MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Chicago chromosome

Total Repeats: 143

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017268	AGGGA	2	10	12400	12409	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017268	GTTTT	2	10	18344	18353	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017268	TTGCG	2	10	19720	19729	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017268	GTTTT	2	10	20299	20308	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017268	TGCGA	2	10	22063	22072	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017268	TACCG	2	10	22203	22212	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_017268	GCCAC	2	10	22298	22307	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
8	NC_017268	AAGGG	2	10	22900	22909	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017268	CGGTG	2	10	23467	23476	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017268	ACATA	2	10	45645	45654	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017268	ATGCT	2	10	55487	55496	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017268	ACCCA	2	10	58691	58700	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
13	NC_017268	TCGTG	2	10	59515	59524	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017268	CCGCG	2	10	61709	61718	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
15	NC_017268	AGCGT	2	10	71087	71096	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017268	TGGTG	2	10	80876	80885	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017268	TTTGC	2	10	90662	90671	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017268	TGGTG	2	10	92032	92041	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017268	TCGCT	2	10	93138	93147	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_017268	GCACA	2	10	94777	94786	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_017268	GCGTC	2	10	107124	107133	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
22	NC_017268	GGTGC	2	10	139687	139696	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017268	TCCGT	2	10	146704	146713	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_017268	CTTGC	2	10	148909	148918	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_017268	CGGGG	2	10	157042	157051	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017268	GCAAG	2	10	159656	159665	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017268	TTTTC	2	10	185740	185749	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017268	AGAGG	2	10	190216	190225	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017268	TGCAG	2	10	191581	191590	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017268	TTTGT	2	10	194084	194093	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017268	GAGTG	2	10	195359	195368	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017268	TCGTC	2	10	198621	198630	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_017268	CCGCA	2	10	199348	199357	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
34	NC_017268	TACGC	2	10	212297	212306	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_017268	GCATG	2	10	227854	227863	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017268	GCATG	2	10	232888	232897	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017268	CCCTT	2	10	232964	232973	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
38	NC_017268	TTTGT	2	10	233075	233084	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017268	GGGTG	2	10	233129	233138	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017268	TGAAC	2	10	233355	233364	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017268	AGGTT	2	10	234814	234823	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017268	AGAGG	2	10	235063	235072	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017268	TTGAA	2	10	235092	235101	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017268	GAGGG	2	10	242316	242325	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017268	TCGGT	2	10	246777	246786	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017268	GCGCG	2	10	268378	268387	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
47	NC_017268	CGTGA	2	10	273481	273490	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017268	GCATG	2	10	281323	281332	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017268	CCCTT	2	10	281399	281408	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
50	NC_017268	TTTGT	2	10	281520	281529	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017268	GGGTG	2	10	281574	281583	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017268	TGAAC	2	10	281800	281809	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017268	AGGTT	2	10	283259	283268	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017268	AGAGG	2	10	283508	283517	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017268	TTGAA	2	10	283537	283546	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017268	CATTG	2	10	290656	290665	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_017268	GGGTA	2	10	290720	290729	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017268	CGTTG	2	10	295513	295522	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017268	GTGCG	2	10	299058	299067	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017268	AGGGG	2	10	327783	327792	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017268	AAACG	2	10	331626	331635	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017268	TGTTT	2	10	332809	332818	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017268	GAAAT	2	10	373236	373245	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017268	GCGGT	2	10	374589	374598	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017268	GTGTC	2	10	383892	383901	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017268	TTGGT	2	10	390758	390767	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017268	GTTCG	2	10	390776	390785	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017268	GCGCC	2	10	394106	394115	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
69	NC_017268	CCAAA	2	10	394437	394446	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
70	NC_017268	GCAGA	2	10	394947	394956	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017268	TCGCT	2	10	395319	395328	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_017268	TGCGC	2	10	402604	402613	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
