MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Sulfolobus solfataricus 98/2 chromosome

Total Repeats: 876

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017274	AGTGGA	2	12	641	652	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	384432550
2	NC_017274	TAGTAT	2	12	3323	3334	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384432552
3	NC_017274	ATTGAT	2	12	6340	6351	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384432558
4	NC_017274	TTCTTA	2	12	6947	6958	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384432558
5	NC_017274	AGCTTT	2	12	9541	9552	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384432562
6	NC_017274	CCTACT	2	12	19982	19993	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	384432570
7	NC_017274	TCCTCT	2	12	31288	31299	0 %	50 %	0 %	50 %	384432582
8	NC_017274	ATTTGA	2	12	33303	33314	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384432584
9	NC_017274	ATGCAA	2	12	35413	35424	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384432586
10	NC_017274	GATTAA	2	12	37704	37715	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384432589
11	NC_017274	CCACAT	2	12	39420	39431	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	384432594
12	NC_017274	TCCAGT	2	12	39508	39519	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384432594
13	NC_017274	TCAGCT	2	12	39917	39928	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384432594
14	NC_017274	AAGAAA	2	12	41390	41401	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384432596
15	NC_017274	TTCGTA	2	12	48240	48251	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384432606
16	NC_017274	CTTTCC	2	12	48964	48975	0 %	50 %	0 %	50 %	384432606
17	NC_017274	ATGTTG	2	12	51918	51929	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384432607
18	NC_017274	AGAATT	2	12	52865	52876	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384432609
19	NC_017274	ATTTTC	2	12	52898	52909	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384432609
20	NC_017274	TTAACT	2	12	55736	55747	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384432611
21	NC_017274	CTATTC	2	12	55994	56005	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384432611
22	NC_017274	TTTTCC	2	12	56829	56840	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384432612
23	NC_017274	TTTTTC	2	12	57117	57128	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384432612
24	NC_017274	CTTAAT	2	12	62605	62616	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384432616
25	NC_017274	GAGCTG	2	12	63107	63118	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384432616
26	NC_017274	TGATGC	2	12	63363	63374	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384432616
27	NC_017274	AAATGT	2	12	63514	63525	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384432616
28	NC_017274	ATAGTC	2	12	68293	68304	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384432621
29	NC_017274	CTAGTA	2	12	69101	69112	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384432622
30	NC_017274	TTTCAT	2	12	82720	82731	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384432641
31	NC_017274	ATGGAC	2	12	84355	84366	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384432643
32	NC_017274	GAAGTT	2	12	89820	89831	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384432648
33	NC_017274	ACTTTT	2	12	94264	94275	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384432651
34	NC_017274	TGGGGC	2	12	96039	96050	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	384432652
35	NC_017274	AATCTA	2	12	98532	98543	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384432656
36	NC_017274	CCTATC	2	12	98685	98696	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	384432656
37	NC_017274	TTCACT	2	12	100534	100545	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384432658
38	NC_017274	AAAGCC	2	12	101287	101298	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384432659
39	NC_017274	TCTAAA	2	12	102861	102872	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384432661
40	NC_017274	TTAATA	2	12	110112	110123	50 %	50 %	0 %	0 %	384432669
41	NC_017274	AATGTA	2	12	112757	112768	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384432670
42	NC_017274	GTATTA	2	12	114192	114203	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384432673
43	NC_017274	CCAATA	2	12	114539	114550	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384432674
44	NC_017274	TATGCT	2	12	115200	115211	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384432674
45	NC_017274	GTTTAT	2	12	115263	115274	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384432674
46	NC_017274	TATTGT	2	12	115436	115447	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384432675
47	NC_017274	GTTATA	2	12	122102	122113	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384432683
48	NC_017274	TTGAAG	2	12	125158	125169	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384432686
49	NC_017274	TAGAGG	2	12	125215	125226	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	384432686
50	NC_017274	AATAGA	2	12	126796	126807	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384432687
51	NC_017274	ATTTTT	2	12	129565	129576	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384432690
52	NC_017274	AATGAG	2	12	136363	136374	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384432697
53	NC_017274	AGGCTA	2	12	141565	141576	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384432705
54	NC_017274	TATTTT	2	12	143871	143882	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384432706
55	NC_017274	TCCATG	2	12	144064	144075	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384432706
56	NC_017274	TTAGCT	2	12	146169	146180	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384432709
57	NC_017274	TCATAG	2	12	148127	148138	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384432711
58	NC_017274	ATATAA	2	12	148148	148159	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384432711
59	NC_017274	TAGGAA	2	12	148702	148713	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384432711
60	NC_017274	CTTTTT	2	12	149198	149209	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384432713
61	NC_017274	GTAGAA	2	12	152988	152999	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384432717
62	NC_017274	CTAGGG	2	12	158898	158909	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384432723
63	NC_017274	ATCGCA	2	12	161064	161075	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384432727
64	NC_017274	GCTAAG	2	12	165663	165674	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384432733
65	NC_017274	AATGAT	2	12	167601	167612	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384432734
66	NC_017274	ATAAGG	2	12	168214	168225	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384432734
67	NC_017274	TCGTAT	2	12	172039	172050	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384432737
68	NC_017274	ATTTCT	2	12	177541	177552	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384432743
69	NC_017274	AGAGAA	2	12	177573	177584	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384432743
70	NC_017274	TGAGGT	2	12	177966	177977	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	384432743
71	NC_017274	TAAGGA	2	12	180963	180974	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384432747
72	NC_017274	TTCCTC	2	12	182899	182910	0 %	50 %	0 %	50 %	384432750
73	NC_017274	TAAGGA	2	12	196259	196270	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384432766
