MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio cholerae LMA3984-4 chromosome chromosome I

Total Repeats: 191

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017270	GACGCC	2	12	4702	4713	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
2	NC_017270	ATCAAA	2	12	7187	7198	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_017270	CCGTAA	2	12	12410	12421	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017270	AAGCGA	2	12	22856	22867	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017270	AAAGAG	2	12	23000	23011	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017270	TGAAAT	2	12	57538	57549	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017270	GGTAAT	2	12	68127	68138	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017270	CTTTTT	2	12	102445	102456	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017270	CTAATG	2	12	146444	146455	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_017270	TGAAAT	2	12	152371	152382	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017270	GGCGGG	2	12	161819	161830	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_017270	AGGGCG	2	12	173929	173940	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_017270	GCAATC	2	12	187734	187745	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_017270	TACCAG	2	12	189130	189141	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_017270	CTTTGT	2	12	212932	212943	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_017270	TGAAAT	2	12	311134	311145	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017270	TGTCTT	2	12	312515	312526	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_017270	GCTTTT	2	12	322642	322653	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_017270	TACATG	2	12	326955	326966	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_017270	CTGCGT	2	12	331059	331070	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_017270	TCAAAA	2	12	339108	339119	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_017270	AGAGTT	2	12	344480	344491	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017270	ATTGAT	2	12	350044	350055	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017270	TGAAAT	2	12	388439	388450	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017270	TGTCTT	2	12	389831	389842	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017270	TGGGAT	2	12	420908	420919	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017270	GTTGGC	2	12	435420	435431	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017270	TTTATT	2	12	436971	436982	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017270	CCTTAT	2	12	442520	442531	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_017270	ACGTGA	2	12	442596	442607	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_017270	TCACTG	2	12	444538	444549	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_017270	TATGTC	3	18	445840	445857	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_017270	ACGACA	2	12	459518	459529	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_017270	TTTCCC	2	12	463691	463702	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_017270	CTTGGC	2	12	484296	484307	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017270	GATGCG	2	12	484437	484448	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_017270	CTGATT	2	12	485435	485446	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_017270	ACTTTG	2	12	492702	492713	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_017270	CAGAAA	2	12	508010	508021	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_017270	ATGTGC	2	12	527855	527866	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_017270	CTACGG	2	12	538160	538171	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_017270	TTTAGT	2	12	546529	546540	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017270	TAAATT	2	12	557865	557876	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017270	TTGTCG	2	12	561603	561614	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_017270	TTAGCG	2	12	569816	569827	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_017270	TGATGG	2	12	571391	571402	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017270	CATTAT	2	12	620492	620503	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_017270	AAGCAA	2	12	659577	659588	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_017270	GCTTGC	2	12	671023	671034	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017270	TGAAAT	2	12	719387	719398	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017270	AACAAA	2	12	741799	741810	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_017270	GCCACC	2	12	756850	756861	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_017270	TTTAAA	2	12	804599	804610	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017270	CTTTTG	2	12	837148	837159	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_017270	TTAAGC	2	12	845824	845835	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_017270	TAATAT	2	12	847740	847751	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017270	CTTTAT	2	12	852256	852267	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_017270	CTCTGC	2	12	852547	852558	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
59	NC_017270	TCGGTA	2	12	852732	852743	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_017270	TGAGGT	2	12	868709	868720	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017270	CCAGTG	2	12	873754	873765	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_017270	GAAAAC	2	12	885977	885988	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_017270	CGTTGG	2	12	886746	886757	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_017270	AAAGAG	2	12	897031	897042	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017270	AGCCTA	2	12	911660	911671	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017270	ATTTAT	2	12	940488	940499	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017270	TTTAGA	2	12	969748	969759	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017270	TGAGCT	2	12	970291	970302	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_017270	GAAGAG	2	12	971696	971707	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017270	GTGTTG	2	12	1004947	1004958	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017270	AGTGTG	2	12	1023393	1023404	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017270	AAAGGA	2	12	1038295	1038306	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017270	GAATAC	2	12	1067651	1067662	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_017270	TAAAAC	2	12	1070918	1070929	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_017270	AGATCA	2	12	1071853	1071864	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_017270	ACAAAA	2	12	1113886	1113897	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_017270	ACTGCC	2	12	1147833	1147844	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
78	NC_017270	GTCTGG	2	12	1166655	1166666	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_017270	CAAATT	2	12	1166825	1166836	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017270	CTTTTT	2	12	1167422	1167433	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_017270	GTAACG	2	12	1174097	1174108	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_017270	TTAGAT	2	12	1177482	1177493	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017270	AAATTG	2	12	1178183	1178194	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017270	CCTGAC	2	12	1210759	1210770	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
85	NC_017270	CGACAT	2	12	1233847	1233858	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_017270	GCGAAA	2	12	1234338	1234349	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_017270	GGCGAC	2	12	1234522	1234533	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_017270	TGCCTA	2	12	1235051	1235062	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_017270	AACGCT	2	12	1264328	1264339	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_017270	TACCGT	2	12	1296755	1296766	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_017270	TGGTGT	2	12	1296797	1296808	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017270	AGTTGG	2	12	1308297	1308308	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017270	TGGAAG	2	12	1309216	1309227	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017270	TTTACC	2	12	1309752	1309763	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_017270	CAGATG	2	12	1312756	1312767	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_017270	TGGACA	2	12	1313003	1313014	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_017270	GTTTAC	2	12	1319363	1319374	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_017270	ACCGCC	2	12	1320104	1320115	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_017270	GCGATG	2	12	1322792	1322803	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_017270	TGATTG	2	12	1325480	1325491	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017270	CTTCAA	2	12	1333924	1333935	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_017270	TTATCG	2	12	1338207	1338218	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_017270	GATTTT	2	12	1341700	1341711	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017270	TCGCCA	2	12	1378951	1378962	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
105	NC_017270	TTTATT	2	12	1397072	1397083	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017270	CAAAAC	2	12	1412786	1412797	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_017270	ATTGGT	2	12	1413609	1413620	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017270	GTCGAT	2	12	1460406	1460417	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_017270	CTTTGA	2	12	1502367	1502378	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_017270	GATAAG	2	12	1560597	1560608	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017270	CCTTTA	2	12	1614761	1614772	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_017270	GTTAAG	2	12	1625434	1625445	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017270	CCAAAA	2	12	1668517	1668528	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_017270	TGATTT	2	12	1685221	1685232	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017270	GATTGG	2	12	1691919	1691930	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017270	TCCAAC	2	12	1696903	1696914	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_017270	TTTACC	2	12	1707457	1707468	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_017270	AAGTCA	2	12	1711556	1711567	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_017270	GCGATT	2	12	1736071	1736082	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_017270	CTCTTT	2	12	1737030	1737041	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_017270	CTTTGA	2	12	1737434	1737445	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_017270	GCGCTA	2	12	1741599	1741610	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_017270	ATTGAT	2	12	1758510	1758521	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017270	TGGCGA	2	12	1769048	1769059	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_017270	CATTGT	2	12	1784876	1784887	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_017270	ATAAAA	2	12	1803466	1803477	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017270	TTCTTT	2	12	1814980	1814991	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_017270	GCTCTT	2	12	1815419	1815430	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_017270	GATCAA	2	12	1841030	1841041	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_017270	AACGTT	2	12	1845067	1845078	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_017270	AGGTGA	2	12	1853333	1853344	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
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140	NC_017270	TTTACC	2	12	1905817	1905828	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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157	NC_017270	ACATCC	3	18	2168032	2168049	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
158	NC_017270	CAGCTG	2	12	2168228	2168239	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.