MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Xanthomonas campestris pv. raphani 756C chromosome

Total Repeats: 4518

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017271	ACCAC	2	10	1423	1432	40 %	0 %	0 %	60 %	384425692
2	NC_017271	CCGCG	2	10	7407	7416	0 %	0 %	40 %	60 %	384425695
3	NC_017271	CAACA	2	10	13130	13139	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
4	NC_017271	GCGAT	2	10	13291	13300	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017271	ATCGC	2	10	13494	13503	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_017271	CAAAC	2	10	13612	13621	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_017271	TCCAC	2	10	14000	14009	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
8	NC_017271	GCCCC	2	10	14239	14248	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
9	NC_017271	CCATG	2	10	20112	20121	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_017271	ACGCC	2	10	20432	20441	20 %	0 %	20 %	60 %	384425710
11	NC_017271	CCGCG	2	10	21781	21790	0 %	0 %	40 %	60 %	384425712
12	NC_017271	CGGTG	2	10	22160	22169	0 %	20 %	60 %	20 %	384425712
13	NC_017271	CGGCC	2	10	22319	22328	0 %	0 %	40 %	60 %	384425712
14	NC_017271	GCCCT	2	10	22444	22453	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
15	NC_017271	CCTGC	2	10	22835	22844	0 %	20 %	20 %	60 %	384425714
16	NC_017271	GTTGC	2	10	23794	23803	0 %	40 %	40 %	20 %	384425715
17	NC_017271	TCGGC	2	10	24764	24773	0 %	20 %	40 %	40 %	384425717
18	NC_017271	TGCGC	2	10	27226	27235	0 %	20 %	40 %	40 %	384425718
19	NC_017271	CGGGT	2	10	27699	27708	0 %	20 %	60 %	20 %	384425718
20	NC_017271	CGGGC	2	10	28765	28774	0 %	0 %	60 %	40 %	384425721
21	NC_017271	CCAGC	2	10	31681	31690	20 %	0 %	20 %	60 %	384425724
22	NC_017271	CTTGC	2	10	33247	33256	0 %	40 %	20 %	40 %	384425725
23	NC_017271	CGCAG	2	10	34023	34032	20 %	0 %	40 %	40 %	384425725
24	NC_017271	CGGCG	2	10	34695	34704	0 %	0 %	60 %	40 %	384425727
25	NC_017271	CCAGC	2	10	34813	34822	20 %	0 %	20 %	60 %	384425727
26	NC_017271	GTGAC	2	10	36285	36294	20 %	20 %	40 %	20 %	384425728
27	NC_017271	TGCGC	2	10	36706	36715	0 %	20 %	40 %	40 %	384425728
28	NC_017271	CTGGT	2	10	38845	38854	0 %	40 %	40 %	20 %	384425731
29	NC_017271	AGGCC	2	10	40563	40572	20 %	0 %	40 %	40 %	384425733
30	NC_017271	CGCAG	2	10	42813	42822	20 %	0 %	40 %	40 %	384425733
31	NC_017271	CGCTG	2	10	44121	44130	0 %	20 %	40 %	40 %	384425733
32	NC_017271	CGGCG	2	10	44244	44253	0 %	0 %	60 %	40 %	384425733
33	NC_017271	CAGCG	2	10	44629	44638	20 %	0 %	40 %	40 %	384425733
34	NC_017271	CGGCG	2	10	45196	45205	0 %	0 %	60 %	40 %	384425734
35	NC_017271	CAGGC	2	10	45323	45332	20 %	0 %	40 %	40 %	384425734
36	NC_017271	CCGGC	2	10	45459	45468	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
37	NC_017271	GGTGA	2	10	48432	48441	20 %	20 %	60 %	0 %	384425738
38	NC_017271	AGTGG	2	10	49594	49603	20 %	20 %	60 %	0 %	384425739
39	NC_017271	GCTCG	2	10	50017	50026	0 %	20 %	40 %	40 %	384425739
40	NC_017271	AGGCG	2	10	53466	53475	20 %	0 %	60 %	20 %	384425744
41	NC_017271	ACCGC	2	10	54532	54541	20 %	0 %	20 %	60 %	384425745
42	NC_017271	GCGCA	2	10	55003	55012	20 %	0 %	40 %	40 %	384425746
43	NC_017271	TAGCG	2	10	55471	55480	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017271	CGTGG	2	10	55792	55801	0 %	20 %	60 %	20 %	384425747
45	NC_017271	GCGCC	2	10	56735	56744	0 %	0 %	40 %	60 %	384425748
46	NC_017271	GTGGC	2	10	56751	56760	0 %	20 %	60 %	20 %	384425748
47	NC_017271	GCATC	2	10	57765	57774	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_017271	GCACG	2	10	58649	58658	20 %	0 %	40 %	40 %	384425750
49	NC_017271	GCCGC	2	10	60744	60753	0 %	0 %	40 %	60 %	384425752
50	NC_017271	CCGCG	2	10	60860	60869	0 %	0 %	40 %	60 %	384425752
51	NC_017271	CAGCC	2	10	62189	62198	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
52	NC_017271	ATGCG	2	10	62232	62241	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017271	CGCCA	2	10	63664	63673	20 %	0 %	20 %	60 %	384425754
