MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Chicago chromosome

Total Repeats: 11375

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017268	GAA	2	6	397	402	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421555
2	NC_017268	GCT	2	6	421	426	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421555
3	NC_017268	ACA	2	6	538	543	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384421555
4	NC_017268	CTT	2	6	658	663	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421555
5	NC_017268	AAG	2	6	704	709	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421555
6	NC_017268	TGT	2	6	945	950	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421555
7	NC_017268	TTC	2	6	972	977	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421555
8	NC_017268	TTC	2	6	1078	1083	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421555
9	NC_017268	TTC	2	6	1121	1126	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421555
10	NC_017268	GTT	2	6	1192	1197	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421555
11	NC_017268	ACT	2	6	1249	1254	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421555
12	NC_017268	TGG	2	6	1272	1277	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421555
13	NC_017268	AAG	2	6	1660	1665	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421556
14	NC_017268	GCT	2	6	1746	1751	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421556
15	NC_017268	TGT	2	6	1868	1873	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421556
16	NC_017268	CAA	2	6	1885	1890	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384421556
17	NC_017268	GAA	2	6	1914	1919	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421556
18	NC_017268	AGG	2	6	2009	2014	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421556
19	NC_017268	AGA	2	6	2081	2086	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421556
20	NC_017268	ATT	2	6	2139	2144	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421556
21	NC_017268	GCA	2	6	2300	2305	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421556
22	NC_017268	TCT	2	6	2337	2342	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421556
23	NC_017268	ATC	2	6	2389	2394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421556
24	NC_017268	GTT	2	6	2453	2458	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421556
25	NC_017268	TTA	2	6	2485	2490	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421556
26	NC_017268	CAG	2	6	2496	2501	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421556
27	NC_017268	TTG	2	6	2505	2510	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421556
28	NC_017268	GAA	2	6	2562	2567	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421556
29	NC_017268	GAA	2	6	2625	2630	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421556
30	NC_017268	AGG	2	6	2653	2658	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421556
31	NC_017268	CAT	2	6	2729	2734	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421556
32	NC_017268	TGC	2	6	2895	2900	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421557
33	NC_017268	CAG	2	6	3087	3092	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421557
34	NC_017268	CTT	2	6	3159	3164	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421557
35	NC_017268	TAT	2	6	3373	3378	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421557
36	NC_017268	CTC	2	6	3435	3440	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384421557
37	NC_017268	GAG	2	6	3445	3450	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421557
38	NC_017268	GAT	2	6	3667	3672	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421557
39	NC_017268	ATG	2	6	3712	3717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421557
40	NC_017268	AAT	2	6	3830	3835	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384421557
41	NC_017268	CGT	2	6	4080	4085	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421558
42	NC_017268	GAA	2	6	4141	4146	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421558
43	NC_017268	GAA	2	6	4247	4252	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421558
44	NC_017268	GAA	2	6	4394	4399	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421559
45	NC_017268	GGA	2	6	4558	4563	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421559
46	NC_017268	TTC	2	6	4875	4880	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421559
47	NC_017268	TCT	2	6	4897	4902	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421559
48	NC_017268	TTG	2	6	5121	5126	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421559
49	NC_017268	ATT	2	6	5174	5179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421559
50	NC_017268	TAC	2	6	5206	5211	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421559
51	NC_017268	ACG	2	6	5277	5282	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421559
52	NC_017268	GTA	2	6	5345	5350	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421559
53	NC_017268	ATC	2	6	5579	5584	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421559
54	NC_017268	TCT	2	6	5756	5761	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421559
55	NC_017268	GGA	2	6	5764	5769	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421559
56	NC_017268	GTT	2	6	5801	5806	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421559
57	NC_017268	GAT	2	6	5843	5848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421559
58	NC_017268	AGA	2	6	5893	5898	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421559
59	NC_017268	GGA	2	6	5990	5995	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421559
60	NC_017268	GGC	2	6	6019	6024	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384421559
61	NC_017268	TTA	2	6	6033	6038	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421559
62	NC_017268	TAA	2	6	6226	6231	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384421559
63	NC_017268	ACT	2	6	6278	6283	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421559
64	NC_017268	TAT	2	6	6313	6318	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421559
65	NC_017268	TTA	2	6	6390	6395	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421559
66	NC_017268	AAC	2	6	6522	6527	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384421559
67	NC_017268	AGA	2	6	6615	6620	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421559
68	NC_017268	GTG	2	6	6753	6758	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421559
69	NC_017268	TAG	3	9	6798	6806	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421559
70	NC_017268	TGT	2	6	6873	6878	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421560
71	NC_017268	GAG	2	6	6936	6941	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421560
72	NC_017268	GGA	2	6	6966	6971	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421560
73	NC_017268	GGA	2	6	7135	7140	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421561
74	NC_017268	CTT	2	6	7141	7146	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421561
75	NC_017268	GAT	2	6	7188	7193	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421561
76	NC_017268	TGC	2	6	7462	7467	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421561
77	NC_017268	ACT	2	6	7498	7503	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421561
78	NC_017268	TGA	2	6	7618	7623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421561
79	NC_017268	GCA	2	6	7626	7631	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421561
80	NC_017268	TCA	2	6	7801	7806	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421561
81	NC_017268	TTG	2	6	7812	7817	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421561
