MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Sulfolobus solfataricus 98/2 chromosome

Total Repeats: 184

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017274	TTTTGT	2	12	4941	4952	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017274	AATAGA	2	12	7424	7435	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017274	TATTTA	2	12	39979	39990	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017274	TATTTA	2	12	40183	40194	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017274	TTATCT	2	12	54830	54841	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_017274	AATAAA	2	12	76058	76069	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017274	TCTTAG	2	12	109747	109758	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017274	ATTTTT	2	12	118686	118697	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017274	GAACAT	2	12	123458	123469	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_017274	AAAATA	2	12	138974	138985	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017274	GAAGTA	2	12	183210	183221	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017274	AATATA	2	12	224975	224986	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017274	GTAATT	2	12	244272	244283	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017274	TTAGCT	2	12	246044	246055	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_017274	AATATT	2	12	258770	258781	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017274	CATAAT	2	12	297202	297213	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_017274	TAAAAA	2	12	309365	309376	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017274	AATATT	2	12	317115	317126	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017274	CATCTT	2	12	331526	331537	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_017274	TTCCGC	2	12	337167	337178	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
21	NC_017274	AATATT	2	12	340754	340765	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017274	GAACAT	2	12	349491	349502	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_017274	AGAGGA	2	12	352116	352127	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017274	GGTAAG	2	12	354844	354855	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017274	TAAATA	2	12	419349	419360	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017274	GTAAAT	2	12	427844	427855	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017274	ATTACT	2	12	428317	428328	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017274	TTTTAT	2	12	465542	465553	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017274	TATTAA	2	12	467624	467635	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017274	TATCTT	2	12	528953	528964	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_017274	TAAACA	2	12	531300	531311	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_017274	AAACCT	2	12	541272	541283	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_017274	TAGAAG	2	12	541652	541663	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017274	TTTATG	2	12	543610	543621	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017274	TTACGT	2	12	550718	550729	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_017274	CATAAT	2	12	572843	572854	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_017274	TAATAT	2	12	577484	577495	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017274	AATATT	2	12	632853	632864	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017274	TTATTT	2	12	634828	634839	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017274	CCTTAA	2	12	645580	645591	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017274	GAACAT	2	12	657564	657575	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_017274	AATAAA	2	12	664106	664117	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017274	GGCCGT	2	12	667604	667615	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_017274	AATATT	2	12	669112	669123	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017274	TTCTTT	2	12	692083	692094	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_017274	TTTTAA	2	12	698338	698349	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017274	AATATT	2	12	744702	744713	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017274	CATAAA	2	12	755857	755868	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_017274	AAAGGA	2	12	784757	784768	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017274	TTGGTG	2	12	805876	805887	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017274	AGTCCT	2	12	819173	819184	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_017274	CACATC	2	12	819395	819406	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_017274	TAGAAT	2	12	820155	820166	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017274	CATAAT	2	12	901632	901643	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_017274	TAAAGA	2	12	901827	901838	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017274	TTATAC	2	12	922263	922274	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_017274	AATATT	2	12	962755	962766	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017274	CACGGC	2	12	963211	963222	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
59	NC_017274	CACGTT	2	12	963771	963782	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_017274	AGTCCT	2	12	1039207	1039218	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_017274	CACATC	2	12	1039429	1039440	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_017274	CAGCTG	2	12	1041425	1041436	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_017274	TTTCTC	2	12	1045706	1045717	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017274	TCCATT	2	12	1064393	1064404	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_017274	AAACTC	2	12	1065542	1065553	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017274	ATTACA	2	12	1115380	1115391	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_017274	GTTCAT	2	12	1127899	1127910	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_017274	TTTATT	2	12	1149989	1150000	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017274	TCAGTA	2	12	1217989	1218000	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_017274	AAGGTT	2	12	1218132	1218143	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017274	TACGAA	2	12	1257638	1257649	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_017274	CTTTTT	2	12	1268356	1268367	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017274	TTTATT	2	12	1304018	1304029	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017274	AATATT	2	12	1330339	1330350	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017274	ATTTAA	2	12	1373293	1373304	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017274	AATATT	2	12	1384555	1384566	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017274	TCCTAG	2	12	1391657	1391668	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_017274	TTGATT	2	12	1391946	1391957	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017274	ATAATT	2	12	1415874	1415885	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017274	CTCATA	2	12	1440524	1440535	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_017274	AGGGGA	2	12	1440845	1440856	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017274	AAACCC	2	12	1455881	1455892	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_017274	TTTTAT	2	12	1476455	1476466	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017274	TTATAT	2	12	1509498	1509509	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017274	ATTAAA	2	12	1570680	1570691	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017274	ATATCA	2	12	1610155	1610166	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_017274	TTGCAA	2	12	1610519	1610530	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_017274	TTTATA	2	