54	NC_017271	GCGGG	2	10	69583	69592	0 %	0 %	80 %	20 %	384425759
55	NC_017271	CGGCG	2	10	69799	69808	0 %	0 %	60 %	40 %	384425759
56	NC_017271	ACGCT	2	10	70947	70956	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_017271	GCAGC	2	10	71651	71660	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
58	NC_017271	CCAGG	2	10	72523	72532	20 %	0 %	40 %	40 %	384425762
59	NC_017271	CTCAC	2	10	72933	72942	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
60	NC_017271	TCTTG	2	10	73251	73260	0 %	60 %	20 %	20 %	384425763
61	NC_017271	CGGGT	2	10	74700	74709	0 %	20 %	60 %	20 %	384425764
62	NC_017271	AAGAA	2	10	75899	75908	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017271	GCGCG	2	10	75954	75963	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
64	NC_017271	CGCGG	2	10	77100	77109	0 %	0 %	60 %	40 %	384425767
65	NC_017271	ATGTC	2	10	77902	77911	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017271	AGCGC	2	10	79183	79192	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
67	NC_017271	GCTTG	2	10	80472	80481	0 %	40 %	40 %	20 %	384425768
68	NC_017271	CGCGG	2	10	82587	82596	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
69	NC_017271	ACGCG	2	10	82619	82628	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_017271	CCAGT	2	10	82845	82854	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_017271	GGCGC	2	10	83212	83221	0 %	0 %	60 %	40 %	384425771
72	NC_017271	CGGCG	2	10	83682	83691	0 %	0 %	60 %	40 %	384425771
73	NC_017271	TGGTC	2	10	84351	84360	0 %	40 %	40 %	20 %	384425771
74	NC_017271	CAGAT	2	10	87039	87048	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017271	ATCGT	2	10	87431	87440	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017271	AGCGC	2	10	89381	89390	20 %	0 %	40 %	40 %	384425776
77	NC_017271	CGCTG	2	10	89472	89481	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
78	NC_017271	GCGGG	2	10	90415	90424	0 %	0 %	80 %	20 %	384425778
79	NC_017271	GCCAC	2	10	90534	90543	20 %	0 %	20 %	60 %	384425778
80	NC_017271	CGGCG	2	10	91632	91641	0 %	0 %	60 %	40 %	384425779
81	NC_017271	GTCCA	2	10	91982	91991	20 %	20 %	20 %	40 %	384425780
82	NC_017271	ACCAC	2	10	92211	92220	40 %	0 %	0 %	60 %	384425780
83	NC_017271	CGGTG	2	10	93696	93705	0 %	20 %	60 %	20 %	384425782
84	NC_017271	ATGGC	2	10	93767	93776	20 %	20 %	40 %	20 %	384425782
85	NC_017271	GGTGG	2	10	94018	94027	0 %	20 %	80 %	0 %	384425782
86	NC_017271	ATGCA	2	10	94653	94662	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_017271	TGCGC	2	10	94696	94705	0 %	20 %	40 %	40 %	384425783
88	NC_017271	CTGCG	2	10	95537	95546	0 %	20 %	40 %	40 %	384425784
89	NC_017271	CCGCA	2	10	96230	96239	20 %	0 %	20 %	60 %	384425785
90	NC_017271	CCGAC	2	10	96337	96346	20 %	0 %	20 %	60 %	384425785
91	NC_017271	GCAAT	2	10	97754	97763	40 %	20 %	20 %	20 %	384425787
92	NC_017271	TGCCC	2	10	99180	99189	0 %	20 %	20 %	60 %	384425788
93	NC_017271	TCCAG	2	10	99450	99459	20 %	20 %	20 %	40 %	384425788
94	NC_017271	CGCAG	2	10	99771	99780	20 %	0 %	40 %	40 %	384425789
95	NC_017271	CGATG	2	10	101246	101255	20 %	20 %	40 %	20 %	384425790
96	NC_017271	CTGTC	2	10	101463	101472	0 %	40 %	20 %	40 %	384425791
97	NC_017271	CAGGG	2	10	103224	103233	20 %	0 %	60 %	20 %	384425791
98	NC_017271	GCGCG	2	10	103925	103934	0 %	0 %	60 %	40 %	384425792
99	NC_017271	GCGGG	2	10	104534	104543	0 %	0 %	80 %	20 %	384425792
100	NC_017271	CGCGG	2	10	105667	105676	0 %	0 %	60 %	40 %	384425793
101	NC_017271	AGCGC	2	10	106201	106210	20 %	0 %	40 %	40 %	384425793
102	NC_017271	CGCAG	2	10	106719	106728	20 %	0 %	40 %	40 %	384425793
103	NC_017271	GCGCC	2	10	106754	106763	0 %	0 %	40 %	60 %	384425793
104	NC_017271	GCGCA	2	10	107700	107709	20 %	0 %	40 %	40 %	384425794
105	NC_017271	ACGGC	2	10	107904	107913	20 %	0 %	40 %	40 %	384425795
106	NC_017271	AGCCC	2	10	112275	112284	20 %	0 %	20 %	60 %	384425798
107	NC_017271	GCAAG	2	10	113557	113566	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017271	GGTGC	2	10	119569	119578	0 %	20 %	60 %	20 %	384425803
