MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Vibrio cholerae LMA3984-4 chromosome II

Total Repeats: 287

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017269	AAAAGC	2	12	1546	1557	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	384422538
2	NC_017269	TGAGAT	2	12	3415	3426	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384422539
3	NC_017269	AGCGGT	2	12	8329	8340	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017269	TCTTGC	2	12	10672	10683	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017269	ACTGCA	2	12	16768	16779	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384422547
6	NC_017269	TCTATG	2	12	21287	21298	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384422552
7	NC_017269	TGCTTT	2	12	25073	25084	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017269	AGTTTG	2	12	34457	34468	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384422561
9	NC_017269	GAGTTT	2	12	42113	42124	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384422567
10	NC_017269	CTAAAC	2	12	42478	42489	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384422567
11	NC_017269	AGAAAT	2	12	43849	43860	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384422569
12	NC_017269	AATTCG	2	12	44165	44176	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384422569
13	NC_017269	TTCAAA	2	12	45058	45069	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384422571
14	NC_017269	ATCGCA	2	12	45389	45400	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384422571
15	NC_017269	ATAGGA	2	12	45578	45589	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384422571
16	NC_017269	TTCATA	2	12	45967	45978	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_017269	TGGTTT	2	12	47482	47493	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384422572
18	NC_017269	TTCAAT	2	12	50737	50748	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_017269	GAGGTA	2	12	52450	52461	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	384422575
20	NC_017269	CTCAAT	2	12	56760	56771	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384422578
21	NC_017269	CTTTGG	2	12	57576	57587	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384422579
22	NC_017269	AATGGG	2	12	60004	60015	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	384422581
23	NC_017269	TATGGC	2	12	67689	67700	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017269	TGCTCA	2	12	76043	76054	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384422592
25	NC_017269	AATTCA	2	12	80649	80660	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384422597
26	NC_017269	AAAATG	2	12	82414	82425	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384422600
27	NC_017269	TATGAA	2	12	86850	86861	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384422603
28	NC_017269	GATGGT	2	12	94069	94080	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	384422608
29	NC_017269	AGTCCG	2	12	95644	95655	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	384422611
30	NC_017269	ACCGTG	2	12	98294	98305	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	384422614
31	NC_017269	CTCAAG	2	12	100382	100393	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384422616
32	NC_017269	TGGATG	2	12	104121	104132	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	384422619
33	NC_017269	CATGCA	2	12	110596	110607	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384422624
34	NC_017269	TTTTCT	2	12	111189	111200	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384422624
35	NC_017269	TCGTCA	2	12	117783	117794	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384422630
36	NC_017269	GCAAGA	2	12	125070	125081	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384422636
37	NC_017269	ACCGCC	2	12	130553	130564	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	384422640
38	NC_017269	CAAAAC	2	12	136350	136361	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384422642
39	NC_017269	TAAAAC	2	12	137214	137225	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384422642
40	NC_017269	ACCGAA	2	12	140279	140290	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384422645
41	NC_017269	TTCCGG	2	12	141803	141814	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384422646
42	NC_017269	TGCCGC	2	12	144160	144171	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	384422648
43	NC_017269	AGTCAT	2	12	147972	147983	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384422653
44	NC_017269	GCAATC	2	12	149465	149476	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384422654
45	NC_017269	ACCCGT	2	12	157853	157864	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	384422661
46	NC_017269	GTTCAT	2	12	158389	158400	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384422661
47	NC_017269	GCGGTG	2	12	163145	163156	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	384422663
48	NC_017269	ACCAAT	2	12	163843	163854	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384422663
49	NC_017269	TTCTCG	2	12	172043	172054	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	384422671
50	NC_017269	AAAGGA	2	12	174178	174189	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384422673
51	NC_017269	GCCATC	2	12	174646	174657	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	384422674
52	NC_017269	ATATTT	2	12	177499	177510	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017269	CTGTTT	2	12	183077	183088	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017269	GGATGT	2	12	183715	183726	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017269	TTGCTG	5	30	185157	185186	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384422683
56	NC_017269	GCGGCA	2	12	186007	186018	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	384422683
57	NC_017269	CCGACG	2	12	186797	186808	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	384422684
58	NC_017269	AAGTGA	2	12	192575	192586	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017269	TGTTGA	2	12	193774	193785	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017269	TGAGCG	2	12	199219	199230	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384422696
61	NC_017269	TTGCGT	2	12	200544	200555	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384422698
62	NC_017269	GGATGC	2	12	204455	204466	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384422704
63	NC_017269	CAAGAG	2	12	210530	210541	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384422709
64	NC_017269	CTTCAT	2	12	214881	214892	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384422713
65	NC_017269	ATTCCA	2	12	216117	216128	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384422715
66	NC_017269	TCGATC	2	12	216821	216832	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384422715
67	NC_017269	TAATCC	2	12	217714	217725	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384422716
68	NC_017269	TTGGGT	2	12	218350	218361	0 %	50 %	50 %	0 %	384422716
69	NC_017269	ATCGAT	2	12	224946	224957	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384422721
70	NC_017269	ATAGGT	2	12	226836	226847	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384422722
71	NC_017269	CCGGCA	2	12	228406	228417	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	384422724
72	NC_017269	GAAGGA	2	12	234329	234340	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017269	TATCGC	2	12	234620	234631	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384422728
74	NC_017269	TTACCG	2	12	236350	236361	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384422728
75	NC_017269	TGATTG	2	12	239380	239391	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384422731