74	NC_017274	ATTCTC	2	12	196982	196993	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384432768
75	NC_017274	ACTTAT	2	12	197837	197848	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384432768
76	NC_017274	TTAAAG	2	12	199445	199456	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384432770
77	NC_017274	TTCTAT	2	12	199885	199896	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384432771
78	NC_017274	TGAGGA	2	12	201115	201126	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	384432772
79	NC_017274	ATAGAT	2	12	203173	203184	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384432775
80	NC_017274	GGATTC	2	12	203324	203335	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384432776
81	NC_017274	ACTTTT	2	12	203669	203680	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384432776
82	NC_017274	GATTAT	2	12	207321	207332	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384432783
83	NC_017274	TTTCTA	2	12	212174	212185	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384432788
84	NC_017274	ATGTCT	2	12	212569	212580	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384432788
85	NC_017274	CCAAAT	2	12	217671	217682	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384432794
86	NC_017274	TTGATA	2	12	221999	222010	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384432800
87	NC_017274	AATTAA	2	12	223063	223074	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384432801
88	NC_017274	AGTCCT	2	12	225226	225237	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384432804
89	NC_017274	CACATC	2	12	225448	225459	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	384432804
90	NC_017274	AGTTTT	2	12	227033	227044	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384432805
91	NC_017274	TATTTT	2	12	230573	230584	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384432808
92	NC_017274	AGCTGG	2	12	232959	232970	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384432810
93	NC_017274	AAATGT	2	12	233912	233923	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384432810
94	NC_017274	TAGCTA	2	12	234387	234398	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384432811
95	NC_017274	TAAATA	2	12	238268	238279	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384432815
96	NC_017274	CCTCTA	2	12	242409	242420	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	384432819
97	NC_017274	CTTCAA	2	12	242466	242477	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384432819
98	NC_017274	AATTGA	2	12	247266	247277	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384432823
99	NC_017274	TTTTCA	2	12	247967	247978	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384432824
100	NC_017274	CAACTG	2	12	251006	251017	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384432827
101	NC_017274	AATAGG	2	12	254391	254402	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384432831
102	NC_017274	ATTTAT	2	12	255289	255300	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384432832
103	NC_017274	GGATAT	2	12	255470	255481	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384432832
104	NC_017274	ATAGTA	2	12	256968	256979	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384432835
105	NC_017274	TAATCT	2	12	257833	257844	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384432836
106	NC_017274	GGAAAA	2	12	257893	257904	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384432836
107	NC_017274	CACGTT	2	12	259601	259612	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384432837
108	NC_017274	AAAATA	2	12	264378	264389	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384432840
109	NC_017274	TCCAAT	2	12	264591	264602	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384432841
110	NC_017274	TTCTAT	2	12	273536	273547	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384432849
111	NC_017274	AGGTAT	2	12	283129	283140	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384432858
112	NC_017274	TTCATG	2	12	286996	287007	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384432861
113	NC_017274	TCCCCG	2	12	289842	289853	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	384432864
114	NC_017274	CTAGCT	2	12	304096	304107	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384432878
115	NC_017274	TACAAT	2	12	312444	312455	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384432884
116	NC_017274	ACAGTA	2	12	312538	312549	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384432884
117	NC_017274	TTGAAG	2	12	312831	312842	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384432885
118	NC_017274	TAGAGG	2	12	312888	312899	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	384432885
119	NC_017274	TTTTTC	2	12	314064	314075	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384432886
120	NC_017274	GTATAA	2	12	314253	314264	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384432886
121	NC_017274	TATTTT	2	12	314471	314482	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384432886
122	NC_017274	TGCAAG	2	12	314626	314637	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384432886
123	NC_017274	CACGTT	2	12	317946	317957	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384432888
124	NC_017274	CTCCAG	2	12	323991	324002	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	384432892
125	NC_017274	ACTATA	2	12	326836	326847	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384432893
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127	NC_017274	AAGAGG	2	12	329622	329633	50 %	0 %	50 %	0 %	384432895
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130	NC_017274	TTAAAG	2	12	342221	342232	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384432906
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136	NC_017274	AGAGGA	2	12	350491	350502	50 %	0 %	50 %	0 %	384432914
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141	NC_017274	TGAAGT	2	12	376422	376433	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384432943
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148	NC_017274	CCTCTT	2	12	385802	385813	0 %	50 %	0 %	50 %	384432955
149	NC_017274	TGTAGG	2	12	386634	386645	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	384432955
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224	NC_017274	ATAACT	2	12	608540	608551	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384433170
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228	NC_017274	CACTTC	2	12	630257	630268	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	384433194
229	NC_017274	AACGTG	2	12	632022	632033	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384433195
230	NC_017274	GGTTGA	2	12	634386	634397	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	384433196
231	NC_017274	AGCTAA	2	12	639245	639256	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384433199
232	NC_017274	TAACTA	2	12	639538	639549	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384433199
233	NC_017274	TTAACG	2	12	644418	644429	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384433205
234	NC_017274	AGGAAG	2	12	644448	644459	50 %	0 %	50 %	0 %	384433205
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348	NC_017274	TTTTCA	2	12	1018506	1018517	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384433573
349	NC_017274	CATCTA	2	12	1020402	1020413	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384433574
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