109	NC_017271	CAGCG	2	10	119899	119908	20 %	0 %	40 %	40 %	384425803
110	NC_017271	CACCG	2	10	120085	120094	20 %	0 %	20 %	60 %	384425803
111	NC_017271	TTCCG	2	10	120253	120262	0 %	40 %	20 %	40 %	384425803
112	NC_017271	GAGCT	2	10	120637	120646	20 %	20 %	40 %	20 %	384425803
113	NC_017271	CACCG	2	10	120756	120765	20 %	0 %	20 %	60 %	384425803
114	NC_017271	CCCGG	2	10	121060	121069	0 %	0 %	40 %	60 %	384425803
115	NC_017271	CACAA	2	10	124440	124449	60 %	0 %	0 %	40 %	384425809
116	NC_017271	CGGCG	2	10	125601	125610	0 %	0 %	60 %	40 %	384425811
117	NC_017271	TCCGC	2	10	126078	126087	0 %	20 %	20 %	60 %	384425812
118	NC_017271	CGCTG	2	10	129655	129664	0 %	20 %	40 %	40 %	384425813
119	NC_017271	TCGGC	2	10	130007	130016	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
120	NC_017271	TCGGC	2	10	130191	130200	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
121	NC_017271	TCGGC	2	10	130374	130383	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
122	NC_017271	CAGAC	2	10	130535	130544	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
123	NC_017271	CGCGT	2	10	131286	131295	0 %	20 %	40 %	40 %	384425815
124	NC_017271	CAGCG	2	10	132706	132715	20 %	0 %	40 %	40 %	384425816
125	NC_017271	GCGCC	2	10	134259	134268	0 %	0 %	40 %	60 %	384425818
126	NC_017271	GCTGG	2	10	135588	135597	0 %	20 %	60 %	20 %	384425820
127	NC_017271	GGTCG	2	10	136071	136080	0 %	20 %	60 %	20 %	384425820
128	NC_017271	GCCGC	2	10	136692	136701	0 %	0 %	40 %	60 %	384425821
129	NC_017271	TGAAC	2	10	137468	137477	40 %	20 %	20 %	20 %	384425822
130	NC_017271	CGCGC	2	10	137697	137706	0 %	0 %	40 %	60 %	384425823
131	NC_017271	TGTCC	2	10	138580	138589	0 %	40 %	20 %	40 %	384425825
132	NC_017271	CCAGC	2	10	140042	140051	20 %	0 %	20 %	60 %	384425825
133	NC_017271	GCGCC	2	10	140180	140189	0 %	0 %	40 %	60 %	384425825
134	NC_017271	GGCAC	2	10	141976	141985	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
135	NC_017271	CGCGG	2	10	142043	142052	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
136	NC_017271	GGCCT	2	10	142621	142630	0 %	20 %	40 %	40 %	384425826
137	NC_017271	CAGCG	2	10	144163	144172	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
138	NC_017271	CGGCG	2	10	144573	144582	0 %	0 %	60 %	40 %	384425828
139	NC_017271	GGCTG	2	10	145351	145360	0 %	20 %	60 %	20 %	384425828
140	NC_017271	GGGAG	2	10	146896	146905	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017271	GCGCC	2	10	148402	148411	0 %	0 %	40 %	60 %	384425830
142	NC_017271	GCACC	2	10	151052	151061	20 %	0 %	20 %	60 %	384425831
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146	NC_017271	TGGCA	2	10	155018	155027	20 %	20 %	40 %	20 %	384425833
147	NC_017271	TCGAT	2	10	159798	159807	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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149	NC_017271	CTGAG	2	10	163774	163783	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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151	NC_017271	TGATC	2	10	169906	169915	20 %	40 %	20 %	20 %	384425840
152	NC_017271	AGGTC	2	10	170158	170167	20 %	20 %	40 %	20 %	384425840
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154	NC_017271	CCCAG	2	10	171397	171406	20 %	0 %	20 %	60 %	384425841
155	NC_017271	CCGAT	2	10	172671	172680	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
156	NC_017271	TGCGG	2	10	172887	172896	0 %	20 %	60 %	20 %	384425843
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161	NC_017271	GCCGT	3	15	178263	178277	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
162	NC_017271	GCTGG	2	10	180873	180882	0 %	20 %	60 %	20 %	384425851
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182	NC_017271	GGGAG	2	10	209486	209495	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
183	NC_017271	CGGCG	2	10	209931	209940	0 %	0 %	60 %	40 %	384425870
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186	NC_017271	GCCTG	2	10	211947	211956	0 %	20 %	40 %	40 %	384425872
