MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Chicago chromosome

Total Repeats: 45

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017268	GCACGA	2	12	59451	59462	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_017268	CGCTTG	2	12	92934	92945	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017268	TCTCAA	2	12	125134	125145	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017268	CGGCTG	2	12	148603	148614	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017268	GGCTGG	4	24	150544	150567	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_017268	CGGCTC	2	12	151241	151252	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
7	NC_017268	CTGCGG	4	24	151757	151780	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_017268	CGGCTC	2	12	152262	152273	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
9	NC_017268	TAAAAA	2	12	154175	154186	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017268	GGAAGA	2	12	193200	193211	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017268	GACACT	2	12	193361	193372	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_017268	GGTGAG	2	12	193524	193535	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017268	GTGCGA	2	12	234745	234756	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_017268	TCCTTC	2	12	236126	236137	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_017268	GTGCGA	2	12	283190	283201	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_017268	TCCTTC	2	12	284571	284582	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_017268	GCACCG	2	12	331691	331702	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
18	NC_017268	CCGGAG	2	12	333065	333076	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017268	CAGCTG	2	12	333289	333300	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_017268	AATATA	2	12	355195	355206	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017268	TTTCCG	2	12	372458	372469	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017268	CAGGAG	2	12	374470	374481	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_017268	TGGGAG	2	12	374642	374653	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017268	CTGAGC	2	12	394512	394523	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_017268	GTGACG	2	12	518706	518717	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017268	GCACCG	2	12	521396	521407	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
27	NC_017268	TAACCC	2	12	561951	561962	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_017268	ATACTG	2	12	562045	562056	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_017268	AGCACC	2	12	579819	579830	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
30	NC_017268	TCAGAT	2	12	651978	651989	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_017268	GCACCG	2	12	670845	670856	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
32	NC_017268	TTCTCC	2	12	698840	698851	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_017268	CCTCCG	2	12	716409	716420	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_017268	ACGCAG	2	12	810251	810262	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_017268	ACACGC	2	12	819086	819097	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
36	NC_017268	GCAGGG	2	12	827538	827549	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_017268	GTGCAC	2	12	869564	869575	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017268	CACGCG	2	12	876885	876896	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
39	NC_017268	AAAGAC	2	12	882123	882134	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_017268	TGCTCC	2	12	883260	883271	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
41	NC_017268	CCATCC	2	12	890072	890083	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
42	NC_017268	GAGCAG	2	12	995172	995183	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_017268	GCTAAC	2	12	1003416	1003427	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_017268	TACCGT	2	12	1003533	1003544	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_017268	TCTTGC	2	12	1052334	1052345	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.