MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Yersinia pestis biovar Medievalis str. Harbin 35 plasmid pCD

Total Repeats: 175

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017263	CTGG	2	8	113	120	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_017263	GTTC	2	8	152	159	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_017263	GTCA	2	8	844	851	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_017263	TAAG	2	8	1259	1266	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017263	ATTT	2	8	1659	1666	25 %	75 %	0 %	0 %	384412641
6	NC_017263	AGCC	2	8	1809	1816	25 %	0 %	25 %	50 %	384412641
7	NC_017263	GCAG	2	8	2241	2248	25 %	0 %	50 %	25 %	384412641
8	NC_017263	AGCC	2	8	3035	3042	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
9	NC_017263	GGAT	2	8	3548	3555	25 %	25 %	50 %	0 %	384412644
10	NC_017263	AGAT	2	8	3610	3617	50 %	25 %	25 %	0 %	384412644
11	NC_017263	TAAA	2	8	4191	4198	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017263	AGAA	2	8	4320	4327	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017263	ACCA	2	8	4780	4787	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_017263	TTCC	2	8	5033	5040	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_017263	AAGC	2	8	5088	5095	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_017263	AATT	2	8	5160	5167	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017263	GTCA	2	8	5361	5368	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_017263	TCCA	2	8	5422	5429	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
19	NC_017263	GACT	2	8	5434	5441	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_017263	GACT	2	8	5676	5683	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_017263	ATCA	2	8	5943	5950	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_017263	CCAT	2	8	5975	5982	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_017263	TGGA	2	8	6115	6122	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017263	CTTT	2	8	6607	6614	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_017263	TCAG	2	8	6719	6726	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
26	NC_017263	CCCT	2	8	7411	7418	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
27	NC_017263	GCCA	2	8	7748	7755	25 %	0 %	25 %	50 %	384412647
28	NC_017263	CTGC	2	8	7997	8004	0 %	25 %	25 %	50 %	384412648
29	NC_017263	CCGG	2	8	8424	8431	0 %	0 %	50 %	50 %	384412649
30	NC_017263	TGTT	2	8	8492	8499	0 %	75 %	25 %	0 %	384412649
31	NC_017263	CGAC	2	8	9322	9329	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
32	NC_017263	AACA	2	8	10011	10018	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_017263	TATT	2	8	10077	10084	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017263	GGCG	2	8	11141	11148	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
35	NC_017263	CCAA	2	8	11803	11810	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_017263	TTTG	2	8	11817	11824	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017263	TAAA	2	8	12904	12911	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017263	ATAA	2	8	13281	13288	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017263	TTAT	2	8	13449	13456	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017263	AATG	2	8	14230	14237	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017263	ATTT	2	8	14297	14304	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017263	CAAA	2	8	15657	15664	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_017263	ACAT	2	8	15666	15673	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_017263	TTAT	2	8	15721	15728	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017263	ATAA	2	8	15776	15783	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017263	CATT	2	8	16545	16552	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_017263	TTAA	2	8	17523	17530	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017263	TCAA	2	8	17606	17613	50 %	25 %	0 %	25 %	384412656
49	NC_017263	CTGT	2	8	18446	18453	0 %	50 %	25 %	25 %	384412656
50	NC_017263	GCTT	2	8	18689	18696	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_017263	AGCC	2	8	19187	19194	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
52	NC_017263	CTTG	2	8	19227	19234	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_017263	AAGC	2	8	19392	19399	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_017263	TGGC	2	8	19511	19518	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_017263	AGGA	2	8	20124	20131	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017263	TGAA	2	8	20244	20251	50 %	25 %	25 %	0 %	384412657
57	NC_017263	GTTG	2	8	20893	20900	0 %	50 %	50 %	0 %	384412657
58	NC_017263	GAGC	2	8	21622	21629	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
59	NC_017263	TAAT	2	8	22455	22462	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017263	CACG	2	8	22713	22720	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
61	NC_017263	ATCA	2	8	22927	22934	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_017263	CTTT	2	8	23507	23514	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_017263	AACC	2	8	24330	24337	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
64	NC_017263	GACT	2	8	24476	24483	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_017263	GCTT	2	8	24588	24595	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_017263	ACTC	2	8	25113	25120	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_017263	ATCG	2	8	25150	25157	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_017263	TCAC	2	8	25428	25435	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_017263	GGTA	2	8	25639	25646	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017263	TCAC	2	8	25932	25939	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_017263	GTAG	2	8	26488	26495	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017263	TTAC	2	8	26586	26593	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_017263	GGGT	2	8	26735	26742	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017263	TGCT	2	8	26975	26982	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_017263	GCTT	2	8	27831	27838	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_017263	GCAG	2	8	27839	27846	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_017263	TGCG	2	8	28425	28432	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
