MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Yersinia pestis biovar Medievalis str. Harbin 35 plasmid pMT

Total Repeats: 35

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017266	CAGGAG	2	12	408	419	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	384416965
2	NC_017266	ATAGTG	2	12	2998	3009	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384416968
3	NC_017266	GCTGAA	2	12	5257	5268	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384416968
4	NC_017266	GTGCCA	2	12	5752	5763	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	384416968
5	NC_017266	CGAGTT	2	12	11308	11319	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384416971
6	NC_017266	AGTGAT	2	12	19585	19596	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384416978
7	NC_017266	GTTACG	2	12	22691	22702	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384416984
8	NC_017266	AACGGT	2	12	24267	24278	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384416986
9	NC_017266	GGCTGC	2	12	27083	27094	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	384416989
10	NC_017266	GACGCC	2	12	29514	29525	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	384416992
11	NC_017266	GGTGGC	2	12	33527	33538	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	384416997
12	NC_017266	AAAAAT	2	12	36334	36345	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384417003
13	NC_017266	CGCGCC	2	12	39079	39090	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384417008
14	NC_017266	TGTGGT	2	12	41052	41063	0 %	50 %	50 %	0 %	384417010
15	NC_017266	GCTTAT	2	12	41953	41964	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384417011
16	NC_017266	TGGATA	2	12	45128	45139	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384417015
17	NC_017266	AGGGTT	2	12	48051	48062	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	384417021
18	NC_017266	GCCAGT	2	12	50683	50694	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	384417024
19	NC_017266	TCAGCA	2	12	50977	50988	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384417025
20	NC_017266	TGCTTG	2	12	51449	51460	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384417026
21	NC_017266	TCGCCA	2	12	51515	51526	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	384417026
22	NC_017266	CGCCAG	2	12	54993	55004	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	384417030
23	NC_017266	ACACGC	2	12	55853	55864	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	384417031
24	NC_017266	CGCCAG	2	12	59393	59404	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	384417032
25	NC_017266	CGTCCA	2	12	59935	59946	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	384417032
26	NC_017266	TACGGT	2	12	65389	65400	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384417038
27	NC_017266	TAATTG	2	12	65733	65744	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384417038
28	NC_017266	AATTCA	2	12	66605	66616	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384417039
29	NC_017266	TTCTTT	2	12	69036	69047	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384417040
30	NC_017266	GCTCCT	2	12	74427	74438	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	384417048
31	NC_017266	AGCCGA	2	12	76392	76403	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384417049
32	NC_017266	TCCTGG	2	12	78234	78245	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384417051
33	NC_017266	AGGGGT	2	12	84960	84971	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	384417061
34	NC_017266	AAAGCG	2	12	87295	87306	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384417064
35	NC_017266	AACATG	2	12	90684	90695	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384417069

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.