MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Chicago chromosome

Total Repeats: 423

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017268	TTTG	2	8	1530	1537	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017268	AACT	2	8	1633	1640	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_017268	GCCC	2	8	4382	4389	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
4	NC_017268	GCAT	2	8	10132	10139	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_017268	ATGT	2	8	10211	10218	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017268	TTTA	2	8	18326	18333	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017268	GTTA	2	8	19790	19797	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017268	GAAA	2	8	20642	20649	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017268	TGCG	2	8	20854	20861	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
10	NC_017268	GCTT	2	8	21174	21181	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_017268	ACAA	2	8	22720	22727	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_017268	GCAC	2	8	22859	22866	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
13	NC_017268	ATGT	2	8	23080	23087	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017268	CTTC	2	8	24291	24298	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_017268	AAAG	2	8	25261	25268	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017268	TTAT	2	8	25314	25321	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017268	TAAG	2	8	36817	36824	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017268	ACCC	2	8	44493	44500	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
19	NC_017268	CAGG	2	8	54524	54531	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
20	NC_017268	GTAC	2	8	54537	54544	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_017268	ACGA	2	8	58551	58558	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_017268	GAGC	2	8	58770	58777	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
23	NC_017268	TGTC	2	8	62884	62891	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_017268	ATGC	2	8	70148	70155	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_017268	GCTT	2	8	71720	71727	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
26	NC_017268	GAAG	2	8	72173	72180	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017268	GCGT	2	8	80864	80871	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
28	NC_017268	TTGC	2	8	90732	90739	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_017268	TACA	2	8	90940	90947	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_017268	CGGG	2	8	91091	91098	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
31	NC_017268	TTCG	2	8	91711	91718	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_017268	GCGA	2	8	91776	91783	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
33	NC_017268	GCAG	2	8	92181	92188	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
34	NC_017268	GGAC	2	8	92753	92760	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
35	NC_017268	GTTT	2	8	92857	92864	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017268	ACGT	2	8	93075	93082	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_017268	GTTT	2	8	93168	93175	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017268	TCGG	2	8	93536	93543	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
39	NC_017268	GGAT	2	8	93903	93910	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017268	CTAC	2	8	94216	94223	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_017268	TGGC	2	8	94275	94282	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_017268	AATC	2	8	94290	94297	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_017268	CGTC	2	8	94441	94448	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
44	NC_017268	CTCC	2	8	94692	94699	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
45	NC_017268	TCCT	2	8	98686	98693	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_017268	GAGG	2	8	99892	99899	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017268	TTGA	2	8	102853	102860	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017268	CACC	2	8	106320	106327	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
49	NC_017268	TGCT	2	8	106698	106705	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_017268	CAGG	2	8	106781	106788	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
51	NC_017268	CGTG	2	8	107047	107054	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
52	NC_017268	GCTC	2	8	107374	107381	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
53	NC_017268	AGTG	2	8	108319	108326	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017268	GGGT	2	8	109751	109758	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017268	CGCC	2	8	122194	122201	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
56	NC_017268	ACTG	2	8	124711	124718	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NC_017268	TGAG	2	8	124854	124861	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017268	CCTC	2	8	124908	124915	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
59	NC_017268	TGAG	2	8	129787	129794	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017268	GCAT	2	8	139715	139722	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_017268	TAAA	2	8	142975	142982	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017268	AGCC	2	8	147851	147858	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NC_017268	GTTC	2	8	148393	148400	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
64	NC_017268	AGGC	2	8	149608	149615	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
65	NC_017268	GTTT	2	8	149896	149903	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017268	CGGA	2	8	150444	150451	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
67	NC_017268	GTAC	2	8	150589	150596	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_017268	GCGG	2	8	151114	151121	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
69	NC_017268	TCTT	2	8	151547	151554	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_017268	GCGG	2	8	152229	152236	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
71	NC_017268	GGGT	2	8	156970	156977	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017268	CCGC	2	8	157111	157118	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
73	NC_017268	TCTT	2	8	159507	159514	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_017268	GGTG	2	8	159739	159746	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017268	GTGG	2	8	169473	169480	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017268	TCCC	2	8	169827	169834	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