73	NC_017268	CTGTG	2	10	423975	423984	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
74	NC_017268	GAGGG	2	10	424474	424483	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017268	GTGCG	2	10	432287	432296	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017268	CGCGC	2	10	432372	432381	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
77	NC_017268	TGGTT	2	10	439327	439336	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017268	AGGAA	2	10	439720	439729	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017268	AAGGT	2	10	463039	463048	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017268	CGCGG	2	10	463089	463098	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
81	NC_017268	GGAAG	2	10	463232	463241	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017268	GCACA	2	10	465329	465338	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
83	NC_017268	CGGAG	2	10	484213	484222	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017268	TTTCT	2	10	484341	484350	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_017268	GCGGG	2	10	493477	493486	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017268	CGGGG	2	10	497997	498006	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
87	NC_017268	GCACG	2	10	508068	508077	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
88	NC_017268	CCAAC	2	10	510293	510302	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
89	NC_017268	AGCCC	2	10	510426	510435	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
90	NC_017268	AGCAA	2	10	511741	511750	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017268	CGCGC	2	10	512115	512124	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
92	NC_017268	GAAGA	2	10	520894	520903	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017268	CTTTT	2	10	526267	526276	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_017268	GTGCG	2	10	526560	526569	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017268	ACGGC	2	10	532003	532012	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
96	NC_017268	AAGGA	2	10	538710	538719	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017268	TGGTG	2	10	545533	545542	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017268	ACTTT	2	10	545565	545574	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017268	CGAGC	2	10	577962	577971	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
100	NC_017268	CCCAA	2	10	581158	581167	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
101	NC_017268	ACCGC	2	10	586142	586151	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
102	NC_017268	CTTCT	2	10	593350	593359	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_017268	GTGCT	2	10	609713	609722	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017268	CGCAC	2	10	643586	643595	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
105	NC_017268	TGCAC	2	10	651657	651666	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_017268	GCACG	2	10	660491	660500	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
107	NC_017268	AAACG	2	10	670780	670789	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017268	GTCTT	2	10	697904	697913	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017268	AGCCA	2	10	708310	708319	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_017268	CGGTA	2	10	730688	730697	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_017268	TGGCA	2	10	730861	730870	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017268	ACAGC	2	10	735409	735418	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_017268	GGCAC	2	10	749286	749295	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
114	NC_017268	CGCGC	2	10	768438	768447	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
115	NC_017268	ATGTA	2	10	785407	785416	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017268	TTTCT	2	10	803496	803505	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_017268	TGCGC	2	10	826189	826198	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
118	NC_017268	ACTGT	2	10	864428	864437	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017268	AGCGC	2	10	864491	864500	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
120	NC_017268	TTTCC	2	10	875675	875684	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
121	NC_017268	GCGCC	2	10	875752	875761	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
122	NC_017268	ATCGC	2	10	880846	880855	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
123	NC_017268	CACAC	2	10	883147	883156	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
124	NC_017268	GAGGG	2	10	884907	884916	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017268	CACCG	2	10	898596	898605	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
126	NC_017268	CCTCA	2	10	900505	900514	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
127	NC_017268	TCCTT	2	10	916970	916979	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
128	NC_017268	ATGTC	2	10	921589	921598	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017268	CTTTT	2	10	950512	950521	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_017268	CTTGC	2	10	975655	975664	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
131	NC_017268	CTGCA	2	10	987761	987770	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
132	NC_017268	AACAA	2	10	1000424	1000433	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017268	TTTTG	2	10	1003136	1003145	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017268	TGCAG	2	10	1005442	1005451	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017268	AGCGC	2	10	1006031	1006040	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
136	NC_017268	GCGCG	2	10	1052626	1052635	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
137	NC_017268	CGTTG	2	10	1079134	1079143	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017268	GTGCG	2	10	1079346	1079355	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017268	GAGAC	2	10	1079650	1079659	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017268	CATGC	2	10	1083812	1083821	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
141	NC_017268	CCCCT	2	10	1103003	1103012	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
142	NC_017268	GCCCG	2	10	1116265	1116274	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
143	NC_017268	GGGGC	2	10	1125248	1125257	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.