MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila pneumoniae LPCoLN chromosome

Total Repeats: 392

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017285	TTCA	2	8	2466	2473	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_017285	AATC	2	8	5302	5309	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_017285	ATCT	2	8	15480	15487	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_017285	TGTT	2	8	21446	21453	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017285	CTTT	2	8	21470	21477	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_017285	ATTA	2	8	22850	22857	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017285	AATA	2	8	24969	24976	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017285	TGAT	2	8	25072	25079	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017285	TTCT	2	8	25116	25123	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_017285	ATAA	2	8	27834	27841	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017285	TTAA	2	8	27991	27998	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017285	TAAT	2	8	34465	34472	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017285	AAAT	2	8	34489	34496	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017285	CTTT	2	8	35504	35511	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_017285	GAAA	2	8	35555	35562	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017285	ATTA	2	8	44640	44647	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017285	AAAG	2	8	59718	59725	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017285	TTTA	2	8	61219	61226	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017285	AATT	2	8	79996	80003	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017285	AATT	2	8	80918	80925	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017285	ATTA	2	8	80961	80968	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017285	AAAT	2	8	80983	80990	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017285	AAAT	2	8	83416	83423	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017285	TTAC	2	8	87685	87692	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_017285	TTAA	2	8	96554	96561	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017285	GAAA	2	8	104351	104358	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017285	TTTC	2	8	104368	104375	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_017285	TAGA	2	8	115940	115947	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017285	GAAG	2	8	116324	116331	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017285	ATGA	2	8	125632	125639	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017285	TTTA	2	8	127945	127952	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017285	ATAA	2	8	132968	132975	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017285	AAAG	2	8	133127	133134	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017285	TTGT	2	8	133201	133208	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017285	GAAA	2	8	133791	133798	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017285	TAGG	2	8	141417	141424	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017285	TATT	2	8	142416	142423	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017285	ATTT	2	8	142449	142456	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017285	TCTT	2	8	145292	145299	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_017285	ACAA	2	8	149061	149068	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_017285	GGAG	2	8	149597	149604	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017285	AGGA	2	8	160146	160153	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017285	AGAT	2	8	160202	160209	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017285	CTGG	2	8	165404	165411	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_017285	AGAA	2	8	165468	165475	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017285	AAAG	2	8	170714	170721	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017285	TCGT	2	8	170922	170929	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_017285	AGAA	2	8	174126	174133	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017285	GTAT	2	8	174276	174283	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017285	ACCT	2	8	174621	174628	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_017285	GTAC	2	8	174836	174843	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_017285	AAAT	2	8	179798	179805	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017285	ATTA	2	8	179819	179826	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017285	CATT	2	8	186333	186340	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_017285	AATG	2	8	193922	193929	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017285	CTAT	2	8	193955	193962	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_017285	ATAA	2	8	194009	194016	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017285	ATTA	2	8	196312	196319	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017285	GCAT	2	8	198053	198060	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_017285	ATTA	2	8	198752	198759	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017285	AATT	2	8	199156	199163	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017285	TAAT	2	8	201164	201171	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017285	AGAT	2	8	205351	205358	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017285	TTTC	2	8	210506	210513	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_017285	CATA	2	8	213190	213197	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_017285	GATA	2	8	220502	220509	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017285	AAAT	2	8	223509	223516	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017285	ATTA	2	8	229727	229734	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017285	AAAT	2	8	234715	234722	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017285	AAGG	2	8	238187	238194	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017285	TTGA	2	8	238273	238280	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017285	AAAC	2	8	251812	251819	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_017285	TGAA	2	8	259713	259720	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017285	TGAT	2	8	261487	261494	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017285	TTTA	2	8	261686	261693	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017285	TATT	2	8	266677	266684	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017285	AAAT	2	8	267524	267531	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017285	GACT	2	8	274093	274100	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_017285	GCTT	2	8	274339	274346	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_017285	AAAG	2	8	276197	276204	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017285	TATT	2	8	280479	280486	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017285	GACT	2	8	283805	283812	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_017285	TTTG	2	8	283820	283827	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017285	ATAA	2	8	290659	290666	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017285	TTAA	2	8	294144	294151	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017285	GCGA	2	8	296906	296913	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
87	NC_017285	AAGC	2	8	297001	297008	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_017285	TAGG	2	8	297021	297028	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017285	GAAC	2	8	297150	297157	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_017285	AAGA	2	8	297223	297230	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017285	TTCC	2	8	297259	297266	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_017285	TCCA	2	8	297931	297938	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_017285	GAAG	2	8	298231	298238	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017285	CTGA	2	8	298288	298295	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_017285	AATG	2	8	298604	298611	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017285	TAGA	2	8	299678	299685	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017285	TTTG	2	8	299755	299762	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017285	TTTC	2	8	300110	300117	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_017285	AGAA	2	8	308950	308957	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017285	AATA	2	8	308966	308973	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017285	CTTG	2	8	311847	311854	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
102	NC_017285	TCGT	2	8	312127	312134	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_017285	TTTA	2	8	312181	312188	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017285	ATTA	2	8	312357	312364	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017285	TCTT	2	8	312419	312426	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_017285	TTTC	2	8	312488	312495	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_017285	GATA	2	8	312591	312598	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017285	GAAC	2	8	312947	312954	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_017285	GTTT	2	8	313673	313680	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017285	ATTT	2	8	313934	313941	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017285	CTGA	2	8	316150	316157	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_017285	TTTC	2	8	316335	316342	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_017285	TTCT	2	8	318569	318576	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_017285	TTCT	2	8	323386	323393	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_017285	ATTA	2	8	331417	331424	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017285	TCTT	2	8	337662	337669	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_017285	TTCT	2	8	339124	339131	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_017285	AAAG	2	8	342146	342153	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017285	AATT	2	8	345052	345059	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017285	TAAA	2	8	352448	352455	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017285	TCAT	2	8	353962	353969	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_017285	TAGT	2	8	354008	354015	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017285	TAAA	2	8	354049	354056	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017285	TGTT	2	8	361031	361038	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017285	ATTG	2	8	366161	366168	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017285	TTAT	2	8	373058	373065	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017285	AATT	2	8	382437	382444	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017285	TTGT	2	8	382470	382477	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017285	GCTG	2	8	388056	388063	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
130	NC_017285	TACA	2	8	388614	388621	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_017285	TAAT	2	8	397514	397521	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017285	GGAC	2	8	397657	397664	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
133	NC_017285	AGAA	2	8	403538	403545	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017285	ATTA	2	8	408250	408257	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017285	TGGC	2	8	411020	411027	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
136	NC_017285	TTCC	2	8	411112	411119	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_017285	TATT	2	8	416712	416719	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017285	TTTA	2	8	425377	425384	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017285	CTGT	2	8	425404	425411	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_017285	TTAG	2	8	425778	425785	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017285	TAAA	2	8	427128	427135	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017285	TTAT	2	8	427173	427180	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017285	TTAA	2	8	430970	430977	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017285	GTTT	2	8	431311	431318	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017285	TGAG	2	8	431365	431372	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017285	TTTA	2	8	432527	432534	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017285	AAGA	2	8	432555	432562	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017285	CAGC	2	8	435973	435980	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
149	NC_017285	TTTA	2	8	442983	442990	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017285	ATTT	2	8	449290	449297	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017285	AAGA	2	8	449848	449855	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017285	AATC	2	8	449910	449917	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.