76	NC_017269	ATTGCG	2	12	241118	241129	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384422733
77	NC_017269	AGATAA	2	12	241585	241596	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384422733
78	NC_017269	ATCTCG	2	12	242288	242299	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384422734
79	NC_017269	TCAGTA	2	12	242307	242318	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384422734
80	NC_017269	GATGGA	2	12	248926	248937	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017269	GGTTTT	2	12	252849	252860	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384422744
82	NC_017269	ATGACG	2	12	254467	254478	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384422746
83	NC_017269	TTGGCT	2	12	255391	255402	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384422747
84	NC_017269	CGCCAG	2	12	256969	256980	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	384422748
85	NC_017269	TTATCT	2	12	260739	260750	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384422752
86	NC_017269	TAAGCG	2	12	260811	260822	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384422752
87	NC_017269	TGACTG	2	12	268021	268032	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384422757
88	NC_017269	ATCAAG	2	12	272530	272541	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384422767
89	NC_017269	GATGTC	2	12	272922	272933	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384422767
90	NC_017269	CTTGTT	2	12	282058	282069	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_017269	TTTCAC	2	12	282352	282363	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384422775
92	NC_017269	TGCGTG	2	12	287746	287757	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384422777
93	NC_017269	GTAAAG	2	12	288457	288468	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384422777
94	NC_017269	TAAATT	2	12	288476	288487	50 %	50 %	0 %	0 %	384422777
95	NC_017269	TGCGTG	2	12	292293	292304	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384422782
96	NC_017269	GTAAAG	2	12	293004	293015	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384422782
97	NC_017269	TAAATT	2	12	293023	293034	50 %	50 %	0 %	0 %	384422782
98	NC_017269	GTTTGG	2	12	295777	295788	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017269	ATTTGA	2	12	301646	301657	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017269	ATTGAA	2	12	302505	302516	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017269	TCAAAA	2	12	306700	306711	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384422802
102	NC_017269	TCGCAA	2	12	310947	310958	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384422805
103	NC_017269	TGCAAT	2	12	320085	320096	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384422817
104	NC_017269	TGGTCA	2	12	328691	328702	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384422828
105	NC_017269	TACAGC	2	12	335246	335257	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384422835
106	NC_017269	TTTTGG	2	12	337043	337054	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017269	TTTTCA	2	12	340982	340993	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_017269	CGCTTC	2	12	342332	342343	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	384422839
109	NC_017269	CGTGAA	2	12	345881	345892	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384422842
110	NC_017269	TTTGAG	2	12	347714	347725	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384422844
111	NC_017269	AACAGC	2	12	348726	348737	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384422844
112	NC_017269	CGCTTG	2	12	350259	350270	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384422844
113	NC_017269	TAGTGA	2	12	350610	350621	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017269	TGAGTT	2	12	352024	352035	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384422845
115	NC_017269	TTGGTT	2	12	361116	361127	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384422851
116	NC_017269	CCAGAA	2	12	362283	362294	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384422852
117	NC_017269	GCCAAA	2	12	376402	376413	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384422865
118	NC_017269	TAGTGG	2	12	380117	380128	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
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234	NC_017269	TTCAAT	2	12	759502	759513	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384423199
235	NC_017269	AAATTA	2	12	785560	785571	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
236	NC_017269	TATCTC	2	12	788696	788707	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384423228
237	NC_017269	CGCCAC	2	12	791098	791109	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	384423230
238	NC_017269	GATGGT	2	12	793239	793250	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	384423233
239	NC_017269	GATTGC	2	12	803263	803274	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384423241
240	NC_017269	CCAATT	2	12	809611	809622	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384423245
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244	NC_017269	CGCCAA	2	12	822173	822184	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	384423252
245	NC_017269	GCGTAA	2	12	825521	825532	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
246	NC_017269	AATCGA	2	12	825627	825638	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
247	NC_017269	TATTGG	2	12	827005	827016	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384423257
248	NC_017269	TTGCGG	2	12	827644	827655	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384423257
249	NC_017269	TCACCG	2	12	827770	827781	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	384423257
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251	NC_017269	GATTGC	2	12	828404	828415	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384423257
252	NC_017269	CGATTG	2	12	837570	837581	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384423271
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256	NC_017269	AAACAC	2	12	855774	855785	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
257	NC_017269	TAGAAA	2	12	863593	863604	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384423292
258	NC_017269	GTGTTT	2	12	867727	867738	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384423296
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260	NC_017269	CAAAGT	2	12	872871	872882	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384423299
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264	NC_017269	AAAATT	2	12	890519	890530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
265	NC_017269	CTAACT	2	12	894910	894921	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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267	NC_017269	AAACCA	2	12	898419	898430	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384423324
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272	NC_017269	CGCGAG	2	12	908291	908302	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	384423330
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280	NC_017269	AATTAA	2	12	935616	935627	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
281	NC_017269	GGCAAT	2	12	938761	938772	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384423355
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286	NC_017269	TGTGCT	2	12	945554	945565	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384423360
287	NC_017269	GCTCTA	2	12	945709	945720	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384423361

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.