82	NC_017268	GAT	2	6	8049	8054	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421561
83	NC_017268	TCT	2	6	8402	8407	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421562
84	NC_017268	AAG	2	6	8746	8751	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421562
85	NC_017268	GCA	2	6	8771	8776	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421562
86	NC_017268	CTG	2	6	8785	8790	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421562
87	NC_017268	ACG	2	6	8810	8815	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421562
88	NC_017268	ATC	2	6	8917	8922	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421562
89	NC_017268	GCA	2	6	8951	8956	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421562
90	NC_017268	CGC	2	6	9010	9015	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384421562
91	NC_017268	CCT	2	6	9035	9040	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384421562
92	NC_017268	ACG	2	6	9118	9123	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421562
93	NC_017268	TCT	2	6	9147	9152	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421562
94	NC_017268	CGA	2	6	9174	9179	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421562
95	NC_017268	TGT	2	6	9312	9317	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421562
96	NC_017268	CCT	2	6	9357	9362	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384421562
97	NC_017268	CTT	2	6	9403	9408	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421563
98	NC_017268	TCT	2	6	9540	9545	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421563
99	NC_017268	GTG	2	6	9618	9623	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421563
100	NC_017268	GAT	2	6	9931	9936	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421564
101	NC_017268	GAA	2	6	10246	10251	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421565
102	NC_017268	GTG	2	6	10290	10295	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421565
103	NC_017268	AGT	2	6	10324	10329	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421565
104	NC_017268	TCC	2	6	10496	10501	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384421566
105	NC_017268	CTG	2	6	10518	10523	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421566
106	NC_017268	GTC	2	6	10538	10543	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421566
107	NC_017268	AGC	2	6	10610	10615	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421566
108	NC_017268	TTG	2	6	10634	10639	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421566
109	NC_017268	GAC	2	6	10765	10770	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421566
110	NC_017268	GAA	2	6	10794	10799	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421566
111	NC_017268	TAC	2	6	10906	10911	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421566
112	NC_017268	TGG	2	6	10951	10956	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421566
113	NC_017268	TCG	2	6	11033	11038	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421566
114	NC_017268	GCA	2	6	11198	11203	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421566
115	NC_017268	CAT	2	6	11252	11257	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421566
116	NC_017268	AAG	2	6	11360	11365	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421566
117	NC_017268	TTG	2	6	11457	11462	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421566
118	NC_017268	CTG	2	6	11463	11468	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421566
119	NC_017268	CGC	2	6	11488	11493	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384421566
120	NC_017268	CAC	2	6	11511	11516	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384421566
121	NC_017268	CCT	2	6	11558	11563	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384421566
122	NC_017268	CGT	2	6	11584	11589	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421566
123	NC_017268	GGT	2	6	11678	11683	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421566
124	NC_017268	AGT	2	6	11801	11806	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421566
125	NC_017268	AAG	2	6	11975	11980	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421566
126	NC_017268	TCC	2	6	11998	12003	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384421566
127	NC_017268	TGT	2	6	12043	12048	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421566
128	NC_017268	TGC	2	6	12082	12087	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421566
129	NC_017268	GGT	2	6	12161	12166	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421566
130	NC_017268	TAT	2	6	12218	12223	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421566
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133	NC_017268	TGT	2	6	12595	12600	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421567
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252	NC_017268	CGT	2	6	30923	30928	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421574
253	NC_017268	CTA	2	6	31104	31109	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421574
254	NC_017268	ATG	2	6	31168	31173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421574
255	NC_017268	CTT	2	6	31227	31232	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421574
256	NC_017268	CTG	2	6	31248	31253	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421574
257	NC_017268	GTT	2	6	31365	31370	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421574
258	NC_017268	TCC	2	6	31403	31408	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384421574
259	NC_017268	GCT	2	6	31466	31471	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421574
260	NC_017268	TCA	2	6	31520	31525	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421574
261	NC_017268	GCA	2	6	31584	31589	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421574
262	NC_017268	TGG	2	6	31625	31630	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421574
263	NC_017268	GCG	2	6	31753	31758	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384421574
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265	NC_017268	TGC	2	6	31883	31888	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421574
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268	NC_017268	CTT	2	6	32517	32522	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421574
269	NC_017268	AGT	2	6	32589	32594	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421574
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271	NC_017268	CTT	2	6	32766	32771	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421574
272	NC_017268	GAA	2	6	32919	32924	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421574
273	NC_017268	GAT	2	6	33133	33138	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421575
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278	NC_017268	GCA	2	6	33421	33426	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421575
279	NC_017268	CTT	2	6	33473	33478	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421575
280	NC_017268	CTC	2	6	33479	33484	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384421575
281	NC_017268	TGG	2	6	33550	33555	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421575
282	NC_017268	AGG	2	6	33573	33578	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421575
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285	NC_017268	CTT	2	6	33778	33783	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421575
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500	NC_017268	ATC	2	6	53836	53841	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421594

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