12	1610952	1610963	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017274	GTTCAT	2	12	1637349	1637360	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_017274	TTAATT	2	12	1639043	1639054	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017274	AACAAG	2	12	1657212	1657223	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_017274	CAACTT	2	12	1762711	1762722	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_017274	AAAGCT	2	12	1772829	1772840	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_017274	TACTGA	2	12	1803229	1803240	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_017274	TGGGGG	2	12	1804273	1804284	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017274	CATAAT	2	12	1822219	1822230	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_017274	ATTTCG	2	12	1831369	1831380	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_017274	GGCAAC	2	12	1838694	1838705	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_017274	AAATAT	2	12	1862005	1862016	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017274	TGGTGA	2	12	1915894	1915905	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017274	CCTAAA	2	12	1936055	1936066	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_017274	TTAACT	2	12	1955454	1955465	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_017274	AGAAAG	2	12	1960774	1960785	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017274	TAATGG	2	12	1960975	1960986	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017274	TTTTCG	2	12	1961659	1961670	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_017274	AATATT	2	12	1978440	1978451	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017274	CAAGTT	2	12	2038030	2038041	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_017274	AATTAT	2	12	2057237	2057248	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017274	AGGTCA	2	12	2068190	2068201	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_017274	AATCCA	2	12	2077343	2077354	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_017274	AATAAA	2	12	2082025	2082036	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017274	AATATT	2	12	2088293	2088304	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017274	TTAATA	2	12	2088793	2088804	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017274	GATATT	2	12	2095650	2095661	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017274	GATGTT	2	12	2098991	2099002	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017274	CTAGCA	2	12	2100132	2100143	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_017274	GTTAAC	2	12	2100417	2100428	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_017274	TATAAA	2	12	2106569	2106580	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017274	ATACTT	2	12	2118039	2118050	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_017274	GGTTGA	2	12	2119786	2119797	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017274	AATATT	2	12	2127186	2127197	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017274	TTTCAT	2	12	2154199	2154210	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_017274	AATATT	2	12	2173304	2173315	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017274	ATAAAA	2	12	2187182	2187193	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017274	CAAGTT	2	12	2199639	2199650	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_017274	TAACCA	2	12	2206612	2206623	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_017274	CCTAAC	2	12	2208320	2208331	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_017274	AAATTT	2	12	2211690	2211701	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017274	AATATT	2	12	2220682	2220693	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017274	GGGGCG	2	12	2222129	2222140	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_017274	CCACGT	2	12	2230077	2230088	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
132	NC_017274	AATATT	2	12	2236038	2236049	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017274	AATAGT	2	12	2253560	2253571	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017274	AATATA	2	12	2286460	2286471	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017274	AGTCCT	2	12	2286711	2286722	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_017274	CACATC	2	12	2286933	2286944	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_017274	GCTATT	2	12	2302121	2302132	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_017274	TCTTTA	2	12	2321075	2321086	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_017274	GGTTTA	2	12	2332431	2332442	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017274	CTTTAG	2	12	2332942	2332953	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_017274	AGAGAA	2	12	2333281	2333292	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017274	TTAGTT	2	12	2335998	2336009	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017274	AAATTA	2	12	2338882	2338893	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017274	AATATA	2	12	2340887	2340898	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017274	AGTCCT	2	12	2341138	2341149	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_017274	CACATC	2	12	2341360	2341371	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
147	NC_017274	AATATT	2	12	2352425	2352436	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017274	AATATT	2	12	2380885	2380896	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017274	TCTTTT	2	12	2385140	2385151	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
150	NC_017274	TAAACA	2	12	2388766	2388777	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
151	NC_017274	TAATTT	2	12	2389652	2389663	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017274	AATATT	2	12	2403504	2403515	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017274	GATGTG	2	12	2411288	2411299	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
154	NC_017274	TCAGGA	2	12	2411503	2411514	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
155	NC_017274	CATAAT	2	12	2428412	2428423	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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157	NC_017274	AGGACT	2	12	2433716	2433727	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
158	NC_017274	AATATT	2	12	2434597	2434608	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_017274	GCTCTA	2	12	2436673	2436684	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_017274	GTAAAG	2	12	2439220	2439231	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
161	NC_017274	AATACT	2	12	2442456	2442467	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
162	NC_017274	AATATT	2	12	2444063	2444074	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_017274	AATATT	2	12	2456407	2456418	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_017274	TAAAAA	2	12	2461058	2461069	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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166	NC_017274	TATTTT	2	12	2514873	2514884	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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172	NC_017274	CAATTT	2	12	2580998	2581009	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
173	NC_017274	AATATT	2	12	2582182	2582193	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_017274	AGTGAA	2	12	2584189	2584200	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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179	NC_017274	TAAAAA	2	12	2627205	2627216	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
180	NC_017274	AATCTA	2	12	2627311	2627322	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
181	NC_017274	CATGAA	2	12	2629509	2629520	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
182	NC_017274	CTGGTA	2	12	2632901	2632912	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.