77	NC_017268	CGTA	2	8	169881	169888	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_017268	ATGT	2	8	169938	169945	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017268	TGCA	2	8	176565	176572	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_017268	GTAT	2	8	191013	191020	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017268	GGTG	2	8	191410	191417	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017268	TAGT	2	8	192785	192792	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017268	GAGT	2	8	193580	193587	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017268	TTGT	2	8	194173	194180	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017268	GCCA	2	8	194494	194501	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
86	NC_017268	GCAG	2	8	195317	195324	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
87	NC_017268	TTCT	2	8	195327	195334	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_017268	GTAC	2	8	195832	195839	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_017268	GAAG	2	8	196002	196009	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017268	CGTG	2	8	196018	196025	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
91	NC_017268	AAAT	2	8	196063	196070	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017268	AGAA	2	8	196165	196172	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017268	CCGT	2	8	196309	196316	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
94	NC_017268	ATTA	2	8	196674	196681	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017268	AGAA	2	8	196682	196689	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017268	TTCC	2	8	198672	198679	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_017268	CGAG	2	8	199256	199263	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
98	NC_017268	GGGA	2	8	202274	202281	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017268	TGCG	2	8	204538	204545	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
100	NC_017268	GGTG	2	8	205825	205832	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017268	AGGT	2	8	206203	206210	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017268	GCGA	2	8	212393	212400	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
103	NC_017268	TGCG	2	8	214998	215005	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
104	NC_017268	CAGG	2	8	219849	219856	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
105	NC_017268	GCAG	2	8	219924	219931	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
106	NC_017268	GGGA	2	8	221887	221894	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017268	GTGC	2	8	227495	227502	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
108	NC_017268	GGGA	2	8	227558	227565	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017268	GTAT	2	8	228046	228053	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017268	GTGC	3	12	228083	228094	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
111	NC_017268	AGTG	2	8	230347	230354	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017268	GGGA	2	8	231258	231265	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017268	GAAC	2	8	231347	231354	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_017268	GGGA	2	8	231785	231792	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017268	AGGG	2	8	232779	232786	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017268	AAGG	2	8	233019	233026	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017268	TGAA	2	8	233323	233330	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017268	AGGG	2	8	233332	233339	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017268	GCGA	2	8	233414	233421	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
120	NC_017268	GGTG	2	8	233482	233489	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017268	AAAC	2	8	234010	234017	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_017268	TGCG	2	8	234168	234175	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
123	NC_017268	TTCC	2	8	234510	234517	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_017268	AGGT	2	8	234851	234858	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017268	GTAG	2	8	236260	236267	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017268	TGCA	2	8	237012	237019	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_017268	CTGT	2	8	242347	242354	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_017268	CTTT	2	8	242986	242993	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_017268	GGCC	2	8	243071	243078	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
130	NC_017268	CTGT	2	8	243100	243107	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_017268	TCCT	2	8	243496	243503	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_017268	TGCC	2	8	244320	244327	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
133	NC_017268	CGAG	2	8	261071	261078	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
134	NC_017268	TTTC	2	8	266663	266670	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_017268	GTTC	2	8	270539	270546	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
136	NC_017268	GCTC	2	8	272017	272024	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
137	NC_017268	TACA	2	8	275313	275320	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_017268	GTGA	2	8	275940	275947	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017268	CAGG	2	8	276402	276409	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
140	NC_017268	GCAG	2	8	276494	276501	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
141	NC_017268	GGGT	2	8	276856	276863	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017268	GAGG	2	8	277712	277719	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017268	GGGA	2	8	279693	279700	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017268	GAAC	2	8	279782	279789	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
145	NC_017268	GGGA	2	8	280220	280227	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017268	AGGG	2	8	281214	281221	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017268	TGAA	2	8	281768	281775	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017268	AGGG	2	8	281777	281784	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017268	GCGA	2	8	281859	281866	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
150	NC_017268	GGTG	2	8	281927	281934	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017268	AAAC	2	8	282455	282462	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_017268	TGCG	2	8	282613	282620	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.