187	NC_017271	CATCG	2	10	215643	215652	20 %	20 %	20 %	40 %	384425875
188	NC_017271	GCGCG	2	10	216433	216442	0 %	0 %	60 %	40 %	384425876
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191	NC_017271	GCGCC	2	10	217803	217812	0 %	0 %	40 %	60 %	384425877
192	NC_017271	TGCAG	2	10	218018	218027	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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194	NC_017271	TGGCC	2	10	218733	218742	0 %	20 %	40 %	40 %	384425878
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198	NC_017271	TTGCG	2	10	223452	223461	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
199	NC_017271	GGCGA	2	10	224674	224683	20 %	0 %	60 %	20 %	384425885
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249	NC_017271	TGCGG	2	10	280380	280389	0 %	20 %	60 %	20 %	384425932
250	NC_017271	GGTGC	2	10	280961	280970	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
251	NC_017271	GGGTG	2	10	282542	282551	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
252	NC_017271	TGGCC	2	10	283773	283782	0 %	20 %	40 %	40 %	384425935
253	NC_017271	GCTGA	2	10	283903	283912	20 %	20 %	40 %	20 %	384425935
254	NC_017271	CACGG	2	10	284242	284251	20 %	0 %	40 %	40 %	384425935
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256	NC_017271	GCACG	2	10	284328	284337	20 %	0 %	40 %	40 %	384425935
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261	NC_017271	GCCGC	2	10	287115	287124	0 %	0 %	40 %	60 %	384425937
262	NC_017271	CGCGG	2	10	288128	288137	0 %	0 %	60 %	40 %	384425938
263	NC_017271	AGCCG	2	10	288302	288311	20 %	0 %	40 %	40 %	384425939
264	NC_017271	GCCGC	2	10	288631	288640	0 %	0 %	40 %	60 %	384425939
265	NC_017271	GCCGC	2	10	290297	290306	0 %	0 %	40 %	60 %	384425941
266	NC_017271	GCTGG	2	10	290458	290467	0 %	20 %	60 %	20 %	384425941
267	NC_017271	GACAA	2	10	290797	290806	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
268	NC_017271	GCTGC	2	10	293267	293276	0 %	20 %	40 %	40 %	384425945
269	NC_017271	TTGAA	2	10	293494	293503	40 %	40 %	20 %	0 %	384425946
270	NC_017271	CGCTG	2	10	294096	294105	0 %	20 %	40 %	40 %	384425948
271	NC_017271	CGACC	2	10	294315	294324	20 %	0 %	20 %	60 %	384425948
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282	NC_017271	TGCCG	2	10	315236	315245	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
283	NC_017271	CACAG	2	10	315246	315255	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
284	NC_017271	CGGCG	2	10	316896	316905	0 %	0 %	60 %	40 %	384425964
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288	NC_017271	CGCAG	2	10	329178	329187	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
289	NC_017271	CGCAT	2	10	334876	334885	20 %	20 %	20 %	40 %	384425982
290	NC_017271	CGTGC	2	10	335760	335769	0 %	20 %	40 %	40 %	384425983
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374	NC_017271	CGCAT	2	10	423626	423635	20 %	20 %	20 %	40 %	384426077
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381	NC_017271	AATCG	2	10	432081	432090	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
382	NC_017271	GGCAA	2	10	432772	432781	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
383	NC_017271	TGCGG	2	10	433681	433690	0 %	20 %	60 %	20 %	384426090
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385	NC_017271	CGGGC	2	10	434596	434605	0 %	0 %	60 %	40 %	384426091
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392	NC_017271	GGATG	2	10	441680	441689	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
393	NC_017271	CGCTG	2	10	442530	442539	0 %	20 %	40 %	40 %	384426103
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396	NC_017271	CGCAG	2	10	447477	447486	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
397	NC_017271	GCGTC	2	10	448143	448152	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
398	NC_017271	AGCGC	2	10	448351	448360	20 %	0 %	40 %	40 %	384426107
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