281142	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_017287	AATT	2	8	281156	281163	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017287	GTTT	2	8	282108	282115	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017287	ATTT	2	8	289761	289768	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017287	TAAT	3	12	289808	289819	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017287	TAGA	2	8	291645	291652	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017287	TCTA	2	8	291677	291684	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_017287	TATT	2	8	291728	291735	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017287	AATG	2	8	299825	299832	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017287	GTTT	2	8	299974	299981	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017287	TGTT	2	8	301291	301298	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017287	ATTG	2	8	301378	301385	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017287	TTGA	2	8	301449	301456	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017287	GATT	2	8	307729	307736	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017287	GGGA	2	8	310589	310596	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017287	CTGC	2	8	310767	310774	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
111	NC_017287	CTGC	2	8	312184	312191	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
112	NC_017287	CCTT	2	8	312285	312292	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_017287	TTGA	2	8	312349	312356	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017287	ATGC	2	8	319122	319129	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_017287	TTCG	2	8	319243	319250	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_017287	AGGA	2	8	319260	319267	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017287	GCTG	2	8	327286	327293	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
118	NC_017287	ACTG	2	8	327418	327425	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_017287	TGCA	2	8	327731	327738	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_017287	CTGT	2	8	328626	328633	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_017287	TTAG	2	8	328700	328707	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017287	TAAA	2	8	329200	329207	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017287	TGCT	2	8	329382	329389	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_017287	AAGA	2	8	329642	329649	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017287	AAAG	2	8	332877	332884	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017287	TTGT	2	8	333223	333230	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017287	TAAC	2	8	333596	333603	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_017287	CCAT	2	8	334501	334508	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
129	NC_017287	GGGC	2	8	334784	334791	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
130	NC_017287	CTTG	2	8	335080	335087	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_017287	TTTC	2	8	335150	335157	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_017287	GTTT	2	8	335494	335501	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017287	TTTG	2	8	336111	336118	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017287	CTGC	2	8	336498	336505	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
135	NC_017287	TTGT	2	8	336527	336534	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017287	AGTT	2	8	342316	342323	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017287	CAGA	2	8	343160	343167	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
138	NC_017287	TGAT	2	8	343186	343193	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017287	TATT	2	8	345372	345379	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017287	ATAA	2	8	349182	349189	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017287	TCTT	2	8	349947	349954	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_017287	AGAA	2	8	351949	351956	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017287	ATTT	2	8	354495	354502	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017287	TAGT	2	8	354550	354557	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017287	ATAC	2	8	356757	356764	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_017287	TTTG	2	8	362049	362056	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017287	AGAA	2	8	362173	362180	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017287	GCTT	2	8	363397	363404	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
149	NC_017287	TTAA	2	8	372306	372313	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017287	AACT	2	8	376165	376172	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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152	NC_017287	TAAT	2	8	389850	389857	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.