78	NC_017263	GGAA	2	8	28463	28470	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017263	AAAT	2	8	30216	30223	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017263	GTGA	2	8	30948	30955	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017263	AACC	2	8	31596	31603	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_017263	ATTG	2	8	31667	31674	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017263	ACCC	2	8	32233	32240	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
84	NC_017263	TGTT	2	8	33608	33615	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017263	GAAA	2	8	33653	33660	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017263	ACCT	2	8	34046	34053	25 %	25 %	0 %	50 %	384412659
87	NC_017263	CGCA	2	8	34293	34300	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
88	NC_017263	TTGC	2	8	34798	34805	0 %	50 %	25 %	25 %	384412660
89	NC_017263	AGCG	2	8	35008	35015	25 %	0 %	50 %	25 %	384412660
90	NC_017263	AGTC	2	8	35095	35102	25 %	25 %	25 %	25 %	384412660
91	NC_017263	TTAT	2	8	35535	35542	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017263	TGGC	2	8	36419	36426	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
93	NC_017263	AGCG	2	8	36584	36591	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
94	NC_017263	TGAT	2	8	37008	37015	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017263	TGAT	2	8	37125	37132	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017263	TCGC	2	8	37350	37357	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
97	NC_017263	TTCT	2	8	37931	37938	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_017263	TTCT	2	8	38207	38214	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_017263	ACTA	2	8	39152	39159	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_017263	AAAT	2	8	39276	39283	75 %	25 %	0 %	0 %	384412663
101	NC_017263	CAAA	2	8	39370	39377	75 %	0 %	0 %	25 %	384412663
102	NC_017263	AAAT	2	8	39732	39739	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017263	TTAT	2	8	40283	40290	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017263	GCTG	2	8	40595	40602	0 %	25 %	50 %	25 %	384412664
105	NC_017263	GAAG	2	8	40829	40836	50 %	0 %	50 %	0 %	384412665
106	NC_017263	AGTG	2	8	41369	41376	25 %	25 %	50 %	0 %	384412665
107	NC_017263	CACT	2	8	41857	41864	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_017263	GGCT	2	8	41916	41923	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
109	NC_017263	CAGG	2	8	42505	42512	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
110	NC_017263	AGGT	2	8	42623	42630	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017263	ATAA	2	8	42893	42900	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017263	TGTC	2	8	43914	43921	0 %	50 %	25 %	25 %	384412667
113	NC_017263	TGGA	2	8	44835	44842	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017263	TACA	2	8	44880	44887	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_017263	GACG	2	8	45016	45023	25 %	0 %	50 %	25 %	384412668
116	NC_017263	TTAT	2	8	45039	45046	25 %	75 %	0 %	0 %	384412668
117	NC_017263	TTTA	2	8	45348	45355	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017263	AATA	2	8	45364	45371	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017263	TCAT	2	8	45523	45530	25 %	50 %	0 %	25 %	384412669
120	NC_017263	CATA	2	8	45635	45642	50 %	25 %	0 %	25 %	384412669
121	NC_017263	GTAA	2	8	46130	46137	50 %	25 %	25 %	0 %	384412669
122	NC_017263	TTAA	2	8	46795	46802	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017263	GCTG	2	8	47108	47115	0 %	25 %	50 %	25 %	384412670
124	NC_017263	CGGA	2	8	47274	47281	25 %	0 %	50 %	25 %	384412671
125	NC_017263	GGTC	2	8	47497	47504	0 %	25 %	50 %	25 %	384412671
126	NC_017263	CAGA	2	8	47582	47589	50 %	0 %	25 %	25 %	384412671
127	NC_017263	GGGA	2	8	47903	47910	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017263	CTTT	2	8	48232	48239	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_017263	CAGG	2	8	48375	48382	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
130	NC_017263	AGAA	2	8	48417	48424	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017263	ATCC	2	8	49207	49214	25 %	25 %	0 %	50 %	384412672
132	NC_017263	ATTT	2	8	49307	49314	25 %	75 %	0 %	0 %	384412672
133	NC_017263	ATTT	2	8	49332	49339	25 %	75 %	0 %	0 %	384412672
134	NC_017263	CATC	2	8	51281	51288	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_017263	CCCT	2	8	52922	52929	0 %	25 %	0 %	75 %	384412675
136	NC_017263	GGGC	2	8	54167	54174	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
137	NC_017263	TTAT	3	12	54213	54224	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017263	CATC	2	8	54825	54832	25 %	25 %	0 %	50 %	384412677
139	NC_017263	GGTA	2	8	55002	55009	25 %	25 %	50 %	0 %	384412677
140	NC_017263	GCCA	2	8	55638	55645	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
141	NC_017263	CACT	2	8	55674	55681	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_017263	TCTG	2	8	55771	55778	0 %	50 %	25 %	25 %	384412678
143	NC_017263	TGAA	2	8	55831	55838	50 %	25 %	25 %	0 %	384412678
144	NC_017263	CAGT	2	8	56124	56131	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
145	NC_017263	ATCC	2	8	56351	56358	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
146	NC_017263	GCCA	2	8	56996	57003	25 %	0 %	25 %	50 %	384412679
147	NC_017263	CTGC	2	8	57245	57252	0 %	25 %	25 %	50 %	384412680
148	NC_017263	TGAC	2	8	57976	57983	25 %	25 %	25 %	25 %	384412681
149	NC_017263	GCAG	2	8	58441	58448	25 %	0 %	50 %	25 %	384412682
150	NC_017263	TTAC	2	8	59131	59138	25 %	50 %	0 %	25 %	384412683
151	NC_017263	TTTC	2	8	59363	59370	0 %	75 %	0 %	25 %	384412683
152	NC_017263	CTTA	2	8	59691	59698	25 %	50 %	0 %	25 %	384412683
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159	NC_017263	CCTG	2	8	63426	63433	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.